Mitochondrien, die Kraftwerke der Zelle, spielen eine wichtige Rolle bei der Bioenergetik, der Erzeugung freier Radikale, der Kalziumhomöostase und der Apoptose. Mitophagie ist der primäre Mechanismus der mitochondrialen Qualitätskontrolle und wird im Allgemeinen durch mikroskopische Beobachtung untersucht, jedoch sind In-vivo-Mitophagie-Assays schwierig durchzuführen. Die Bewertung der Mitophagie durch Bildgebung lebender Organellen ist eine alternative und notwendige Methode für die mitochondriale Forschung. Dieses Protokoll beschreibt die Verfahren zur Verwendung des zellpermierten grün-fluoreszierenden Mitochondrienfarbstoffs MitoTracker Green und des rot fluoreszierenden Lysosomenfarbstoffs LysoTracker Red in lebenden Zellen, einschließlich der Beladung der Farbstoffe, der Visualisierung der Mitochondrien und des Lysosoms sowie der erwarteten Ergebnisse. Detaillierte Schritte zur Bewertung der Mitophagie in lebenden Zellen sowie technische Hinweise zu den Einstellungen der Mikroskopsoftware werden ebenfalls bereitgestellt. Diese Methode kann Forschern helfen, Mitophagie mit lebender Zellfluoreszenzmikroskopie zu beobachten. Darüber hinaus kann es verwendet werden, um Mitochondrien und Lysosomen zu quantifizieren und die mitochondriale Morphologie zu beurteilen.