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Mesenchymale Stammzellen (MSCs), die sich durch ihre Selbsterneuerungsfähigkeit und ihr Potenzial zur Differenzierung mehrerer Linien auszeichnen, können aus verschiedenen Quellen gewonnen werden und entwickeln sich zu vielversprechenden Kandidaten für die regenerative Medizin, insbesondere für die Regeneration von Zahn, Knochen, Knorpel und Haut. Der selbstorganisierte Ansatz der MSC-Aggregation, bei dem insbesondere Zellcluster konstruiert werden, die die sich entwickelnde mesenchymale Kondensation nachahmen, ermöglicht die Abgabe von Stammzellen mit hoher Dichte zusammen mit konservierten Zell-Zell-Interaktionen und extrazellulärer Matrix (ECM) als Nische in der Mikroumgebung. Es hat sich gezeigt, dass diese Methode eine effiziente Zelltransplantation und ein effizientes Überleben ermöglicht und somit die optimierte Anwendung exogener MSCs im Tissue Engineering fördert und die klinische Organregeneration sicherstellt. Dieser Artikel enthält ein detailliertes Protokoll für die Konstruktion und Charakterisierung von selbstorganisierten Aggregaten auf der Basis von mesenchymalen Stammzellen (UCMSCs) der Nabelschnur sowie ein Beispiel für die Anwendung zur regenerativen Schädelknochenbildung. Die Implementierung dieses Verfahrens wird dazu beitragen, eine effiziente MSC-Transplantationsstrategie für das Tissue Engineering und die regenerative Medizin zu etablieren.