Diese Studie wurde gemäß den EULAR/ACR-Einstufungskriterien 2019 durchgeführt. Diese Studie wurde vom Shenzhen People's Hospital genehmigt (Zulassungsnummer der Ethikkommission LL-KY-2019514).
Mendelsche Randomisierungsanalyse (MR)
GWAS-Datenquellen
Die genetischen Assoziationsdaten für SLE und 565 Metaboliten wurden aus der OpenGWAS-Datenbank (https://gwas.mrcieu.ac.uk/) gewonnen. Die GWAS-Datensätze für Krankheiten sind in Tabelle 1 zusammengefasst, während die Quellen und Stichprobengrößen für die GWAS-Daten der Metaboliten in Tabelle 2 aufgeführt sind. Diese Datensätze bildeten die Grundlage für die MR-Analyse, um kausale Zusammenhänge zwischen Metaboliten und SLEzu untersuchen 13,14,15,16.
Auswahl instrumenteller Variablen
Genetische Varianten, die mit Blutmetaboliten und SLE assoziiert sind, wurden als instrumentelle Variablen (IVs) für die MR-Analyse ausgewählt. Die IVs wurden auf der Grundlage der drei Kernannahmen der MR ausgewählt: Relevanz, Unabhängigkeit und Ausschlussbeschränkung17. Insbesondere wurden Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) ausgewählt, die mit Metaboliten bei einer genomweiten Signifikanzschwelle von P < 5 × 10-8 assoziiert sind18. Um die Unabhängigkeit zwischen den IVs zu gewährleisten, wurde die Verklumpung des Kopplungsungleichgewichts (LD) mit einem Schwellenwert von r2 < 0,001 und einer physikalischen Distanz von 10.000 kb durchgeführt, wobei die europäische Bevölkerung als Referenzpanelverwendet wurde 19. Dieser Prozess minimierte die Redundanz und stellte sicher, dass jede Infusion einzigartige Informationen für die MRT-Analyse lieferte.
Statistische Auswertungen
Der primäre statistische Ansatz für die MR-Analyse war die inverse Varianzgewichtung (IVW), die die Effekte mehrerer IVs kombiniert, um den kausalen Effekt von Metaboliten auf SLE20 abzuschätzen. Um eine mögliche Pleiotropie zu berücksichtigen, wurden Sensitivitätsanalysen mittels MR-Egger-Regressiondurchgeführt 21. Die Stärke jeder IV wurde anhand der F-Statistik bewertet, wobei nur SNPs mit F > 10 beibehalten wurden, um eine robuste Instrumentenstärkezu gewährleisten 22. SNPs mit niedrigeren F-Statistiken wurden ausgeschlossen, um eine schwache Instrumentenverzerrung zu vermeiden. Die abschließenden MRT-Analysen wurden nur durchgeführt, wenn keine signifikante Heterogenität oder Pleiotropie festgestellt wurde, um die Zuverlässigkeit der kausalen Schätzungen zu gewährleisten23.
Sensitivitätsanalysen
Es wurden mehrere Sensitivitätsanalysen durchgeführt, um die Robustheit der MRT-Befunde zu beurteilen. Die Heterogenität zwischen den Infusionen wurde mit dem Cochran-Q-Test bewertet, während die Pleiotropie mit der MR-Egger-Regression24 bewertet wurde. Zusätzlich wurde eine Leave-One-Out-Analyse durchgeführt, um festzustellen, ob die MR-Ergebnisse überproportional von einem einzelnen SNP beeinflusst wurden25. Es wurden Waldflächen erstellt, um die individuellen und kombinierten Effekte der Infusionen zu visualisieren. Diese Analysen stellten insgesamt sicher, dass die MRT-Ergebnisse nicht durch pleiotrope Effekte oder Ausreißer-SNPs verzerrt waren.
Metabolomics-Datenquelle
Die in dieser Studie verwendeten Metabolomik-Daten stammen aus einer zuvor veröffentlichten Studie unserer Forschungsgruppe10. In dieser Studie führten wir Metabolomik-Analysen an Serumproben von 121 SLE-Patienten und 106 gesunden Personen durch. Die ungezielte Erstellung von Metabolomik-Profilen wurde mit Hilfe von Ultrahochleistungsflüssigkeitschromatographie in Verbindung mit Massenspektrometrie (UHPLC-MS) durchgeführt. Die Daten wurden unter Verwendung von Standard-Metabolomik-Arbeitsabläufen verarbeitet, einschließlich Peak-Erkennung, -Ausrichtung und -Normalisierung, um Metaboliten zu identifizieren, die signifikant mit SLE assoziiert sind. Diese Metaboliten wurden dann mit den Ergebnissen der MR-Analyse abgeglichen, um überlappende Metaboliten zu identifizieren. Nähere Informationen finden sich in der Vorgängerpublikation10. Metaboliten, die in der Metabolomik-Analyse signifikant assoziiert waren, und Metaboliten mit signifikanten kausalen Assoziationen in der MRT-Analyse wurden mit Hilfe der MetaboAnalyst-Plattform auf ihre jeweiligen HMDB-IDs abgebildet. Die gemeinsamen Metaboliten wurden dann durch Überschneiden der beiden Sätze von HMDB-IDs identifiziert.
Zytokinmessungen und Apoptose-Assay
Insgesamt wurden 3 SLE-Patienten in Übereinstimmung mit den EULAR/ACR-Klassifikationskriterien 2019 aufgenommen (Tabelle 3).
Entnahme von peripheren Blutproben und Isolierung von Lymphozyten
Periphere Blutproben (3-6 ml) wurden von Teilnehmern entnommen, die Vakuumröhrchen mit Heparinnatrium als Antikoagulans verwendeten. Mononukleäre Zellen des peripheren Blutes (PBMCs) wurden mittels Ficoll-Paque-Dichtegradientenzentrifugation (400-800 × g für 20-30 min) isoliert. Die isolierten Zellen wurden zweimal mit phosphatgepufferter Kochsalzlösung (PBS, HyClone) durch Zentrifugation mit niedriger Geschwindigkeit (250 × g für 10 min) gewaschen und in vollständigem RPMI-1640-Medium, das mit 10 % fötalem Rinderserum ergänzt wurde, resuspendiert. Die Zelldichte wurde auf 1 × 106 Zellen/ml eingestellt, was durch einen automatischen Zellzähler überprüft wurde. Die Zellsuspension wurde in Kulturplatten ausgesät und 2 Stunden lang bei 37 °C in einer 5 % CO2 -Atmosphäre vorinkubiert, um die Adhärenz zu fördern. Nach der Präinkubation wurden nicht-adhärente Zellen im Kulturüberstand sorgfältig entnommen und einer Lymphozytenisolierung unterzogen. Die gesammelte Suspension wurde schonend über Ficoll-Paque geschichtet und erneut bei 400 × g für 20 min ohne Bremse zentrifugiert. Die mononukleäre Zellschicht an der Plasma-Ficoll-Grenzfläche wurde sorgfältig aspiriert, zweimal mit phosphatgepufferter Kochsalzlösung (PBS) gewaschen und in RPMI-1640-Medium mit 10 % fötalem Rinderserum resuspendiert. Die Lebensfähigkeit und Konzentration der Zellen wurden mit dem automatischen Zellzähler bewertet, und die Lymphozyten wurden anschließend für Downstream-Anwendungen verwendet.
Zellbehandlung und -kultur
Die Zellen wurden für die Behandlung in fünf Gruppen eingeteilt: Kontrollgruppe: Behandelt mit einem gleichen Volumen DMSO. Cholesterinbehandlungsgruppe: Behandelt mit Cholesterin in einer Konzentration von 1,5 mmol/L. Die in dieser Studie verwendete Konzentration von 1,5 mmol/l an freiem Cholesterin wurde ausgewählt, um eine lipidreiche Mikroumgebung jenseits der physiologischen Werte zu simulieren. Das zirkulierende freie Cholesterin bei gesunden Personen liegt typischerweise zwischen 0,9 und 1,3 mmol/l. Die leicht erhöhte Konzentration, die in diesen Experimenten verwendet wurde, sollte die pathologische Lipidakkumulation nachahmen, die in entzündeten oder metabolisch gestörten Geweben bei SLE auftreten kann. Stearamid-Behandlungsgruppen: Behandelt mit Stearamid in Konzentrationen von 5 μmol/l und 10 μmol/l. Die Stearamid-Konzentrationen (5 und 10 μmol/L) wurden auf der Grundlage eines früheren Berichtsausgewählt 26, der darauf hindeutete, dass Stearamid-Spiegel im Bereich von 5-10 μmol/L eine erhöhte Lipidakkumulation unter pathologischen Bedingungen nachahmen können. Ziel war es, die pro-apoptotischen und immunmodulatorischen Effekte einer hochkonzentrierten Lipidexposition auf SLE-Lymphozyten zu untersuchen, die entzündliche oder metabolisch fehlregulierte Zustände simulieren. Cholesterin und Stearamid wurden zunächst in DMSO gelöst, um hochkonzentrierte Stammlösungen herzustellen, die dann in Kulturmedium verdünnt wurden, um die Zielkonzentrationen zu erreichen. Die endgültige DMSO-Konzentration in allen Gruppen betrug nicht mehr als 0,1 % (v/v). Nach der Zugabe der entsprechenden Behandlungen wurden die Platten vorsichtig geschüttelt, um eine gleichmäßige Verteilung zu gewährleisten, und 48 Stunden lang bei 37 °C in einer Umgebung von 5 % CO2 inkubiert.
Apoptose-Assay
Für die Apoptose-Experimente wurden 1 × 106 bis 3 × 106 Zellen gesammelt und zweimal mit vorgekühltem PBS gewaschen. Eine Positivkontrollgruppe wurde hergestellt, indem Zellen in 500 μl vorgekühlter Apoptose-Positivkontrolllösung resuspendiert und 30 Minuten lang auf Eis inkubiert wurden, gefolgt von einer weiteren PBS-Wäsche. Die Versuchsgruppen wurden wie in Abschnitt 1.7 beschrieben mit Kontroll-, Cholesterin- (1,5 mmol/L) und Stearamid-Behandlungen (10 μmol/L) behandelt. Nach der Behandlung wurden 1-10 × 105 Zellen (einschließlich der Zellen aus dem Kulturüberstand) entnommen und in 500 μl 1× Bindungspuffer (hergestellt durch Verdünnen von 5× Stammlösung mit doppelt destilliertem Wasser) resuspendiert. Jede Probe wurde mit der gleichen Anzahl unbehandelter lebender Zellen gemischt und das Volumen mit vorgekühltem 1×-Bindungspuffer auf 1,5 ml eingestellt. Die Suspension wurde dann in drei Röhrchen aufgeteilt: eines für die Blindkontrolle und zwei für die Einzelfleckenkompensation (Annexin V-FITC und PI). Zu jedem Versuchsröhrchen wurden 5 μl Annexin V-FITC und 10 μl PI-Färbelösung gegeben, gefolgt von einer Vortexierung und Inkubation bei Raumtemperatur im Dunkeln für 5 Minuten. Die Durchflusszytometrie wurde mit einem 488-nm-Anregungslaser durchgeführt, um Annexin V-FITC (Emission bei 530 nm) und PI (Emission bei 615 nm) zu detektieren. Das blinde Steuerrohr wurde zum Einstellen der Spannungen für die Vorwärtsstreuung (FSC), die Seitenstreuung (SSC) und den Fluoreszenzkanal verwendet, während die Einzelfleckenröhren für die Fluoreszenzkompensation verwendet wurden. Die Apoptose wurde mit Hilfe von Dual-Parameter-Streudiagrammen analysiert, um den Anteil apoptotischer Zellen zu bestimmen27,28.
Nachweis von Immunfaktoren
Nach der 48-stündigen Inkubation wurden die Zellsuspensionen zentrifugiert (250 × g für 5 min), um die Kulturüberstände zu sammeln, die bis zur Analyse bei -80 °C gelagert wurden. Die Zytokinquantifizierung wurde unter Verwendung eines kommerziellen Human Essential Immune Response Panel durchgeführt, wobei den Anweisungen des Herstellers mit Optimierungen für das Instrument gefolgt wurde. Kurz gesagt, wurden 25 μl Assay-Puffer und 25 μl Standards (im Bereich von 2,4 bis 10.000 pg/ml) oder Proben in jede Vertiefung einer Mikroplatte gegeben. Das Bead-Gemisch wurde 30 s lang vortexed und in die Vertiefungen gegeben, wodurch das Gesamtreaktionsvolumen auf 75 μl gebracht wurde. Die Platte wurde unter Schütteln (800 U/min) bei Raumtemperatur für 2 h im Dunkeln inkubiert. Nach zwei automatisierten Waschvorgängen (1× Waschpuffer, 250 × g für 5 Minuten) wurden 25 μl biotinylierter Nachweisantikörper in jede Vertiefung gegeben und 1 h lang inkubiert. Anschließend wurden 25 μl Streptavidin-Phycoerythrin (SA-PE) für 30 min zugegeben, um das Signal zu verstärken.
Die Datenerfassung erfolgte mit einem Durchflusszytometer, das mit einem 488-nm-Anregungslaser und einem 575/26-nm-Filter für die PE-Detektion ausgestattet war. Vor jedem Experiment wurden Kalibrierperlen verwendet, um die Spannungen der Photomultiplierröhren und die spektrale Kompensation zu optimieren. Die Daten wurden mit der LEGENDplex-Software v8.0 analysiert, wobei die Zytokinkonzentrationen mittels Fünf-Parameter-Logistikkurvenanpassung (5PL) bestimmt wurden. Die Nachweisgrenzen für jedes Zytokin reichten von 0,68 pg/ml bis 1,97 pg/ml, und die Experimente wurden doppelt durchgeführt, um die Präzision zu gewährleisten (Variationskoeffizient zwischen den Vertiefungen <10%). Die Ergebnisse wurden als mittlere ±± Standardabweichung ausgedrückt, und die statistischen Unterschiede zwischen den Gruppen wurden mit Hilfe einer Einweg-ANOVA bewertet, gefolgt von Tukeys Post-hoc-Test in einer geeigneten statistischen Analysesoftware. Die 48-stündige Inkubationszeit wurde auf der Grundlage der dynamischen Veränderungen der Zytokinsekretion ausgewählt, um die Immunantwort umfassend zu erfassen. Die tägliche Kalibrierung des Geräts und die Kontrolle der DMSO-Konzentration (≤0,1 %) gewährleisteten die Zuverlässigkeit und Reproduzierbarkeit der Ergebnisse 29,30,31.