Thermische Lyse-basierte genomische DNA-Extraktion aus einem pathogenen Bakterium

0 Aufrufe2:14 Min. • November 28th, 2025

Beginnen Sie mit Kolonien eines pathogenen Bakteriums, das auf einem nährstoffreichen Agarmedium gezüchtet wird.

Wählen Sie eine einzelne Kolonie, die eine genetisch homogene Population von Bakterienzellen gewährleistet und die Variabilität während der Genotypisierung reduziert.

Mit einer sterilen Inokulationsschleife wird die ausgewählte Kolonie in ultrareines Wasser übertragen, um das Risiko einer Einbringung von Schadstoffen in die Probe zu minimieren.

Wirbel die Suspension vor, um die Kolonie zu brechen und die Bakterienzellen gleichmäßig zu verteilen.

Anschließend wird die Suspension erhitzt, um die bakterielle Zellhülle zu stören, die aus der äußeren Membran, der Peptidoglykanschicht und der inneren Membran besteht.

Dies bewirkt, dass die bakteriellen Zellen lysieren und intrazelluläre Inhalte, einschließlich genomischer DNA, ins Wasser abgeben.

Zentrifugiere die Suspension mit hoher Geschwindigkeit, um Zellreste von der genomischen DNA zu trennen.

Übertragen Sie das Supernatant in ein frisches Rohr für die nachgelagerte Genotypisierung.

Zu Beginn verwenden Sie sterile Impfschleifen, um Yersinia ruckeri pure Kulturen auf jeder geeigneten Agarart auf Petrischalen auszusäen. Inkubieren Sie bei 22 Grad Celsius für ein bis zwei Tage oder bei 15 Grad Celsius für drei bis vier Tage. Anschließend wird mit Impfschleifen eine einzelne repräsentative Kolonie aus jeder Petrischale ausgewählt und in 1,5-Milliliter-Zentrifugenröhren mit 50 Mikrolitern ultragekleinigtem Wasser zum Wiederschießen überführt.

Vortex kurz und sieben Minuten lang auf einem Heizblock bei 100 Grad Celsius inkubieren. Anschließend wird bei 16.000 g für drei Minuten zentrifugiert und mit einer Pipette die überlagernde Template-DNA vorsichtig in leere 1,5-Milliliter-Zentrifugenröhren übertragen. Gehen Sie zum nächsten Schritt über oder speichern Sie die DNA bei minus 20 Grad Celsius.