Bakterienwachstum und Techniken

Quelle: Cian, M. B. et. al., Trennung der Zellhülle für gramnegative Bakterien in innere und äußere Membranfraktionen mit technischen Anpassungen für Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt die Trennung der inneren und äußeren Membranfraktionen von gramnegativen Bakterien mittels Saccharosegradienten-Ultrazentrifugation. Die Membranfraktionen werden gereinigt und bei niedrigen Temperaturen gelagert, um membranspezifische Komponenten gezielt zu analysieren.

Quelle: Mercier, N., et al. MS2-Affinitätsreinigung gekoppelt mit RNA-Sequenzierung in grampositiven Bakterien. (2021)Dieses Video zeigt ein Schritt-für-Schritt-Verfahren zur Ernte von Bakterienzellen und deren mechanischer Lyse, um intrazelluläre Inhalte freizusetzen.

Quelle: Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Isolierung von MS2-markierter kleiner regulatorischer RNA (sRNA), die an ihre bakterielle Ziel-RNA gebunden ist, mittels Affinitätsreinigung mit einer Fusion des Maltose-bindenden Proteins (MBP) und des MS2-Hüllproteins, das auf Amyloseharz immobilisiert ist.

Quelle: Feltwell, T., et.al. Trennung von Bakterien nach Kapselmenge unter Verwendung eines diskontinuierlichen Dichtegradienten. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Verwendung eines diskontinuierlichen Dichtegradienten zur Trennung von Bakterienstämmen basierend auf der Kapselmenge. Durch das Zentrifugieren einer Transposon-Mutantenbibliothek durch den Gradienten lokalisieren sich Bakterien mit unterschiedlichen Kapseldichten in unterschiedlichen Schichten. Die abgetrennten Fraktionen...

Quelle: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Isolierung und Charakterisierung extrazellulärer Vesikel, die von eisenbegrenzten Mykobakterien produziert werden. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die schrittweise Isolierung von extrazellulären Vesikeln (EVs) aus Mycobacterium tuberculosis , die unter eisenlimitierenden Bedingungen kultiviert wurden, die die Wirtsumgebung nachahmen. Es wird der Einsatz von Ultrafiltration, Differenzialzentrifugation und Dichtegradiententrennung zur Anreicherung...

Quelle: Watson, D. C., et.al. Skalierbare Isolierung und Reinigung von extrazellulären Vesikeln aus Escherichia coli und anderen Bakterien. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Isolierung und Konzentration von extrazellulären Vesikeln (EVs), die aus der äußeren Membran von gentechnisch veränderten Bakterien gewonnen werden. Der Prozess umfasst die Kultivierung der Bakterien, um EVs freizusetzen, gefolgt von sequenziellen Zentrifugations- und Filtrationsschritten, um Zellen und Ablagerungen...

Quelle: Watson, D. C., et al. Skalierbare Isolierung und Reinigung von extrazellulären Vesikeln aus Escherichia coli und anderen Bakterien. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Verwendung der Größenausschlusschromatographie mit porösen Harzkügelchen zur Isolierung bakterieller extrazellulärer Vesikel (EVs) aus einem Bakterienkulturfiltrat. Größere EVs eluieren früh, indem sie die Harzporen umgehen, während kleinere Proteine in die Poren eindringen und später eluieren.

Quelle: Fattahi, N., et al. Photoabbaubare Hydrogel-Grenzflächen für das Screening, die Selektion und die Isolierung von Bakterien. J. Vis. Exp. (2021).Dieses Video zeigt die Extraktion von Bakterienkolonien aus einem photoabbaubaren Hydrogel mit Hilfe von UV-Licht. Eine bestimmte Kolonie wird ausgewählt, und eine gemusterte Lichtexposition soll den lokalen Hydrogelabbau initiieren. Nach dem Einstellen der Lichtintensität und -dauer wird das UV-Licht angewendet, wodurch die Kolonie freigesetzt...

Quelle: Ghadigaonkar, D. und Rath, A. Isolierung und Identifizierung von antibiotikaresistenten Bakterien im Wasser und molekulare Charakterisierung ihrer Antibiotikaresistenzgene. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt die Isolierung und Aufbereitung von antibiotikaresistenten Bakterien aus einer Wasserprobe unter Verwendung selektiver Medien. Die DNA wird aus antibiotikaresistenten Bakterien extrahiert und amplifiziert, um die bakteriellen antibiotikaresistenten Gene zu identifizieren.

Quelle: Kazi, M. I., et. al., Generierung von Transposon-Insertionsbibliotheken in gramnegativen Bakterien für die Hochdurchsatz-Sequenzierung. J. Vis. exp. (2020)Dieses Video zeigt die Selektion, Quantifizierung und Konservierung von Gram-negativen Empfängerbakterien, die Transposon-Insertionen auf der Grundlage von Kanamycin-Resistenz tragen.

Quelle: Fernández-Coll, L. und Cashel, M. Verwendung der Radiomarkierung von Mikrotiterschalen für mehrere In-vivo-Messungen von Escherichia coli (p)ppGpp, gefolgt von Dünnschichtchromatographie. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video stellt ein Hochdurchsatzprotokoll zur Messung der Konzentrationen und der Dynamik der bakteriellen Stressreaktionsnukleotide ppGpp und pppGpp mittels Dünnschichtchromatographie (DC) vor. Die Methode bietet einen leistungsfähigen, schnellen und kostengünstigen Ansatz zur...

Quelle: Streather, B. R., et al. Optimierte Produktion und Analyse von rekombinanten, proteingefüllten Vesikeln aus E. coli. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt die Produktion und Isolierung von rekombinanten Proteinen, die mit Vesicle Nucleating Peptide (VNp) aus bakteriellen Vesikeln markiert sind. Ein Induktor löst die Expression von VNp-markierten Proteinen aus und treibt die Vesikelbildung und -verkapselung voran, gefolgt von Zentrifugation und Beschallung für eine effiziente...

Quelle: Shivaiah, K., et al. Isolierung von Plastoglobuli-Lipidtröpfchen aus pflanzlichem Blattgewebe und Cyanobakterien. J. Vis. Exp. (2022).Dieses Video zeigt die Isolierung von Plastoglobuli aus Cyanobakterien mittels Saccharose-Dichtegradientenzentrifugation, wobei ihre lipidreiche Natur mit geringer Dichte hervorgehoben und ihre strukturelle Erhaltung für die nachgelagerte Analyse sichergestellt wird.

Quelle: Armbruster, K. M., Meredith, T. C. Anreicherung bakterieller Lipoproteine und Präparation von N-terminalen Lipopeptiden zur Strukturbestimmung durch Massenspektrometrie. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Anreicherung von bakteriellen Lipoproteinen mit einem nichtionischen Detergens, das beim Erwärmen eine Phasentrennung erfährt. Durch sequentielle Temperaturverschiebungen und Zentrifugationsschritte werden Lipoproteine selektiv in die Detergenzphase aufgeteilt, während...

Quelle: Leuthold, M. M., et al. Herstellung von humanen Norovirus-hervorstehenden Domänen in E. coli für die Röntgenkristallographie. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt die Aufreinigung der rekombinanten humanen Norovirus-P-Domäne mittels Größenausschlusschromatographie und hebt die Trennung des Zielproteins von Verunreinigungen mit höherem und niedrigerem Molekulargewicht auf der Grundlage der unterschiedlichen Porenzugänglichkeit hervor. Der Prozess wird durch UV-Absorption überwacht und...

Quelle: Kuo, T., et al. Einstufige negative chromatographische Aufreinigung von Helicobacter pylori Neutrophilen-aktivierendem Protein, das in Escherichia coli im Batch-Modus überexprimiert wurde. J. Vis. Exp. (2016)Das Video zeigt eine negative Chromatographie-Technik zur Aufreinigung eines Virulenz-assoziierten Proteins aus einem bakteriellen Lysat. Durch die Verwendung eines positiv geladenen Harzes in einer gepufferten Lösung werden Wirtszellproteine selektiv zurückgehalten, während das...

Quelle: Murata, T., et al. Aufreinigung eines Proteins mit hoher molekularer Masse in Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt ein Schritt-für-Schritt-Verfahren zur Aufreinigung eines Polyhistidin-markierten Proteins, das von Streptococcus mutans sezerniert wird.

Quelle: Venuprasad, K., et al. Intratracheale Verabreichung von Haemophilus influenzae in Mausmodellen zur Untersuchung von Atemwegsentzündungen. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Entnahme und Verarbeitung von bronchoalveolärer Lavage-Flüssigkeit aus einer euthanasierten Maus, die mit nicht typisierbaren Haemophilus influenzae infiziert war, für die nachgelagerte Analyse.

Quelle: Ginies, C., et al. Identifizierung von Fettsäuren in Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt den Prozess der Herstellung von Fettsäuremethylestern (FAMEs) aus Bakterienproben durch Behandlung der Biomasse mit einer alkalischen Lösung, gefolgt von einer Phasentrennung und Lösungsmittelverdampfung für die nachgeschaltete Analyse.

Quelle: Shivaiah, K., et al. Isolierung von Plastoglobuli-Lipidtröpfchen aus pflanzlichem Blattgewebe und Cyanobakterien. J. Vis. Exp. (2022)Das Video zeigt die Isolierung von Plastoglobuli aus Cyanobakterien. Es beginnt mit einer Kultur von Cyanobakterien und geht durch den Zellaufschluss mit mechanischer Kraft. Die Freisetzung von photosynthetischen Pigmenten deutet auf eine erfolgreiche Lyse hin. Ein Saccharose-Stufengradient wird dann verwendet, um zelluläre Komponenten nach Dichte zu...

Beginnen Sie mit Kulturen von gramnegativen Yersinien-Arten und Nicht-Yersinia Enterobacteriaceae.Tupfen Sie die Kulturen mit sterilen Impfnadeln sowohl auf traditionellen Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin- oder CIN-Agar als auch auf modifizierten CIN-Agar.Inkubieren Sie die Platten, um das Bakterienwachstum zu fördern.Sowohl traditionelle als auch modifizierte CIN-Agars unterstützen das Wachstum von Yersinien und Nicht-Yersinien Enterobacteriaceae , die Mannitol fermentieren, um saure...

Beginnen Sie mit einer Anreicherungskultur aus Feuchtgebietsböden, die Bakteriengemeinschaften enthält.Die Kultur zeigt Feammox-Aktivität, Ammoniumoxidation gekoppelt mit Eisenreduktion, was auf die Anreicherung eines Bakteriums hinweist, das zu diesem Stoffwechselprozess fähig ist.Verdünnen Sie die Kultur seriell mit Medien.Die verdünnten Proben werden auf Testagarplatten gestreift, die mit Eisen(III)-Eisen und Ammonium ergänzt sind.Verwenden Sie Kontrollplatten, die entweder Eisen(III)-Eisen...

Quelle: Becker, B., et al. Ein einfacher, fluoreszenzbasierter Reporter-Assay zur Identifizierung zellulärer Bestandteile, die für den Transport von Ricintoxin A-Kette (RTA) in Hefe benötigt werden. J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video demonstriert die Reinigung eines polyhistidin-markierten rekombinanten Proteins mittels nickelbasierter Affinitätschromatographie. Es beschreibt wichtige Schritte, darunter bakterielle Lyse durch Sonikation, Klärung und Filtration des Lysats sowie selektive Bindung...

Quelle: Wunderlin, T., et al. Physikalische Isolierung von Endosporen aus Umweltproben durch gezielte Lyse vegetativer Zellen. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert eine Methode, um Endosporen aus einer Umweltprobe zu isolieren, die sowohl vegetative Zellen als auch verschiedene Bakterien enthält. Das Verfahren umfasst Filtration, mechanische Störung und selektive chemische Behandlung, um vegetative Zellen zu schwächen und zu lysieren, während Endosporen erhalten bleiben. Der letzte...

Quelle: Gulla, S., et al. Multi-Locus-Tandem-Repeat-Analyse des fischpathogenen Bakteriums Yersinia ruckeri mittels multiplexer PCR und Kapillarelektrophorese. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Protokoll extrahiert genomische DNA aus Yersinia ruckeri, indem isolierte Kolonien in ultrareines Wasser suspendiert und Wärme zur Lyseierung der Zellen anwendet. Die Zentrifugation trennt den DNA-haltigen Supernatanten von Zellresten und liefert so Vorlagen-DNA, die für PCR-basierte Genotypisierung und...

Quelle: Gulla, S., et al. Multi-Locus-Tandem-Repeat-Analyse des fischpathogenen Bakteriums Yersinia ruckeri mittels multiplexer PCR und Kapillarelektrophorese. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Protokoll extrahiert genomische DNA aus Yersinia ruckeri, indem isolierte Kolonien in ultrareines Wasser suspendiert und Wärme zur Lyseierung der Zellen anwendet. Die Zentrifugation trennt den DNA-haltigen Supernatanten von Zellresten und liefert so Vorlagen-DNA, die für PCR-basierte Genotypisierung und...

Quelle: Stones, D. H., et al. Biomimetische Materialien zur Charakterisierung von Bakterien-Wirt-Interaktionen. J. Vis. Exp. (2015)Dieses Video zeigt die Verwendung von bakteriomimetischen Kügelchen zur Quantifizierung der bakteriellen Adhäsion an Wirtsepithelzellen unter kompetitiven Bedingungen. Es beschreibt die Schritte bei der Behandlung der Zellen, ihrer Lyse und der Beschichtung von seriellen Verdünnungen zur Messung koloniebildender Einheiten.

Quelle: Jung, A. L. et. al., Legionella pneumophila Outer Membrane Vesicles: Isolierung und Analyse ihres entzündungsfördernden Potenzials auf Makrophagen. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt die Vorbehandlung von Makrophagen mit Legionella pneumophila Vesikeln der äußeren Membran (OMVs), um deren Wirkung auf die bakterielle Replikation zu untersuchen. Durch die Veränderung der Immunsignalisierung des Wirts machen OMVs Makrophagen durchlässiger für Infektionen. Höhere Koloniezahlen in...

Quelle: Jagau, H. et al. Pneumokokken-Infektion von primären menschlichen Endothelzellen in ständigem Fluss. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video demonstriert die Echtzeit-Visualisierung der Pneumokokken-Bindung an Strings des Von-Willebrand-Faktors (VWF) auf Endothelzellen unter konstanten Medienströmungsbedingungen. Es beschreibt die Schritte zur Stimulierung der VWF-Freisetzung, zur Markierung der Fäden und zur Quantifizierung der bakteriellen Bindung.

Quelle: Morrill, S. R., et al. Modelle der vaginalen Besiedlung von Mäusen durch anaerob gewachsene Bakterien. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt ein Protokoll zur Modellierung der vaginalen Besiedlung bei Mäusen mit antibiotikaresistenten anaeroben Bakterien. Sie beginnt mit einer Hormonbehandlung, um die epitheliale Anfälligkeit zu erhöhen, gefolgt von der vaginalen Inokulation und der Co-Inokulation unter anaeroben Bedingungen. Das Verfahren schließt mit einer Probenahme nach der...

Quelle: Li, J. et al. Entwicklung eines Zebrafisch-Infektionsmodells für Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt die Mikroinjektion von fluoreszenzmarkierten Clostridioides difficile in das Darmlumen einer anästhesierten Zebrafischlarve. Es beschreibt die Schritte der Larvenvorbereitung, der bakteriellen Injektion und der fluoreszenzmikroskopischen Bestätigung der bakteriellen Lokalisierung im Darm.

Quelle: Cruz-Adalia, A., et al. T-Zellen fangen Bakterien durch Transinfektion aus dendritischen Zellen ein. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt bakterielle Transinfektionen durch antigenspezifische T-Zell-dendritische Zell-Interaktionen. Mit Bakterien infizierte dendritische Zellen, die Ovalbumin-Peptid präsentieren, werden mit T-Zellen inkubiert, entweder direkt oder durch eine Membran getrennt. Der direkte Kontakt ermöglicht die Bildung immunologischer Synapsen, die einen...

Quelle: Balczon, R., et al. Verfahren zum Nachweis zytotoxischer Amyloide nach Infektion von Lungenendothelzellen durch Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Erzeugung eines zytotoxischen Überstands aus pulmonalen Endothelzellen nach einer Infektion mit Pseudomonas aeruginosa. Es wird beschrieben, wie bakterielle Effektorproteine die Struktur von Wirtszellen stören und die Freisetzung von zytotoxischen Amyloid-Oligomeren in den Überstand induzieren.

Quelle: Lee, H. et. al., Split Green Fluorescent Protein System to Visualize Effectors, die während der Infektion von Bakterien abgegeben werden. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt eine Methode zur Überwachung der bakteriellen Infektion und der Verabreichung von Effektorproteinen in Pflanzenzellen unter Verwendung der Komplementation des grün fluoreszierenden Superordners (sfGFP) in Kombination mit konfokaler Mikroskopie. Der Ansatz ermöglicht eine präzise Visualisierung der...

Quelle: Islam, A., et al., Bewertung der intestinalen Transzytose von neonatalen Escherichia coli Bakteriämie-Isolaten. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Beurteilung der Transzytose von neonatalen Escherichia coli über intestinale Epithelmonoschichten unter Verwendung von Transwell-Inserts, elektrischer Widerstandsmessung und bakterieller Quantifizierung.

Quelle: Anderson, Q. L., et al. Ein Pathosystem von C. elegans mit hohem Durchsatz und hohem Gehalt auf Flüssigkeitsbasis. J. Vis. Exp. (2018)Das Video zeigt einen flüssigkeitsbasierten Assay, bei dem genetisch veränderte C . elegans-Larven in einer Mikroplatte pathogenen Bakterien ausgesetzt werden. Bakterielle Toxine, die in das Medium ausgeschieden werden, führen zu Stress und Tod des Wirts. Ein Fluoreszenzfarbstoff färbt tote Würmer und ermöglicht so eine bildgebende Quantifizierung der...

Quelle: Yarringto, K. D., et al. Kinetische Visualisierung von einzelligen bakteriellen Interaktionen zwischen den Spezies. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt die Vorbereitung eines Kokultursystems mit beweglichen und nicht-beweglichen Bakterien unter einem Agarose-Pad für die Bildgebung lebender Zellen. Es wird gezeigt, wie bewegliche Bakterien chemische Lockstoffe erkennen und in unbewegliche Kolonien eindringen, wodurch bakterielle Wechselwirkungen aufgedeckt werden.

Quelle: Sorokulova, I., et al. Prävention von nachteiligen Auswirkungen von Hitzestress bei Ratten durch den Stamm Bacillus subtilis . J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt Ratten, die mit nützlichen Bakterien oder phosphatgepufferter Kochsalzlösung (PBS) vorbehandelt und Hitzestress ausgesetzt wurden, um die Integrität der Darmbarriere zu bewerten. Im Gegensatz zu zahlreichen Kolonien bei Kontrollratten deuten weniger aus dem Darm stammende Bakterienkolonien aus der Leber der behandelten...

Quelle: Yi, Y., et al. Pflanze-Mikroben-Interaktion: Transkriptionelle Reaktion von Bacillus mycoides auf Kartoffelwurzelexsudate. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Vorbereitung und Behandlung von Bacillus mycoides-Kulturen zur Untersuchung von Pflanzen-Mikroben-Interaktionen. Er beschreibt die Schritte vom Streifen einer Stammkultur und deren Inkubation in flüssigem Medium bis hin zur Exposition der Bakterien gegenüber Pflanzenwurzelausscheidungen unter Rühren. Der Prozess gipfelt in...

Quelle: Venuprasad, K., et al. Intratracheale Verabreichung von Haemophilus influenzae in Mausmodellen zur Untersuchung von Atemwegsentzündungen. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die intratracheale Verabreichung eines lungenpathogenen bakteriellen Inokulums an eine anästhesierte Maus, um eine Infektion der unteren Atemwege zu modellieren.

Quelle: Taylor, M. N., et.al. Verwendung von Einzelwurmdaten zur Quantifizierung der Heterogenität bei Caenorhabditis elegans-bakteriellen Interaktionen. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Exposition von keimfreien, altersangepassten Caenorhabditis elegans-Würmern gegenüber einem Bakterienstamm zur Darmbesiedlung. Sie erklärt die selektive Entfernung von nicht anhaftenden und externen Bakterien, wobei nur lebensfähige Bakterien, die am Darmepithel haften, zur Quantifizierung übrig...

Quelle: Taylor, M. N. et al. Verwendung von Einzelwurmdaten zur Quantifizierung der Heterogenität bei Caenorhabditis elegans-bakteriellen Interaktionen. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Quantifizierung der Variabilität der bakteriellen Belastung des Darms bei einzelnen Caenorhabditis elegans durch mechanische Störungen. Es beschreibt die Schritte für die Probenvorbereitung, den mechanischen Aufschluss, die serielle Verdünnung und die Koloniezählung, um Unterschiede in der...

Endophytische Bakterien besiedeln Pflanzengewebe und fördern das Pflanzenwachstum.Um ihre Auswirkungen auf das Wachstum von Tomatenpflanzen unter Salzstress zu untersuchen, beginnen Sie mit sterilen Sämlingen, die sich entwickelnde Blätter und Wurzeln zeigen.Tauchen Sie die Wurzeln des experimentellen Sämlings in eine Suspension endophytischer Bakterien; Lassen Sie die Kontrolle ungeimpft.Übertragen Sie beide Gruppen in sterilisierte Erde, um eine äußere mikrobielle Interferenz zu verhindern,...

Nehmen Sie eine Inokulummischung aus phosphatlöslichen Bakterien oder PSB und violetten Nicht-Schwefelbakterien oder PNSB.Sprühen Sie die Mischung auf den Boden, der mit Dünger und Kuhmist vermischt ist.Säen Sie den Samen aus und bedecken Sie ihn mit der Erde.Lassen Sie die Pflanze wachsen.Die Bakterien lokalisieren sich in der Nähe der Wurzel in einer Zone, die Rhizosphäre genannt wird.PSB wandelt unlösliche Bodenphosphate in lösliche Formen um.In der Zwischenzeit bindet PNSB Stickstoff, indem...

Beginnen Sie mit Reissetzlingen, die unter dunklen, aseptischen Bedingungen vorgekeimt sind, um einen gleichmäßigen Keimen zu gewährleisten.Diese Sämlinge werden in einen Kolben umgefüllt, der ein nährstoffreiches, halbfestes Medium enthält, das mit einem Prüfbakterium vorbeimpft ist.Während des Wachstums der Pflanze geben die Wurzeln chemotaktische Verbindungen an das umgebende Medium ab.Diese Verbindungen stimulieren die bakterielle Vermehrung, was zu Adhäsion, Vermehrung und Koloniebildung...

Quelle:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21Universität Liverpool, 2 Universität DundeeDieses Video zeigt die Verwendung eines 3D-gedruckten, silikonbeschichteten Geräts, das die Innenfläche von Harnkathetern nachahmt, um katheterassoziierte Harnwegsinfektionen zu simulieren.

Quelle: Arroyo, M. C., et al. Bewertung der Lebensfähigkeit eines synthetischen bakteriellen Konsortiums an der in-vitro-Darm-Wirt-Mikroben-Schnittstelle. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video demonstriert die Viabilitätsbewertung einer synthetischen oralen mikrobiellen Gemeinschaft während simulierter oraler, magischer und intestinaler Verdauung. Das bakterielle Überleben wird nach jeder Phase quantifiziert und zeigt einen fortschreitenden Rückgang aufgrund von Verdauungsstress.

Quelle: Okamoto, A., et al. Eigenständiges elektrochemisches Setup zur Anreicherung anodenatmender Bakterien vor Ort. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video demonstriert den Einsatz eines vor Ort vorhandenen elektrochemischen Systems zur Anreicherung von anodenatmenden Bakterien (ARB) aus natürlichen Reservoirs. Ein Redoxgradient wird hergestellt, indem die Anode in sauerstofffreies Tiefwasser und die Kathode in sauerstoffreiches Oberflächenwasser platziert wird. ARB bilden Biofilme und übertragen...

Quelle: Ahmadi, S., et al. Ein In-vitro-Batch-Kulturmodell zur Abschätzung der Auswirkungen interventioneller Regimes auf die menschliche Stuhlmikrobiota. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video demonstriert eine Methode zur Modellierung der Darmmikrobieller Fermentation, indem Fäkalproben mit fermentierbaren Ballaststoffen unter anaeroben Bedingungen inkubiert werden, um die Produktion von Metaboliten durch die Darmmikrobiota zu untersuchen.

Quelle: Biller, S. J., et al. Isolierung und Charakterisierung cyanobakterieller extrazellulärer Vesikel. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Präparation von extrazellulären Cyanobakterienvesikeln für die Transmissionselektronenmikroskopie durch Negativfärbung, die eine hochauflösende Visualisierung der Vesikelmorphologie, -größe und -reinheit für strukturelle und vergleichende Analysen ermöglicht.

Quelle: Zhang, Y., et al. Anwendung von fluoreszierenden Nanopartikeln zur Untersuchung des Umbaus des endolysosomalen Systems durch intrazelluläre Bakterien. J. Vis. Exp. (2015)Dieses Video zeigt die Verwendung von fluoreszierenden Nanopartikeln zur Visualisierung des endolysosomalen Umbaus in menschlichen Epithelzellen, die von intrazellulären Bakterien infiziert sind. Nach der bakteriellen Invasion manipulieren die Erreger das Zytoskelett des Wirts und das endolysosomale System und bilden...

Quelle: Valentine, M. E., et al. Generierung von In-Frame-Gendeletionsmutanten in Pseudomonas aeruginosa und Test auf Virulenzabschwächung in einem einfachen Mausmodell der Infektion. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video demonstriert die Verwendung von Biolumineszenz, um das in vivo-Verhalten von virulenten und abgeschwächten Bakterienstämmen bei Mäusen zu visualisieren und zu vergleichen. Es beschreibt die Herstellung von biolumineszierenden Bakteriensuspensionen und deren intraperitoneale...

Quelle: Guo, S., et al. Quantifizierung der Motilität des bakteriellen Oberflächenschwarms auf Induktorgradientenplatten. J. Vis. Exp. (2022).Dieses Video zeigt die Verwendung einer doppellagigen Gradientenschwarmplatte, um das Schwarmverhalten von Bakterien unter unterschiedlichen Inhibitorkonzentrationen zu untersuchen. Eine Platte mit einem gradientenbildenden Inhibitor in der unteren Schicht wird mit Bakterien beimpft und inkubiert. In regelmäßigen Abständen werden Bilder aufgenommen, um...

Quelle: Zhang, X., et al. Ein Zebrafisch-Embryomodell für die In-vivo-Visualisierung und Intravitalanalyse von Biomaterial-assoziierten Staphylococcus aureus-Infektionen . J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Fluoreszenzbildgebung von Zebrafischembryonen, die mit Staphylococcus aureus injiziert wurden, was eine Quantifizierung des Infektionsverlaufs und der bakteriellen Verteilung ermöglicht, um den Einfluss von Biomaterial-Mikrosphären auf Wirt-Pathogen-Interaktionen in vivo zu bewerten.

Quelle: Schlimpert, S. et al. Fluoreszenz-Zeitraffer-Bildgebung des kompletten Lebenszyklus von S. venezuelae mit einem mikrofluidischen Gerät. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Fluoreszenz-Zeitraffer-Bildgebung des gesamten Lebenszyklus des Bakteriums Streptomyces venezuelae mit einem mikrofluidischen Gerät, um die Keimung, das Hyphenwachstum und die Sporulation in Echtzeit zu visualisieren.

Quelle: Bru, J., et.al. Zeitraffer-Bildgebung von Bakterienschwärmen und der kollektiven Stressreaktion. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt, wie das Schwarmvermeidungsverhalten bei Pseudomonas aeruginosa mit Hilfe eines Schwarmagarplatten-Assays visualisiert und gemessen werden kann. Es zeigt den Aufbau für die Zeitraffer-Bildgebung unter kontrollierten Bedingungen und erklärt, wie Antibiotika-induzierte Stresssignale die Bewegung von Bakterien umleiten, was durch Bildanalyse quantifiziert...

Quelle: Heering, J., et al., Induktion der zellulären Differenzierung und Einzelzellbildgebung von Vibrio parahaemolyticus Schwimmer- und Schwarmerzellen. J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video zeigt die Präparation von Schwarmzellen aus einer Vibrio parahaemolyticus-Kolonie für die Fluoreszenzbildgebung. Die Bakterien sind gentechnisch so verändert, dass sie ein Fluorophor-markiertes Protein exprimieren, das unipolar in Schwimmerzellen und bipolar in länglichen Schwarmzellen lokalisiert ist, was...

Quelle: Bennett, J. A. et al. Visuelle und mikroskopische Bewertung von Streptomyces-Entwicklungsmutanten . J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt den Einsatz von Phasenkontrastmikroskopie zur Untersuchung phänotypischer Unterschiede zwischen Wildtyp- und mutiertem Streptomyces coelicolor. Es beschreibt die Schritte bei der Aufbereitung und Abbildung von Luftfilamenten, um Entwicklungsdefekte bei der Sporenbildung zu erkennen.

Quelle: Chu, W. und Zhuang, X. Visualisierung der bakteriellen Motilität basierend auf einer Farbreaktion. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt einen auf Redoxfarbstoffen basierenden halbfesten Agar-Assay zur Beurteilung der bakteriellen Motilität durch visuelle Unterscheidung von beweglichen und nicht-beweglichen Stämmen.

Quelle: Pioli, R., et al., Strukturierung von Mikroorganismen und Mikropartikeln durch sequentielle Kapillaritäts-unterstützte Assemblierung. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Methode zum Einfangen einzelner fluoreszenzmarkierter Escherichia coli (E. coli)- Zellen in mikrofluidischen Fallen unter Verwendung einer kohlenstofffreien Suspension und eines kontrollierten Flusses, gefolgt von einer Nährstoffzugabe zur Auslösung des Wachstums und der Fluoreszenzbildgebung von Mikrokolonien.

Quelle: Wen, J., Pasman, et. al., Visualisierung von Germinosomen und der inneren Membran in Bacillus subtilis-Sporen . J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Verwendung von strukturierter Beleuchtungsmikroskopie, um dreidimensionale Fluoreszenzbilder zu erhalten, die die Organisation von Keimproteinen innerhalb der Bakterienspore zeigen.

Quelle: Oms, T., et al. Populations- und Einzelzellanalyse der Antibiotikapersistenz in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video stellt ein Protokoll zur Überwachung einzelner Bakterienzellen vor, die ein fluoreszenzmarkiertes DNA-bindendes Protein in einem mikrofluidischen System exprimieren. Es zeigt, wie Antibiotika die meisten Zellen hemmen, während eine Subpopulation von Persisterzellen die Behandlung überlebt und nach der Entfernung von Antibiotika wieder nachwächst.

Quelle: Murata, K. et. al., Visualisierung der DNA-Kompression in Cyanobakterien durch Hochspannungs-Kryo-Elektronentomographie. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die synchrone Kultivierung von Cyanobakterien unter Hell-Dunkel-Zyklen, um die zirkadiane regulierte DNA-Verdichtung zu untersuchen. Die Fluoreszenzmikroskopie zeigt kondensierte DNA zu definierten Zeitpunkten und bestätigt damit die Ausrichtung des Zellzyklus in der gesamten Population.

Quelle: Chetrit, D., et al. Anwendung von Lebendzellbildgebung und Kryo-Elektronentomographie zur Aufklärung räumlich-zeitlicher Merkmale des Legionella pneumophila dot/icm-Sekretionssystems. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video demonstriert die Verwendung von Fluoreszenzbildgebung lebender Zellen zur Quantifizierung der Polarität und Dynamik von Komponenten des Sekretionssystems in Legionella pneumophila und ermöglicht die Analyse der räumlichen Rekrutierung und zytosolischen Umverteilung, die für...

Quelle: Chetrit, D., et al. Anwendung von Lebendzellbildgebung und Kryo-Elektronentomographie zur Aufklärung räumlich-zeitlicher Merkmale des Legionella pneumophila dot/icm-Sekretionssystems. J. Vis. Exp. (2020)Das Video beschreibt, wie Legionella pneumophila-Proben für die Kryo-Elektronentomographie durch Kombination von Bakterienkultur, Markierung von Goldnanopartikeln und Vitrifikationstechniken vorbereitet werden. Das Verfahren bewahrt native zelluläre Strukturen und ermöglicht eine...

Quelle: Weber, N., et al., Natürliche Transformation, Proteinexpression und Kryokonservierung des filamentösen Cyanobakteriums Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Beurteilung der Gleitmotilität in Phormidium-Lacuna durch Homogenisierung von Filamentkulturen zur Herstellung einer einheitlichen Suspension, Vorbereitung eines Petriplatten-Assay-Aufbaus über einem Objektträger und Visualisierung der Filamentbewegung.

Quelle: Sorokulova, I., et al. Verhinderung von Hitzestress-Nebenwirkungen bei Ratten durch den Bacillus-subtilis-Stamm. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video präsentiert histologische und blutmikroskopische Analysen, die zur Bewertung der schützenden Wirkung von Bacillus subtilis bei Ratten mit Hitzestress eingesetzt werden.

Quelle: Chaimovitz, E. A. et al. Kontinuierliche Messung des biologischen Rauschens in Escherichia coli mittels Zeitraffermikroskopie. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video demonstriert die Echtzeitvisualisierung biologischer Rauschen in E. coli, indem Schwankungen der GFP-Fluoreszenz während des Bakterienwachstums und der Teilung mittels Zeitraffermikroskopie verfolgt werden.

Quelle: Fattahi, N., et al. Photoabbaubare Hydrogel-Grenzflächen für das Screening, die Selektion und die Isolierung von Bakterien. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Verwendung von photoabbaubaren Hydrogelen zur Isolierung von Bakterienkolonien in Silizium-Mikrotiter-Arrays. Bakterienzellen werden zunächst in Mikrovertiefungen geladen, in ein vernetztes Hydrogel eingekapselt und in unterschiedlichen Kolonien kultiviert. Bei Einwirkung von ultraviolettem Licht ermöglicht der gezielte...

Quelle: Feltwell, T., et.al. Trennung von Bakterien nach Kapselmenge unter Verwendung eines diskontinuierlichen Dichtegradienten. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Präparation und Charakterisierung von Bakterienstämmen mit unterschiedlicher Kapselproduktion. Pathogene Stämme, die unterschiedliche Mutationen in kapselbezogenen Genen tragen, werden kultiviert, in flüssigen Medien gezüchtet und einer Zentrifugation unterzogen, um Kapselphänotypen anhand der Pelletdichte zu unterscheiden.

Quelle: Le Nagard, L., et al. Wachsende magnetotaktische Bakterien der Gattung Magnetospirillum: Stämme MSR-1, AMB-1 und MS-1. J. Vis. Exp. (2018).Dieses Video zeigt, wie Magnetospirillum-Bakterien unter mikroaeroben Bedingungen sowohl mit flüssigen als auch mit halbfesten Medien kultiviert werden können. Es zeigt die Bildung einer sichtbaren Bakterienbande an der oxisch-anoxischen Grenzfläche und deren Aufwärtswanderung, wenn der Sauerstoff erschöpft ist. Das Video zeigt auch, wie man das...

Quelle: Valentine, M. E., et al. Generierung von In-Frame-Gendeletionsmutanten in Pseudomonas aeruginosa und Test auf Virulenzabschwächung in einem einfachen Mausmodell der Infektion. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video zeigt die Erzeugung von Double-Crossover-Rekombinanten in Pseudomonas aeruginosa unter Verwendung einer plasmidbasierten Gendeletionsstrategie. Der Prozess beinhaltet die Selektion von Bakterien, die ein nicht-replikatives Plasmid beherbergen, das über einen einzigen Crossover in...

Quelle: Schlimpert, S., et al. Fluoreszenz-Zeitraffer-Bildgebung des kompletten Lebenszyklus von S. venezuelae mit einem mikrofluidischen Gerät. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Kultivierung und Isolierung von Sporen aus Streptomyces venezuelae. Sporen, ruhende Zellen, die Bakterien helfen, Stress zu überleben, werden während der Nährstofflimitierung produziert und durch Zentrifugation gesammelt. Das Verfahren gewährleistet eine reine, kalt gelagerte Sporensuspension für nachgelagerte...

Quelle: Heering, J., et al. Induktion der zellulären Differenzierung und Einzelzellbildgebung von Vibrio parahaemolyticus , Schwimmer- und Schwarmzellen. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt die Induktion der Schwarmzelldifferenzierung in Vibrio parahaemolyticus unter Verwendung eines speziell präparierten Agarmediums. Durch die Manipulation von Umwelteinflüssen wie Eisenabbau, Kalziumergänzung und Oberflächenkontakt werden die Bakterien dazu angeregt, von ihrer Schwimmerform in längliche...

Quelle: Li, J., et. al., Entwicklung eines Larven-Zebrafisch-Infektionsmodells für Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt die Isolierung und Kultivierung von Clostridioides difficile Bakterien aus dem Darm von Zebrafischlarven. Der infizierte Darm wird präpariert, homogenisiert und in selektiven anaeroben Medien inkubiert, die Antibiotika enthalten. Diese Bedingungen unterdrücken konkurrierende Mikroben und fördern das Wachstum lebensfähiger Zellen.

Quelle: Ayivi, R. et al., Die Kultivierung, das Wachstum und die Lebensfähigkeit von Milchsäurebakterien: Eine Perspektive der Qualitätskontrolle. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Methode zur Rückgewinnung von kältegestressten Milchsäurebakterien aus einem gefrorenen Glycerinbestand, zur Wiederherstellung der bakteriellen Lebensfähigkeit durch anaerobe Inkubation und zur Isolierung aktiver Kolonien für die Kulturexpansion.

Quelle: Kuo, C., et al. Nachweis der besiedlung durch enterohämorrhagische Escherichia coli im murinen Wirt durch nicht-invasives In vivo Biolumineszenzsystem. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Herstellung einer Luciferase-exprimierenden enterohämorrhagischen Escherichia coli-Suspension aus gefrorenem Bestand zur Verwendung als orales Inokulum in Tiermodellen. Dies ermöglicht die biolumineszierende Echtzeit-Verfolgung der Darmbesiedlung während in vivo Infektionsstudien.

Quelle: Nathoo, N., et al. Ein hydroponisches Co-Kultivierungssystem zur gleichzeitigen und systematischen Analyse der molekularen Interaktionen und Signalwege von Pflanzen und Mikroben. J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video zeigt ein hydroponisches Co-Kultivierungssystem zur Untersuchung von Pflanzen-Bakterien-Interaktionen unter sterilen Bedingungen. Die Pflanzensämlinge werden in ein steriles, saures Wachstumsmedium überführt, inkubiert und auf Kontamination untersucht, bevor sie mit...

Quelle: Figueroa, D. M., et al. Herstellung und Visualisierung von bakteriellen Sphäroplasten und Protoplasten zur Charakterisierung der antimikrobiellen Peptidlokalisierung. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt eine Schritt-für-Schritt-Anleitung zur Erzeugung von Protoplasten aus dem grampositiven Bakterium Bacillus megaterium.

Quelle: Eggers, C. H. Phagen-vermittelte genetische Manipulation der Lyme-Borreliose Borrochäte Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Herstellung einer genetisch veränderten Borrelia burgdorferi-Kultur , die mit ruhender Bakteriophagen-DNA hergestellt wurde, die ein Antibiotikaresistenzgen trägt. Nach der Auswahl und Inkubation von Antibiotika löst ein chemischer Induktor DNA-Schäden aus, die zur Exzision, Replikation und Assemblierung neuer Virionen führen, die das...

Quelle: Morales-Soto, N. et. al., Preparation, Imaging, and Quantification of Bacterial Surface Motility Assays. J. Vis. Exp. (2015)Dieses Video zeigt einen Schwarm-Assay mit Bakterien, die grün fluoreszierendes Protein exprimieren, um die Oberflächenmotilität auf weichem Agar zu beobachten. Die Zeitraffer-Bildgebung erfasst die koordinierte Expansion und Rankenbildung und hebt die bakterielle Oberflächenmotilität hervor.

Quelle: Anwar, Z., et al. Anreicherung und Nachweis von Clostridium perfringens-Toxinotypen in Lebensmitteleinzelhandelsproben. J. Vis. Exp. (2019).In diesem Video werden sulfitreduzierende Bakterien in einem sulfithaltigen Agarmedium kultiviert, wo sie anaerob wachsen und Sulfit zu Schwefelwasserstoff reduzieren, wobei sie mit Eisenionen schwarze Ausfällungen bilden. Schwarze Kolonien werden mit aseptischen Techniken aus der Agartiefe isoliert und zur fortgesetzten anaeroben Inkubation in...

Quelle: Morita, M., et al. Bakterielle Zellkultur auf Einzelzellebene in riesigen Vesikel. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt eine Methode zur Kultivierung und Beobachtung einzelner Bakterienzellen, die in riesigen Vesikeln eingekapselt sind, die an einer gestützten Lipiddoppelschicht verankert sind. Das System ermöglicht eine stabile, langfristige Abbildung der Wachstumsdynamik einzelner Zellen in einer begrenzten, physiologisch relevanten Mikroumgebung.

Quelle: Tomás, J. M., et al. Generierung von Nullmutanten zur Aufklärung der Rolle bakterieller Glykosyltransferasen bei der bakteriellen Motilität. J. Vis. Exp. (2022).Dieses Video zeigt die initiatorabhängige Amplifikation eines Suizidplasmids in E. coli. Das Plasmid, das ein Antibiotikaresistenzgen trägt, repliziert sich nur in Gegenwart eines Initiatorproteins, das vom Wirt kodiert wird. Nach der Elektroporation und Inkubation in Rückgewinnungsmedium wird das Gemisch auf antibiotikahaltigen...

Quelle: Cafini, F., et.al. Methodik zur Untersuchung des horizontalen Gentransfers bei Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt die kompetenzinduzierte DNA-Aufnahme in Staphylococcus aureus durch natürliche Transformation. Ein Chloramphenicol-empfindlicher Stamm, der so entwickelt wurde, dass er konstitutiv einen Sigma-Faktor exprimiert, wird unter nährstofflimitierenden Bedingungen kultiviert, um die Kompetenz zu verbessern, und dann mit Spender-DNA inkubiert, die ein...

Quelle: Anderson, Q. L., et al., Ein Pathosystem mit hohem Durchsatz, hohem Gehalt, flüssig basiertem C. elegans . J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Vorbereitung von RNA-Interferenz-Bakterien (RNAi), die Plasmide tragen, um die Expression des Zielgens zu hemmen. Es werden die Auswahl-, Wachstums- und Induktionsschritte von RNAi-Bakterien zur Herstellung von dsRNA-exprimierenden Platten für nachgelagerte Assays beschrieben.

Quelle: Brodl, E., et al. In situ Messung und Korrelation der Zelldichte und Lichtemission von biolumineszierenden Bakterien. J. Vis. Exp. 1 (2018)Dieses Video zeigt die Kultivierung mariner biolumineszierender Bakterien, um die durch Quorum Sensing vermittelte Aktivierung des Lumineszenz-Operons zu beobachten, was eine Echtzeitüberwachung der Genexpression und Lichtemission für Studien zur mikrobiellen Kommunikation und Genregulation ermöglicht.

Quelle: Gilmore, S. F., et al. Zellfrei skalierte Produktion und adjuvante Addition an ein rekombinantes Hauptprotein der äußeren Membran aus Chlamydia muridarum für die Impfstoffentwicklung. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die zellfreie Synthese von Nanodisc-stabilisierten Membranprotein-Antigenen unter Verwendung eines Dual-Kompartiment-Systems. Das Gerät bietet optimale Bedingungen für eine effiziente Proteinsynthese, eine ordnungsgemäße Faltung und eine stabile Integration in...

Quelle: Bru, J., et al., Time-lapse Imaging of Bacterial Swarms and the Collective Stress Response. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Analyse des Schwarmverhaltens von Pseudomonas aeruginosa , indem das Bakterienwachstum von einer zentralen Kultur zu Satellitenspots beobachtet wird, die dieselbe Kultur mit einem Antibiotikum mischen, unter Verwendung eines Agarplatten-Setups und Zeitraffer-Bildgebung.

Quelle: Liu, P. C., et al. Entwicklung und Verwendung eines kostengünstigen, automatisierten Morbidostat für die adaptive Evolution von Bakterien unter Auswahl von Antibiotika. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert die Verwendung eines mikrofluidischen Chips zur Visualisierung und zum Vergleich des Wachstums und der Morphologie von Wildtyp- und Trimethoprim-resistenten E. coli-Stämmen unter Trimethoprim-Antibiotika-Stress.

Quelle: Bhaduri, S., et al., Mikrobiologisch induzierte Calcitfällung vermittelt durch Sporosarcina pasteurii. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Methode der Anreicherung von Sporosarcina pasteurii mit Harnstoff und Calciumchlorid, um die Ureaseaktivität auszulösen, was zur Bildung von sichtbaren Calcitkristallen durch mikrobiologisch induzierte Calcitfällung (MICP) führt.

Quelle: Figueroa, D. M., et.al. Herstellung und Visualisierung von bakteriellen Sphäroplasten und Protoplasten zur Charakterisierung der antimikrobiellen Peptidlokalisierung. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Produktion von Escherichia coli Sphäroplasten, indem zunächst die Zellteilung gehemmt wird, um die Filamentation zu induzieren, gefolgt von einem enzymatischen Verdau der Zellwand. Der Prozess umfasst die kontrollierte Zugabe eines Chelatbildners, DNase, und eines osmotischen...

Quelle: Collins, A. J., et al., Etablierung stabiler binärer Kulturen von symbiotischen Saccharibakterien aus der Mundhöhle. J. Vis. exp. (2021)Dieses Video zeigt die Etablierung und Aufrechterhaltung einer binären Kultur von Saccharibakterien und ihrem Wirtsbakterium durch sequentielle Co-Inkubation in wirtsspezifischem Wachstumsmedium.

Quelle: Erdogan, F., et al., Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Übertragung eines F-Plasmids von Spender- auf Empfänger-E. coli-Zellen unter Verwendung eines Rettungsplasmids und der Selektion von Transkonjuganten durch duale Antibiotikaresistenz. Der Prozess umfasst das Mischen von Bakterienkulturen, die Inkubation ohne Schütteln, das Unterbrechen von...

Quelle: Cheng, C., et al. Inaktivierung von Krankheitserregern durch Photolyse von Riboflavin-5'-Phosphat im sichtbaren Licht. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt eine Methode zur Bewertung der phototoxischen Wirkungen von Flavinmononukleotid (FMN) auf pathogene Bakterien. Bakterienkulturen werden steigenden Konzentrationen von FMN ausgesetzt und mit sichtbarem Licht beleuchtet, um reaktive Sauerstoffspezies (ROS) zu erzeugen, die zelluläre Komponenten schädigen. Die überlebenden Bakterien...

Quelle: Gupta, S., et al. Isolierung und Charakterisierung extrazellulärer Vesikel, die von eisenlimitierten Mykobakterien produziert werden. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Kultivierung von Mycobacterium tuberculosis unter eisenbeschränkten Bedingungen, um Eisenstress zu induzieren und die Sekretion von Siderophoren zu fördern, die das Überleben der Bakterien unterstützen.

Quelle: Niu, L., et al., Visualisierung des lytischen Zelltods von Makrophagen während einer mykobakteriellen Infektion in Zebrafischembryonen über Intravitalmikroskopie. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Herstellung einer Mycobacterium marinum-Einzelzellsuspension aus einer Kultur in der Spätlog-Phase für den konsistenten Einsatz in Infektionsassays und Downstream-Anwendungen.

Quelle: Paschke, P., et al. Gentechnik von Dictyostelium discoideum-Zellen basierend auf Selektion und Wachstum auf Bakterien. J. vis. exp. (2019).Dieses Video zeigt das Verfahren zur Einführung eines Plasmids, das ein Zielgen trägt, in Amöbenzellen mittels Elektroporation, gefolgt von der Rückgewinnung in einem bakteriellen Ergänzungsmittel, um eine effiziente Genabgabe in Wildtyp-Amöben zu ermöglichen.

Quelle: Gutiérrez, S., et. al., Isolierung von Salmonella typhimurium-haltigen Phagosomen aus Makrophagen. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt die Kultivierung und Aufbereitung von Salmonella typhimurium , um eine saubere, stoffwechselaktive Bakteriensuspension zu erhalten, die für den experimentellen Einsatz geeignet ist.

Quelle: Lin, P., et al. Synthese von Natriumwolframat und Natriummolybdat-Mikrokapseln über bakterielle Mineralausscheidung. J. Vis. Exp. (2018).Dieses Video zeigt die Vorbereitung einer monoklonalen Bakterienkultur für die Mineralproduktion durch serielle Verdünnung und Kolonieisolierung auf einer Agarplatte. Durch das Schütteln der Platte mit Glasperlen werden einzelne Zellen räumlich getrennt, um genetisch einheitliche Kolonien zu bilden, die dann zum Wachstum in flüssige Medien überführt...

Quelle: Lin, P., et al. Synthese von Natriumwolframat und Natriummolybdat-Mikrokapseln über bakterielle Mineralausscheidung. J. Vis. Exp. (2018).Dieses Video zeigt das Verfahren zur Synthese von starren Metalloxid-Mikrokapseln durch Kultivierung metallreduzierender Bakterien mit Metallionen, gefolgt von einer sequentiellen Reinigung durch Beschallung, Zentrifugation und Ethanolwäsche.

Quelle: Fuchs, F. M., et al. Untersuchung der nachteiligen Auswirkungen der Niederdruck-Plasmasterilisation auf das Überleben von Bacillus subtilis-Sporen mittels Lebendzellmikroskopie. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt die Herstellung, Reinigung und aerosolbasierte Abscheidung von Bacillus subtilis-Sporen , um eine einheitliche Monoschicht zu erzeugen, die nachgelagerte Anwendungen wie die mikroskopiebasierte Analyse der Sporenkeimung, der Lebensfähigkeit oder der Stressreaktion ermöglicht.

Quelle: Vieira, J., et al. Design und Entwicklung eines Modells zur Untersuchung der Wirkung von zusätzlichem Sauerstoff auf das Mikrobiom der Atemwege von Mukoviszidose. J. Vis. Exp. (2021).Dieses Video zeigt die Herstellung eines künstlichen Sputummediums, das die Viskosität, die Nährstoffzusammensetzung und den pH-Wert des Mukoviszidose-Lungenauswurfs nachahmt. Das resultierende Medium bietet eine physiologisch relevante Plattform für ex vivo-Studien.

Quelle: Maurakis, S. und Cornelissen, C. N. Metallbegrenztes Wachstum von Neisseria gonorrhoeae zur Charakterisierung von metallresponsiven Genen und Metallerwerb aus Wirtsliganden. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Züchtung von Neisseria gonorrhoeae unter metallbegrenzten Bedingungen unter Verwendung eines definierten, metallarmen Mediums.

Quelle: Naji, A., et al. Untersuchung des oxidativen Stresses, der durch die Streptokokken der Mitisgruppe bei Caenorhabditis elegans verursacht wird. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt die Methode zur Kultivierung von Streptococcus mitis unter mikroaerophilen Bedingungen unter Verwendung von Todd-Hewitt-Hefeextrakt oder THY-Agar-Medium, um Bakterienkulturen für Wirt-Pathogen-Interaktionsstudien vorzubereiten.

Quelle: Venuprasad, K. et. al., Intratracheale Verabreichung von Haemophilus influenzae in Mausmodellen zur Untersuchung von Atemwegsentzündungen. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Kultivierung von nicht-typisierbaren Haemophilus influenzae und die Vorbereitung eines dosisstandardisierten Inokulums für nachgeschaltete Kolonisations- oder Infektionsstudien.

Quelle: Stefan, A., et al., Die vielfältigen Vorteile der Protein-Co-expression in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Transformation von Escherichia coli mit einem Plasmid, das ein Antibiotikaresistenzgen trägt, einschließlich Zellvorbereitung, Elektroporation, Wiederherstellung und Auswahl von Transformanten.

Quelle: Jiang, H., Ho, M. Isolierung und Charakterisierung von intaktem Phycobilisom in Cyanobakterien. J. Vis. Exp.(2021).Dieses Video zeigt das Verfahren zur Kultivierung von Cyanobakterien zur Gewinnung von Biomasse durch Züchtung von Zellen unter kontinuierlicher Beleuchtung mit Kohlendioxidzufuhr und nährstoffreichen Bedingungen, gefolgt von der Ernte durch Zentrifugation.

Quelle: Wiegand, D. J., Lee, et al., Zellfreie Proteinexpression unter Verwendung des schnell wachsenden Bakteriums Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt den Anbau und die Ernte von Vibrio natriegens, einem schnell wachsenden Bakterium, unter belüfteten Bedingungen, um Bakterienpellets für die Herstellung von Rohextrakten vorzubereiten.

Quelle: Wiegand, D. J., et al. Zellfreie Proteinexpression mit dem schnell wachsenden Bakterium Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt die Herstellung eines Zellextrakts aus Vibrio natriegens, einem schnell wachsenden Bakterium, das für seine hohe Proteinsyntheserate bekannt ist. Das Bakterienpellet wird vor der Beschallung auf Eis gewaschen und in Lysepuffer resuspendiert, um einen zellulären Abbau zu verhindern. Das Lysat wird zentrifugiert, um unlösliche Zelltrümmer zu...

Quelle: Wiegand, D. J., et al. Zellfreie Proteinexpression unter Verwendung des schnell wachsenden Bakteriums Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt die Verwendung eines bakteriellen zellfreien Proteinexpressionssystems auf Basis von Vibrio natriegens Rohlysat zur Durchführung einer gekoppelten in vitro Transkription und Translation. Beleuchtet wird die Herstellung eines Mastermixes mit essentiellen Komponenten und die schrittweise Synthese funktioneller Proteine aus einem...

Quelle: Jian, X., et al., Automatisierte mikrobielle Kultivierung und adaptive Evolution mit dem mikrobiellen Mikrotröpfchenkultursystem (MMC). J. Vis. Exp. (2022).Dieses Video zeigt die Verwendung eines mikrobiellen Mikrotröpfchenkultursystems, um die adaptive Evolution von Bakterien in Richtung Methanoltoleranz voranzutreiben. Durch das Mischen von künstlich hergestellten Bakterienkulturen mit einem Stressmedium mit hohem Methanolgehalt und deren Segmentierung in Mikrotröpfchen wählt das...

Quelle: Weber, N., et al., Natürliche Transformation, Proteinexpression und Kryokonservierung des filamentösen Cyanobakteriums Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video beschreibt ein Verfahren zur Durchführung einer natürlichen Transformation in filamentösen Cyanobakterien unter Verwendung von Plasmid-DNA, um eine stabile GFP-Expression und Antibiotikaresistenz durch homologe Rekombination zu erreichen.

Quelle: Wagner, A. O., et al., Medium Preparation for the Cultivation of Microorganisms under Strictly Anaerobic/Anoxic Conditions. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Aufbereitung und Inokulation von anaeroben Kulturen mit sauerstofffreiem Schlamm unter streng kontrollierten, sauerstoffarmen Bedingungen.

Quelle: Lea-Smith, D. J., et al. Generierung von markierten und markerlosen Mutanten in Modell-Cyanobakterienarten. J. Vis. Exp. (2016)Das Video zeigt eine Methode zur Erzeugung von Antibiotika-markierten Mutanten in Cyanobakterien. Das Protokoll beginnt mit der Kultivierung von Cyanobakterien, gefolgt von Zentrifugations- und Waschschritten, bei denen die Oberflächen-Pili erhalten bleiben. Anschließend wird ein Plasmid eingeführt, das ein Antibiotikaresistenzgen trägt, das von homologen...

Beginnen Sie mit einem anaeroben Fermenter, einem geschlossenen, sauerstofffreien Reaktor, der mit einem synthetischen Schlamm besiedelt ist, der die abgesetzten Feststoffe aus dem Abwasser nachahmt.Der Schlamm enthält mesophile anaerobe Mikroben, eine gemischte mikrobielle Gemeinschaft.Diese Mikroben gedeihen bei moderaten Temperaturen und treiben die Faulung der organischen Substanz des Schlamms voran.Mischen Sie den Schlamm kontinuierlich, um die bakterielle Aktivität aufrechtzuerhalten und...

Beginnen Sie mit einem Turbidostat, einem Gerät, das eine konstante Zelldichte in Kultur aufrechterhält.Das Gerät enthält ein Gefäß mit einer Bakterienkultur, die durch Rühren kontinuierlich belüftet und auf einer konstanten Temperatur gehalten wird.Eine Laserdiode sendet einen Lichtstrahl aus, der in zwei Pfade aufgeteilt ist.Ein Pfad wird zu einem Referenzsensor geleitet, um Schwankungen der Laserintensität zu überwachen, während der andere durch die Kultur führt.Bakterienzellen streuen und...

Beginnen Sie mit einem Stamm von Pseudomonas aeruginosa-Bakterien , isoliert aus ölkontaminiertem Boden, in einem Medium, das eine Stickstoffquelle und einen Überschuss an Speiseöl als Kohlenstoffquelle enthält.Dieser Stamm synthetisiert Polyhydroxyalkanoat (PHA), ein langkettiges Polymer, das bei der Herstellung von Biokunststoffen nützlich ist.Unter Rühren inkubieren, um die Belüftung zu erleichtern und das Bakterienwachstum zu fördern.Zunächst liefert das Medium sowohl Kohlenstoff- als auch...

Beginnen Sie mit einer Kultur von Alishewanella, einem gramnegativen, salztoleranten Bakterium.Als nächstes streichen Sie die Kultur auf Agarplatten mit steigenden Konzentrationen von Natriumchlorid, um unterschiedliche Niveaus von Salzstress zu simulieren.Überlagern Sie jede Platte mit einer Schicht aus unverfestigtem Medium, um eine Sauerstoffdiffusion zu verhindern und die Kultur in einer sauerstoffbegrenzten Umgebung zu halten.Versiegeln und inkubieren Sie die Platten bei optimaler...

Quelle: Arias, S. L., et al. Herstellung einer funktionalisierten magnetischen bakteriellen Nanocellulose mit Eisenoxid-Nanopartikeln. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video demonstriert die Herstellung von Nanocellulose durch die Kultivierung zelluloseproduzierender Bakterien in einem nährstoffhaltigen Medium mit Mannitol. Die Bakterien metabolisieren Mannitol zu Glukose, das dann polymerisiert und als Glukoseketten extrudieren wird, die zu Zellulosefolien kristallisieren und so eine...

Quelle: Brumfield, K. D. et al., Labortechniken zur Erhaltung und Unterscheidung von Biotypen von klinischen und Umweltisolaten von Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt das Wachstum von Bakterienkulturen in einem flüssigen Medium. Schütteln fördert die Belüftung und verteilt die Nährstoffe gleichmäßig, unterstützt exponentielles Wachstum und führt zu einer einheitlichen, metabolisch aktiven Suspension, die für nachgelagerte Anwendungen geeignet ist.

Quelle: Schumacher, D., et al. Fluoreszenz-Lebendzellbildgebung des vollständigen vegetativen Zellzyklus des langsam wachsenden sozialen Bakteriums Myxococcus xanthus. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video demonstriert die Vorbereitung und Bildgebung von Myxococcus xanthus, einem langsam wachsenden Bodenbakterium. Die Kultur wird in einem Medium angebaut, auf einen Deckdeckel mit fluoreszierenden Mikrosphären aufgetragen und mit einem vorgewärmten Agarose-Pad überlagert, um die Hydratation und...

Quelle: Yang, Z., et al. Eine Hochdurchsatzplattform für die Screening von Salmonella-Arten /Shigella-Arten . J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video demonstriert die selektive Anreicherung und Identifikation von Salmonellen mit Xyloselysin-Desoxycholat (XLD) und chromogenem Agar. Selenitbrühe fördert das Wachstum von Salmonellen , während XLD-Agar durch die Produktion von Schwefelwasserstoff schwarzzentrierte Kolonien offenbart. Chromogener Agar bestätigt die Identität durch enzymvermittelte...

Quelle: Jeong, H., et al. Verfahren zur adaptiven Laborevolution von Mikroorganismen unter Verwendung einer Chemostat. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video demonstriert die selektive Isolierung und das Wachstum von stressadaptierten Bakterien aus einer Kultur, die langanhaltenden Stressbedingungen ausgesetzt ist. Die Kultur wird auf stressorhaltigem Agar beschichtet, und eine einzelne Kolonie wird ausgewählt, um ein flüssiges Medium mit dem Stressor zu inokulieren. Die Absorption wird in...

Quelle: Villela, H. D. M. et al. Prospektion mikrobieller Stämme für Bioremediation und Probiotikaentwicklung für die Forschung und Erhaltung von Metaorganismen. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video demonstriert die Isolierung schadstoffabbauender Meeresbakterien durch serielle Verdünnung, Kolonieauswahl und Wachstum in einem EE2-haltigen Medium. Indem EE2 als einzige Kohlenstoffquelle verwendet wird, identifiziert das Protokoll Bakterienstämme, die in der Lage sind, diesen Umweltschadstoff zu...

Quelle: Villela, H. D. M. et al. Prospektion mikrobieller Stämme für Bioremediation und Probiotikaentwicklung für die Forschung und Erhaltung von Metaorganismen. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video demonstriert die selektive Isolierung ölabbauender Meeresbakterien durch Anreicherung von Meerwasserproben auf ölbasierten Medien, was die Rückgewinnung reiner Stämme mit potenziellen Anwendungen in der Rohölbioremediation und Umweltreinigung ermöglicht.

Quelle: Berens, C. et al. Anwendung eines induzierbaren Expressionssystems zur Untersuchung der Interferenz bakterieller Virulenzfaktoren mit der intrazellulären Signalübertragung. J. Vis. Exp. (2015)Dieses Video demonstriert die Verwendung eines induzierbaren Expressionssystems, um zu bestimmen, wo das bakterielle Effektorprotein CaeB die apoptotische Kaskade des Wirts stört. Es beschreibt die Schritte zur Transfektierung von CaeB-exprimierenden Zellen mit einem tetracyclin-responsiven System,...

Quelle: Wei, D., et al., Produktion von Chemikalien durch Klebsiella pneumoniae mit Bambushydrolysat als Rohstoff. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert die mikrobielle Umwandlung von bambusbasierten Zuckern in 2,3-Butanediol durch die Kultivierung von Klebsiella pneumoniae in einem hydrolysatbasierten Medium unter mikroaeroben und leicht sauren Bedingungen.

Quelle: Hemmerich, J., et al. Protokoll zur Optimierung der heterologen Proteinproduktion unter Verwendung automatisierter Mikrobioreaktortechnologie. J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video demonstriert den Einsatz eines automatisierten Mikrobioreaktors zur Überwachung des Bakterienwachstums und der Sekretion fluoreszierender Proteine als Reaktion auf unterschiedliche Medienformulierungen. Ein gentechnisch verändertes Bakterium, das ein sekretorisches fluoreszierendes Protein exprimiert, wird unter...

Quelle: Lea-Smith, D. J., et al. Entstehung markierter und markerloser Mutanten in Modell-cyanobakteriellen Arten. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert die Kryokonservierung von cyanobakteriellen Stämmen, indem konzentrierte Zellsuspensionen mit Glycerol oder DMSO kombiniert und bei niedrigen Temperaturen gelagert werden, was die langfristige Erhaltung lebensfähiger Kulturen für Photosynthese und genetische Studien ermöglicht.

Quelle: Arias, S. L., et al. Herstellung einer funktionalisierten magnetischen bakteriellen Nanocellulose mit Eisenoxid-Nanopartikeln. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert die In-situ-Synthese von Magnetit-Nanopartikeln in einem bakteriellen Nanocellulose-Pellikel, das von Gluconacetobacter xylinus produziert wird. Es erklärt, wie magnetische bakterielle Nanocellulose durch Eisenioneninfusion, alkalische Fällung und Reinigung erzeugt wird.

Quelle: Rufián, J. S. et al., Einzelzellanalyse der Expression von Pseudomonas-syringae-Genen im Pflanzengewebe. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video demonstriert eine spritzenbasierte Druckmethode zur Extraktion apoplastischer Bakterien, die sich im Apoplasten, dem interzellulären Raum zwischen Pflanzenzellen, vermehren und Mikrokolonien bilden. Die Methode liefert ablagerungsfreie Bakterienproben, die für die nachgelagerte Einzelzellanalyse geeignet sind.

Quelle: Becker, B., et al. Ein einfacher, fluoreszenzbasierter Reporter-Assay zur Identifizierung zellulärer Bestandteile, die für den Transport von Ricintoxin A-Kette (RTA) in Hefe benötigt werden. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert die induzierbare Expression der His-markierten Rizintoxin-A-Kette (RTA) in Escherichia coli. Er beschreibt die Schritte zur selektiven Kultivierung von Bakterien, die mit einem rekombinanten Expressionsplasmid transformiert wurden, die Induktion der...

Quelle:...

Quelle: Choi, H. J., et al. Mikrofluidische Akustophorese zur Durchflusstrennung von gramnegativen Bakterien mit Hilfe von Aptamer-Affinitätsperlen. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Methode zur selektiven Trennung von gramnegativen Bakterien aus einer gemischten Bakterienprobe unter Verwendung von Aptamer-beschichteten Mikrokügelchen und akustischen Kräften innerhalb eines mikrofluidischen Chips.

Quelle: Brodl, E., et al. In situ Messung und Korrelation von Zelldichte und Lichtemission von biolumineszierenden Bakterien. J. Vis. Exp. (2018).Dieses Video zeigt die Messung und Korrelation der Biolumineszenz mit der Zelldichte in transformierten Bakterien. Eine einzelne Bakterienkolonie wird verwendet, um eine Flüssigkultur zu initiieren. Die Kultur wird in einer Vertiefung mit der gewünschten Zellkonzentration platziert. Ein Antibiotikum und ein Induktor werden hinzugefügt, um das für die...

Quelle: Koeth, L. M., et. al., Eine Referenzbouillon-Mikrodilutionsmethode für Dalbavancin In-vitro-Empfindlichkeitstests von Bakterien, die aerob wachsen. J. Vis. Exp. (2015).Dieses Video zeigt die Bouillon-Mikrodilutionsmethode zur Bestimmung der minimalen Hemmkonzentration (MIC) eines Lipoglykopeptid-Antibiotikums gegen grampositive Bakterien. Es umfasst die Isolierung von Bakterienkolonien, die Verdünnung, die Inokulation von Mikrotiterplatten-Wells mit unterschiedlichen...

Quelle: Zhang, X. et. al., Ein Zebrafisch-Embryomodell für die In-vivo-Visualisierung und Intravitalanalyse von Biomaterial-assoziierten Staphylococcus aureus-Infektionen . J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt ein Modell eines Zebrafischembryos zur Untersuchung von Infektionen, die mit implantiertem Biomaterial in Verbindung stehen. Die Injektion von Staphylococcus aureus mit Polystyrol-Mikrosphären verbessert das Überleben der Bakterien und bestätigt die infektionsfördernde Rolle der...

Quelle: Yeung, M., et al. Entwicklung eines empfindlicheren und spezifischeren chromogenen Agarmediums für den Nachweis von Vibrio parahaemolyticus und anderen Vibrio-Spezies . J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt eine kulturbasierte Methode zur Identifizierung von Vibrio-Spezies , wobei chromogener Agar als genauere Alternative zu den häufig verwendeten Thiosulfat-Citrat-Gallensalzen-Saccharose oder TCBS-Agar hervorgehoben wird. Chromogener Agar bietet eine überlegene Differenzierung von...

Quelle: Al Ahmar, R., et al. Kultur einer kleinen Kolonievariante von Pseudomonas aeruginosa und Quantifizierung ihres Alginats. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt einen kolorimetrischen Assay zur Quantifizierung von Alginat, das von Pseudomonas aeruginosa produziert wird, wobei Carbazol zum Nachweis von Uronsäuren nach saurer Hydrolyse verwendet wird. Die Methode ermöglicht eine vergleichende Analyse der Alginatproduktion, normiert auf bakterielle Biomasse in Forschung und klinischen...

Quelle: Al Ahmar, R., et al. Kultur einer kleinen Kolonievariante von Pseudomonas aeruginosa und Quantifizierung ihres Alginats. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt einen kolorimetrischen Immunoassay zur Quantifizierung von Alginat, einem schützenden Exopolysaccharid, das von Pseudomonas aeruginosa produziert wird. Bei dem Verfahren wird eine Mikroplatte mit der Probe beschichtet, spezifische Antikörper aufgetragen und eine Enzym-Substrat-Reaktion verwendet, um eine messbare Farbveränderung...

Quelle: Hassan, J. A., et al. Hochdurchsatz-Identifizierung von Resistenzen gegen Pseudomonas syringae pv. Tomate in Tomate mit dem Seedling Flood Assay. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video zeigt eine Methode zum Screening auf bakterielle Resistenz bei verschiedenen Tomatenstämmen mit zehn Tage alten Sämlingen, die mit einer bakteriellen Suspension geimpft wurden. Es wird erklärt, wie Bakterien durch Spaltöffnungen eindringen, Effektorproteine liefern, um die pflanzliche Immunität zu unterdrücken,...

Quelle: Anderson, Q. L. et al. Ein Pathosystem von C. elegans mit hohem Durchsatz und hohem Gehalt auf Flüssigkeitsbasis. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt eine Hochdurchsatz-Screening-Methode mit Caenorhabditis elegans , um Gen-Knockdowns während Wirt-Pathogen-Interaktionen zu untersuchen. Es beschreibt das Verfahren zur Aufbereitung von Knockdown-Würmern und deren Übertragung auf Testplatten, um die Auswirkungen der erregerinduzierten Wurmabtötung zu bewerten.

Quelle: Cayron, J. und Lesterlin, C. Multiskalige Analyse des Bakterienwachstums unter Stressbehandlungen. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Beurteilung der Filamentierung von E. coli und der DNA-Replikation unter zellteilungshemmender Antibiotikabehandlung unter Verwendung von Plattierung zur Messung der Lebensfähigkeit und Durchflusszytometrie zur Analyse der Zellgröße und des DNA-Gehalts.

Quelle: Cheng, C., et al. Inaktivierung von Krankheitserregern durch Photolyse von Riboflavin-5'-Phosphat im sichtbaren Licht. J. Vis. Exp. (2022).In diesem Video wird ein gepuffertes Reaktionsgemisch aus L-Methionin, Nitroblau-Tetrazolium (NBT) und Flavinmononukleotid (FMN) mit violettem Licht bestrahlt, um die Produktion reaktiver Sauerstoffspezies (ROS) zu induzieren. Dies führt zur bakteriellen Inaktivierung und zur Bildung von spektrometrisch nachweisbarem Formazan.

Quelle: Weber, N. et. al., Natürliche Transformation, Proteinexpression und Kryokonservierung des filamentösen Cyanobakteriums Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt einen fokussierten LED-basierten Assay zur Untersuchung von Phototaxis in filamentösen Cyanobakterien. Die Bakterien wandern in Richtung der Lichtquelle und bilden eine dichte Anhäufung im beleuchteten Zentrum, die durch eine Pixelintensitätsanalyse des aufgenommenen Bildes visualisiert und quantifiziert wird.

Quelle: Balczon, R., et al. Verfahren zum Nachweis zytotoxischer Amyloide nach Infektion von Lungenendothelzellen durch Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt das Protokoll zur Quantifizierung von Amyloiden in Kulturüberständen aus Lungenendothelzellen, die mit virulenten Bakterien infiziert sind, unter Verwendung von Thioflavin T, einem Fluoreszenzfarbstoff, der an Amyloid-Beta-Faltblattstrukturen bindet. Ein Anstieg der Fluoreszenz im Vergleich zum Ausgangswert deutet...

Quelle: Speare, L., et al. Coinkubationsassay zur Quantifizierung kompetitiver Wechselwirkungen zwischen Vibrio fischeri Isolaten. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt einen Co-Inkubations-Assay, mit dem untersucht wird, wie Bakterienstämme in einer gemeinsamen Umgebung konkurrieren. Es wird in der Mikrobiologie häufig eingesetzt, um Mechanismen wie die kontaktabhängige oder kontaktunabhängige Abtötung zu identifizieren, die diese Wechselwirkungen antreiben.

Quelle: Venkateswaran, S., et al. Hochdurchsatz-Identifizierung von bakterienabweisenden Polymeren für Medizinprodukte. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt eine Hochdurchsatzmethode zur Identifizierung bakterienabweisender Polymere mit Hilfe eines Microarray-Objektträgers, der gemischten Bakterienkulturen ausgesetzt wurde. Die bakterielle Bindung wird durch DAPI-Fluoreszenz bewertet, wobei ein reduziertes Signal Polymere mit minimaler Oberflächenbindung anzeigt.

Quelle: Barber, A. E., et al. Vorbereitung und Anwendung eines neuen bakteriellen Biosensors zur mutmaßlichen Detektion von Schussrückständen. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt die Detektion spezifischer Analyten mit Hilfe eines bakteriellen Biosensors. Es wird eine Bakterienkultur entnommen, die ein Plasmid mit einem Gen für rot fluoreszierendes Protein (RFP) unter einem analytsensitiven Promotor trägt. Nach dem gründlichen Abwischen der Testoberfläche wird ein kleiner Teil des Tuchs in...

Quelle: Augimeri, R. V. et. al., Verwendung der Ethylen-freisetzenden Verbindung 2-Chlorethylphosphonsäure als Werkzeug zur Untersuchung der Ethylenreaktion in Bakterien. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Wirkung von Ethylen, das von 2-Chlorethylphosphonsäure (CEPA) erzeugt wird, auf das Bakterienwachstum und die Zelluloseproduktion. Ethylen aktiviert Signalwege, die die Zellulosesynthese stimulieren, was zu einer verstärkten Pellikelbildung führt. Diese Ergebnisse unterstreichen die...

Quelle: Cayron, J., et al. Multiskalige Analyse des Bakterienwachstums unter Stressbehandlungen. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt, wie eine mikrofluidische Platte für die Abbildung von Bakterienzellen unter Stressbedingungen vorbereitet und verwendet wird. Es wird der Prozess der Einführung einer Bakterienkultur und eines stressinduzierenden antibiotischen Mediums beschrieben, gefolgt von der Zellbeladung und dem mikroskopischen Aufbau. Mit Hilfe der Zeitraffer-Bildgebung im...

Quelle: Sekar, A., et. al., Eine neuartige Methode zur Bestimmung der longitudinalen antibakteriellen Aktivität von arzneimittelfreisetzenden Materialien. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt einen Lumineszenz-basierten Assay zur Beurteilung der antibakteriellen Wirksamkeit eines mit Antibiotika beladenen Polymerstreifens durch Quantifizierung der ATP-gesteuerten Lumineszenz, die in Bakterienkulturen, die dem Antibiotikum ausgesetzt sind, abnimmt.

Quelle: Zhu, W., & Chu, W. Empfindliche visuelle Methode zum Nachweis von Schwefelwasserstoff produzierenden Bakterien. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt eine empfindliche visuelle Methode zum schnellen Nachweis von Schwefelwasserstoff produzierenden Bakterien. Ein Farbwechsel von gelb zu schwarz deutet auf bakterielle Aktivität durch die Bildung von Wismutsulfid hin.

Quelle: Bennett, J. A., et al. Visuelle und mikroskopische Bewertung von Streptomyces-Entwicklungsmutanten. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Kultivierung und den phänotypischen Vergleich von Wildtyp- und mutierten Streptomyces coelicolor-Stämmen . Es werden Verfahren zur Minimierung spontaner Mutationen, zur Verhinderung von Kreuzkontaminationen und zur Förderung des Bakterienwachstums durch geeignete Beschichtungstechniken beschrieben. Schließlich hebt das Video visuelle Unterschiede...

Quelle: Francis, M. B., et al. Nachweis von Kortexfragmenten während der Keimung von Bakteriensporen. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt eine kolorimetrische Methode zum Nachweis des Kortexabbaus während der Keimung bakterieller Sporen, indem die Freisetzung von reduzierenden Zuckern im Laufe der Zeit gemessen wird. Unter Verwendung von N-Acetylglucosamin-Standards und Zeitpunktproben quantifiziert der Assay die Zuckerkonzentration durch eine violette chromogene Reaktion, die das Ausmaß der...

Quelle: Stenzler, B. R. et. al., Ein anaerober Biosensor-Assay zum Nachweis von Quecksilber und Cadmium. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt den Einsatz von gentechnisch veränderten bakteriellen Biosensoren, um den bioverfügbaren Anteil von Quecksilberionen unter anaeroben Bedingungen genau zu messen. Durch Variation der Konzentration von Magnesiumsulfat stellt der Assay sicher, dass der Biosensor selektiv auf freie Quecksilberionen reagiert, was sich in Änderungen der Fluoreszenzintensität...

Quelle: Vidilaseris, K., et al. Screening auf thermotoga maritima membrangebundene Pyrophosphatase-Inhibitoren. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt einen kolorimetrischen Assay zum Screening von Inhibitoren der bakteriellen membrangebundenen Pyrophosphatase (mPPase) durch Quantifizierung der Orthophosphatfreisetzung. Die Methode ermöglicht die Identifizierung von Verbindungen, die die mPPase aus Thermotoga maritima, einem potenziellen antimikrobiellen Wirkstoffziel, hemmen.

Quelle: Sarathy, J. P. et al. Ein In-vitro-Caseum-Bindungsassay, der die Penetration von Medikamenten in Tuberkuloseläsionen vorhersagt. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt einen In-vitro-Assay zur Messung der Wirkstoffbindung an das Caseum von Tuberkuloseläsionen mittels Schnellgleichgewichtsdialyse. Es beschreibt die Schritte zur Herstellung von Caseumsuspensionen, zur Durchführung der Dialyse und zur Berechnung der ungebundenen Wirkstofffraktion, um das Eindringen des Medikaments in das...

Quelle: Rugjee, K. N. et. al., Etablierung eines Hochdurchsatzaufbaus für das Screening kleiner Moleküle, die den c-di-GMP-Signalweg in Pseudomonas aeruginosa modulieren. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Erzeugung eines zyklisch-di-GMP-responsiven Reporterstamms in Pseudomonas aeruginosa mittels Elektroporation. Die erfolgreiche Transformation wird durch Antibiotikaauswahl und fluoreszenzbasierte Analyse...

Quelle: Rugjee, K. N., et al. Etablierung eines Hochdurchsatzaufbaus für das Screening kleiner Moleküle, die die c-di-GMP-Signalübertragung in Pseudomonas aeruginosa modulieren. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt das Screening von zyklischen di-GMP-Modulatoren unter Verwendung genetisch veränderter Bakterien, die grün fluoreszierendes Protein (GFP) unter der Kontrolle eines c-di-GMP-sensitiven Promotors exprimieren. Die Fluoreszenz wird in einer Multiwell-Platte gemessen, die verschiedene...

Quelle: Chapman, I. J., et al., Molecular Probe Optimization to Determine Cell Mortality in a Photosynthetic Organism (Microcystis aeruginosa) using Flow Cytometry. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Methode zur Unterscheidung von lebenden und toten Microcystis aeruginosa-Zellen durch die Kombination der Fluoreszenzsondenmarkierung mit der durchflusszytometrischen Analyse der Phycocyanin-Autofluoreszenz und des Sondensignals.

Quelle: Nickling, J. H., et.al. Antimikrobielle Peptide, die durch selektiven Druckeinbau von nicht-kanonischen Aminosäuren hergestellt werden. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt einen Agar-Well-Diffusionsassay, der zur Bewertung der antimikrobiellen Aktivität von Nisin-Varianten verwendet wird. Es wird gezeigt, wie Lactococcus lactis , der die membrangebundene Peptidase NisP exprimiert, die in E. coli produzierten Nisin-Vorläufer aktiviert, was zu wachstumshemmenden Halos führt. Die Größe...

Quelle: Tokunou, Y., et al., Elektrochemischer Nachweis des deuteriumkinetischen Isotopeneffekts auf den extrazellulären Elektronentransport in Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt eine elektrochemische Ganzzellmethode, um zu beurteilen, wie sich der Protonentransfer auf den extrazellulären Elektronentransport (EET) in elektroaktiven Bakterien auswirkt. Durch das Ersetzen von Protonen durch Deuteronen unter Verwendung von Deuteriumoxid misst die Methode...

Quelle: Dodge, R., et al. Schnelle Zählung von koloniebildenden Einheiten im 96-Well-Plattenformat, angewendet auf das Drosophila-Mikrobiom . J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt die Quantifizierung von koloniebildenden Einheiten (KBEs) von darmassoziierten Bakterien in Drosophila-Fliegen unter Verwendung eines seriellen Verdünnungs- und Plattierungsansatzes. Homogenisierte Fliegenproben, die Darmbakterien enthalten, werden seriell verdünnt, auf Agar plattiert und inkubiert, um das Wachstum...

Quelle: Maurakis, S., et al. Metallbegrenztes Wachstum von Neisseria gonorrhoeae zur Charakterisierung von metallresponsiven Genen und Metallaufnahme aus Wirtsliganden. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video zeigt einen metallbegrenzten Bakterienwachstumsassay, um die Rolle von metallresponsiven Genen zu untersuchen. Wildtyp- und mutierte Bakterien, die in metallabgereichertem Medium gezüchtet werden, werden mit Metallliganden inkubiert und ihr Wachstum wird mit einem Plattenleser überwacht. Unter...

Quelle: Maurakis, S. und Cornelissen, C. N. Metallbegrenztes Wachstum von Neisseria gonorrhoeae zur Charakterisierung von metallresponsiven Genen und Metallerwerb aus Wirtsliganden. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt das Verfahren zum Nachweis von Oberflächenmetalltransportern in Neisseria gonorrhoeaee , die unter metallbegrenzten Bedingungen gezüchtet wurden, unter Verwendung eines Dot-Blot-Assays, der Ligandenbindung, Antikörperdetektion und kolorimetrische Visualisierung umfasst.

Quelle: Chen, Y., et al., Messung spezifischer mykobakterieller Fehltranslationsraten mit Gain-of-Function-Reportersystemen. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt eine Methode zur Quantifizierung von Fehltranslationen in Mycobacterium smegmatis unter Verwendung eines induzierbaren GFP und eines sezernierten mutierten Luciferase-Reportersystems. Es zeigt, wie die Lumineszenz, die aus einer Fehltranslation resultiert, gemessen und mit der GFP-Fluoreszenz verglichen wird, um den Einfluss eines...

Quelle: Gilmore, S. F. et al. Zellfrei skalierte Produktion und adjuvante Addition an ein rekombinantes Hauptprotein der äußeren Membran aus Chlamydia muridarum für die Impfstoffentwicklung. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Verwendung von Western Blotting zur Bewertung der strukturellen Integrität des wichtigsten äußeren Membranproteins (MOMP) in Nanopartikel-basierten Impfstoffkomplexen. Es werden die wichtigsten Schritte beim Proteintransfer, der Antikörpermarkierung und der...

Quelle: Stefan, A., et al. Die vielfältigen Vorteile der Protein-Co-Expression in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).Dieses Video zeigt die Bewertung der Mutationshäufigkeit in Bakterien mit Hilfe eines Beta-Glucosidase-Assays. Bakterienkulturen, die eine Korrektur-defiziente DNA-Polymerase exprimieren, werden über aufeinanderfolgende Generationen gesammelt. Replikationsfehler, die durch ein vermindertes Korrekturlesen verursacht werden, können ein unterdrücktes Beta-Glucosidase-Gen...

Quelle: Jian, X. et. al., Automatisierte mikrobielle Kultivierung und adaptive Evolution mit dem mikrobiellen Mikrotröpfchenkultursystem (MMC). J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt den Einsatz einer mikrofluidischen Tröpfchen-basierten Plattform zur Echtzeitüberwachung des Bakterienwachstums. Durch die Erzeugung einheitlicher Tröpfchen, die Bakteriensuspensionen enthalten, und deren Führung durch einen Nachweisweg ermöglicht das System eine kontinuierliche optische Messung der Zelldichte, um...

Nehmen Sie eine Kultur von Corynebacterium glutamicum, transformiert mit einem Plasmid, das ein fluoreszierendes Reportergen stromabwärts der Ribonukleinsäure-Antiterminator- oder RAT-Sequenz trägt, in einer Multiwell-Platte.Während der Transkription bildet die RAT-RNA eine Stammschleifenstruktur, die die RNA-Polymerase blockiert und die Expression des Reportergens stoppt.Das Plasmid exprimiert auch konstitutiv LicV, ein Fusionsprotein, das das RAT-RNA-bindende Protein LicT und die...

Beginnen Sie mit einer Aufschlämmung, die Bakterienzellen enthält, die mit Silbernanopartikeln behandelt wurden, die in einer Exopolysaccharidmatrix suspendiert sind.Fügen Sie der Aufschlämmung einen Phosphatpuffer hinzu, um einen stabilen pH-Wert aufrechtzuerhalten.Geben Sie dann eine Lösung ein, die Glukose und einen löslichen Redoxindikator enthält, und inkubieren Sie die Mischung. Der Redoxindikator fungiert als Elektronenakzeptor.Während der Inkubation gelangen Glukose und der...

Nehmen Sie serielle Verdünnungen einer Bakterienkultur und geben Sie Aliquots in kalorimetrische Fläschchen, die Wachstumsmedium enthalten.Laden Sie die versiegelten Fläschchen in die Multiwell-Platte eines isothermen Mikrokalorimeters, um die metabolische Wärmeproduktion zu messen.Das Gerät wird auf einer konstanten Temperatur gehalten, um sicherzustellen, dass die erfasste Wärme ausschließlich aus dem bakteriellen Stoffwechsel stammt.Wenn Bakterien Nährstoffe verstoffwechseln und sich...

Quelle: Ali, I., et al. Hochdurchsatz-Screening mikrobieller Isolate mit Auswirkungen auf die Gesundheit von Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video demonstriert einen Hochdurchsatz-Fluoresziertest, um zu bewerten, wie Darmbakterien die Stressresistenz bei Caenorhabditis elegans beeinflussen. Durch die Verfolgung der blauen Fluoreszenz aus geplatzten Darmgranulaten zeigt der Test frühere Todessignale bei Würmern, die Testbakterien ausgesetzt waren.

Quelle: Sutlief, A. L., et al. Live-Zell-Analyse der Scherspannung auf Pseudomonas aeruginosa mit einem automatisierten hochdurchsatzfähigen mikrofluidischen System. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video demonstriert die Herstellung einer mikrofluidischen Platte für Scherspannungsstudien in bakteriellen Kulturen. Nach dem Primieren der Kanäle mit Medien werden Bakterienzellen in den experimentellen Kanal eingeführt und zur Befestigung inkubiert. Restmedien und Kultur werden entfernt, um das System...

Quelle: Brumfield, K. D., et al. Labortechniken, die zur Aufrechterhaltung und Unterscheidung von Biotypen von Vibrio cholerae – klinische und Umweltisolate eingesetzt werden. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert einen Soft-Agar-Test mit Triphenyltetrazoliumchlorid, um die Beweglichkeit von Vibrio-cholerae-Stämmen zu bewerten und zu vergleichen, indem die Stoffwechselaktivität durch die Bildung der roten Zonen um aktiv wandernde Zellen visualisiert wird.

Quelle: Brumfield, K. D., et al., Labortechniken zur Erhaltung und Unterscheidung von Biotypen von klinischen und Umweltisolaten von Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video demonstriert den Voges-Proskauer-(VP)-Test, um zwischen drei Biotypen von Vibrio cholerae zu unterscheiden: klassisch, Wildtyp-El Tor und El Tor-Variante. Jede Kultur wird in ein glukosehaltiges Medium geimpft, inkubiert und mit α-Naphthol und Kaliumhydroxid behandelt, um das Vorhandensein von Acetoin nachzuweisen.

Quelle: Mettrick, K. A., Lawrence et al., Induzierung einer ortsspezifischen Replikationsblockade bei E. coli mittels eines fluoreszierenden Repressor-Operatorsystems. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert eine standortspezifische Replikationsgabelblockade in Escherichia coli unter Verwendung von Arabinose-induzierter Expression von gelb fluoreszierendem Protein-markiertem TetR, das chromosomale TetO-Arrays bindet.

Quelle: Domesle, K. J. et al. Schleifenvermittelte isotherme Amplifikation zur Screening von Salmonellen in tierischen Lebensmitteln und zur Bestätigung von Salmonellen durch Kulturisolation. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video demonstriert die loop-mediated isothermal amplification (LAMP)-Technik zur Erkennung eines Zielbakteriengens, indem DNA bei konstanter Temperatur amplifiziert wird. Die Reaktionsmischung wird durch Zugabe eines isothermen Master-Mixes, spezifischer Primer für das Zielgen...

Quelle: Aigrain, L., et al. Internalisierung und Beobachtung fluoreszierender Biomoleküle in lebenden Mikroorganismen mittels Elektroporation. J. Vis. Exp. (2015)Das Video demonstriert die Abgabe von fluoreszierenden Biomolekülen in elektrokompetente mikrobielle Zellen mittels Elektroporation. Der Prozess beginnt mit der Einführung von fluorophor-markierter DNA oder Proteinen in eine gekühlte Zellsuspension. Anschließend wird ein Hochspannungsimpuls angelegt, um temporäre Membranporen zu...

Quelle: Kurokawa, M., et al. Präzise, Hochdurchsatzanalyse des Bakterienwachstums. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert die Hochdurchsatzquantifizierung des Bakterienwachstums mit einem Mikroplattenleser. Er beschreibt die Schritte, die bei der Kulturvorbereitung, der optischen Dichtemessung und der Analyse der Wachstumsdynamik erforderlich sind.

Quelle: Dahl, J. et al. Nachweis der pH-abhängigen Aktivität von Escherichia coli Chaperone HdeB In vitro und In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert einen auf Fluoreszenzspektrophotometer basierenden Test zur Bewertung der Chaperonaktivität auf einem Substratprotein unter Säure- und Hitzestress. Es beschreibt die Schritte zur Überwachung der Entfaltung und Aggregation des Substrats durch Lichtstreuung und vergleicht Bedingungen mit und ohne den Begleiter.

Quelle: Dahl, J., et al. Nachweis der pH-abhängigen Aktivität von Escherichia coli Chaperone HdeB In vitro und In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert den Einsatz rekombinanter E.-coli-Kulturen , um die schützende Wirkung eines säureaktivierten Chaperons während Säurestress zu bewerten. Die Überwachung des bakteriellen Wachstums zeigt ein verbessertes Überleben in chaperon-exprimierenden Kulturen im Vergleich zu Kontrollen und unterstreicht die Rolle von Chaperonen bei der...

Quelle: Stenum, T. S. et al. Quantifizierung der Häufigkeit und Ladungsniveaus von Transfer-RNAs in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert den Einsatz von Gelelektrophorese und Northern Blotting, um die Ladeniveaus von Transfer-RNAs in E. coli zu erkennen und zu vergleichen, indem aminoacylierte und deacylierte Formen getrennt werden.

Quelle: Gulla, S., et al. Multi-Locus-Tandem-Repeat-Analyse des fischpathogenen Bakteriums Yersinia ruckeri mittels multiplexer PCR und Kapillarelektrophorese. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video demonstriert das Verfahren zur Trennung fluoreszierend markierter variabler Tandem-Repeat-(VNTR)-Amplicons, die von einem fischpathogenen Bakterium abgeleitet sind, mithilfe kapillarer Elektrophorese zur Erstellung größenspezifischer Elektropherogrammprofile zur Bakterienidentifikation.

Quelle: Hockett, K. L. und Baltrus, D. A. Einsatz der Soft-Agar-Überlagerungstechnik zur Suche nach bakteriell produzierten inhibitorischen Verbindungen. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert das Verfahren zur Erkennung von bakteriiocinvermitteltem Tötung, indem Supernatant aus einem antibiotikainduzierten Spenderstamm auf eine weiche Agarschicht mit einem Teststamm gespott wird. Freie Zonen, die nach der Inkubation entstehen, deuten auf bakterielle Hemmung hin.

Quelle: Cabeen, M. T., et al. Einzellige mikrofluidische Analyse von Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2018)Das Video demonstriert den Einsatz eines mikrofluidischen Geräts zur Beobachtung des bakteriellen Wachstums auf Einzelzellebene. Es zeigt, wie nicht bewegliche bakterielle Zellen, die in mikrogroßen Gräben eingeschlossen sind, kontinuierlich unter einem Fluoreszenzmikroskop genährt und abgebildet werden. Das Setup ermöglicht eine Echtzeitvisualisierung der Zellteilung und der...

Quelle: Scheidweiler, D., et al. Die Kombination von fluidischen Geräten mit Mikroskopie und Durchflusszytometrie zur Untersuchung des mikrobiellen Transports in porösen Medien über räumliche Skalen hinweg. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video demonstriert den Einsatz eines mikrofluidischen Geräts zur Quantifizierung der bakteriellen Beweglichkeit durch eine poröse Matrix, die aus zufällig angeordneten Säulen besteht. Fluoreszierend markierte Bakterien werden in das Gerät eingeführt, mikroskopisch...

Quelle: Kim, H. et al., Multi-Enzym-Screening mit einem Hochdurchsatz genetischen Enzym-Screening-System. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert eine genetische Screening-Methode zur Erkennung der Enzymexpression unter Verwendung metagenomischer Fosmidbibliotheken und chromogener Substrate. Die Durchflusszytometrie identifiziert und isoliert einzelne Zellen, die farbige Produkte produzieren, was eine Hochdurchsatzselektion aktiver enzymexpressiver Zellen ermöglicht.

Quelle: Samuels, D. J., et al. Ein auf Tandem-Flüssigkeitschromatographie basierender Massenspektrometrie-basierter Ansatz zur Metabolitenanalyse von Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert den Einsatz von Flüssigchromatographie–Massenspektrometrie zur Identifizierung und Quantifizierung intrazellulärer Metaboliten von S. aureus. Er beschreibt die Schritte, die bei der Metabolitenextraktion, Peptid-Normalisierung, Flüssigkeitschromatographie und...