N6-Methyladenosin (m⁶A) ist die am weitesten verbreitete interne Modifikation in eukaryotischer Boten-RNA (mRNA) und spielt eine wesentliche Rolle bei der posttranskriptionellen Regulation, einschließlich RNA-Stabilität, Spleißen, Abbau, Translation und Export 1,2,3. Die Dysregulation der m⁶A-Modifikation wurde mit verschiedenen physiologischen und pathologischen Prozessen in Verbindung gebracht, einschließlich Tumorinitiierung, -progression und Metastasen 4,5. Beim Osteosarkom wurden erhöhte m⁶A-Werte sowohl in Zelllinien als auch in Geweben beobachtet, was auf eine Rolle abweichender RNA-Methylierung in der Krankheitsbiologiehindeutet 6,7. Daher ist die systematische Bewertung der globalen m⁶A-Häufigkeit zusammen mit ihren Veränderungen in osteosarkomassoziierten Transkripten und regulatorischen Wegen unerlässlich, um die biologischen Mechanismen und klinischen Implikationen der RNA-Methylierung im Osteosarkom zu klären.
Es stehen mehrere analytische Methoden zur Verfügung, um m⁶A-Modifikationen 8,9 zu untersuchen. Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie/Massenspektrometrie (LC-MS/MS)10 und enzymgekoppelte Immunsorbent-Assay (ELISA)-basierte Assays11 werden beide verwendet, um globale m⁶A-Werte zu messen. Ersteres bietet eine hohe Empfindlichkeit, erfordert jedoch spezialisierte Ausrüstung und Fachwissen, während letzteres relative m6A-Werte liefert und zu höheren Kosten als der Dot-Blot-Test beiträgt. MeRIP-qPCR ermöglicht eine gezielte Bewertung spezifischer Transkripte, wird jedoch stark von der Immunpräzipitationseffizienzbeeinflusst 12. MeRIP-seq13, m⁶A-seq14 und m⁶A-SAC-seq15 sind sequenzierungsbasierte Ansätze, die m⁶A-Methylierungsstellen präzise kartieren können; Sie sind jedoch teuer und erfordern umfangreiche bioinformatische Analysen.
Der m⁶A-Dot-Blot-Assay bietet eine einfache, schnelle und kostengünstige Methode zur Bestimmung globaler m⁶A-Modifikationsniveaus in RNA. Als semi-quantitative Immunoassay liegt sein Hauptvorteil darin, ein Gesamtbild der m⁶A-Häufigkeit zu erzeugen, ohne dass spezielle Geräte oder komplexe bioinformatische Analysen erforderlich sind. Dies macht den m⁶A-Dot-Blot-Assay zu einem wertvollen Werkzeug für routinemäßige Screening, vorläufige funktionelle Validierung und klinische Forschung sowie zu einer praktischen Ergänzung zu fortschrittlichen Sequenzierungs- und Massenspektrometrie-basierten Ansätzen. Das vorliegende Protokoll bietet einen detaillierten Schritt-für-Schritt-Workflow, der reproduzierbare Erkennung und breite Anwendbarkeit gewährleistet.