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Veränderungen des TMV in erregbaren Zellen in vitro , die durch elektrische Pulse ausgelöst werden, können mit diesem Protokoll optisch überwacht werden, und die Fluoreszenzsignale können analysiert werden, um ihre relevanten Parameter zu extrahieren.
Der Versuchsaufbau ist in Abbildung 1A dargestellt. Ein typisches Signal von 100 μs elektrischem Impuls, das in Experimenten verwendet wird, ist in Abbildung 1B dargestellt. Zellen in den Kammern, die unter das Mikroskop gelegt werden, sehen typischerweise aus wie die Zellen in Abbildung 1C (Hellfeldbild) und Abbildung 1D (Fluoreszenzbild). Wir führen ein Experiment durch, bei dem alle 2 Minuten ein elektrischer Impuls mit steigender Spannung an dieselben Zellen angelegt wird. Beachten Sie, dass die Interpulszeit von 2 Minuten möglicherweise nicht lang genug ist, um eine vollständige Wiederversiegelung und Wiederherstellung der Zellmembranen zu ermöglichen, insbesondere bei der Verwendung von Impulsen mit der höchsten Amplitude, die mit einer ausgeprägten Elektroporation verbunden sind. Somit sind einige kumulative Effekte der Impulse zu erwarten. Um diese kumulativen Effekte zu vermeiden, kann die Interpulsverzögerung verlängert werden, jedoch auf Kosten der Reduzierung der Anzahl der getesteten Pulsamplituden und um zu vermeiden, dass die Zellen zu lange am Mikroskop bleiben.
Nachdem Sie Fluoreszenzbilder in Experimenten aufgenommen haben, analysieren Sie sie mit der benutzerdefinierten MATLAB-Anwendung. Bestimmen Sie zunächst die Pixelschwellenwerte (Abbildung 2A). Durch Einstellen des unteren Schwellenwerts erhalten wir ein klares Bild der Membranen um die Zellen herum (in violett), und durch Einstellen des oberen Schwellenwerts entfernen wir das Signal von Ablagerungen (grün). Die Anwendung bestimmt dann die durchschnittliche Fluoreszenzintensität aller Schwellenpixel für jeden abgegebenen aufeinanderfolgenden Impuls, um ein zeitabhängiges Signal für die relative Änderung der Fluoreszenz F/F0 zu erhalten. Dieses Signal wird für das Farbstoff-Photobleaching korrigiert, indem die Steigung der linearen Abnahme von F subtrahiert wird, die aus der Kontroll-Zeitrafferaufzeichnung bestimmt wurde, bei der kein Impuls angelegt wurde (Abbildung 2B). Nach der Korrektur des Signals werden die Parameter der Reaktionen in Form einer In-App-Tabelle und eines Diagramms des korrigierten Fluoreszenzsignals extrahiert (Abbildung 2C). In seltenen Fällen erkennt der Algorithmus einen offensichtlichen Peak nicht oder erkennt störende Rauschsignale als falsch positive Ergebnisse. In diesen Fällen hat der Benutzer die Möglichkeit, den entsprechenden Punkt im Fluoreszenzsignal manuell als Peak auszuwählen oder den detektierten falschen Peak zu entfernen (Abbildung 2D-Entfernung eines kleinen Peaks, der anomal detektiert wurde, bevor der elektrische Impuls angelegt wurde).
Mit der MATLAB-Anwendung können wir Bilder von TMV-Reaktionen auf elektrische Pulse sowohl in erregbaren S-HEK- (Abbildung 3A) als auch in nicht-erregbaren NS-HEK-Zellen (Abbildung 3B) erhalten. Die folgenden Ansprechparameter werden extrahiert (Tabelle 1): Anzahl der Peaks (NoPeaks), durchschnittliche Peak-to-Peak-Zeit (wenn mehr als ein Peak erkannt wird, MPPT), maximales Ansprechen (MR), Zeit bis zum ersten Peak (TtFP) und Zeit vom Peak bis zu 25 %, 50 %, 75 % bzw. 90 % Wiederfindung (T25, T50, T75, T90). Diese Parameter ermöglichen die Bewertung der Reaktionen auf verschiedene elektrische Impulse (z.B. Bestimmung der Anzahl der Peaks, die durch elektrische Impulse unterschiedlicher E ausgelöst werden, Abbildung 3C) und des Zusammenspiels zwischen Anregung und Elektroporation.

Abbildung 1: Der Aufbau, die Wellenform und die S-HEK-Zellen. (A) Das Bild der Kammer auf dem Mikroskoptisch. (B) Beispiel für die Wellenform eines Impulses, die in der Studie verwendet wurde (Spannung (U) über die Zeit). (C, D) Das Bild der S-HEK-Zellen ((C): Hellfeld, (D): Fluoreszenz), Maßstabsbalken: 100 μm. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 2: Anwendung der Datenanalyse. (A) Das Bild der Anwendungsschnittstelle - Schwellenwerte. (B) Das Diagramm des rohen und korrigierten Signals der Fluoreszenzänderung. (C) Das Bild der Anwendungsschnittstelle - extrahierte Daten. (D) Manuelle Korrektur der Peak-Detektion (Entfernung eines kleinen Peaks, der vor dem Anlegen des elektrischen Impulses anomal detektiert wurde, markiert mit einem roten Pfeil). Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 3: Repräsentative Ergebnisse. (A, B) Auslösen von Änderungen des TMV in (A) erregbarem S-HEK und (B) nicht erregbarem NS-HEK mit 100 μs elektrischen Pulsen unterschiedlicher Amplitude, Ergebnisse repräsentativer Experimente. Aus Gründen der Übersichtlichkeit werden nur die Reaktionen auf ausgewählte Impulse in der angewendeten Impulssequenz angezeigt. (C) Die Parameter der TMV-Antworten, die durch die 100-μs-Impulse unterschiedlicher Amplituden ausgelöst werden: Das Beispiel zeigt die Anzahl der Peaks. Die Ergebnisse werden als Durchschnitt ± SE ausgedrückt, Anzahl der Versuche: N = 13. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
| Index | E-Stärke (V/cm) | Keine Spitzen (-) | MPPT (ms) | HERR (-) | TtFP (ms) | T25 (ms) | T50 (ms) | Nr. T75 (ms) | T90 (ms) |
| 1 | 0 | | | | | | | | |
| 2 | 126 | 9 | 224 | 0.104 | 360 | 72 | 108 | 144 | 180 |
| 3 | 150 | 6 | 354 | 0.097 | 108 | 72 | 108 | 144 | 180 |
| 4 | 176 | 2 | 144 | 0.089 | 36 | 72 | 108 | 144 | 180 |
| 5 | 200 | 1 | | 0.075 | 0 | 108 | 144 | 180 | 252 |
| 6 | 250 | 2 | 396 | 0.064 | 0 | 108 | 216 | 432 | 2052 |
| 7 | 300 | 1 | | 0.059 | 0 | 180 | 1188 | 2448 | |
| 8 | 350 | 1 | | 0.053 | 0 | 1008 | 2340 | | |
| 9 | 400 | 1 | | 0.047 | 0 | 1512 | | | |
Tabelle 1: Parameter der TMV-Antworten, die durch die 100-μs-Impulse unterschiedlicher Amplituden ausgelöst werden.