Name: Small Volume (1-3L) Filtration von Coastal Meerwasser Proben (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Erfahren Sie die Filtration kleiner Meerwasservolumina zur Isolierung mikrobieller Biomasse. Diese Methode ermöglicht die Untersuchung mariner Mikroorganismen-Diversität für ökologische Analysen.

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Wir möchten den kanadischen Stiftung für Innovation, der British Columbia Knowledge Development Fund und der National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) of Canada für die Unterstützung laufender Studien auf niedrigem Sauerstoffgehalt Regionen der Küsten-und offenen Meer zu danken. DAW wurde durch Stipendien von NSERC, Killam und die TULA Stiftung finanziert Zentrum für Mikrobielle Diversität und Evolution unterstützt.

<ol><li> Set up des Filtrationsapparatur <ol><li> Vor dem Filtrieren, zuerst abwischen Kondensation aus der vollen Flaschen und wägen </li><li> Ein Autoklav bin auf der einen Seite der Pumpe, und die Abfälle Kolben auf der anderen. </li><li> Dann legen Sie eine volle Probenflasche in den Autoklaven bin, aber nicht entfernen Sie die Kappe der Flasche noch. </li><li> Pass den Schlauch durch die Schlauchpumpe, so dass die Luer-Ende des Schlauchs wird in den Kolben. </li><li> Mit einer Pinzette entfernen Sie die Baumwolle aus einem sterilen 25 ml Pipette, und befestigen Sie die Pipette an das andere Ende des Schlauchs. </li></ol></li><li> Filtration von Meerwasser <ol><li> Um die Filterung Meerwasser, öffnen Sie die Flasche und legen Sie die Pipette. Schalten Sie die Pumpe und stellen Sie die Fließgeschwindigkeit auf 1. Sehen Sie, um sicherzustellen, dass das Wasser wird in die richtige Richtung gepumpt. </li><li> Lassen Sie ~ 100 ml Wasser, um durch den gesamten Schlauch passieren. </li><li> Schalten Sie die Pumpe und befestigen Sie eine Sterivex Filter auf den männlichen Luer-Anschluss an das freie Ende des Schlauchs. </li><li> Weiter Filterung, bis kein Wasser in den Flaschen übrig bleibt. </li></ol></li><li> Lagerung von Filtern <ol><li> So speichern Sie die Filter, zuerst zu vertreiben restliche Wasser mit einem 30-60 ml Spritze. </li><li> Seal der Unterseite des Sterivex Filter mit Parafilm. Mit einer Pipette 1,8 ml Lysepuffer, um den Filter, halten ~ 200 ul des Raumes in den Filter für die spätere Zugabe von Reagenzien. </li><li> Dann Siegel der Spitze der Sterivex Filter mit einem kleinen Stück Parafilm, und beschriften Sie die Filter mit dem Datum und Identifizierung der Proben. </li><li> Bewahren Sie die Filter in pre-markierten 50 ml Falcon-Röhrchen bei -80 ° C </li></ol></li><li> Aufräumen <ol><li> Legen Sie die 25 ml Pipette in einen Kolben mit 0,1% HCl, und schalten Sie die Pumpe. </li><li> Nach dem HCl waschen, spülen Sie den Schlauch mit Wasser autoklaviert. Schließlich messen und notieren Sie die Masse der jetzt leer 1L, um das Volumen des Wassers durch den Filter geleitet zu berechnen. </li></ol></li></ol> Repräsentative Ergebnisse: Stück 1 L Wasserprobe resultiert in einem Sterivix Filter, der Biomasse größer als 0,22 um enthält. Dies ist in Lysepuffer für spätere DNA-Extraktion und Analyse gespeichert. Das Endergebnis besteht aus einem Sterivix Filter pro 1-Liter-Flasche in Lyse-Puffer gespeichert und bereit für die DNA-Extraktion. Der Filter enthält Biomasse größer als 0,22 um. Filter können bei -80 ° C vor der EDNA-Extraktion gelagert werden.

Die Autoren haben keine Offenlegungspflichten.

Es ist zwingend notwendig, um abwischen Bänke und Pumpen mit einem feuchten Tuch nach dem Gebrauch an alle verbliebenen Spuren von Salzwasser, die sonst korrodieren würden Geräte zu entfernen. Obwohl das Verfahren ist einfach, kann der Zeitbedarf werden umfangreiche abhängig von der Konzentration der Biomasse oder Verunreinigungen in der Probe herausgefiltert.

<table><tbody><tr><td>Peristaltikpumpe</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL-Schlauch</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Schlauchschellen</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; Rohradapter</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Polypropylen-Vorfiltergehäuse</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Metall-Luer-Verbindung (Schlauchende zu männlichem Luer-Lock)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; Magnete</td><td></td><td></td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>Dreiteilige Flaschenverschlüsse</td><td></td><td></td><td>Für Filtrationsapparatur</td></tr><tr><td>GV 0,22 &amp;mu;m STERIVIX-Filter</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>2,7 &amp;mu;m GF/D-Filter mit 47 mm Durchmesser</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Lysispuffer</td><td></td><td></td><td>0,75 M Saccharose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>0,1 % HCl</td><td></td><td></td><td>Zum Nachspülen nach der Filtration</td></tr><tr><td>autoklaviertes Wasser</td><td></td><td></td><td>Zum Nachspülen nach der Filtration</td></tr></tbody></table>

small volume (1-3l) filtration von coastal meerwasser proben

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

Der Workflow beginnt mit der Sammlung von der Küste Meeresgewässer für nachgeschaltete mikrobielle Gemeinschaft, Nährstoff-und Spurengasen analysiert. Für heute s Demonstration Proben wurden vom Deck der HMS John Strickland, die in Saanich Inlet gesammelt. Das Video dokumentiert kleines Volumen (~ 1 L) Filtration von mikrobieller Biomasse aus der Wassersäule. Das Protokoll ist eine Erweiterung des großen Volumens Probenahmeprotokoll oben beschrieben, mit einem wichtigen Unterschied: hier gibt es keine Pre-Filtration, so dass alle Größenklassen von Biomasse bis zum 0,22 um Filter-Cutoff gesammelt werden. Proben, die auf diese Weise sind ideal für Nukleinsäure-Analyse. Das Set-up-, Filtrations-und clean-up Schritte jeweils ca. 20-30 Minuten in Anspruch nehmen. Bei Verwendung von zwei Schlauchpumpen gleichzeitig bis zu 8 Proben gleichzeitig gefiltert werden. Um zu verhindern, Biofilmbildung zwischen Probenahme Reisen müssen alle Filteranlagen mit verdünnter HCl und VE-Wasser gespült werden und autoklaviert sofort nach Gebrauch.

Das Video dokumentiert kleines Volumen (~ 1 L) Filtration von mikrobieller Biomasse aus der Wassersäule.

Small Volume (1-3L) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

Der Arbeitsablauf beginnt mit der Entnahme von Küstenmeerwässern für nachfolgende Analysen der mikrobiellen Gemeinschaft, der Nährstoffe und der Spurengase. Für die heutige ...

Hallo, ich bin David Walsh aus dem Labor von Steven Hallam am Department für Mikrobiologie und Immunologie der University of British Columbia. Heute zeigen wir Ihnen ein Verfahren zum Filtrieren kleiner Mengen von Meerwasser zur Gewinnung mikrobieller Biomasse. In unserem Labor verwenden wir dieses Verfahren, um die mikrobielle Diversität im marinen Umfeld zu untersuchen.Beginnen wir also. Wischen Sie vor dem Filtrieren zunächst jegliche Kondensation von den vollen Flaschen ab und wiegen Sie diese. Stellen Sie einen Autoklavbehälter auf die eine Seite der Pumpe und den Abflaskenbehälter in einen Autoklavbehälter auf die andere Seite.Stellen Sie dann eine volle Probenflasche in den Autoklavbehälter. Entfernen Sie jedoch noch nicht die Kappe der Flasche. Führen Sie den Schlauch durch die peristaltische Pumpe, sodass das Ende des Schlauchs, das den Lockstoff führt, in dem Becher steht.Entfernen Sie mit einer Pinzette die Baumwollwatte aus einer sterilen 25-Milliliter-Pipette und befestigen Sie die Pipette am anderen Ende des Schlauchs. Um mit der Filtration von Meerwasser zu beginnen, öffnen Sie die Flasche und führen die Pipette ein. Schalten Sie die Pumpe ein und stellen Sie die Fli

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Das Video dokumentiert Methoden zur Erhebung Coastal Marine Wasserproben und deren Verarbeitung für verschiedene Downstream-Anwendungen einschließlich Biomasse-Konzentration, Aufreinigung von Nukleinsäuren, Zell-Hülle und Fülle, Nährstoff-und Spurengasen analysiert.

Meerwasser Probenahme und Sammlung

Das Video dokumentiert großes Volumen (≥ 20 L) Filtration von mikrobieller Biomasse, die zwischen 0,22 &amp;mgr; m und 2.7μm im Durchmesser, aus der Wassersäule.

Large Volume (20L +) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

Es wurde ein Ansatz entwickelt, um optimale Viruskonzentrationsbedingungen für Wasserproben mit kleinem Volumen unter Verwendung von Spikes des humanen Adenovirus zu identifizieren. Die hier beschriebenen Techniken werden verwendet, um Konzentrationsparameter für andere virale Ziele zu identifizieren, und werden auf groß angelegte Experimente zur Viruskonzentration angewendet.

Ein kleines Volumen Verfahren für Viral Konzentration von Wasser

Hier präsentieren wir ein umfassendes Protokoll zur Bewertung der Verfügbarkeit organischer und anorganischer Nährstoffe sowie der Häufigkeit und Struktur von mikrobiellen und viralen Gemeinschaften in abgelegenen Meeresumgebungen.

Entwirren der unsichtbaren Spieler im Ozean - ein Feld Führer zu Wasserchemie und Marine Mikrobiologie

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Automatisierte Gel Größenauswahl, um die Qualität der nächsten Generation Sequencing Libraries von Umweltwasserproben vorbereitet verbessern

Wir stellen das VacuSIP vor, eine einfache, unaufdringliche und zuverlässige Methode zur sauberen und genauen Punktprobenahme von Wasser. Das System wurde für die gleichzeitige Sammlung des ein- und ausgeatmeten Wassers durch benthische Suspensionsdosierer in situ entwickelt und evaluiert, um die Entfernung und Ausscheidung von partikulären und gelösten Verbindungen sauber zu messen.

VACUSIP eine verbesserte Inex Methode für<em&gt; In Situ</em&gt; Messung von partikulären und gelösten Verbindungen, die durch Active Suspension Feeders Verarbeitet

Wir beschreiben ein Protokoll für die Filtration von Wasserproben mit einer Filterpatrone und die Extraktion von Umwelt-DNA (eDNA), ohne dass das Gehäuse aufgeschnitten werden muss, um den Filter zu entfernen. Dieses Protokoll wurde für das Metabarcoding von eDNA von Fischen entwickelt, ist aber auch auf eDNA aus anderen Organismen anwendbar.

Die Verwendung einer Filterpatrone für die Filtration von Wasserproben und Extraktion von Umwelt-DNA

Plankton und Schwebeteilchen spielen eine wichtige Rolle in den biogeochemischen Zyklen im Ozean. Hier bieten wir eine Ultra-clean, low-Stress-Methode für die Sammlung verschiedener Größen von Partikeln und Plankton auf hoher See mit der Fähigkeit zur Handhabung großer Mengen von Meerwasser.

Eine Ultra-clean Multilayer Vorrichtung zum Sammeln von Größe fraktioniert Meeresplankton und Schwebeteilchen

Dieses Protokoll dient zur Bestimmung von Lipiden in Meerwasser und biologischen Proben. Lipide in Filtraten werden mit Chloroform oder Mischungen von Chloroform und Methanol im Falle von Feststoffen extrahiert. Lipidklassen werden durch Stäbchendünnschichtchromatographie mit Flammenionisationsdetektion gemessen und ihre Summe ergibt den Gesamtlipidgehalt.

Bestimmung von Gesamtlipid und Lipidklassen in marinen Proben

Hier stellen wir ein neuartiges Protokoll zur Gewinnung mariner eDNA durch die Entnahme und Filtration von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren und anderen Handelsschiffen vor.

Das schwimmende Labor: Standardverfahren zum Sammeln und Filtern von Meerwasserproben von in Betrieb befindlichen Fähren für die Umwelt-DNA-Analyse

Hier beschreiben wir Methoden der Probenahme aus den euphotischen Zonen von Meeres- und Süßwasserökosystemen zur Isolierung von Cyanophagen (und ihren Wirten) und Post-Sampling-Prozesse, die einzelne Genotypen anreichern und die Dynamik der Virus-Wirt-Interaktion charakterisieren.

Umweltproben von photosynthetischen Mikroben und ihren Viren: Vom Feld ins Labor

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Small Volume (1-3L) Filtration von Coastal Meerwasser Proben

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