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Die STEM-Tomographie bietet die Möglichkeit, dickere Schnitte als die TEM-Tomographie mit isotroper Auflösung im Nanometerbereich abzubilden und bietet im Vergleich zur FIB-REM-Tomographie einen relativ zeiteffizienten Bildgebungs-Workflow. In der Virologie ist dies besonders nützlich, da es die Abbildung einer großen Anzahl ultrastruktureller Merkmale für die statistische Analyse in 3D oder bei der Suche nach seltenen Ereignissen ermöglicht. Hier zeigen wir zwei repräsentative Ergebnisse, die zeigen, wie die MINT-Tomographie im Hinblick auf diese beiden Aspekte eingesetzt werden kann.
Visualisierung von knospenden rekombinanten VSV-Virionen
Es gibt eine Vielzahl von Viren, die Partikel unterschiedlicher Form und Größe bilden. Um die Form von Virionen in einer Virussuspension zu analysieren, reicht oft eine einfache Methode wie die Negativfärbung TEM aus. Schwieriger ist es, die Morphologie von Virionen im zellulären Kontext zu charakterisieren. Dies gilt insbesondere für Viren, die Partikel mit anisotroper Morphologie bilden, wie z. B. Rhabdoviridae. VSV ist ein Rhabdovirus, das kugelförmige Virionen von ~180 nm Länge bildet. In Suspensionszellen sind die Virionen zufällig ausgerichtet, was es schwierig macht, die Geschossform in 2D-Bildern immer zu erkennen (Abbildung 5A-C). Um die Geschossform aller rekombinanten VSV-Virionen in einer Probe richtig zu definieren, ist eine 3D-Methode mit isotroper Auflösung erforderlich, die auch volumetrische Informationen über einen ausreichend großen Probenbereich liefern kann. Ein STEM-Tomogramm kann viele vollständige Virionen in einem einzigen Datensatz enthalten (Abbildung 5D,E). Dadurch ist es möglich, eine hohe Anzahl von Virionen für die statistische Analyse abzubilden, auch wenn nur ein Tomogramm pro Zelle aufgenommen wird. Im Vergleich dazu würde ein TEM-Tomogramm eines 200 nm mächtigen Abschnitts nur wenige vollständige rekombinante VSV-Virionen erfassen (wie in Abbildung 5E markiert).

Abbildung 5: STEM-Tomographie von rekombinanten VSV-Knospenstellen. (A-C) Details aus einem virtuellen Schnitt eines STEM-Tomogramms, das aus einem 800 nm dicken Schnitt gewonnen wurde, zeigen, dass die Geschossform aufgrund der unterschiedlichen Ausrichtung der Virionen (A,B) nicht immer sichtbar ist. (C) Nur Virionen, die parallel zur Betrachtungsebene ausgerichtet sind, stellen sich als wohldefinierte Kugeln dar. (D) Knospende Stellen von rekombinantem VSV ähneln großen Clustern von Virionen ohne bevorzugte Orientierung. (E) Die Seitenansicht des Tomogramms zeigt die Fähigkeit, mit Hilfe der STEM-Tomographie viele vollständige rekombinante VSV-Virionen in einem Schnitt zu erfassen. Der virtuelle Bildstapel hat an dieser Position eine Dicke von ca. 600 nm. Die gestrichelten Linien stellen die ungefähre Dicke eines Schnitts für die TEM-Tomographie (200 nm) dar, in dem nur wenige vollständige kugelförmige Virionen enthalten wären. Maßstabsleiste = 500 nm (D). Abkürzungen: STEM = Rastertransmissionselektronenmikroskopie; VSV = vesikuläres Stomatitis-Virus. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbau von EF-C-Peptid-Nanofibrillen
Im Rahmen der Gentherapie sind transduktionsverstärkende Peptid-Nanofibrillen zu einem interessanten Thema geworden. In einer kürzlich veröffentlichten Studie24 wurde die korrelative Bildgebung mittels Foerster Resonance Energy Transfer (FRET) und STEM Tomographie (FRET-3D-CLEM) eingesetzt, um die Aufnahme und den Abbau von EF-C Peptid-Nanofibrillen zu untersuchen. Hohe FRET-Wirkungsgrade, die den nahe beieinander liegenden FRET-Paaren entsprechen, emittieren eine rote Fluoreszenz, die den assemblierten Fibrillen entspricht. Niedrige FRET-Wirkungsgrade, die FRET-Paaren entsprechen, die weit voneinander entfernt sind, emittieren grüne Fluoreszenz, die zerlegte Fibrillen darstellt. Beide Signale treten in Zellen auf, wenn sie dabei sind, EF-C-Peptid-Nanofibrillen aufzunehmen und abzubauen. Bereiche, in denen hohe und niedrige FRET-Wirkungsgrade zu finden sind, werden gelb dargestellt (Abbildung 6A).

Abbildung 6: Bildgebung des Abbaus von EF-C-Peptid-Nanofibrillen durch korrelative FRET-Bildgebung und STEM-Tomographie (FRET-3D-CLEM). (A) Konfokale Mikroskopie einer Zelle, die mit EF-C-Nanofibrillen inkubiert wurde, die mit einem FRET-Paar markiert wurden. Grüne Signale entsprechen vermeintlich zerlegten Fibrillen. Rot entspricht vermeintlich intakten Fibrillen. Gelb entspricht Bereichen, in denen eine Mischung aus rotem und grünem Signal erkannt wird. Nu Kern. (B) STEM-Übersicht eines 800 nm dicken Schnitts aus derselben Zelle. (C) Die Position des Tomogramms wird angezeigt. Das Bild ist eine Komposition aus zwei Bildern, die in verschiedenen Schnitten aufgenommen wurden, da die Zelle teilweise durch das Balkengitter auf einem der Schnitte blockiert wurde. Der Zellkern ist in A, B und C mit Nu markiert. (C) Virtueller Schnitt aus dem Tomogramm. Rote Pfeilspitzen markieren Bereiche, die sich mit roten Fluoreszenzsignalen überlappen. Die STEM-Tomographie bestätigt das Vorhandensein von intakten Fibrillen. Die grüne Pfeilspitze zeigt auf eine Region mit zerlegten Fibrillen. (D) Segmentierung des Tomogramms. Ein endozytiertes Filopodium klemmt die Vesikelmembran ab (weißer Pfeil). Das große Volumen, das mit einem STEM-Tomogramm untersucht werden kann (hier ungefähr: 7 μm x 7 μm x 550 nm), erleichtert die Beobachtung eines solch seltenen Ereignisses. (E) Virtuelle Abschnitte 19, 24 und 29 des Tomogramms. Bei einer Pixelgröße von 6,8 nm liegen die Abschnitte jeweils 27,2 nm auseinander. Die Abbildung ist eine Reproduktion der von Rauch-Wirth et al.24 veröffentlichten Daten. Maßstabsleisten = 5 μm (A), 1 μm (C). Abkürzungen: STEM = Rastertransmissionselektronenmikroskopie; FRET = Foerster Resonanz Energieübertragung. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Die Visualisierung wurde mit diesem korrelativen Ansatz durchgeführt, um zu bestätigen, dass EF-C-Fibrillen von der Zelle aufgenommen und anschließend abgebaut werden. Die Lichtmikroskopie ermöglicht es uns, Zellen für die Elektronenmikroskopie auszuwählen, die rote und grüne Signale liefern, um das ultrastrukturelle Erscheinungsbild zu vergleichen, das mit den verschiedenen Fluoreszenzsignalen korreliert. STEM-Tomogramme aus derselben Zelle zeigen, dass das rote Signal entweder von Fibrillen stammen kann, die sich noch außerhalb der Zelle befinden, oder scheinbar frisch durch Makropinozytose internalisiert wird (Abbildung 6C). Darüber hinaus überprüfte CLEM, dass das grüne Signal tatsächlich von abgebauten Fibrillen stammte (Abbildung 6B,C, die in Lysosomen zu finden ist (Abbildung 6C, größtes Vesikel). Aufgrund des großen Volumens, das durch die STEM-Tomographie zugänglich ist, und der 3D-Visualisierung der Strukturen ist es einfacher, das Signal aus der Lichtmikroskopie mit ultrastrukturellen Merkmalen zu korrelieren und zu interpretieren. Darüber hinaus können mit diesem Ansatz seltene Ereignisse, wie z.B. das Abkneifen von Filopodien im Lysosom (Abbildung 6D,E, weißer Pfeil), nachgewiesen werden.