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Der gesamte Arbeitsablauf dieser Studie ist in Abbildung 1 dargestellt, die die sequentiellen Schritte der Literatursuche, bibliometrischen Analyse, Identifikation gemeinsamer Gene, Aufbau des Protein-Protein-Interaktionsnetzwerks und Analyse der Weganreicherung darlegt.
Literatursuchstrategie
Die Literaturrecherche wurde am 22. Juni 2025 in der Web of Science (WOS) Core Collection Datenbank19 durchgeführt. Die Suche beschränkte sich auf den Science Citation Index Expanded (SCI-Expanded) und den Social Sciences Citation Index (SSCI), die Veröffentlichungen vom 1. Januar 2015 bis zum 31. Dezember 2024 abdeckten. Die spezifischen Suchbegriffe und die entsprechende Anzahl der Ergebnisse sind in Tabelle 1 angegeben. Nach der ersten Suche wurden Dokumenttypen wie Sitzungsabstracts, Konferenzbeiträge, Redaktionsmaterialien, Buchkapitel und zurückgezogene Veröffentlichungen ausgeschlossen. Anschließend wurden nur noch Unterlagen in englischer Sprache sowie im Typ "Artikel" oder "Review Article" für weitere Analysen aufbewahrt.
Bibliometrische Analyse
Bibliometrische Analyse und Visualisierung erfordern die Unterstützung spezifischer Softwaretools, deren Details in der Materialtabelle enthalten sind. Diese Studie zielt darauf ab, eine Wissenskarte des interdisziplinären Forschungsfeldes zu erstellen, das Myositis und rheumatoide Arthritis überbrückt. Der analytische Umfang umfasst die Analyse von Publikationstrends im letzten Jahrzehnt, Muster internationaler Zusammenarbeit und kollaborativer Netzwerke, akademischen Einfluss bei Institutionen/Zeitschriften/Autoren, Kernstichwörter, die Forschungshotspots widerspiegeln, sowie die Analyse von Zitationsnetzwerken.
Die jährlichen Publikationszahlen wurden zunächst aus der Web of Science-Datenbank exportiert und zur Erstellung statistischer Diagramme verwendet, die Publikationstrends darstellen. Die abgerufenen Literaturdaten wurden dann zur Analyse in die Software VOSviewer importiert: Im Modul "Co-authorship" wurden die Optionen für "Autoren", "Organisationen" und "Länder" nacheinander ausgewählt, um Autoren-Kollaborationsnetzwerke, institutionelle und Länder-Kollaborationsnetzwerke zu generieren; im Modul "Zitation" wurde die Option "Quellen" gewählt, um Zeitschriften-Kollaborationsnetzwerke zu schaffen; im Modul "Co-citation" wurden "Cited Sources" und "Cited Authors" ausgewählt, um Kollaborationsnetzwerke für zitierte Zeitschriften und Netzwerke für Cited-Author-Kollaborationen zu erhalten. Um internationale Kollaborationsbeziehungen intuitiver zu visualisieren, wurde das Länder-Kollaborationsnetzwerk mit der Software Scimago Graphica weiter ästhetisch optimiert, um die visuelle Klarheit und Interpretierbarkeit zu verbessern20.
Die Analyse von Keyword-Hotspots und interdisziplinären thematischen Begriffen wurde mit der CiteSpace-Software21 durchgeführt. Der Pathfinder-Algorithmus wurde für das Netzwerk-Pruning ausgewählt, wobei der Zeitraum von Januar 2015 bis Dezember 2024 festgelegt ist und in monatliche Zeitabschnitte unterteilt ist. Der Knotentyp wurde als "Keyword" konfiguriert, was eine schlüsselwortbasierte Cluster-Karte der Forschungshotspots, repräsentative thematische Begriffe für jeden Cluster und die 20 am häufigsten auftretenden Hotspot-Keywords lieferte. Die Zitationsnetzwerkanalyse folgte einem ähnlichen prozeduralen Ablauf, bei dem nur die Änderung des Knotentyps zu "Zitierte Referenz" erforderlich war, um die entsprechende Analyse durchzuführen.
Identifikation gemeinsamer Gene
Basierend auf bibliometrischer Analyse zeigte das Schlüsselwort "Myositis" eine bedeutende Bedeutung im interdisziplinären Forschungsbereich der Muskelpathologie und rheumatoider Arthritis. Daher wählte diese Studie Myositis und rheumatoide Arthritis als Forschungsobjekte aus, um überlappende Genanalysen durchzuführen. Das spezifische Verfahren war wie folgt: Zuerst wurden Zielgene, die mit Myositis und rheumatoider Arthritis assoziiert sind, aus der GeneCards-Datenbank22 abgerufen. Um die Vollständigkeit der Analyse zu gewährleisten, legte diese Studie keine Relevanzpunkt-Schwelle fest und schloss alle berichteten Gene ein, die mit den Krankheiten assoziiert sind, wodurch zwei entsprechende Gensätze konstruiert wurden. Durch den Vergleich dieser beiden Sets wurden überlappende Gene identifiziert. Diese überlappenden Gene wurden letztlich als "RA-Myositis-komorbiditätsbezogene Gene" definiert und dienten als Kerndatensatz für spätere Analysen.
Aufbau des Protein-Protein-Interaktionsnetzwerks (PPI)
Mit der Abfragefunktion "Multiple Proteins" in der STRING-Datenbank reichten wir die Liste "RA-myositis-comorbidity-related genes" zur Analyse23 ein. Der Organismus wurde auf "Homo sapiens" gesetzt, mit einer Mindest-Interaktions-Schwelle von ≥0,700 (mittlere Sicherheit). Die daraus resultierenden Daten des Protein-Protein-Interaktionsnetzwerks wurden anschließend zur Visualisierung in Cytoscape importiert. Durch die Anpassung von Knotenformen und -farben über das STYLE-Panel wurde ein klar visualisiertes Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk-Diagramm erzeugt.
Signalweganreicherungsanalyse
Der spezifische Workflow für die Analyse der Pfadanreicherung verlief wie folgt. Zunächst wurde die Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) Signalweganreicherungsanalyse auf dem gemeinsamen Gensatz mit dem clusterProfiler-Paket in R Software24 durchgeführt. Die statistische Signifikanz wurde durch den hypergeometrischen Test bewertet, und p-Werte wurden für mehrfache Tests mit der Benjamini-Hochberg-Methode angepasst, um die Fehlentdeckungsrate zu kontrollieren. Wege mit einem bereinigten p-Wert < 0,05 wurden als signifikant angereichert angesehen und für weitere Analysen beibehalten. Signalwege, die mit bestimmten menschlichen Krankheiten oder allgemeinen Stoffwechselprozessen zusammenhängen, wurden dann manuell ausgeschlossen, um die Analyse auf die Kern-Signalmechanismen zu konzentrieren. Die gefilterten Signalwege und ihre zugehörigen Gene wurden anschließend in die Cytoscape-Software importiert, um ein Interaktionsnetzwerk25 zu erstellen. Der Algorithmus "yFiles Organic Layout" wurde angewendet, um eine klare hierarchische Struktur zu erzeugen. Visuelle Attribute wurden im STYLE-Panel weiter optimiert: Die Farbintensität der Knoten wurde auf die Signifikanz der Anreicherung abgebildet, die Knotengröße wurde nach der Anzahl der Kerngene in jedem Pfad gewichtet, und die Kantendicke wurde mit dem Jaccard-Ähnlichkeitskoeffizienten zwischen den Signalwegen gewichtet, um den Grad der Genüberlappung widerzuspiegeln. Letztlich wurde ein KEGG-Signalweg-Interaktionsnetzwerk für eine umfassende Analyse gewonnen.