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Research Article
Milad Almasian1, Alireza Saberigarakani1, Xinyuan Zhang1, Brian Lee1, Yichen Ding1,2,3
1Department of Bioengineering,The University of Texas at Dallas, 2Center for Imaging and Surgical Innovation,The University of Texas at Dallas, 3Hamon Center for Regenerative Science and Medicine,UT Southwestern Medical Center
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Das Protokoll nutzt fortschrittliche Lichtblattmikroskopie zusammen mit angepassten Gewebereinigungsmethoden, um komplizierte kardiale Strukturen in Nagetierherzen zu untersuchen, was ein großes Potenzial für das Verständnis der kardialen Morphogenese und des Umbaus birgt.
Die Lichtblattmikroskopie (LSM) spielt eine entscheidende Rolle beim Verständnis der komplizierten dreidimensionalen (3D) Struktur des Herzens und liefert entscheidende Einblicke in die grundlegende Herzphysiologie und pathologische Reaktionen. Wir befassen uns mit der Entwicklung und Implementierung der LSM-Technik, um die Mikroarchitektur des Herzens in Mausmodellen aufzuklären. Die Methodik integriert ein maßgeschneidertes LSM-System mit Gewebereinigungstechniken, um die Lichtstreuung im Herzgewebe für die volumetrische Bildgebung zu verringern. Die Kombination von konventionellem LSM mit Image Stitching und Multiview-Dekonvolutionsansätzen ermöglicht die Erfassung des gesamten Herzens. Um den inhärenten Kompromiss zwischen axialer Auflösung und Sichtfeld (FOV) zu adressieren, führen wir außerdem eine axial gesweepte Lichtblattmikroskopie (ASLM) Methode ein, um unscharfes Licht zu minimieren und das Herz gleichmäßig über die Ausbreitungsrichtung zu beleuchten. In der Zwischenzeit verbessern Gewebereinigungsmethoden wie iDISCO die Lichtdurchdringung, erleichtern die Visualisierung tiefer Strukturen und gewährleisten eine umfassende Untersuchung des Myokards im gesamten Herzen. Die Kombination der vorgeschlagenen LSM- und Gewebereinigungsmethoden stellt eine vielversprechende Plattform für Forscher bei der Aufklärung kardialer Strukturen in Nagetierherzen dar, die ein großes Potenzial für das Verständnis der kardialen Morphogenese und des Umbaus birgt.
Herzinsuffizienz ist nach wie vor die häufigste Todesursache weltweit, was vor allem auf die mangelnde Regenerationsfähigkeit reifer Kardiomyozytenzurückzuführen ist 1. Die komplizierte Architektur des Herzens spielt eine entscheidende Rolle für seine Funktion und gibt Einblicke in Entwicklungsprozesse. Ein tiefgreifendes Verständnis der kardialen Struktur ist unerlässlich, um die grundlegenden Prozesse der kardialen Morphogenese und des Umbaus als Reaktion auf einen Myokardinfarkt aufzuklären. Jüngste Fortschritte haben gezeigt, dass neugeborene Mäuse die Herzfunktion nach einer Verletzung wiederherstellen können, während erwachsenen Mäusen eine solche Regenerationsfähigkeit fehlt2. Dies schafft eine Grundlage für die Untersuchung von Hinweisen, die mit strukturellen und funktionellen Anomalien in Mausmodellen verbunden sind. Herkömmliche bildgebende Verfahren wie die konfokale Mikroskopie weisen technische Einschränkungen auf, darunter eine begrenzte Eindringtiefe, ein langsames Punktabtastschema und Lichtschäden durch längere Exposition gegenüber Laserlicht. Diese behindern eine umfassende dreidimensionale (3D) Darstellung des intakten Herzens. In diesem Zusammenhang erweist sich die Lichtblattmikroskopie (LSM) als leistungsstarke Lösung, die die Vorteile einer Hochgeschwindigkeitsbildgebung, reduzierter Lichtschäden und außergewöhnlicher optischer Schnittmöglichkeiten bietet 3,4,5. Die einzigartigen Eigenschaften der LSM machen sie zu einer vielversprechenden Methode, um die Grenzen konventioneller Techniken zu überwinden und beispiellose Einblicke in die kardialen Entwicklungs- und Umbauprozesse zu bieten 6,7,8.
In diesem Protokoll stellen wir eine Bildgebungsstrategie vor, die fortschrittliches LSM mit angepassten Gewebereinigungsansätzen9 kombiniert und die Bildgebung ganzer Mausherzen ermöglicht, ohne dass eine spezifische Markierung und mechanische Schnitte erforderlich sind. Wir schlagen ferner vor, dass die konventionelle LSM-Bildgebung durch Multiview-Dekonvolution10 oder axial gesweepte Lichtblattmikroskopie (ASLM) Techniken 11,12,13,14,15 verbessert werden kann, um die axiale Auflösung zu verbessern. Darüber hinaus kann die Integration von Image Stitching mit einer dieser Methoden den Kompromiss zwischen räumlicher Auflösung und Sichtfeld (FOV) effektiv überwinden und so die Bildgebung von adulten Mausherzen verbessern. Die Einbeziehung zahlreicher Gewebereinigungsansätze, einschließlich hydrophober, hydrophiler und hydrogelbasierter Methoden, ermöglicht eine tiefere Lichteindringung zur Erfassung der Morphologie des gesamten Herzens 16,17,18,19.
Während mehrere Clearing-Methoden mit aktuellen LSM-Systemen kompatibel sind, besteht das Ziel darin, die Photonenstreuung zu minimieren und die Lichtdurchdringung in Geweben wie dem Herzen zu verbessern, indem Lipide durch ein Medium ersetzt werden, das seinem Brechungsindex sehr nahe kommt. iDISCO wurde als Vertreter20,21 ausgewählt und aufgrund seiner schnellen Verarbeitung und hohen Transparenz für die Autofluoreszenzbildgebung in diesem Protokoll angepasst (Abbildung 1A). Insgesamt bietet die Integration des fortschrittlichen LSM-Ansatzes mit Gewebereinigungstechniken einen vielversprechenden Rahmen, um die komplizierte Herzanatomie in Nagetierherzen zu entschlüsseln, was ein erhebliches Potenzial für die Verbesserung unseres Verständnisses der kardialen Morphogenese und Pathogenese birgt.
Tierversuche und -versuche wurden genehmigt und unter der Aufsicht des Institutional Animal Care and Use Committee der University of Texas in Dallas (IACUC #21-03) durchgeführt. In dieser Studie wurden C57BL6-Mäuse, einschließlich Neugeborene am postnatalen Tag 1 (P1) und 8 Wochen alte Erwachsene, verwendet. Es wurde kein Unterschied zwischen Männchen und Weibchen beobachtet. Die gesamte Datenerfassung und Bildnachbearbeitung erfolgte mit Open-Source-Software oder Plattformen mit Forschungs- oder Bildungslizenzen. Die Ressourcen sind auf begründete Anfrage bei den Autoren erhältlich.
1. Probenvorbereitung und Gewebereinigung (6 - 10 Tage)
2. Montage der Probe (1 Tag)
HINWEIS: Falls ein kommerzielles LSM-System verwendet wird, befolgen Sie das vom Unternehmen bereitgestellte spezifische Protokoll, um das Herz zu reparieren, und überspringen Sie die Schritte 2.1 - 2.9.

3. Bild-Stitching (4-8 h)
4. Multiview-Dekonvolution (5 Tage)
5. Axial gesweepte Light-Sheet-Systemhardware (1 Tag)
6. Synchronisierung des axial gesweepten Lichtblattsystems (7 Tage)


Es wurde gezeigt, dass LSM im Gegensatz zu anderen optischen Bildgebungsverfahren wie Hellfeld- und Punktscantechniken kardiale Studien fördert 31,32,33,34,35,36,37 aufgrund des minimalen Risikos von Lichtschäden, der hohen räumlichen Auflösung und der optischen Schnittbildung 6,8,38,39,40 . Um die 3D-Myokardarchitektur besser zu verstehen, haben wir das Protokoll auf der Grundlage primärer Ansätze wie adaptiertem iDISCO-Clearing, Image Stitching, Multiview-Dekonvolution und ASLM etabliert. Während wir die Ergebnisse an Mausmodellen vorgestellt haben, ist es wichtig zu beachten, dass auch Ratten und andere Nagetiermodelle für die vorgeschlagenen Methoden geeignet sind. Das angepasste Gewebereinigungsprotokoll ermöglicht es, das P1-Mausherz innerhalb von 4 Tagen transparent und das 8 Wochen alte Mausherz innerhalb von 7 Tagen transparent zu machen (Abbildung 1B). Dieser Schritt dient als Ausgangspunkt für die Minimierung der Photonenabsorption und -streuung im intakten Herzen. Die Multiview-Dekonvolution ermöglicht die Verbesserung der axialen Auflösung, indem Bilder aus mehreren Perspektiven zu einem einzigen Modell verschmolzen werden. Nach sequenzieller Aufnahme von Bildern aus 6 Ansichten desselben Herzens erreicht die Multiview-Dekonvolutionsmethode nach 15 Stunden Rechenzeit eine nahezu isotrope Auflösung mit einer lateralen Auflösung von 4,68 μm und einer axialen von 5,06 μm (Abbildung 8A). Um die Rechenkomplexität zu vermeiden, haben wir ein ETL-basiertes ASLM weiter angepasst, um Bilder von neonatalen bis hin zu adulten Mausherzen zu bilden. Diese Methode ermöglicht es uns, das Myokard mit einem eng fokussierten Laserstrahl zu scannen, wodurch der unscharfe Hintergrund minimiert und der Bildkontrast im Vergleich zu den herkömmlichen LSM-Methoden verbessert wird (Abbildung 8B). Mit dem aktuellen ASLM-Design erreichen die gemittelten lateralen und axialen Auflösungen des Systems 2,18 μm bzw. 2,88 μm, was eine eingehende Untersuchung der myokardialen Trabekulation in Ventrikeln ermöglicht. Darüber hinaus kann Image Stitching unabhängig oder in Kombination mit Multiview-Dekonvolution oder ASLM verwendet werden, um das Sichtfeld für größere Probengrößen zu erweitern. Die Integration von Stitching mit ASLM ermöglicht es uns, das gesamte 8 Wochen alte Mausherz mit einheitlicher Auflösung abzudecken (Abbildung 8C), was eine effektive Lösung zur Untersuchung des Querschnitts des gesamten Herzens bietet.

Abbildung 1: Prozess der Gewebereinigung. (A) Die hydrophobe Methode umfasst Gewebedehydratisierung, Lipidextraktion und Brechungsindexanpassung unter Verwendung von Dibenzylether (DBE) als organischem Lösungsmittel. (B) Tauchen Sie das Herz in ein Gemisch aus 4%iger Formaldehyd (PFA)-Lösung und dehydrieren Sie es mit einem Gemisch aus Methanol und deionisiertem (DI) Wasser. Das Herz mit 5 %H2O2 in Methanol bei 4 °C bleichen. Entfetten Sie das Herz mit Dichlormethan (DCM) und Methanollösung, bis die Probe auf den Boden des Röhrchens sinkt. Zum Schluss inkubieren Sie das Herz in DBE, um den gewünschten Brechungsindex zu erhalten. Rasterlinien 5 mm. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 2: Schema der axial gesweepten Lichtblattmikroskopie. (A) Kundenspezifische 3D-gedruckte Kammer, (B) Kammermagnet, (C) Klemmhalter und (D) ASLM-System. Abkürzungen: CL: zylindrische Linse; ETL: elektronisches abstimmbares Objektiv; IL: Beleuchtungslinse; DL: Detektionslinse; FW: Filterrad; TL: Tubuslinse. Diese Zahl wurde gegenüber Ref16 geändert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 3: Bild-Stitching und Multiview-Dekonvolution. (A-B) Das Bild-Stitching wird verwendet, um die gesamten Mausherzen abzudecken, wobei jede Kachel eine FOV-Überlappung von 10 % mit den angrenzenden Kacheln aufweist. (C) Bewegungsmuster des Mausherzens für das Zusammenfügen von Bildern. (D) Fluoreszierende Kügelchen werden am Ende der Glasröhre angebracht, um die Bildregistrierung zu erleichtern, während das Herz in der Glasröhre mit DBE positioniert ist, was eine gleichzeitige Bildgebung sowohl des Mausherzens als auch der Fluoreszenzkügelchen ermöglicht. (E) Multiview-Dekonvolution beinhaltet die Aufnahme von Bildern aus sechs verschiedenen Perspektiven, von denen jede Bilder aus unterschiedlichen Richtungen sammelt. (F) Rohdaten von P1-Mausherzen und -perlen in verschiedenen Winkeln von 0°, 60°, 120°, 180°, 240° und 300°. Maßstabsleisten: 500 μm. Diese Zahl wurde von16 geändert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 4: Blockdiagramm des ASLM-Systems. Verwendung einer Datenerfassungskarte zur Synchronisierung von ETL- und sCMOS-Kameras. Das Gehäuse des ETL-Treibers wurde für das Löten von Signal- und Massedrähten auf die Leiterplatte geöffnet. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 5: LabView-Bedienfeld. LabVIEW-Bedienfeld zur Generierung von Triggern zur Synchronisierung von ETL und aktivierten Pixeln der sCMOS-Kamera. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 6: Synchronisieren des Fokus des Lichtblatts mit den aktivierten Pixeln. (A) Die Identifizierung des Start- und Endpunkts des Lichtblatt-Scanbereichs erfolgt durch Konfigurieren der entsprechenden Spannung für den ETL-Trigger. (B) Das synchrone Ergebnis von fluoreszierenden Kügelchen ist entlang der Diagonale des Bildes sichtbar. (C-F) Die ungleichmäßige räumliche Auflösung über das gesamte FOV entsteht durch den asynchronen Betrieb des ETL mit der sCMOS-Kamera. Die ETL initiiert den Scanvorgang (C) später oder (D) früher als das aktivierte Pixel. (E-F) Der Fokusbereich ist nicht parallel zur Diagonale des Bildes, was auf eine Inkompatibilität zwischen Scan- und Aktivierungsgeschwindigkeit hinweist. ETL scannt (E) schneller oder (F) langsamer als das Sweepen aktiver Pixel in sCMOS. Maßstabsleiste: 200 μm. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 7: Fehlerbehebung bei ASLM. (A) Das Lichtblatt wird genau in der Brennweite der Detektionslinse platziert. Der ETL tastet den Fokus des Lichtblattes entlang der Ausbreitungsrichtung ab und synchronisiert dabei mit dem aktivierten Pixel des sCMOS-Sensors. (B) XY-Ansicht von fluoreszierenden Kügelchen, wenn die ETL korrekt ausgerichtet und synchronisiert ist. (C-D) Ergebnisse von fluoreszierenden Kügelchen in der Fokusebene und unscharf in Schnittbildern, die auf die Fehlausrichtung zwischen dem ETL-Scannen und der Laserausbreitung hinweisen. Maßstabsleisten: 200 μm und 10 μm im Einsatz. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 8: Light-Sheet-Bildgebung von Mausherzen. (A) Volumengerendertes Bild des Multiview-Dekonvolutions-P1-Mausherzens, das die Trabekulation in der Ventrikelhöhle hervorhebt. (B) Schnittbilder des 8 Wochen alten Mausherzens, die mit konventionellem LSM (links) und ASLM (rechts) erstellt wurden. Die Bilder werden als Rohdaten dargestellt. (C) Kombination von Image Stitching und ASLM zur Abbildung eines 8 Wochen alten Mausherzs, bestehend aus 12 Kacheln, die in 3 Kacheln horizontal und 4 Kacheln vertikal angeordnet sind. Maßstabsleiste: 500 μm. Abkürzungen: LV: linker Ventrikel, LA: linker Vorhof, RV: rechter Ventrikel und RA: rechter Vorhof. Diese Zahl wurde gegenüber Ref16 geändert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
| Verfahren | Zeit (P1 Mausherz) | Zeit (8 Wochen altes Mausherz) | Temperatur | |
| Fixierung in 4% PFA | Übernacht | Übernacht | 4°C | Vorbereitung der Probe |
| Waschen mit 1x PBS | 30 Minuten | 30 Minuten | RT | |
| Waschen mit 1x PBS | 30 Minuten | 30 Minuten | RT | |
| Waschen mit 1x PBS | 30 Minuten | 30 Minuten | RT | |
| Einbettung mit Agarosegel | 1 h | 2 h | RT | |
| Inkubieren in 20 % Methanol/80 % DI Wasser | 1 h | 2 h | RT | Austrocknung |
| Inkubieren in 40 % Methanol/60 % DI Wasser | 1 h | 2 h | RT | |
| Inkubieren in 60 % Methanol/40 % DI Wasser | 1 h | 2 h | RT | |
| Inkubieren in 80 % Methanol/20 % DI Wasser | 1 h | 2 h | RT | |
| Inkubieren in 100% Methanol | 1 h | 2 h | RT | |
| In frischem 100%igem Methanol inkubieren | 1 h | 2 h | RT | |
| In frischem 100%igem Methanol inkubieren | 10 Minuten | 10 Minuten | 4°C | Depigmentierung |
| Bleiche mit 5% H2O2/Methanol | Übernacht | Übernacht | 4°C | |
| Inkubieren in 100% Methanol | 1 h | 1 h | RT | |
| Entfettung mit 66 % DCM/33 % Methanol auf dem Schüttler | 3 Std. | 3 Std. | RT | Entfettung |
| Inkubieren in DBE auf dem Shaker | 2 Tage | 5 Tage | RT | RI-Anpassung |
Tabelle 1: Maßgeschneiderte Gewebereinigungsschritte für die Autofluoreszenzbildgebung.
Die Autoren haben keinen Interessenkonflikt offenzulegen.
Das Protokoll nutzt fortschrittliche Lichtblattmikroskopie zusammen mit angepassten Gewebereinigungsmethoden, um komplizierte kardiale Strukturen in Nagetierherzen zu untersuchen, was ein großes Potenzial für das Verständnis der kardialen Morphogenese und des Umbaus birgt.
Wir danken der Gruppe von Dr. Eric Olson am UT Southwestern Medical Center für die großzügige Bereitstellung der Tiermodelle. Wir schätzen alle konstruktiven Kommentare von D-Inkubator-Mitgliedern an der UT Dallas. Diese Arbeit wurde von NIH R00HL148493 (Y.D.), R01HL162635 (Y.D.) und dem UT Dallas STARS-Programm (Y.D.) unterstützt.
| Agarose mit niedrigem Schmelzpunkt | Thermo Fisher | 16520050 | |
| deionisiertes Wasser | - | - | |
| 5-Amino-1,3,3-trimethylcyclohexanmethylamin, Gemisch aus cis und trans | Sigma-Aldrich | 118184 | |
| D.E.R.™ 332 | Sigma-Aldrich | 31185 | |
| D.E.R.™ 736 | Sigma-Aldrich | 31191 | |
| Dibenzylether (DBE) | Sigma-Aldrich | 33630 | |
| Dichlormethan (DCM) | Sigma-Aldrich | 270997 | |
| Fluoreszierende Kügelchen | Spherotech | FP-0556-2 | |
| Wasserstoffperoxid (H2O2) | Sigma-Aldrich | 216736 | |
| Methanol | Sigma-Aldrich | 439193 | |
| Paraformaldehyd (PFA) | Thermo Fisher | 47392 | |
| Phosphatgepufferte Kochsalzlösung (PBS) | Sigma-Aldrich | 79383 | |
| Kaliumchlorid (KCl) | Sigma-Aldrich | P3911 | |
| Software und Algorithmen | |||
| Amira | Thermo Fisher Scientific | 2021.2 | |
| BigStitcher | Hö rl et al.22 | ||
| Fiji-ImageJ | Schindelin et al.20 | 1.54f | |
| HCImage Live | Hamamatsu Photonics | 4.6.1.2 | |
| LabVIEW | National Instruments Corporation | 2017 SP1 | |
| Schlüsselkomponenten des kundenspezifischen Light-Sheet-Systems | |||
| 0,63 - 6,3x Zoom Gehäuse | Olympus | MVX-ZB10 | |
| Objektiv mit 10-facher Beleuchtung | Nikon | MRH00105 | |
| 1-fach-Detektionsobjektiv | Olympus | MV PLAPO 1X/0.25 | |
| 473nm DPSS Laser | Laserglow Technologies | LRS-0473-PFM-00100-05 | |
| 532nm DPSS Laser | Laserglow Technologies | LRS-0532-PFM-00100-05 | |
| 589 nm DPSS Laser | Laserglow Technologies | LRS-0589-GFF-00100-05 | |
| BNC Stecker | National Instrument | BNC-2110 | |
| Zylinderlinse | Thorlabs | ACY254-050-A | |
| DC-Motor Controller, 4 | Achsen Physik Instrumente | C-884.4DC | |
| ETL | Optotune | EL-16-40-TC-VIS-5D-1-C | |
| ETL Kabel | Optotune | CAB-6-300 | |
| ETL Objektivtreiber | Optotune | EL-E-4i | |
| Filter | Chroma | ET525/30 | |
| Filter | Chroma | ET585-40 | |
| Filter | Chroma | ET645-75 | |
| Filter Rad | Shutter Instrument | LAMBDA 10-B | |
| Motorisierter Verschiebetisch | Physik Instrumente | L-406.20DG10 | |
| Motorisierter Verschiebetisch | Physik Instrumente | L-406.40DG10 | |
| Motorisierter Verschiebetisch | Physik Instrumente | M-403.4PD | |
| NI Multifunktions-I/O | National Instrument | PCIe-6363 | |
| sCMOS-Kamera | Hamamatsu | C13440-20CU | |
| Schrittmotor | Pololu | 1474 | |
| Tubusobjektiv | Olympus | MVX-TLU |