Erzeugung von rd29A: DREB1A-Expressionsvektor (Abbildung 1)
Der offene DREB1A-Leserahmen in voller Länge (ORF, 651 bp) wurde aus Arabidopsis thaliana L. cDNA unter Verwendung genspezifischer Primer amplifiziert, die BamHI- und EcoRI-Restriktionsstellen enthalten: forward 5/-GGCGGATCCATGAACTCATTTTCTGCT-3/ und reverse 5/-GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3/. In ähnlicher Weise wurde der rd29A-Promotor (499 bp) aus genomischer DNA von Arabidopsis unter Verwendung von Primern amplifiziert, die Kpn I-und BamHI-Stellen enthielten: forward 5/-GCGGGTACCCCTATTAGAACGATTAAGGAG-3/ und reverse 5/-GGCGGATCCGGTGGTTCCTCTGTTTGATCC-3/. PCR-Reaktionen wurden in einem Volumen von 25 μl durchgeführt, das 2,5 μl 10x PCR-Puffer, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM jedes dNTP, 0,4 μM jedes Primers, 1 U Taq-DNA-Polymerase und 1 μl DNA-Template (ca. 100 ng für genomische DNA oder 50 ng für cDNA) enthielt, wobei dem endgültigen Volumen nukleasefreies Wasser zugesetzt wurde. Die Amplifikationsbedingungen für DREB1A - und rd29A-Promotorfragmente waren wie folgt: anfängliche Denaturierung bei 95 °C für 3 Minuten; 35 Denaturierungszyklen bei 95 °C für 30 s, Glühen bei 58 °C für 30 s und Ausdehnung bei 72 °C für 1 min; gefolgt von einer abschließenden Verlängerung bei 72 °C für 7 min. Amplifizierte Produkte wurden auf einem 0,7%igen Agarosegel aufgelöst und mit einem Gel-Extraktionskit gemäß dem Protokoll des Herstellers gelgereinigt.
Die amplifizierten DREB1A- und rd29A-Promotor-PCR-Produkte wurden mittels TA-Klonierung in den Klonierungsvektor pTZ57R/T kloniert und zur Bestätigung einer Sanger-Sequenzierung unterzogen. Die DREB1A-Sequenz (Beitritts-Nr. AM992886) wurde bei GenBank eingereicht (der rd29A-Promotor wurde in die KpnI- und BamHI-Stellen eingefügt, und die DREB1A-kodierende Sequenz wurde stromabwärts in die BamHI- und EcoR I-Stelleneingefügt, wodurch der ursprüngliche 2x35S-Promotor ersetzt und DREB1A unter der Kontrolle von rd29A positioniert wurde. Die letzte Kassette (rd29A::DREB1A::CamV) wurde mit KpnIund EcoRV exzidiert und in die T-DNA-Region des binären Vektors pGA482 kloniert, um das Konstrukt zu erzeugen, das für die Pflanzentransformation verwendet wird (Abbildung 1). Nach der ersten Sanger-Sequenzierung zur Validierung der klonierten Produkte wurde keine weitere Sequenzierungsüberprüfung durchgeführt.
Analyse von Gensequenzen
Mit Hilfe des referenzierten Bioinformatik-Tools wurde eine phylogenetische Analyse der Proteinsequenzen von AtDREB1A und DREB1 von 13 verschiedenen Dikotyledonen- und Monokotyledonenspezies durchgeführt und mit Hilfe der Neighbor-Joining-Methode verglichen. Die Aminosäuresequenzen wurden von Phytozome (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) und GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) entnommen. Die Analyse des multiplen Sequenzalignments wurde mit dem Online-Programm Clustal Omega durchgeführt. Sobald die essentiellen Sequenzen von Phytozome und GenBank erworben wurden, ist kein Sequenzabruf mehr erforderlich.
Vorbereitung von Explantaten und Kallus-Induktionspistole20,34
Die Zuckerrohrsorte wurde auf dem Versuchsfeld der NIBGE in Faisalabad angebaut. Nach 6 Monaten wurde der obere Teil des gesunden Rohrs herausgeschnitten, um die apikale Region zu gewinnen, die bis zur Endknospe beschnitten wurde. Unter sterilen Bedingungen wurden die Blattrollen in ~5 mm zylindrische Segmente geschält und mit 70% Ethanol oberflächensterilisiert. Aus dem Bereich unmittelbar über dem apikalen Meristem wurden etwa 10-15 apikale Scheiben (~3 mm groß) pro Stock präpariert. Die Scheiben wurden auf dem Kallus-Induktionsmedium (CIM) kultiviert, wie zuvor beschrieben 1,20,34. Nach 4-6 Wochen wurden die resultierenden embryogenen Calli zur weiteren Vermehrung auf frischem CIM subkultiviert. HINWEIS: Die Verwendung von 70 % Ethanol zur Oberflächendesinfektion wurde als ausreichend befunden, und es waren keine zusätzlichen Sterilisationsschritte erforderlich.
Genetische Transformation von rd29A: DREB1A in Zuckerrohr durch Gene Gun20,34
Der proliferierte embryogene Kallus war in der Mitte der CIM-haltigen Petriplatte angeordnet. Nach 3 Tagen wurden die Calli mit einem goldbeschichteten pflanzenexprimierbaren binären Vektor, pGA482, der rd29A: DREB1A enthielt, unter Verwendung einer PDS-1000/He Biolistic-Kanone bombardiert, wie in Detailbeschrieben 34. Nach dem Bombardement wurden kleine Teile der Calli 3 Tage lang auf CIM kultiviert und bei 26 ± 2 °C im Dunkeln gelagert. Dann wurden die Calli auf einem Kallusauswahlmedium (CSM) mit 60 mg/l Geneticin kultiviert, alle 10 Tage auf CSM subkultiviert und bei 26 ± 2 °C im Dunkeln gelagert.
Nach 30 Tagen wurden gesunde Calli auf einem Regenerationsauswahlmedium (RSM) mit 60 mg/l Antibiotikum kultiviert, um Triebe zu erhalten. Die Platten wurden 4 Wochen lang bei einer kontrollierten Temperatur (26 ± 2 °C), 16 h/8 h Hell-/Dunkel-Photoperiode, 500 μmol m-2 s-1 Lichtintensität und kontrollierter Luftfeuchtigkeit35 μmol in einem Wachstumsraum gelagert. Die regenerierten Gesundheitstriebe wurden auf Bewurzelungsselektionsmedium (RtSM) mit 60 mg/L Antibiotikum in Gläsern kultiviert und unter den oben genannten Bedingungen in den Wachstumsraum gebracht. Nach 4-6 Wochen wurden die mutmaßlichen Transformanten in kleine Plastiktöpfe mit sterilisierter Sanderde umgefüllt und unter den oben genannten Bedingungen in den Wachstumsraum gestellt. Nach 10 Tagen ist keine Subkultivierung auf Kallusauswahlmedium (CSM) mehr erforderlich.
Molekulare Bestätigung transgener Zuckerrohrpflanzen
Wie bereits beschrieben, wurde genomische DNA aus den jungen Blättern mutmaßlicher transgener Zuckerrohrpflänzchen mit der CTAB-Extraktionsmethodeisoliert 36. Die DNA-Qualität und -Konzentration wurden mit einem NanoDrop-Spektralphotometer und einer Agarose-Gelelektrophorese bewertet. Die PCR-Amplifikation des selektierbaren Markergens nptII (750 bp) und des Transgens DREB1A (651 bp) erfolgte unter Verwendung der in Tabelle 1 aufgeführten genspezifischen Primer. Jede 25-μl-PCR-Reaktion enthielt 1x PCR-Puffer, 2,5 mM MgCl₂, jeweils 0,2 mM dNTPs, 0,4 μM jedes Primers, 1 U Taq-DNA-Polymerase, ~100 ng genomische DNA und deionisiertes Wasser pro Volumen. Die Reaktionen wurden in einem Thermocycler unter folgenden Bedingungen durchgeführt: anfängliche Denaturierung bei 95 °C für 3 min; 35 Zyklen von 94 °C für 30 s, 58 °C für 30 s, 72 °C für 45 s; gefolgt von einer abschließenden Verlängerung bei 72 °C für 5 Minuten. PCR-Produkte wurden auf einem 1%igen Agarosegel aufgelöst und unter UV-Licht visualisiert, um die Amplifikation zu bestätigen. PCR-positive (T0) transgene Pflänzchen wurden dann in große irdene Töpfe umgefüllt und in einer kontrollierten Gewächshausumgebung bis zur Reife ausgehärtet. Nach der Reifung wurden Zuckerrohrsegmente von fünf zufällig ausgewählten PCR-bestätigten T₁-Ereignissen gepflanzt und 12 Monate lang in Mikroparzellen vermehrt, um ausreichend klonale Sets für das Trockenstressexperiment zu generieren. HINWEIS: Nachdem die Gene nptII und DREB1A bestätigt wurden, wurden keine weiteren PCR-Amplifikationen durchgeführt.
DREB1A-Expressionsstudie
Die relative Expression von DREB1A in gestressten Blättern transgener und nicht-transgener Zuckerrohrpflanzen wurde mittels real-time PCR (qPCR) quantifiziert. Die Gesamt-RNA wurde aus ~100 mg Blattgewebe unter Verwendung des Extraktionsreagenzes gemäß dem Protokoll des Herstellers isoliert. Die RNA-Qualität wurde mittels Agarose-Gelelektrophorese verifiziert und mit einem Spektralphotometer quantifiziert. Für jede Probe wurden 2 μg RNA mit dem cDNA-Synthesekit gemäß den Anweisungen des Lieferanten mit Oligo(dT)-Primern reverse-transkribiert.
Die resultierende cDNA wurde als Template verwendet, um einen 188 bp DREB1A unter Verwendung genspezifischer Primer zu amplifizieren: forward 5'-ACAGAGGAGTTCGTCGGAGA-3' und reverse 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGTCAG-3'. Jede 25-μl-qPCR-Reaktion enthielt 12,5 μl 2x SYBR Green qPCR Master Mix, 0,4 μM jedes Primers, 2 μl verdünnte cDNA (~100 ng Template) und nukleasefreies Wasser, um das Volumen auf 25 μl zu bringen. Die Reaktionen wurden in dreifacher Ausfertigung auf einem Thermocycler unter Verwendung des folgenden Programms durchgeführt: anfängliche Denaturierung bei 95 °C für 5 Minuten, gefolgt von 40 Zyklen von 95 °C für 30 s, 56 °C für 30 s und 72 °C für 30 s, mit einer abschließenden Verlängerung bei 72 °C für 10 min.
Um die Effizienz und Linearität der qPCR-Reaktionen zu bestätigen, wurde zunächst eine Standardkurve unter Verwendung von 10-fachen seriellen Verdünnungen von Plasmid-DNA erstellt, die das klonierte DREB1A-Fragment enthielt. Für die Expressionsanalyse wurde jedoch eine relative Quantifizierung mit der 2-ΔΔCt-Methode 37 durchgeführt. Das Aktin-Gen diente als endogene Referenz, und das Expressionsniveau von DREB1A in jeder transgenen Linie wurde auf das der Wildtyp-Kontrolle normiert. AlleCt-Werte wurden unter Verwendung der von der Gerätesoftware empfohlenen automatischen Basis- und Schwellenwerteinstellungen erfasst. Es wurden nur Schmelzkurven mit einzelnen, scharfen Peaks akzeptiert, was die Spezifität bestätigt. Hochwertige, nicht abgebaute RNA war für eine genaue Quantifizierung unerlässlich. Unreine oder degradierte RNA-Proben wurden ausgeschlossen, um die Zuverlässigkeit der cDNA-Synthese und der nachgeschalteten Genexpressionsanalyse nicht zu beeinträchtigen.
Studie zu DREB1A-vermittelten Veränderungen im Zuckerrohr: Wasserstress-Experiment20,34
Nach 1 Jahr wurden drei Wiederholungen von fünf Rohrsegmenten (zwei Knoten/Segment) von transgenen und nicht-transgenen (Wildtyp) Pflanzen in 5 cm Tiefe in irdenen Töpfen mit 18 kg Erde ausgesät (ECe 1,34; SAR 2,72; pH 7,8). Es wurden drei Wasserstressregime angewendet: 100, 80 und 60 % FC (Tabelle 2). Die photosynthetische Aktivität des Zuckerrohrs (PN, E und gs) und die Wasserverhältnisse der Pflanzen (Ψw, Ψs und RWC) wurden nach 12 Monaten untersucht. Ändern Sie nicht die festgelegten Wasserregime, da dies die Konsistenz der Behandlungen beeinträchtigt.
Bestimmung der photosynthetischen Aktivität
Nach 180 Tagen Wasserstress wurden die Gasaustauschparameter - Photosyntheserate (P N), Transpirationsrate (E) und stomatale Leitfähigkeit (gs) - sowohl in transgenen als auch in Wildtyp-Zuckerrohrpflanzen mit einem tragbaren tragbaren Photosynthesesystem gemessen. Die Messungen wurden zwischen 09:00 und 11:00 Uhr mit dem dritten vollständig ausgestreckten Blatt von der Spitze jeder Pflanze durchgeführt. Der ausgewählte Flügel wurde vorsichtig in die eingebaute transparente Flügelkammer (3 cm2 Klemmbereich) eingeführt, um einen vollständigen Kontakt ohne Falten oder Verstopfung zu gewährleisten. Die Umgebungsbedingungen wurden vom System in Echtzeit aufgezeichnet, während die Lichtintensität unter natürlichem Sonnenlicht bei etwa 1.000 μmol m-2 s-1 gehalten wurde. Das Gerät wurde 30-60 s lang äquilibriert, bis stationäre Messwerte für die CO2 -Assimilation und den Wasserdampfaustausch erhalten wurden. Die internen Sensoren des Instruments protokollierten automatisch die Blatttemperatur, die relative Luftfeuchtigkeit und die CO2 -Konzentration in der Umgebung. Für jeden Genotyp und jede Behandlung wurden Messungen an mindestens drei biologisch unabhängigen Pflanzen repliziert, und die Daten wurden intern gespeichert und später zur Analyse exportiert. Es wurde darauf geachtet, konsistente Umgebungsbedingungen über alle Replikate hinweg aufrechtzuerhalten, um die Zuverlässigkeit der Daten zu gewährleisten.
Bestimmung des Blattwasserpotentials und des osmotischen Potentials
Das Wasserpotential (Ψw) des dritten vollständig expandierten Blattes von der Spitze der Pflanzen wurde mit Hilfe der Druckkammer vom Typ Scholander bestimmt. Die Blätter wurden dann bei -20 °C in 1,5-ml-Röhrchen eingefroren, und der aus den gefrorenen Blättern gewonnene Zellsaft wurde zur Analyse des osmotischen Potentials (Ψ s) mit dem Osmometer verwendet.
Bestimmung des relativen Wassergehalts der Blätter
Der Wassergehalt der transgenen und Wildtyp-Pflanzenblätter wurde detailliert untersucht. Das Frischgewicht der Blätter wurde gemessen und die Blätter über Nacht in destilliertes Wasser getaucht. Anschließend wurde das pralle Gewicht der Blätter erfasst, während das Trockengewicht durch Inkubation der Blätter bei 70 °C für 72 h bestimmt wurde. Die Blatt-RWC wurde nach der folgenden Formel berechnet:

HINWEIS: Um das osmotische Potential mit einem Osmometer genau analysieren zu können, müssen die Blätter nach der Bestimmung des Wasserpotentials bei -20 °C eingefroren werden.
Attribute der Rendite
In der Erntephase wurden die Ertragsmerkmale des Zuckerrohrs gemessen, wie z. B. Zuckerrohrhöhe (cm), Durchmesser, Anzahl der mahlbaren Zuckerrohre, Brix (%) sowie Spross- und Wurzelbiomasse.
Statistische Auswertungen
Feldexperimente (gesteuert mit einem Zaun) wurden unter Verwendung eines randomisierten Complete-Block-Design-Layouts mit drei Replikaten pro Behandlung (fünf Pflanzen pro Replikat; n = 15) durchgeführt. Eine bidirektionale Varianzanalyse wurde durchgeführt, um die Veränderungen verschiedener agronomischer und physiologischer Merkmale bei einem Signifikanzniveau von P ≤ 0,05 zu analysieren.