Vertikale Immobilisierungsmethode für die zeitraffermikroskopische Analyse in filamentösen Cyanobakterien

Summary

Wir stellen eine einfache und zugängliche Methode zur Visualisierung filamentöser Cyanobakterien in der XY-Ebene vor. Es wurde eine Agarosematrix mit niedrigem Schmelzpunkt verwendet, die die Aufnahme von Bildern von Proteinen, die an der Teilung beteiligt sind, in vertikaler Ausrichtung ermöglicht. Daher kann diese Methodik auf jeden fadenförmigen Organismus und verschiedene Arten von Proteinen angewendet werden.

Abstract

Ein Hauptereignis bei der bakteriellen Zellteilung ist der Septierungsprozess, bei dem das Protein FtsZ das Schlüsselelement ist. FtsZ polymerisiert und bildet in der Mitte der Zelle eine ringförmige Struktur (Z-Ring), die als Gerüst für andere Teilungsproteine dient. Hochauflösende Mikroskopie in den Bakterienmodellen Escherichia coli und Bacillus subtilis zeigte, dass der Z-Ring diskontinuierlich ist, während Lebendzell-Bildgebungsstudien zeigten, dass sich FtsZ durch einen Mechanismus, der als Lauffräsen bekannt ist, entlang des Rings bewegt. Um die Dynamik von FtsZ in vivo zu untersuchen, ist eine spezielle Zellplatzierung in vertikaler Position notwendig, um die komplette Struktur des Rings in der XY-Ebene abzubilden. Im Falle der FtsZ-Bildgebung in mehrzelligen Cyanobakterien wie Anabaena sp. PCC7120 ist es aufgrund der Größe der Zellen und der Länge der Filamente schwierig, die Filamente in einer vertikalen Position zu halten. In diesem Artikel beschreiben wir eine Methode, die die vertikale Immobilisierung von Anabaena sp. PCC 7120 Filamenten unter Verwendung von Agarose mit niedrigem Schmelzpunkt und Spritzen ermöglicht, um den Z-Ring in einer Mutante zu erfassen, die ein FtsZ-sfGFP-Fusionsprotein exprimiert. Diese Methode ist eine schnelle und kostengünstige Möglichkeit, die Proteindynamik an der Teilungsstelle mittels konfokaler Mikroskopie zu registrieren.

Introduction

Die bakterielle Zellteilung ist der Prozess, bei dem eine Mutterzelle zwei Tochterzellen erzeugt, in den meisten Fällen durch den Mechanismus, der als binäre Spaltung bekannt ist. Eines der frühesten Ereignisse im Septationsprozess ist die Lokalisierung von FtsZ in der Mitte der Zelle¹. Dieses Protein, das strukturell homolog zu Tubulin² ist, ist in den meisten Bakterien konserviert und weit verbreitet, und seine Polymerisation erzeugt eine kontraktile Struktur, die als Z-Ring³ bekannt ist. Dieser Ring dient als Gerüst für andere Teilungsproteine und zusammen bilden sie eine molekulare Maschinerie, die als Divisom bezeichnet wird. Mehrere Studien haben gezeigt, dass der Z-Ring hochdynamisch ist und dass sich FtsZ-Protofilamente durch Tretfräsen bewegen ^4,5,6. Um den Z-Ring in Zeitrafferexperimenten zu untersuchen, ist es ratsam, die Teilungsstelle in der XY-Ebene aufzuzeichnen, um eine bessere Auflösung und eine schnelle Abtastung zu ermöglichen. Um dies zu erreichen, ist es notwendig, vertikale Zellimmobilisierungsmethoden zu entwickeln, die üblicherweise die Nanofabrikation von Mikroloch-Zellfallen und komplexen mikrofluidischen Geräten^{umfassen 7}.

Cyanobakterien sind photosynthetische Mikroorganismen, die aufgrund ihrer Zellmorphologie als gramnegativ klassifiziert werden. Phylogenetisch sind sie jedoch näher an grampositiven Bakterien⁸. Diese Organismen haben Zellteilungsgene, die in grampositiven und gramnegativen Bakterien üblich sind, aber ihr Divisom enthält auch einzigartige Elemente⁹. PCC 7120 (im Folgenden Anabaena sp.) ist ein filamentöses Cyanobakterium mit einer Teilungsebene und ist ein Modell für die Untersuchung der Zellteilung in mehrzelligen Cyanobakterien. Bei diesem Stamm ist es gelungen, die Positionierung von FtsZ in der Mitte der Zellen¹⁰ zu bestimmen. Dennoch gibt es keine Studien, die die in vivo Dynamik von FtsZ in diesem Modell zeigen. In unserem Labor haben wir durch triparentale Paarung und homologe Rekombination eine vollständig segregierte Mutante von Anabaena sp. erhalten, die das mit sfGFP fusionierte FtsZ-Protein exprimiert, das das komplette endogene ftsZ-Gen ersetzt. Wir haben eine schnelle und einfache Methode zur Zellimmobilisierung entwickelt, die die vertikale Ausrichtung der mutierten Stammfilamente für Zeitrafferexperimente bevorzugt, um die Teilungsproteine in filamentösen Cyanobakterien sichtbar zu machen. Diese Methode benötigt keine mikrofluidischen Geräte, die teuer und schwierig zu entwickeln sein können. Als Beispiel haben wir dieses Protokoll verwendet, um den Z-Ring in der FtsZ-sfGFP-Mutante durch konfokale Mikroskopie sichtbar zu machen.

Protocol

1. Überlegungen und Auswahl des zellulären Modells

HINWEIS: Cyanobakterien haben aufgrund des Vorhandenseins von photosynthetischen Pigmenten eine starke Autofluoreszenz. Dieses Signal liegt im roten Teil des Spektrums, daher sind die fluoreszierenden Proteine, die für die Bildgebung in Cyanobakterien geeignet sind, diejenigen, die am weitesten von der roten Emission entfernt sind. Zum Beispiel GFP, YFP, Venus, Turquoise und BFP.

1. Wählen Sie eine divisome Komponente aus, die im filamentösen Cyanobakterienstamm vorhanden ist. Für die Experimente ist es notwendig, eine filamentöse cyanobakterielle Mutante zu konstruieren, die die ausgewählte divosomische Komponente exprimiert, die mit einem fluoreszierenden Protein fusioniert ist. In diesem Protokoll wird beispielsweise eine Anabaena sp.-Mutante verwendet, die FstZ-sfGFP exprimiert. Dieser Stamm wurde durch triparentale Verpaarung mit E. coli¹¹ erhalten.
2. Überprüfen Sie den Entmischungsgrad der Mutante, die verwendet werden soll. Im Beispiel wurde die Segregation durch PCR-Amplifikation des Zielgens bestimmt. Bei der in diesem Protokoll verwendeten FtsZ-sfGFP-Mutante handelt es sich um einen vollständig segregierten Stamm, dem das Wildtyp-FTS-Z-Genfehlt.

2. Wachstumsbedingungen

1. Herstellung einer frischen Subkultur der Mutante unter Verwendung einer 10-ml-Kultur in stationärer Phase (ca. 14 Tage lang bei konstantem Licht bei 25 °C für Anabaena sp.) und Zugabe zu 90 ml BG11-Medium, das mit Antibiotika (Spectinomycin und Streptomycin 10 μl ml-1 für die FtsZ-sfGFP-Mutante) ergänzt wird.
2. Züchten Sie die neue Zellkultur bei konstantem Licht und optimaler Temperatur, bis Sie die exponentielle Phase erreichen. Die FtsZ-sfGFP-Mutante von Anabaena sp. wird vor der Probenvorbereitung 7 Tage bei 25 °C gezüchtet.

3. Probenvorbereitung in einer Agarosematrix

1. Nehmen Sie 2 ml der homogenisierten Wachstumskultur.
2. Bei 2.500 x g 10 min bei Raumtemperatur zentrifugieren.
3. In der Zwischenzeit werden in einem 50-ml-Kolben 30 ml Agarose mit 3 % niedrigem Schmelzpunkt in einem flüssigen BG11-Medium erhitzt. Verwenden Sie eine Mikrowelle, die auf mittlere Leistungsstufe eingestellt ist, und überprüfen Sie die Lösung alle 15 Sekunden, bis sie sich vollständig aufgelöst hat. Auf 37 °C abkühlen lassen.
   Anmerkungen: Autoklavieren Sie die Agaroselösung, um eine Kontamination zu vermeiden.
4. Sobald die Zentrifugation abgeschlossen ist, verwerfen Sie 1,9 ml des Überstandes und resuspendieren Sie die Zellen im verbleibenden Volumen, indem Sie mindestens dreimal auf und ab pipettieren.
5. Mischen Sie die resuspendierten Zellen mit 900 μl der 3%igen Agaroselösung, indem Sie mindestens dreimal auf und ab pipettieren.
   Anmerkungen: Die Agaroselösung muss flüssig, aber nicht zu heiß sein, um Zellschäden zu vermeiden. Der nächste Schritt muss schnell durchgeführt werden, bevor die Agaroselösung eine gelartige Konsistenz bildet =.
6. Saugen Sie die Agarosematrix vorsichtig in einer 1-ml-Spritze ab. Es ist wichtig, die Bildung von Blasen zu vermeiden, während die Probe mit der Spritze abgesaugt wird.
   Anmerkungen: Stellen Sie vor diesem Schritt sicher, dass die Spitze der Spritze abgeschnitten ist, um das schmale Eintrittsloch zu entfernen.
7. Lassen Sie das Proben-Agarose-Gemisch erstarren, indem Sie die Spritze 2 h lang in horizontaler Position bei Raumtemperatur platzieren.
8. Entfernen Sie die Agarosematrix vorsichtig mit dem Kolben und legen Sie sie auf eine saubere und ebene Oberfläche.
9. Schneiden Sie die erstarrte Probe in Scheiben in einem Dickenbereich von 0,5 - 1 mm, wobei die Integrität der Matrix erhalten bleibt.
   Anmerkungen: Um bessere Ergebnisse zu erzielen, schneiden Sie die Agarosematrix mit einem Skalpell oder dünnen Rasierklingen ab.
10. Legen Sie die Scheiben nebeneinander auf ein Deckglas. Die Anzahl der Scheiben auf einem Deckglas hängt von seinen Abmessungen ab.
    HINWEIS: Für die Zeitraffermikroskopie wird empfohlen, eine Zellkammer für die Mikroskopieanalyse zu verwenden (z. B. Attofluor- oder Chamlide-Magnetkammern). Diese Kammern ermöglichen die Entnahme der Probe, wodurch eine Dehydrierung vermieden wird. In diesem Beispiel werden die Proben auf abgerundeten Deckgläsern (25 mm) mit der Attofluor-Kammer vorbereitet.
11. Fügen Sie 2 ml geschmolzene 3%ige Agaroselösung auf die in die Kammer gegebene Probe hinzu, um eine Austrocknung zu verhindern.
12. Warten Sie, bis sich die Agaroselösung vollständig verfestigt hat, um ein Gel zu bilden.

4. Bildaufnahme

1. Standardisieren Sie die Parameter, um das Fluoreszenzprotein zu visualisieren, das für den mutierten Stamm von Interesse ist, in einem konfokalen Mikroskop. Stellen Sie sicher, dass das Mikroskop sowohl die Autofluoreszenz als auch den ausgewählten Fluoreszenzmarker erkennen kann.
2. Visualisieren Sie die Probe in der Hellfeldkonformation mit maximaler Vergrößerung und suchen Sie nach einem vertikal ausgerichteten Filament, wie in Abbildung 1 gezeigt.
3. Finden Sie die gewünschte Teilungsstelle mit einer ersten Abtastung unter Verwendung des Autofluoreszenzsignals entlang der Z-Ebene.
4. Verwenden Sie die Parameter des fluoreszierenden Proteinmarkers, um das Signal des interessierenden Proteins an der Teilungsstelle sichtbar zu machen.
5. Führen Sie Zeitrafferexperimente entsprechend dem biologischen Modell und dem interessierenden Protein durch. Zum Beispiel wurden in diesem Fall Zeitrafferexperimente von 10 s in 50 s durchgeführt, um die Dynamik von FtsZ entlang des Z-Rings in Anabaena sp. aufzunehmen (Abbildung 2).

Results

Visualisierung des Z-Rings bei Anabaena sp. mit der vertikalen Immobilisierungsmethode
Um die Dynamik der Z-Ring-Komponenten in Bakterien zu untersuchen, ist es notwendig, Bilder in vertikal ausgerichteten Zellen aufzunehmen. In dieser Position ist es möglich, den Z-Ring und die Hauptproteine des Divisoms sichtbar zu machen, um die Proteindynamik durch Zeitraffermikroskopie zu überwachen. Die klassische Probenvorbereitung für Bakterien funktioniert bei filamentösen Cyanobakterien nicht. Bei <...

Discussion

Die Untersuchung der Dynamik divisome Proteine ist zweifelsohne eine Herausforderung. Insbesondere bei filamentösen Cyanobakterien besteht eine der Herausforderungen in der Visualisierung des Z-Rings in der horizontalen Ebene, für die die Zellen vertikal ausgerichtet sein müssen. Die hier beschriebene Methode ermöglicht die Positionierung des Z-Rings in der XY-Ebene, um die verschiedenen Analysen durchzuführen. Dies ist die erste einfache Methode für filamentöse Cyanobakterien, die eine vollständige Visualisierung des Z-...

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
1 ml Spritze	Qingdao Agna Medical Technology Co., Ltd.	-	Die medizinische Einwegspritze aus Kunststoff mit 1 ml Nadel, die im Allgemeinen zum Pumpen von Flüssigkeit oder Injektionsflüssigkeit verwendet wird, wird in diesem Experiment verwendet, um die Probe zu saugen und polymerisieren zu lassen.
Attofluor Zellkammer	ThermoFischer Scientific	A7816	Die Attofluor Zellkamera ist ein langlebiger und praktischer Deckglashalter, der für die Betrachtung lebender Zellproben in aufrechten oder inversen Mikroskopen entwickelt wurde.
Axygen MaxyGene II Thermocycler mit 96 Well Block	CORNING	THERM-1001	Der neue MaxyGene II Thermocycler erhöht die Geschwindigkeit und bietet fortschrittliche Funktionen und bietet die erstklassige Leistung, die Sie von Produkten der Marke Axygen erwarten. Einzigartige flexible Programmierung. Schnelle Laufzeiten. Verbesserter Arbeitsablauf im Vergleich zu herkömmlichen Gradientencyclern. Rampenraten bis zu 5 Grad; C/Sek. Der verstellbare beheizte Deckel bietet Platz für Streifen, Röhrchen und Mikrotiterplatten.
Fisherbrand Deckgläser: Circles	ThermoFischer Scientific	12-546-2P	Hergestellt aus feinstem optischem Borosilikatglas, mit einheitlicher Dicke und Größe. Kreisförmige Form. Korrosionsbeständig.
Niedriger Schmelzpunkt Agarose	Promega	V3841	Agarose, niedriger Schmelzpunkt, analytische Qualität, ist ideal für Anwendungen, die die Rückgewinnung intakter DNA-Fragmente nach der Gelelektrophorese erfordern.
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Nikon Zeitraffer-Mikroskop	Nikon-Das	konfokale Laser-Scanning-Mikroskop Nikon C2 ist ein ideales Mikroskop für Langzeit-Zeitrafferaufnahmen, da es dank seiner Inkubationskammer möglich ist, Proben mehr als 8 Stunden lang unter optimalen Bedingungen zu halten.
Dünne Rasierklingen Schick Super Chrom	Farmazon	Artikelnummer: 401146	Die dünnen Rasierklingen werden zum Schneiden der Agarose-Matrix verwendet, so dass wir die Scheiben mit der Probe erhalten können, während die Integrität der Matrix erhalten bleibt.