Zellkultur und Transfektion
Die humanen Schilddrüsenkarzinom-Zelllinien TPC-1 und K1 wurden in Dulbeccos modifiziertem Eagle-Medium (DMEM) kultiviert, das 4,5 g/l Glukose enthielt, ergänzt mit 10 % fötalem Rinderserum und 100 μg/ml Penicillin-Streptomycin. Die Zellen wurden bei 37 °C in einem befeuchteten Inkubator mit 5 % CO2 gehalten. Für die Hypoxiebehandlung wurden 1 x 105 Zellen 24 h lang bei 37 °C in eine versiegelte hypoxische Kammer gebracht, die mit 1 % O2, 5 % CO2 und 94 % N2 äquilibriert war, sofern nicht anders angegeben. Die stabile Überexpression von lncPVT1 (lncPVT1 OE) und die entsprechende Negativkontrolle (NC) wurden in TPC-1- und K1-Zellen unter Verwendung eines lentiviralen Expressionssystems gemäß den Anweisungen des Herstellers erzeugt.
Bewertung des Glukosespiegels
Zur Beurteilung des Glukoseverbrauchs wurden Schilddrüsenkarzinomzelllinien unter normoxischen Bedingungen (21% O2) und hypoxischen Bedingungen (1% O2) für 24 h kultiviert. Die Glukosekonzentrationen im Kulturmedium wurden mit einem Glukose-Assay-Kit gemäß dem Protokoll des Herstellers gemessen. Kurz gesagt, wurden 2 μl konditioniertes Medium mit frisch zubereitetem Glukose-Arbeitsreagenz gemischt und 10 min lang bei 37 °C inkubiert. Die Extinktion wurde bei 530 nm mit einem Mikroplatten-Reader gemessen, um den Glukosespiegel zu quantifizieren.
Bewertung des Laktatspiegels
Die Schilddrüsenkarzinom-Zelllinien TPC-1 und K1 (2 x 104 Zellen/Well) wurden unter normoxischen Bedingungen (21% O2, 5% CO2, 37 °C) und hypoxischen Bedingungen (1% O2, 5% CO2, 37 °C) für 24 h kultiviert. Nach der Inkubation wurden die Kulturplatten bei 300 x g für 5 min bei Raumtemperatur zentrifugiert, um Zellen und Ablagerungen zu pelletieren. Anschließend wurden 2 μl des geklärten Überstands aus jeder Vertiefung entnommen und mit 200 μl Laktat-Assay-Reagenz in einer 96-Well-Platte gemischt. Das Reaktionsgemisch wurde 10 min lang bei 37 °C inkubiert, danach wurde eine Stopplösung zugegeben, um die Reaktion zu beenden. Die Extinktion wurde bei 530 nm mit einem Mikroplatten-Reader gemessen. Die Laktatkonzentrationen wurden durch Vergleich der Absorptionswerte mit einer Standardkurve bestimmt, die aus bekannten Laktatstandards (typischerweise von 0 bis 20 nmol) erstellt wurde. Alle Messungen wurden in dreifacher Ausfertigung durchgeführt.
Zellproliferations-Assay
Schilddrüsenkarzinomzellen wurden in 96-Well-Platten mit einer Dichte von 3 x 103 Zellen pro Well in 100 μl Kulturmedium ausgesät. Die Zellen wurden dann unter normoxischen (21 % O2, 5 % CO2, 37 °C) oder hypoxischen (1 % O2, 5 % CO2, 37 °C) Bedingungen für 0 h, 24 h oder 48 h inkubiert. Zu jedem Zeitpunkt wurden 10 μl Zellproliferationsreagenz in jede Vertiefung einer 96-Well-Platte gegeben. Die Platte wurde dann bei 37 °C für 40 min inkubiert. Nach der Inkubation wurde die optische Dichte bei 450 nm (OD450) mit einem Mikroplatten-Reader gemessen, um die Zellproliferation zu quantifizieren. Alle Messungen wurden in mindestens drei technischen Replikaten durchgeführt.
qRT-PCR-Analyse
Die Gesamt-RNA wurde aus 1 x 106 Schilddrüsenkarzinomzellen unter normoxischen Bedingungen (21 %O2, 5 % CO2, 37 °C) und hypoxischen Bedingungen (1 %O2, 5 % CO2, 37 °C) unter Verwendung eines Guanidiniumthiocyanat-Phenol-Chloroform-Extraktionsreagenzes gemäß dem Protokoll des Herstellers extrahiert. Die Reinheit und Konzentration der RNA wurde spektrophotometrisch durch Messung der Absorptionsverhältnisse bei 260/280 nm bewertet. Für die komplementäre DNA-Synthese (cDNA) wurden 500 ng Gesamt-RNA in einem 20-μl-Reaktionsvolumen reverse-transkribiert, das Reverse Transkriptase, zufällige Hexamer-Primer, dNTPs, RNase-Inhibitor und Reaktionspuffer enthielt. Die reverse Transkription wurde 10 min lang bei 25 °C durchgeführt, gefolgt von 42 °C für 50 min und endete mit einer Erwärmung bei 70 °C für 15 min.
Die quantitative PCR wurde unter Verwendung eines SYBR Green-basierten Detektionssystems in einem Gesamtreaktionsvolumen von 20 μl durchgeführt, das einen cDNA-Template (1:5 bis 1:20 Verdünnung der ursprünglichen cDNA-Synthese), einen SYBR Green PCR-Mastermix, Forward- und Reverse-Primer (jeweils bei 0,2 μM) und nukleasefreies Wasser enthielt. Die PCR-Amplifikation wurde auf einem Thermocycler unter den folgenden Zyklusbedingungen durchgeführt: anfängliche Denaturierung bei 95 °C für 3 Minuten; 40 Denaturierungszyklen bei 95 °C für 15 s, Glühen bei 60 °C für 30 s und Ausdehnung bei 72 °C für 30 s; gefolgt von einer Schmelzkurvenanalyse, um die Spezifität der Amplifikation zu überprüfen.
Primersequenzen für GLUT1, HK1, HK2, PGK1 und GAPDH (Tabelle 1) wurden auf der Grundlage der veröffentlichten Sequenzen18 entworfen und kommerziell synthetisiert. Die Expressionsniveaus der Zielgene wurden auf GAPDH normiert und mit der 2-ΔΔCt-Methode 19 berechnet.
Western-Blot
Nach der Behandlung wurden die Schilddrüsenkarzinomzellen 2x mit kalter phosphatgepufferter Kochsalzlösung (PBS) gewaschen und mit einem Radioimmunpräzipitationsassay (RIPA)-Puffer lysiert, der mit einem Proteasehemmer-Cocktail ergänzt wurde. Die Zelllysate wurden 30 Minuten lang unter intermittierendem Mischen auf Eis inkubiert und dann 15 Minuten lang bei 4 °C bei 12.000 x g zentrifugiert, um unlösliche Ablagerungen zu entfernen. Die Proteinkonzentration des Überstands wurde mit einem Bicinchoninsäure (BCA)-Assay gemäß den Herstellerangaben bestimmt. Gleiche Mengen an Protein (30 μg pro Probe) wurden mit 5x Ladepuffer gemischt, 5 min lang bei 95 °C gekocht und zur elektrophoretischen Trennung auf 10 % SDS-Polyacrylamid-Gele geladen. Die Proteine wurden durch Elektrophorese bei 120 V für etwa 90 min getrennt und dann mit einem Nasstransfersystem bei 100 V für 90 min bei 4 °C auf Polyvinylidenfluorid (PVDF)-Membranen übertragen. Die Membranen wurden 1 h lang bei Raumtemperatur mit 5 % fettfreier Milch in Tris-gepufferter Kochsalzlösung mit 0,1 % Tween-20 (TBST) blockiert, um eine unspezifische Bindung zu verhindern. Anschließend wurden die Membranen über Nacht bei 4 °C inkubiert, wobei die Primärantikörper in einem Blockierungspuffer verdünnt wurden: Anti-HIF-1α-Antikörper (1:3.000) und Anti-Beta-Aktin-Antikörper (1:8.000). Nach 3x Waschen mit TBST (jeweils für 10 min) wurden die Membranen mit geeigneten Meerrettichperoxidase-konjugierten Sekundärantikörpern inkubiert, die 1:5.000 in Blockierungspuffer für 1 h bei Raumtemperatur verdünnt wurden. Nach drei weiteren TBST-Waschungen wurden die Proteinbanden mit einem erweiterten Chemilumineszenz-Detektionssystem (ECL) sichtbar gemacht und mit einem Geldokumentationssystem abgebildet.
Dualer Luciferase-Assay
Um die transkriptionelle Regulation von Glykolyse-bezogenen Genen durch lncPVT1 zu untersuchen, wurden TPC-1-Zellen in 24-Well-Platten mit einer Dichte von 1 x 105 Zellen pro Well ausgesät und in DMEM mit 4,5 g/l Glukose kultiviert, ergänzt mit 10 % fötalem Rinderserum und 100 μg/ml Penicillin-Streptomycin über Nacht. Die Zellen wurden mit 500 ng eines Hypoxia-Response-Elements (HRE)-getriebenen Glühwürmchen-Luziferase-Reporterplasmids und 50 ng Renilla-Luziferase-Kontrollplasmid unter Verwendung eines lipidbasierten Transfektionsreagenzes in einer Endkonzentration von 2 μl pro Vertiefung gemäß den Anweisungen des Herstellers co-transfiziert. Die Wirksamkeit der Transfektion wurde bestätigt, indem eine parallele Transfektion mit einem GFP-exprimierenden Plasmid eingeschlossen und die GFP-Expression unter einem Fluoreszenzmikroskop 24 h nach der Transfektion untersucht wurde. Nach 24-stündiger Inkubation unter normoxischen (21 % O2) oder hypoxischen (1 % O2) Bedingungen wurden die Luziferase-Aktivitäten mit einem Dual-Luciferase-Reporter-Assay-System gemessen. Die Luciferase-Aktivität von Firefly wurde auf die Renilla-Luciferase-Aktivität normalisiert, und das Verhältnis wurde für die vergleichende Analyse zwischen den Proben verwendet.
Datenanalyse
Alle Daten wurden als mittlere ± SD dargestellt. Die statistischen Auswertungen wurden in einer statistischen Analysesoftware durchgeführt. Vergleiche zwischen den Gruppen wurden mit unabhängigen t-Tests durchgeführt, und die statistische Signifikanz wurde auf der Grundlage eines p-Wert-Schwellenwerts von weniger als 0,05 bestimmt.