Das Plattenepithelkarzinom der Speiseröhre (ESCC) ist weltweit weit verbreitet und macht jedes Jahr 90 % aller Fälle von Speiseröhrenkrebs aus und ist das tödlichste aller menschlichen Plattenepithelkarzinome. Trotz jüngster Fortschritte bei der Definition der molekularen Veränderungen, die mit der Initiierung und Entwicklung von ESCC einhergehen, bleibt die Prognose der Patienten schlecht. Die funktionelle Annotation dieser molekularen Veränderungen ist der notwendige nächste Schritt und erfordert Modelle, die sowohl die molekularen Eigenschaften von ESCC erfassen als auch leicht und kostengünstig für die funktionelle Annotation manipuliert werden können. Mäuse, die mit dem Tabakrauchmimetikum 4-Nitrochinolin-1-oxid (4NQO) behandelt wurden, bilden vorhersagbar ESCC und ösophageale Präneoplasien. Bemerkenswert ist, dass 4NQO-Läsionen auch in der Mundhöhle auftreten, am häufigsten in der Zunge, sowie im Vormagen, die alle das geschichtete Plattenepithel teilen. Diese Mäuse können jedoch nicht einfach für funktionale Hypothesentests manipuliert werden, da die Erstellung isogener Mausmodelle zeit- und ressourcenintensiv ist. In dieser Arbeit überwinden wir diese Einschränkung, indem wir aus Einzelzellen abgeleitete dreidimensionale (3D) Organoide von Mäusen erzeugen, die mit 4NQO behandelt wurden, um murine ESCC oder präneoplastische Zellen ex vivo zu charakterisieren. Diese Organoide erfassen die hervorstechenden Merkmale von ESCC und ösophagealer Präneoplasie, können kostengünstig und schnell zur Bildung isogener Modelle genutzt und für syngene Transplantationsexperimente verwendet werden. Wir zeigen, wie man 3D-Organoide aus normalem, präneoplastischem und SCC-murinem Ösophagusgewebe erzeugt und diese Organoide erhält und kryokonserviert. Die Anwendungen dieser vielseitigen Organoide sind breit gefächert und umfassen die Verwendung von gentechnisch veränderten Mäusen und die weitere Charakterisierung durch Durchflusszytometrie oder Immunhistochemie, die Erzeugung isogener Organoidlinien unter Verwendung von CRISPR-Technologien sowie das Wirkstoffscreening oder die syngene Transplantation. Wir glauben, dass die weit verbreitete Übernahme der in diesem Protokoll demonstrierten Techniken die Fortschritte in diesem Bereich beschleunigen wird, um die schwere Belastung durch ESCC zu bekämpfen.