17. Juni 2009
Das Video dokumentiert Methoden zur Erhebung Coastal Marine Wasserproben und deren Verarbeitung für verschiedene Downstream-Anwendungen einschließlich Biomasse-Konzentration, Aufreinigung von Nukleinsäuren, Zell-Hülle und Fülle, Nährstoff-und Spurengasen analysiert.
Hallo, ich bin Elena Kova aus dem Labor von Stephen Hallam am Department für Mikrobiologie und Immunologie der University of British Columbia. Heute zeigen wir Ihnen ein Verfahren zur Sammlung von Seewasser für physikalische, chemische und biologische Analysen. Wir verwenden dieses Verfahren in unserem Labor, um ozeanographische Parameter von Meerwasser zu untersuchen.
Beginnen wir also. Zunächst werden die Anzahl der Probenahmen und die Tiefen für jede Probenahme festgelegt, danach die zu entnehmenden Tiefen und das Gesamtvolumen, das für die aktuelle Probenahme gesammelt werden soll. Stellen Sie sicher, dass die Geräte für die Durchfluss- und Trinkwasserprobenahme geöffnet sind und dass alle Ventile und Hähne geschlossen sind.
Befestigen Sie das CTD an der Basis der Leine und senken Sie es für die tiefste Tiefe im Profil ins Wasser. Bringen Sie unmittelbar nach dem CTD ein Probenahmegerät an der Leine an. Stellen Sie sicher, dass die Leine ordnungsgemäß in der Halterung des Geräts sitzt und die Schrauben festgezogen sind.
Befestigen Sie einen beschwerten Boten an jedem Gerät, mit Ausnahme des Geräts für die größte Probentiefe, bevor Sie es ins Wasser senken. Senken Sie die Leine ab, und bringen Sie den Abstand zwischen der ersten vorgegebenen Tiefe und der nächsten ein, dann montieren Sie ein weiteres Probenahmegerät. Beachten Sie, dass für Tiefenintervalle, bei denen Wasserproben in großem Volumen gesammelt werden, insgesamt zwei 12-Liter-Flaschen nacheinander in einem Abstand von etwa 0,75 Metern geladen werden.
Nachdem alle Geräte an der Leine befestigt sind, senken Sie die Leine auf die größte Tiefe ab und warten Sie zwei Minuten. Schicken Sie einen Gleitkörper hinunter, um jedes Gerät in die geschlossene Position auszulösen. Warten Sie einige Minuten, bevor Sie die Leine einholen.
Um sicherzustellen, dass alle Geräte geschlossen sind, ziehen Sie die Leine ein und entladen Sie jedes Gerät nacheinander auf das Deck, sobald es aus dem Wasser austritt. Bei Tiefen, die große Probenmengen für die Protein-, DNA- oder RNA-Reinigung erfordern, setzen Sie zwei Probenahmegeräte in Reihe ein. Sammeln Sie RNA unmittelbar aus einer Flasche und filtrieren Sie sie an Bord des Schiffes.
Nach der Entnahme von Chemikalien und Nährstoffen aus der anderen Flasche das verbleibende Wasser in das Auto ablassen, um ein Endvolumen von 20 Litern zu erhalten. Bei Proben mit geringem Volumen einen Liter Wasser für die Filtration in sterilen Nalgene-Flaschen beiseitestellen. Üblicherweise werden geringe Probenvolumina aus 16 Tiefenintervallen als 16 × ein Liter-Proben gesammelt, und sechs × 20 Liter-Proben werden als Proben mit großem Volumen gesammelt.
Beim Sammeln von Gasproben sollten immer Sauerstoff- und Spurengasproben entnommen werden. Befestigen Sie zunächst ein dünnes Stück Schlauch an dem Hahn der Wasserprobennahmeeinrichtung. Stecken Sie das andere Ende des Schlauchs in die Glas-Serumfläschchen.
Spülen Sie die Serumflasche dreimal mit Probenwasser aus, und füllen Sie sie bis zum Überlaufen, sodass keine Luftblasen vorhanden sind. Geben Sie 50 Mikroliter Quecksilberchlorid in die Serumflasche. Achten Sie darauf, keine Luftblasen in die Probe einzubringen.
Verschließen Sie die Serumflasche mit einem Gummistopfen C und einer Aluminiumkappe und lagern Sie sie anschließend auf Eis, um Proben für Nährstoffmessungen einschließlich Nitrat, Phosphat und Silikat zu sammeln. Spülen Sie zunächst eine 60-cc-Spritze mit Probenwasser aus. Anschließend wird ein 0,2-Mikrometer-Acro-Disc-Filter in der Leitung angebracht.
Drücken Sie etwa zwei ml Wasser durch die Spritze, um den Filter zu spülen. Spülen Sie eine Polyethylenflasche dreimal mit jeweils etwa 10 ml filtriertem Wasser aus.
Schütteln Sie die Flasche beim Spülen und füllen Sie die gefilterte Probenwasser bis etwa drei Viertel in die Flaschen. Lagern Sie die Probe auf Eis. Leeren Sie die Sammelröhrchen mit fernliegendem Wasser, um Proben für die Ammoniak-Messung zu sammeln.
Spülen Sie zunächst die Sammelröhrchen, aber entfernen Sie die Probenwasser vollständig. Füllen Sie einen 10-ml-Messzylinder mit Probenwasser, gießen Sie fünf ml Probenwasser aus dem Messzylinder ab und entsorgen Sie den Rest aus dem Zylinder. Geben Sie anschließend die fünf ml zurück in den leeren Zylinder.
Nachdem Proben aus allen Tiefen gesammelt wurden, 7,5 ml Ammonium-Arbeitsreagenz zu jedem Röhrchen geben. Um Proben für Zellzählungen zu sammeln, ein vorbeschriftetes 50-ml-Falcon-Röhrchen füllen, das 5,4 ml 37 % Formaldehyd enthält, bis zur 50-ml-Marke, um eine Endkonzentration von 4 % zu erreichen. Dabei darauf achten, dass das Röhrchen nicht überläuft. Die Probe auf Eis lagern, um Proben zu sammeln.
Für die Messung von Schwefelwasserstoff. Füllen Sie eine vorbeschriftete 50-ml-Falcon-Röhrchen, das drei ml 20%iges Zinkacetat enthält, bis zum Rand auf. Achten Sie darauf, das Röhrchen nicht überlaufen zu lassen.
Bewahren Sie die Probe auf Eis auf, um kleine Volumina zu sammeln. Für die Biomassekonzentration. Füllen Sie Ein-Liter-Nalgene-Flaschen bis zum Rand, um große Volumina für die Biomassekonzentration zu sammeln.
Füllen Sie 20-Liter-Karaffen bis zum Rand. Das endgültige Ergebnis der Meerwasserprobenahme ergibt etwa 32 bis 48 Gasproben, 32 Ammoniumproben.
16 Wasserstoffsulfid-Proben. 16 Proben für Zellzahlen. Sechs 20-Liter-Wagen, 16 Ein-Liter-Flaschen und vier Sterex.
2,2-µm-Filter, die mikrobielle Biomasse enthalten, werden für eine spätere RNA-Isolierung aufbewahrt. Wir haben soeben demonstriert, wie verschiedene Arten von Wasserproben für die biochemische Analyse gesammelt werden.
Dies erfordert eine umfangreiche Vorbereitung und Planung. Planen Sie daher zwei Tage vor der Reise zur Ordnungsschaffung und einen Tag danach für die Aufräumarbeiten ein. Lassen Sie kein Salzwasser in Kontakt mit einer Peralt-Pumpe oder in die zum Transport der Feldausrüstung verwendete Aluminium-Box von Zago gelangen. Behandeln Sie die Ausrüstung sorgfältig, dann wird sie Ihnen noch lange Zeit zuverlässig dienen.
Das war's. Vielen Dank fürs Zuschauen und viel Erfolg bei Ihren Experimenten.
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Dieses Video dokumentiert Methoden zur Entnahme von Küsten-Meerwasserproben und deren Aufbereitung für verschiedene nachgeschaltete Anwendungen, einschließlich Biomassekonzentration, Nukleinsäure-Reinigung, Zellabundanz, Nährstoff- und Spurengasanalysen.
Robuste Protokolle zur Probenahme und Sammlung von Meerwasser sind die Grundlage für die Erzeugung hochwertiger Datensätze bei der Entdeckung mariner Biopharmazeutika und ermöglichen eine genaue Bewertung umweltbedingter Variablen und biologischer Materialien. Diese Methoden bilden die Basis für nachgeschaltete Analysen wie die Reinigung von Nukleinsäuren, die Quantifizierung der Zellanzahl und die Profilierung von Nährstoffen, die für die Validierung von Wirkstoffzielen und die mechanistische Risikominderung bei der Entdeckung aus Meeresspezies gewonnener Arzneimittel entscheidend sind. Standardisierte Probensammlung gewährleistet Reproduzierbarkeit und Vergleichbarkeit über verschiedene Entdeckungsprogramme hinweg und unterstützt so die Entscheidungsfindung auf Portfolioebene.
Methoden zur Probenahme und Sammlung von Meerwasser stehen am Anfang der Entdeckungskette für marine Biopharmazeutika und liefern grundlegendes Material für Arbeitsabläufe, die von der Zielvalidierung über das Screening bis zur translationsmedizinischen Forschung reichen.