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Begründung für das Design mikrofluidischer Geräte
Das Design des mikrofluidischen Geräts in dieser Studie wurde von mehreren Schlüsselmerkmalen geleitet (Abbildung 2), die auf dem traditionellen einfachen Durchflusszellendesign aufbauen und es verbessern. Bemerkenswert ist, dass die mikrofluidische Vorrichtung ein internes Volumen von ~160 nL aufweist, das deutlich kleiner ist als das ~10 μl Volumen herkömmlicher Durchflusszellen47, was eine kontrolliertere Verwendung von potenziell wertvollen Reagenzien, wie z. B. gereinigten Proteinkomponenten, ermöglicht. Da der mikrofluidische Durchflussregler zwei Regelkanäle enthält, wurde das Gerät unter der Annahme entwickelt, dass zu einem bestimmten Zeitpunkt nur zwei Einlass-/Auslassöffnungen über eine Druckregelung verfügen. Auf Wunsch können weitere druckgesteuerte Kanäle implementiert werden.

Abbildung 2: Schematische Darstellung des mikrofluidischen Gerätedesigns. Rechteckige Markierungen an der Peripherie dienen der visuellen Hilfe, um die Peripherie der Kanäle zu erkennen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Die zentrale, rechteckige Gerätekammer dient als Hauptbildgebungsbereich, an dem Mikrotubuli-Seeds befestigt werden und Mikrotubuli-Fortsätze von diesen Seeds polymerisiert werden. Die Kammer wird auf jeder Seite von einem Strömungskanal durchschnitten, wobei gerade Kanäle entlang der x-Achse als Ein- und Auslass dienen, um einen schnellen Austausch der Reaktionslösung zu ermöglichen. Der Mikrotubuli-Einlasskanal wird auch verwendet, um Mikrotubuli-Seeds in die Kammer einzuführen, wobei die laminare Strömung dazu führt, dass sich der Seed entlang der Strömungsrichtung an die Glasoberfläche bindet. In senkrechter Richtung (y-Achse) verzweigen sich die Strömungskanäle in kleinere Kanäle zur Kammer hin, ähnlich wie bei einigen der bisherigen Bauformen 25,28,36,39. Die Verzweigungsgeometrie eignet sich besonders gut, um die mechanischen Eigenschaften von Mikrotubuli zu untersuchen. Das Einströmen einer Lösung in die zentrale Kammer aus einer Richtung, die senkrecht zur Ausrichtung der Mikrotubuli-Seeds verläuft, ermöglicht strömungsinduzierte Biegekräfte in nahezu normalen Winkeln. Des Weiteren ermöglicht die Einbeziehung einer Verzweigungsgeometrie mit vielen kleineren Strömungskanälen eine homogenere Krafteinleitung über einen weiten Bereich der zentralen Kammer, die durch eine einfache einkanalige Strömungsgeometrie nicht erreicht wird. Auf diese Weise kann das Verzweigungsmotiv, obwohl es scheinbar komplizierter ist, die Gesamtkomplexität bei der Bestimmung der Kraft reduzieren, die auf Mikrotubuli ausgeübt wird (Abbildung 3). Dieses Design zeichnet sich auch durch mehrere Symmetrielinien aus, was eine einfache Handhabung und die Möglichkeit bietet, die Biegung aus mehreren Richtungen (z. B. oben vs. unten) zu bewerten.

Abbildung 3: Durch die Einbeziehung eines Verzweigungsmotivs ergibt sich eine große Fläche mit ähnlicher Strömung. Simulationen von zwei Bauelementdesigns unter stationärer Strömung: eines ohne verzweigte Kanäle (A) und eines mit verzweigten Kanälen (B). Pfeile geben die lokale Strömungsrichtung an und sind proportional zur Durchflussgröße. Die Oberflächenfärbung bezeichnet die Geschwindigkeit der Mittellinie. Die Bilder auf der rechten Seite zeigen einen vergrößerten Abschnitt des Geräts, in dem Mikrotubuli (nicht gezeigt), die entlang der x-Achse ausgerichtet sind, Biegekräften von einer Flüssigkeit ausgesetzt sind, die in die obere Öffnung hinein und aus der unteren Öffnung fließt. Durch den Einbau von Verzweigungskanälen wird die relative Fläche vergrößert, die ähnlichen Geschwindigkeitsfeldern ausgesetzt ist, ohne das erforderliche Reagenzvolumen zu erhöhen. Diese Abbildung wurde mit Genehmigung von Rogers (2022)14 geändert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Insbesondere implementiert das Gerät auch eine Reihe von Blasenfallen in den Einlass- und Auslassströmungskanälen, um zu verhindern, dass Luftblasen in die zentrale Bildgebungskammer gelangen. Insbesondere haben wir uns dafür entschieden, Arrays von Mikrosäulen in den Strömungsweg einzubauen, um zu verhindern, dass Luftblasen aufgrund der Oberflächenspannung vorbeiwandern (Abbildung 2)46. Um Lufteinschlüsse zu verhindern, haben wir die Kanten im Inneren des Geräts als glatte Kurven gestaltet, im Gegensatz zu schrägen Winkeln. Zusammengenommen verringern diese Konstruktionsmerkmale die Möglichkeit von Luftblasen und erhöhen die Robustheit des Geräts.
Herstellung von mikrofluidischen Geräten
Die Bestimmung der richtigen Parameter für die Erstellung des Gerätemasters erforderte einige Optimierungen. Wie bereits beobachtet, reagiert dieser Fotolack sehr empfindlich auf wichtige Betriebsparameter wie die Umgebungsbeleuchtung und die Heiz- und Abkühlungsraten während der Photolithographieschritte50. Wurde der Master zum Beispiel nach dem Erhitzen zu schnell abgekühlt, könnten thermische Risse im Fotolack entstehen. Dies ist unerwünscht, da die Risse die Integrität des Kanals beeinträchtigen können. Während Risse durch erneutes Erhitzen des Lacks auf eine Temperatur in der Nähe seiner Sprungtemperatur (~115 °C) behoben werden konnten, stellten wir fest, dass das Abkühlen des Masters auf der Heizplatte die robusteste Methode war, um Risse zu verhindern. Darüber hinaus kann übermäßiges Umgebungslicht zu einer unbeabsichtigten Belichtung des Fotolacks führen, wodurch der Lack geschwächt wird und die Bauteilmerkmale selbst (die nach der Entwicklung auf dem Wafer verbleiben sollten) während des Entwicklungsschritts teilweise entfernt werden. Aus diesem Grund empfehlen wir, den Entwicklungsschritt am Tag nach dem Backen nach der Exposition durchzuführen und über Nacht bei Umgebungstemperatur zu kühlen. Wenn der Gerätemaster nicht verwendet wird, empfehlen wir außerdem, ihn an einem dunklen Ort aufzubewahren oder in Aluminiumfolie einzuwickeln, um eine Verschlechterung im Laufe der Zeit zu vermeiden. Sobald diese Parameter bestimmt waren, war der Photolithographie-Prozess sehr wiederholbar (Abbildung 4).
Nachdem der Master erstellt wurde, wurde flüssiges PDMS auf den Master gegossen, sodass das PDMS aushärten und einen negativen Abdruck der Merkmale des Masters erzeugen konnte. Wir stellten fest, dass das Gießen des PDMS in einer Dicke von 2-3 mm eine einfache Manipulation der Geräte ermöglichte. Im Gegensatz dazu neigte das PDMS bei einer Spin-Beschichtung, um eine Dicke im μm-Bereich zu erreichen, zum Reißen oder Selbstkleben, was die Manipulation erschwerte. Darüber hinaus ermöglicht eine dickere PDMS-Schicht ein einfacheres Einstecken der Schläuche, da die Schläuche in den Einlass-/Auslassöffnungen verbleiben, ohne dass ein Dichtmittel oder eine Klemme erforderlich ist.
Während bei herkömmlichen Durchflusszellen-Assays für diese biologischen Anwendungen häufig Glasdeckgläser verwendet werden, die mit einer Piranha-Lösung (Wasserstoffperoxid und Schwefelsäure) vorgereinigt und dann silanisiert wurden, stellten wir fest, dass Deckgläser, die mit einer erweiterten Plasmareinigung und IPA-Waschung behandelt wurden, für unsere Zwecke geeignet waren47. Andere Anwendungen, wie z. B. die Einzelmolekül-Bildgebung, erfordern möglicherweise eine umfangreichere Behandlung von Deckglas.

Abbildung 4: Photolithographie-Prozess. (A) Die Maske mit dem gewünschten Design (Maske aus Chrom auf Glas geätzt). (B) Leichte Rissbildung des Fotolacks auf dem Siliziumwafer aufgrund thermischer Belastung (Pfeile markieren einige Risse). Diese Risse erstrecken sich oft über den gesamten Wafer. (C) Der entwickelte Master. (D) Der mikrofluidische Aufbau am Mikroskop. Einzelne Komponenten sind grün gekennzeichnet. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Wachstum, Stabilisierung und Biegung von Mikrotubuli
GMPCPP-gezüchtete Mikrotubuli-Samen dienen als Keimbildungsstellen für Mikrotubuli-Fortsätze zur Polymerisation und sind selbst mehrere Stunden bei Raumtemperatur gegen Depolymerisation stabil. Die Samen wurden mit einem Anti-Rhodamin-Antikörper47 an das Glasdeckglas im mikrofluidischen Kanal gebunden. Dynamische Mikrotubuli-Fortsätze wurden dann in Gegenwart von löslichem Tubulin (fluoreszenzmarkiert, aber nicht Rhodamin-konjugiert) und GTP gezüchtet. Auf diese Weise wurden die Keimbildungsstellen an dem Glasdeckglas befestigt, die Verlängerungen jedoch nicht. Während der 15-minütigen Wachstumsphase der Extension polymerisierten und depolymerisierten die Mikrotubuli-Fortsätze stochastisch, wie aufgrund ihrer intrinsischen dynamischen Instabilität zu erwarten war49. Im Anschluss an diese Wachstumsphase wurde eine 10 μM Taxol-Auswaschung durchgeführt, um das verbleibende Tubulin aus der Lösung zu entfernen und die gebildeten Mikrotubuli-Fortsätze zu stabilisieren. Die Stabilisierung ist entscheidend, da die Mikrotubuli-Fortsätze sonst bei Tubulin-Degeneration depolymerisieren würden. Zusätzlich zur Bindung und Stabilisierung des Mikrotubuli-Polymers wurde auch gezeigt, dass Taxol die Mikrotubuli-Polymermechanik beeinflusst und eine Krümmung in den ansonsten linearen Mikrotubuli-Fortsätzen induzierenkann 51,52,53,54. Die hier gezeigten Ergebnisse spiegeln diese Beobachtungen wider; Die Krümmung der Mikrotubuli-Fortsätze ist jedoch unerwünscht, da dadurch beim Biegen ungleichmäßige Kräfte entlang des Gitters aufgebracht werden. Daher wurden nur Mikrotubuli für die Biegeanalyse verwendet, die nach der Stabilisierung relativ gerade blieben. Alternativ kann nach der anfänglichen Wachstumsperiode eine sekundäre Wachstumsperiode mit einer Lösung aus Tubulin und GMPCPP (im Gegensatz zum anfänglichen GTP) verwendet werden, um stabile "Kappen" an den wachsenden Enden des Mikrotubuli-Gitters zu erzeugen und eine Depolymerisationzu verhindern 55.
Die Mikrotubuli wurden dann durch Einströmen der Pufferlösung unter Verwendung des Druckregelsystems gebogen, um einen konstanten Vordruck aufrechtzuerhalten (Abbildung 5, Ergänzendes Video 1). Auf diese Weise konnten wir die lokale Strömung der Mikrotubuli approximieren. Durch das Einströmen der Flüssigkeit von oben und aus dem unteren Geräteanschluss sollte die Ausrichtung der Strömung senkrecht zur Ausrichtung der Aussaat erfolgen.

Abbildung 5: Der mikrofluidische Aufbau kann verwendet werden, um stabilisierte Mikrotubuli zu biegen. Mikrotubuli im Ruhezustand nach Stabilisierung mit Paclitaxel werden während der pulsierenden Strömung gebogen. Ein konstanter Anströmdruck von 30 mbar treibt die Strömung an (Pfeil zeigt die Strömungsrichtung an). Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Bestimmung des Strömungsprofils im mikrofluidischen Gerät
Die Mittelliniengeschwindigkeit in der Mikrofluidik kann mit der COMSOL-Software rechnerisch simuliert werden (Simulationssoftware, Abbildung 6A). Die Mikrotubuli sind jedoch für die TIRF-Mikroskopie innerhalb von ~100 nm über der Oberfläche an dem Glasdeckglas befestigt. Daher ist die Geschwindigkeit, die der Mikrotubuli erfährt, nicht die gleiche wie in der 2D-Simulation vorhergesagt. Um die lokale Strömung der Mikrotubuli zu approximieren, haben wir die allgemeine Navier-Stokes-Gleichung für eine inkompressible Fluidströmung in einer Dimension verwendet:

Dabei ist z die Höhe der Mikrotubuli im Gerät, h ist die Gesamthöhe des Geräts und vc ist die Mittelliniengeschwindigkeit im Gerät. Per Definition des Systems ist der Z-Ursprung das Zentrum des Geräts (Abbildung 6B). Unter Verwendung dieser Definition und einer Kanalhöhe von 13 μm wird die Höhe der Mikrotubuli als z = -6,4 μm approximiert. Die Lösung dieser Gleichung ergibt eine Schätzung der lokalen Fluidgeschwindigkeit, die die Mikrotubuli erfahren:


Abbildung 6: Definition des Systems für die Analyse der Strömung von Flüssigkeit, die an der oberen Öffnung in das Gerät eintritt und an der unteren Öffnung austritt (Anschlüsse nicht dargestellt). (A) Simulation des skalierten Geschwindigkeitsfeldes der Mittellinie wie in Abbildung 3B. Der Stern kennzeichnet den Interessenbereich für Feld B. (B) Querschnittsdarstellung des Geräts. Das voll entwickelte Strömungsprofil des Fluids befindet sich in y-Richtung mit einer Mittelliniengeschwindigkeit vc bei z = 0 und einer rutschfesten Randbedingung an den Wänden. Beachten Sie, dass die Pfeile in diesem Bereich nicht in Bezug auf das tatsächliche Geschwindigkeitsfeld skaliert werden sollen, das in Feld A angezeigt wird. Diese Abbildung wurde mit Genehmigung von Rogers (2022)14 geändert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Über Simulationen hinaus kann die Strömungsgeschwindigkeit mit einem Durchflussregler gesteuert werden, der auf einer volumetrischen Durchflussrate basiert, anstatt den Druck aufrecht zu erhalten. Darüber hinaus kann die lokale Durchflussrate in jedem Gerät direkt bestimmt werden, indem fluoreszierende Kügelchen einbezogen und deren Geschwindigkeit überwacht werden, wodurch die Variabilität von Probe zu Probe verringert wird.
Computergestützte Modellierung und Gradientendemonstrationen
Schließlich führten wir computergestützte Simulationen in Kombination mit Experimenten durch, um die Machbarkeit des Einsatzes dieses Geräts für Hochdurchsatzexperimente zu demonstrieren. Neben der Fähigkeit, Mikrotubuli dank der Symmetrie des Geräts in mehrere Richtungen zu biegen, zeigten die Simulationen, dass das Gerät präzise Gradienten beibehalten kann, was die gleichzeitige Untersuchung mehrerer experimenteller Bedingungen ermöglicht (Abbildung 7A). Vorläufige Experimente (Methoden, die in dieser Veröffentlichung nicht explizit genannt werden) mit Fluoreszenzfarbstoff in Lösung zeigten Konsistenz mit den rechnerischen Vorhersagen (Abbildung 7B). Darüber hinaus konnten wir erfolgreich die Partitionierung verschiedener Proteine in verschiedenen Bereichen des Geräts demonstrieren, indem wir gleichzeitig Mikrotubuli-Erweiterungen mit unterschiedlichen Fluoreszenzmarkierungen züchteten (Abbildung 8). Unseres Wissens ist dies die erste Anwendung der Hochdurchsatz-Mikrofluidik auf Mikrotubuli-Untersuchungen. Diese Eigenschaft dieses Geräts kann genutzt werden, um den Zeitaufwand und die Menge der benötigten Reagenzien zu reduzieren und gleichzeitig die experimentelle Robustheit zu verbessern. So können beispielsweise die Auswirkungen verschiedener Proteine oder unterschiedlicher Konzentrationen einzelner Proteine auf die Mechanik und Dynamik von Mikrotubuli gleichzeitig in einem einzigen Gerät gleichzeitig untersucht werden.

Abbildung 7: Gradientenbildung. (A) Simulation eines Gradienten von zwei Lösungen, die mit dem gleichen Eingangsdruck (50 mbar) und der gleichen Konzentration (15 μM) in das Gerät eintreten. Die Einlassanschlüsse für jede Lösung sind mit farbigen Pfeilen gekennzeichnet (eine Lösung im oberen Anschluss und eine andere Lösung im rechten Anschluss), und die beiden verbleibenden Anschlüsse dienen als Ausgänge. Die Heatmap zeigt das Konzentrationsprofil der Top-Lösung. Der stationäre Zustand wurde bei t = 5 s erreicht. (B) Experimentelle Erzeugung eines ähnlichen Gradienten unter Verwendung von Fluoreszenzfarbstoff in Lösung im oberen Port und Puffer im rechten Port. Das Bild ist eine Rasterschicht, die erstellt wird, indem jedes Sichtfeld (80 μm × 80 μm) zusammengefügt wird, um den gesamten Gerätebereich aufzulösen. Diese Abbildung wurde mit Genehmigung von Rogers (2022)14 geändert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 8: Demonstration eines Proteingradienten in der mikrofluidischen Vorrichtung. AlexaFluor647-markiertes Tubulin (magenta) wurde in Einlass 1 geflogen, und AlexaFluor488-markiertes Tubulin (grün) wurde in Einlass 2 des Geräts mit gleichen Konzentrationen und Durchflussraten geflogen. Die Strömung wurde in 90-s-Schritten ein- und ausgeschaltet, um eine Tubulinpolymerisation von stabilisierten GMPCPP-Seeds (rot) zu ermöglichen und gleichzeitig das Mischen zu hemmen. (A) Großflächige Rasterschicht, die durch Zusammenfügen von Sichtfeldern (80 x 80 μm) erstellt wird, um die gesamte Länge des Geräts aufzulösen. Buchstaben bezeichnen die relative Position einzelner Sichtfelder in den nachfolgenden Fenstern. Die Maßstabsleiste beträgt 50 μm in X- und Y-Position. (B) Sichtfeld in der Nähe des Einlasses 1 der Vorrichtung, wobei die Erweiterungen überwiegend aus A647-markiertem Tubulin bestehen. (C) Sichtfeld in der Nähe der Mitte des Geräts, wobei die Fortsätze wie vorhergesagt aus einer Mischung von markierten Tubulinen bestehen. (D) Sichtfeld in der Nähe der Unterseite des Geräts, wobei die Erweiterungen überwiegend aus A488-markiertem Tubulin bestehen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Ein Prozessablaufdiagramm (PFD) für den Mikrofluidik-Versuchsaufbau an einem Mikroskop ist in der ergänzenden Abbildung 1 dargestellt.
Ergänzende Abbildung 1: Ein Prozessflussdiagramm (PFD) für den Mikrofluidik-Versuchsaufbau an einem Mikroskop. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.
Ergänzendes Video 1. Der mikrofluidische Aufbau kann verwendet werden, um stabilisierte Mikrotubuli zu biegen. Mikrotubuli im Ruhezustand nach Stabilisierung mit Paclitaxel werden während der pulsierenden Strömung gebogen. Ein konstanter Vordruck von 30 mbar treibt den Durchfluss an. Videowiedergaberate 10 fps. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.
Ergänzende Datei 1: Eine CAD-Datei des Designs der mikrofluidischen Maske. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.