Bakterienwachstum und Techniken

Quelle: Cian, M. B. et. al., Trennung der Zellhülle für gramnegative Bakterien in innere und äußere Membranfraktionen mit technischen Anpassungen für Acinetobacter baumannii. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt die Trennung der inneren und äußeren Membranfraktionen von gramnegativen Bakterien mittels Saccharosegradienten-Ultrazentrifugation. Die Membranfraktionen werden gereinigt und bei niedrigen Temperaturen gelagert, um membranspezifische Komponenten gezielt zu analysieren.

Quelle: Mercier, N., et al. MS2-Affinitätsreinigung gekoppelt mit RNA-Sequenzierung in grampositiven Bakterien. (2021)Dieses Video zeigt ein Schritt-für-Schritt-Verfahren zur Ernte von Bakterienzellen und deren mechanischer Lyse, um intrazelluläre Inhalte freizusetzen.

Quelle: Mercier, N., et. al., MS2-Affinity Purification Coupled with RNA Sequencing in Gram-Positive Bacteria. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Isolierung von MS2-markierter kleiner regulatorischer RNA (sRNA), die an ihre bakterielle Ziel-RNA gebunden ist, mittels Affinitätsreinigung mit einer Fusion des Maltose-bindenden Proteins (MBP) und des MS2-Hüllproteins, das auf Amyloseharz immobilisiert ist.

Quelle: Feltwell, T., et.al. Trennung von Bakterien nach Kapselmenge unter Verwendung eines diskontinuierlichen Dichtegradienten. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Verwendung eines diskontinuierlichen Dichtegradienten zur Trennung von Bakterienstämmen basierend auf der Kapselmenge. Durch das Zentrifugieren einer Transposon-Mutantenbibliothek durch den Gradienten lokalisieren sich Bakterien mit unterschiedlichen Kapseldichten in unterschiedlichen Schichten. Die abgetrennten Fraktionen...

Quelle: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Isolierung und Charakterisierung extrazellulärer Vesikel, die von eisenbegrenzten Mykobakterien produziert werden. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die schrittweise Isolierung von extrazellulären Vesikeln (EVs) aus Mycobacterium tuberculosis , die unter eisenlimitierenden Bedingungen kultiviert wurden, die die Wirtsumgebung nachahmen. Es wird der Einsatz von Ultrafiltration, Differenzialzentrifugation und Dichtegradiententrennung zur Anreicherung...

Quelle: Watson, D. C., et.al. Skalierbare Isolierung und Reinigung von extrazellulären Vesikeln aus Escherichia coli und anderen Bakterien. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Isolierung und Konzentration von extrazellulären Vesikeln (EVs), die aus der äußeren Membran von gentechnisch veränderten Bakterien gewonnen werden. Der Prozess umfasst die Kultivierung der Bakterien, um EVs freizusetzen, gefolgt von sequenziellen Zentrifugations- und Filtrationsschritten, um Zellen und Ablagerungen...

Quelle: Watson, D. C., et al. Skalierbare Isolierung und Reinigung von extrazellulären Vesikeln aus Escherichia coli und anderen Bakterien. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Verwendung der Größenausschlusschromatographie mit porösen Harzkügelchen zur Isolierung bakterieller extrazellulärer Vesikel (EVs) aus einem Bakterienkulturfiltrat. Größere EVs eluieren früh, indem sie die Harzporen umgehen, während kleinere Proteine in die Poren eindringen und später eluieren.

Quelle: Fattahi, N., et al. Photoabbaubare Hydrogel-Grenzflächen für das Screening, die Selektion und die Isolierung von Bakterien. J. Vis. Exp. (2021).Dieses Video zeigt die Extraktion von Bakterienkolonien aus einem photoabbaubaren Hydrogel mit Hilfe von UV-Licht. Eine bestimmte Kolonie wird ausgewählt, und eine gemusterte Lichtexposition soll den lokalen Hydrogelabbau initiieren. Nach dem Einstellen der Lichtintensität und -dauer wird das UV-Licht angewendet, wodurch die Kolonie freigesetzt...

Quelle: Ghadigaonkar, D. und Rath, A. Isolierung und Identifizierung von antibiotikaresistenten Bakterien im Wasser und molekulare Charakterisierung ihrer Antibiotikaresistenzgene. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt die Isolierung und Aufbereitung von antibiotikaresistenten Bakterien aus einer Wasserprobe unter Verwendung selektiver Medien. Die DNA wird aus antibiotikaresistenten Bakterien extrahiert und amplifiziert, um die bakteriellen antibiotikaresistenten Gene zu identifizieren.

Quelle: Kazi, M. I., et. al., Generierung von Transposon-Insertionsbibliotheken in gramnegativen Bakterien für die Hochdurchsatz-Sequenzierung. J. Vis. exp. (2020)Dieses Video zeigt die Selektion, Quantifizierung und Konservierung von Gram-negativen Empfängerbakterien, die Transposon-Insertionen auf der Grundlage von Kanamycin-Resistenz tragen.

Quelle: Fernández-Coll, L. und Cashel, M. Verwendung der Radiomarkierung von Mikrotiterschalen für mehrere In-vivo-Messungen von Escherichia coli (p)ppGpp, gefolgt von Dünnschichtchromatographie. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video stellt ein Hochdurchsatzprotokoll zur Messung der Konzentrationen und der Dynamik der bakteriellen Stressreaktionsnukleotide ppGpp und pppGpp mittels Dünnschichtchromatographie (DC) vor. Die Methode bietet einen leistungsfähigen, schnellen und kostengünstigen Ansatz zur...

Quelle: Streather, B. R., et al. Optimierte Produktion und Analyse von rekombinanten, proteingefüllten Vesikeln aus E. coli. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt die Produktion und Isolierung von rekombinanten Proteinen, die mit Vesicle Nucleating Peptide (VNp) aus bakteriellen Vesikeln markiert sind. Ein Induktor löst die Expression von VNp-markierten Proteinen aus und treibt die Vesikelbildung und -verkapselung voran, gefolgt von Zentrifugation und Beschallung für eine effiziente...

Quelle: Shivaiah, K., et al. Isolierung von Plastoglobuli-Lipidtröpfchen aus pflanzlichem Blattgewebe und Cyanobakterien. J. Vis. Exp. (2022).Dieses Video zeigt die Isolierung von Plastoglobuli aus Cyanobakterien mittels Saccharose-Dichtegradientenzentrifugation, wobei ihre lipidreiche Natur mit geringer Dichte hervorgehoben und ihre strukturelle Erhaltung für die nachgelagerte Analyse sichergestellt wird.

Quelle: Armbruster, K. M., Meredith, T. C. Anreicherung bakterieller Lipoproteine und Präparation von N-terminalen Lipopeptiden zur Strukturbestimmung durch Massenspektrometrie. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Anreicherung von bakteriellen Lipoproteinen mit einem nichtionischen Detergens, das beim Erwärmen eine Phasentrennung erfährt. Durch sequentielle Temperaturverschiebungen und Zentrifugationsschritte werden Lipoproteine selektiv in die Detergenzphase aufgeteilt, während...

Quelle: Leuthold, M. M., et al. Herstellung von humanen Norovirus-hervorstehenden Domänen in E. coli für die Röntgenkristallographie. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt die Aufreinigung der rekombinanten humanen Norovirus-P-Domäne mittels Größenausschlusschromatographie und hebt die Trennung des Zielproteins von Verunreinigungen mit höherem und niedrigerem Molekulargewicht auf der Grundlage der unterschiedlichen Porenzugänglichkeit hervor. Der Prozess wird durch UV-Absorption überwacht und...

Quelle: Kuo, T., et al. Einstufige negative chromatographische Aufreinigung von Helicobacter pylori Neutrophilen-aktivierendem Protein, das in Escherichia coli im Batch-Modus überexprimiert wurde. J. Vis. Exp. (2016)Das Video zeigt eine negative Chromatographie-Technik zur Aufreinigung eines Virulenz-assoziierten Proteins aus einem bakteriellen Lysat. Durch die Verwendung eines positiv geladenen Harzes in einer gepufferten Lösung werden Wirtszellproteine selektiv zurückgehalten, während das...

Quelle: Murata, T., et al. Aufreinigung eines Proteins mit hoher molekularer Masse in Streptococcus mutans. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt ein Schritt-für-Schritt-Verfahren zur Aufreinigung eines Polyhistidin-markierten Proteins, das von Streptococcus mutans sezerniert wird.

Quelle: Venuprasad, K., et al. Intratracheale Verabreichung von Haemophilus influenzae in Mausmodellen zur Untersuchung von Atemwegsentzündungen. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Entnahme und Verarbeitung von bronchoalveolärer Lavage-Flüssigkeit aus einer euthanasierten Maus, die mit nicht typisierbaren Haemophilus influenzae infiziert war, für die nachgelagerte Analyse.

Quelle: Ginies, C., et al. Identifizierung von Fettsäuren in Bacillus cereus. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt den Prozess der Herstellung von Fettsäuremethylestern (FAMEs) aus Bakterienproben durch Behandlung der Biomasse mit einer alkalischen Lösung, gefolgt von einer Phasentrennung und Lösungsmittelverdampfung für die nachgeschaltete Analyse.

Quelle: Shivaiah, K., et al. Isolierung von Plastoglobuli-Lipidtröpfchen aus pflanzlichem Blattgewebe und Cyanobakterien. J. Vis. Exp. (2022)Das Video zeigt die Isolierung von Plastoglobuli aus Cyanobakterien. Es beginnt mit einer Kultur von Cyanobakterien und geht durch den Zellaufschluss mit mechanischer Kraft. Die Freisetzung von photosynthetischen Pigmenten deutet auf eine erfolgreiche Lyse hin. Ein Saccharose-Stufengradient wird dann verwendet, um zelluläre Komponenten nach Dichte zu...

Beginnen Sie mit Kulturen von gramnegativen Yersinien-Arten und Nicht-Yersinia Enterobacteriaceae.Tupfen Sie die Kulturen mit sterilen Impfnadeln sowohl auf traditionellen Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin- oder CIN-Agar als auch auf modifizierten CIN-Agar.Inkubieren Sie die Platten, um das Bakterienwachstum zu fördern.Sowohl traditionelle als auch modifizierte CIN-Agars unterstützen das Wachstum von Yersinien und Nicht-Yersinien Enterobacteriaceae , die Mannitol fermentieren, um saure...

Beginnen Sie mit einer Anreicherungskultur aus Feuchtgebietsböden, die Bakteriengemeinschaften enthält.Die Kultur zeigt Feammox-Aktivität, Ammoniumoxidation gekoppelt mit Eisenreduktion, was auf die Anreicherung eines Bakteriums hinweist, das zu diesem Stoffwechselprozess fähig ist.Verdünnen Sie die Kultur seriell mit Medien.Die verdünnten Proben werden auf Testagarplatten gestreift, die mit Eisen(III)-Eisen und Ammonium ergänzt sind.Verwenden Sie Kontrollplatten, die entweder Eisen(III)-Eisen...

Quelle: Becker, B., et al. Ein einfacher, fluoreszenzbasierter Reporter-Assay zur Identifizierung zellulärer Bestandteile, die für den Transport von Ricintoxin A-Kette (RTA) in Hefe benötigt werden. J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video demonstriert die Reinigung eines polyhistidin-markierten rekombinanten Proteins mittels nickelbasierter Affinitätschromatographie. Es beschreibt wichtige Schritte, darunter bakterielle Lyse durch Sonikation, Klärung und Filtration des Lysats sowie selektive Bindung...

Quelle: Wunderlin, T., et al. Physikalische Isolierung von Endosporen aus Umweltproben durch gezielte Lyse vegetativer Zellen. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert eine Methode, um Endosporen aus einer Umweltprobe zu isolieren, die sowohl vegetative Zellen als auch verschiedene Bakterien enthält. Das Verfahren umfasst Filtration, mechanische Störung und selektive chemische Behandlung, um vegetative Zellen zu schwächen und zu lysieren, während Endosporen erhalten bleiben. Der letzte...

Quelle: Gulla, S., et al. Multi-Locus-Tandem-Repeat-Analyse des fischpathogenen Bakteriums Yersinia ruckeri mittels multiplexer PCR und Kapillarelektrophorese. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Protokoll extrahiert genomische DNA aus Yersinia ruckeri, indem isolierte Kolonien in ultrareines Wasser suspendiert und Wärme zur Lyseierung der Zellen anwendet. Die Zentrifugation trennt den DNA-haltigen Supernatanten von Zellresten und liefert so Vorlagen-DNA, die für PCR-basierte Genotypisierung und...

Quelle: Gulla, S., et al. Multi-Locus-Tandem-Repeat-Analyse des fischpathogenen Bakteriums Yersinia ruckeri mittels multiplexer PCR und Kapillarelektrophorese. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Protokoll extrahiert genomische DNA aus Yersinia ruckeri, indem isolierte Kolonien in ultrareines Wasser suspendiert und Wärme zur Lyseierung der Zellen anwendet. Die Zentrifugation trennt den DNA-haltigen Supernatanten von Zellresten und liefert so Vorlagen-DNA, die für PCR-basierte Genotypisierung und...

Source: Stones, D. H., et al. Biomimetic Materials to Characterize Bacteria-host Interactions. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the use of ...

Source: Jung, A. L. et. al., Legionella pneumophila Outer Membrane Vesicles: Isolation and Analysis of Their Pro-inflammatory Potential on Macrophages. J. ...

Source: Jagau, H. et al. Pneumococcus Infection of Primary Human Endothelial Cells in Constant Flow. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the ...

Source: Morrill, S. R., et al. Models of Murine Vaginal Colonization by Anaerobically Grown Bacteria. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates a ...

Source: Li, J. et al. Development of a Larval Zebrafish Infection Model for Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the ...

Source: Cruz-Adalia, A., et al. T Cells Capture Bacteria by Transinfection from Dendritic Cells. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates bacterial ...

Source: Balczon, R., et al. Methods for Detecting Cytotoxic Amyloids Following Infection of Pulmonary Endothelial Cells by Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. ...

Source: Lee, H. et. al., Split Green Fluorescent Protein System to Visualize Effectors Delivered from Bacteria During Infection. J. Vis. Exp. (2018)This ...

Source: Islam, A., et al., Assessment of Intestinal Transcytosis of Neonatal Escherichia coli Bacteremia Isolates. J. Vis. Exp. (2023)This video ...

Source: Anderson, Q. L., et al. A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)The video demonstrates a ...

Source: Yarringto, K. D., et al. Kinetic Visualization of Single-Cell Interspecies Bacterial Interactions. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the ...

Source: Sorokulova, I., et al. Prevention of Heat Stress Adverse Effects in Rats by Bacillus subtilis Strain. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates ...

Source: Yi, Y., et al. Plant-Microbe Interaction: Transcriptional Response of Bacillus Mycoides to Potato Root Exudates. J. Vis. Exp. (2018)This video ...

Source: Venuprasad, K., et al. Intra-tracheal Administration of Haemophilus influenzae in Mouse Models to Study Airway Inflammation. J. Vis. Exp. ...

Source: Taylor, M. N., et.al. Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions. J. Vis. Exp. (2022)This ...

Source: Taylor, M. N. et al. Using Single-Worm Data to Quantify Heterogeneity in Caenorhabditis elegans-Bacterial Interactions. J. Vis. Exp. (2022)This ...

Source:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21University of Liverpool, 2 University of DundeeThis video ...

Source: Arroyo, M. C., et al. Assessing the Viability of a Synthetic Bacterial Consortium on the In Vitro Gut Host-microbe Interface. J. Vis. Exp. ...

Source: Okamoto, A., et al. Self-standing Electrochemical Set-up to Enrich Anode-respiring Bacteria On-site. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates ...

Source: Ahmadi, S., et al. An In Vitro Batch-culture Model to Estimate the Effects of Interventional Regimens on Human Fecal Microbiota. J. Vis. Exp. ...

Quelle: Biller, S. J., et al. Isolierung und Charakterisierung cyanobakterieller extrazellulärer Vesikel. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Präparation von extrazellulären Cyanobakterienvesikeln für die Transmissionselektronenmikroskopie durch Negativfärbung, die eine hochauflösende Visualisierung der Vesikelmorphologie, -größe und -reinheit für strukturelle und vergleichende Analysen ermöglicht.

Quelle: Zhang, Y., et al. Anwendung von fluoreszierenden Nanopartikeln zur Untersuchung des Umbaus des endolysosomalen Systems durch intrazelluläre Bakterien. J. Vis. Exp. (2015)Dieses Video zeigt die Verwendung von fluoreszierenden Nanopartikeln zur Visualisierung des endolysosomalen Umbaus in menschlichen Epithelzellen, die von intrazellulären Bakterien infiziert sind. Nach der bakteriellen Invasion manipulieren die Erreger das Zytoskelett des Wirts und das endolysosomale System und bilden...

Quelle: Valentine, M. E., et al. Generierung von In-Frame-Gendeletionsmutanten in Pseudomonas aeruginosa und Test auf Virulenzabschwächung in einem einfachen Mausmodell der Infektion. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video demonstriert die Verwendung von Biolumineszenz, um das in vivo-Verhalten von virulenten und abgeschwächten Bakterienstämmen bei Mäusen zu visualisieren und zu vergleichen. Es beschreibt die Herstellung von biolumineszierenden Bakteriensuspensionen und deren intraperitoneale...

Quelle: Guo, S., et al. Quantifizierung der Motilität des bakteriellen Oberflächenschwarms auf Induktorgradientenplatten. J. Vis. Exp. (2022).Dieses Video zeigt die Verwendung einer doppellagigen Gradientenschwarmplatte, um das Schwarmverhalten von Bakterien unter unterschiedlichen Inhibitorkonzentrationen zu untersuchen. Eine Platte mit einem gradientenbildenden Inhibitor in der unteren Schicht wird mit Bakterien beimpft und inkubiert. In regelmäßigen Abständen werden Bilder aufgenommen, um...

Quelle: Zhang, X., et al. Ein Zebrafisch-Embryomodell für die In-vivo-Visualisierung und Intravitalanalyse von Biomaterial-assoziierten Staphylococcus aureus-Infektionen . J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Fluoreszenzbildgebung von Zebrafischembryonen, die mit Staphylococcus aureus injiziert wurden, was eine Quantifizierung des Infektionsverlaufs und der bakteriellen Verteilung ermöglicht, um den Einfluss von Biomaterial-Mikrosphären auf Wirt-Pathogen-Interaktionen in vivo zu bewerten.

Quelle: Schlimpert, S. et al. Fluoreszenz-Zeitraffer-Bildgebung des kompletten Lebenszyklus von S. venezuelae mit einem mikrofluidischen Gerät. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Fluoreszenz-Zeitraffer-Bildgebung des gesamten Lebenszyklus des Bakteriums Streptomyces venezuelae mit einem mikrofluidischen Gerät, um die Keimung, das Hyphenwachstum und die Sporulation in Echtzeit zu visualisieren.

Quelle: Bru, J., et.al. Zeitraffer-Bildgebung von Bakterienschwärmen und der kollektiven Stressreaktion. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt, wie das Schwarmvermeidungsverhalten bei Pseudomonas aeruginosa mit Hilfe eines Schwarmagarplatten-Assays visualisiert und gemessen werden kann. Es zeigt den Aufbau für die Zeitraffer-Bildgebung unter kontrollierten Bedingungen und erklärt, wie Antibiotika-induzierte Stresssignale die Bewegung von Bakterien umleiten, was durch Bildanalyse quantifiziert...

Quelle: Heering, J., et al., Induktion der zellulären Differenzierung und Einzelzellbildgebung von Vibrio parahaemolyticus Schwimmer- und Schwarmerzellen. J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video zeigt die Präparation von Schwarmzellen aus einer Vibrio parahaemolyticus-Kolonie für die Fluoreszenzbildgebung. Die Bakterien sind gentechnisch so verändert, dass sie ein Fluorophor-markiertes Protein exprimieren, das unipolar in Schwimmerzellen und bipolar in länglichen Schwarmzellen lokalisiert ist, was...

Quelle: Bennett, J. A. et al. Visuelle und mikroskopische Bewertung von Streptomyces-Entwicklungsmutanten . J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt den Einsatz von Phasenkontrastmikroskopie zur Untersuchung phänotypischer Unterschiede zwischen Wildtyp- und mutiertem Streptomyces coelicolor. Es beschreibt die Schritte bei der Aufbereitung und Abbildung von Luftfilamenten, um Entwicklungsdefekte bei der Sporenbildung zu erkennen.

Quelle: Chu, W. und Zhuang, X. Visualisierung der bakteriellen Motilität basierend auf einer Farbreaktion. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt einen auf Redoxfarbstoffen basierenden halbfesten Agar-Assay zur Beurteilung der bakteriellen Motilität durch visuelle Unterscheidung von beweglichen und nicht-beweglichen Stämmen.

Quelle: Pioli, R., et al., Strukturierung von Mikroorganismen und Mikropartikeln durch sequentielle Kapillaritäts-unterstützte Assemblierung. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video zeigt die Methode zum Einfangen einzelner fluoreszenzmarkierter Escherichia coli (E. coli)- Zellen in mikrofluidischen Fallen unter Verwendung einer kohlenstofffreien Suspension und eines kontrollierten Flusses, gefolgt von einer Nährstoffzugabe zur Auslösung des Wachstums und der Fluoreszenzbildgebung von Mikrokolonien.

Quelle: Wen, J., Pasman, et. al., Visualisierung von Germinosomen und der inneren Membran in Bacillus subtilis-Sporen . J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt die Verwendung von strukturierter Beleuchtungsmikroskopie, um dreidimensionale Fluoreszenzbilder zu erhalten, die die Organisation von Keimproteinen innerhalb der Bakterienspore zeigen.

Quelle: Oms, T., et al. Populations- und Einzelzellanalyse der Antibiotikapersistenz in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video stellt ein Protokoll zur Überwachung einzelner Bakterienzellen vor, die ein fluoreszenzmarkiertes DNA-bindendes Protein in einem mikrofluidischen System exprimieren. Es zeigt, wie Antibiotika die meisten Zellen hemmen, während eine Subpopulation von Persisterzellen die Behandlung überlebt und nach der Entfernung von Antibiotika wieder nachwächst.

Quelle: Murata, K. et. al., Visualisierung der DNA-Kompression in Cyanobakterien durch Hochspannungs-Kryo-Elektronentomographie. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die synchrone Kultivierung von Cyanobakterien unter Hell-Dunkel-Zyklen, um die zirkadiane regulierte DNA-Verdichtung zu untersuchen. Die Fluoreszenzmikroskopie zeigt kondensierte DNA zu definierten Zeitpunkten und bestätigt damit die Ausrichtung des Zellzyklus in der gesamten Population.

Quelle: Chetrit, D., et al. Anwendung von Lebendzellbildgebung und Kryo-Elektronentomographie zur Aufklärung räumlich-zeitlicher Merkmale des Legionella pneumophila dot/icm-Sekretionssystems. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video demonstriert die Verwendung von Fluoreszenzbildgebung lebender Zellen zur Quantifizierung der Polarität und Dynamik von Komponenten des Sekretionssystems in Legionella pneumophila und ermöglicht die Analyse der räumlichen Rekrutierung und zytosolischen Umverteilung, die für...

Quelle: Chetrit, D., et al. Anwendung von Lebendzellbildgebung und Kryo-Elektronentomographie zur Aufklärung räumlich-zeitlicher Merkmale des Legionella pneumophila dot/icm-Sekretionssystems. J. Vis. Exp. (2020)Das Video beschreibt, wie Legionella pneumophila-Proben für die Kryo-Elektronentomographie durch Kombination von Bakterienkultur, Markierung von Goldnanopartikeln und Vitrifikationstechniken vorbereitet werden. Das Verfahren bewahrt native zelluläre Strukturen und ermöglicht eine...

Quelle: Weber, N., et al., Natürliche Transformation, Proteinexpression und Kryokonservierung des filamentösen Cyanobakteriums Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Beurteilung der Gleitmotilität in Phormidium-Lacuna durch Homogenisierung von Filamentkulturen zur Herstellung einer einheitlichen Suspension, Vorbereitung eines Petriplatten-Assay-Aufbaus über einem Objektträger und Visualisierung der Filamentbewegung.

Quelle: Sorokulova, I., et al. Verhinderung von Hitzestress-Nebenwirkungen bei Ratten durch den Bacillus-subtilis-Stamm. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video präsentiert histologische und blutmikroskopische Analysen, die zur Bewertung der schützenden Wirkung von Bacillus subtilis bei Ratten mit Hitzestress eingesetzt werden.

Quelle: Chaimovitz, E. A. et al. Kontinuierliche Messung des biologischen Rauschens in Escherichia coli mittels Zeitraffermikroskopie. J. Vis. Exp. (2021)Dieses Video demonstriert die Echtzeitvisualisierung biologischer Rauschen in E. coli, indem Schwankungen der GFP-Fluoreszenz während des Bakterienwachstums und der Teilung mittels Zeitraffermikroskopie verfolgt werden.

Source: Fattahi, N., et al. Photodegradable Hydrogel Interfaces for Bacteria Screening, Selection, and Isolation. J. Vis. Exp. (2021)This video ...

Source: Feltwell, T., et.al. Separating Bacteria by Capsule Amount Using a Discontinuous Density Gradient. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the ...

Source: Le Nagard, L., et al. Growing Magnetotactic Bacteria of the Genus Magnetospirillum: Strains MSR-1, AMB-1 and MS-1. J. Vis. Exp. (2018).This video ...

Source: Valentine, M. E., et al. Generation of In-Frame Gene Deletion Mutants in Pseudomonas aeruginosa and Testing for Virulence Attenuation in a Simple ...

Source: Schlimpert, S., et al. Fluorescence Time-lapse Imaging of the Complete S. venezuelae Life Cycle Using a Microfluidic Device. J. Vis. Exp. ...

Source: Heering, J., et al. Induction of Cellular Differentiation and Single Cell Imaging of Vibrio parahaemolyticus Swimmer and Swarmer Cells. J. Vis. ...

Source: Li, J., et. al., Development of a Larval Zebrafish Infection Model for Clostridioides difficile. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the ...

Source: Ayivi, R. et al., The Cultivation, Growth, and Viability of Lactic Acid Bacteria: A Quality Control Perspective. J. Vis. Exp. (2022)This video ...

Source: Kuo, C., et al. Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System. J. ...

Source: Nathoo, N., et al. A Hydroponic Co-cultivation System for Simultaneous and Systematic Analysis of Plant/Microbe Molecular Interactions and ...

Source: Figueroa, D. M., et al. Production and Visualization of Bacterial Spheroplasts and Protoplasts to Characterize Antimicrobial Peptide Localization. ...

Source: Eggers, C. H. Phage-Mediated Genetic Manipulation of the Lyme Disease Spirochete Borrelia burgdorferi. J. Vis. Exp. (2022)This video demonstrates ...

Source: Morales-Soto, N. et. al., Preparation, Imaging, and Quantification of Bacterial Surface Motility Assays. J. Vis. Exp. (2015)This video ...

Source: Anwar, Z., et al. Enrichment and Detection of Clostridium perfringens Toxinotypes in Retail Food Samples. J. Vis. Exp. (2019).In this video, ...

Source: Morita, M., et al. Bacterial Cell Culture at the Single-cell Level Inside Giant Vesicles. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates a method for ...

Source: Tomás, J. M., et al. Generation of Null Mutants to Elucidate the Role of Bacterial Glycosyltransferases in Bacterial Motility. J. Vis. Exp. ...

Source: Cafini, F., et.al. Methodology for the Study of Horizontal Gene Transfer in Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates ...

Source: Anderson, Q. L., et al., A High-throughput, High-content, Liquid-based C. elegans Pathosystem. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the ...

Source: Brodl, E., et al. In Situ Measurement and Correlation of Cell Density and Light Emission of Bioluminescent Bacteria. J. Vis. Exp. 1 (2018)This ...

Source: Gilmore, S. F., et al. Cell-Free Scaled Production and Adjuvant Addition to a Recombinant Major Outer Membrane Protein from Chlamydia muridarum ...

Source: Bru, J., et al., Time-lapse Imaging of Bacterial Swarms and the Collective Stress Response. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the ...

Source: Liu, P. C., et al. Design and Use of a Low Cost, Automated Morbidostat for Adaptive Evolution of Bacteria Under Antibiotic Drug Selection. J. Vis. ...

Source: Bhaduri, S., et al., Microbiologically Induced Calcite Precipitation Mediated by Sporosarcina pasteurii. J. Vis. Exp. (2016)This video ...

Source: Figueroa, D. M., et.al. Production and Visualization of Bacterial Spheroplasts and Protoplasts to Characterize Antimicrobial Peptide Localization. ...

Source: Collins, A. J., et al., Establishing Stable Binary Cultures of Symbiotic Saccharibacteria from the Oral Cavity. J. Vis. Exp. (2021)This video ...

Source: Erdogan, F.,et al., Conjugative Mating Assays for Sequence-specific Analysis of Transfer Proteins Involved in Bacterial Conjugation. J. Vis. Exp. ...

Source: Cheng, C., et al. Inactivation of Pathogens via Visible-Light Photolysis of Riboflavin-5′-Phosphate. J. Vis. Exp. (2022)This video ...

Source: Gupta, S., et al. Isolation and Characterization of Extracellular Vesicles Produced by Iron-limited Mycobacteria. J. Vis. Exp. (2019)This video ...

Source: Niu, L., et al., Visualization of Macrophage Lytic Cell Death During Mycobacterial Infection in Zebrafish Embryos via Intravital Microscopy. J. ...

Source: Paschke, P., et al. Genetic Engineering of Dictyostelium discoideum Cells Based on Selection and Growth on Bacteria. J. Vis. Exp. (2019).This ...

Source: Gutiérrez, S., et. al., Isolation of Salmonella typhimurium-containing Phagosomes from Macrophages. J. Vis. Exp. (2017)This video ...

Source: Lin, P., et al. Synthesizing Sodium Tungstate and Sodium Molybdate Microcapsules via Bacterial Mineral Excretion. J. Vis. Exp. (2018).This video ...

Source: Lin, P., et al. Synthesizing Sodium Tungstate and Sodium Molybdate Microcapsules via Bacterial Mineral Excretion. J. Vis. Exp. (2018).This video ...

Source: Fuchs, F. M., et al. Investigating the Detrimental Effects of Low Pressure Plasma Sterilization on the Survival of Bacillus subtilis Spores Using ...

Source: Vieira, J., et al. Design and Development of a Model to Study the Effect of Supplemental Oxygen on the Cystic Fibrosis Airway Microbiome. J. Vis. ...

Source: Maurakis, S., and Cornelissen, C. N. Metal-Limited Growth of Neisseria gonorrhoeae for Characterization of Metal-Responsive Genes and Metal ...

Source: Naji, A., et al. Studying Oxidative Stress Caused by the Mitis Group Streptococci in Caenorhabditis elegans. J. Vis. Exp. (2019).This video ...

Source: Venuprasad, K. et. al., Intra-tracheal Administration of Haemophilus influenzae in Mouse Models to Study Airway Inflammation. J. Vis. Exp. ...

Source: Stefan, A., et al., The Multifaceted Benefits of Protein Co-expression in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2015)This video demonstrates the ...

Source: Jiang, H., Ho, M. Isolation and Characterization of Intact Phycobilisome in Cyanobacteria. J. Vis. Exp.(2021).This video demonstrates the ...

Source: Wiegand, D. J., Lee, et al., Cell-free Protein Expression Using the Rapidly Growing Bacterium Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019)This video ...

Source: Wiegand, D. J., et al. Cell-free Protein Expression Using the Rapidly Growing Bacterium Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).This video ...

Source: Wiegand, D. J., et al. Cell-free Protein Expression Using the Rapidly Growing Bacterium Vibrio natriegens. J. Vis. Exp. (2019).This video ...

Source: Jian, X., et al., Automated Microbial Cultivation and Adaptive Evolution using Microbial Microdroplet Culture System (MMC). J. Vis. Exp. ...

Source: Weber, N., et al., Natural Transformation, Protein Expression, and Cryoconservation of the Filamentous Cyanobacterium Phormidium lacuna. J. Vis. ...

Source: Wagner, A. O.,et al., Medium Preparation for the Cultivation of Microorganisms under Strictly Anaerobic/Anoxic Conditions. J. Vis. Exp. (2019)This ...

Source: Lea-Smith, D. J., et al. Generation of Marked and Markerless Mutants in Model Cyanobacterial Species. J. Vis. Exp. (2016)The video demonstrates a ...

Source: Arias, S. L., et al. Fabrication of a Functionalized Magnetic Bacterial Nanocellulose with Iron Oxide Nanoparticles. J. Vis. Exp. (2016).This ...

Source: Brumfield, K. D. et. al., Laboratory Techniques Used to Maintain and Differentiate Biotypes of Vibrio cholerae Clinical and Environmental ...

Source: Schumacher, D., et al. Fluorescence Live-cell Imaging of the Complete Vegetative Cell Cycle of the Slow-growing Social Bacterium Myxococcus ...

Source: Yang, Z., et al. A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.. J. Vis. Exp. (2018)This video demonstrates the ...

Source: Jeong, H., et. al. Procedure for Adaptive Laboratory Evolution of Microorganisms Using a Chemostat. J. Vis. Exp. (2016).This video demonstrates ...

Source: Villela, H. D. M., et al. Prospecting Microbial Strains for Bioremediation and Probiotics Development for Metaorganism Research and Preservation. ...

Source: Villela, H. D. M., et al. Prospecting Microbial Strains for Bioremediation and Probiotics Development for Metaorganism Research and Preservation. ...

Source: Berens, C. et al. Applying an Inducible Expression System to Study Interference of Bacterial Virulence Factors with Intracellular Signaling. J. ...

Source: Wei, D., et al., Production of Chemicals by Klebsiella pneumoniae Using Bamboo Hydrolysate as Feedstock. J. Vis. Exp. (2017)This video ...

Source: Hemmerich, J., et al. Protocol for Optimization of Heterologous Protein Production Using Automated Microbioreactor Technology. J. Vis. Exp. ...

Source: Lea-Smith, D. J., et al. Generation of Marked and Markerless Mutants in Model Cyanobacterial Species. J. Vis. Exp. (2016)This video demonstrates ...

Source: Arias, S. L., et al. Fabrication of a Functionalized Magnetic Bacterial Nanocellulose with Iron Oxide Nanoparticles. J. Vis. Exp. (2016)This video ...

Source: Rufián, J. S., et al, Single-Cell Analysis of the Expression of Pseudomonas syringae Genes within the Plant Tissue. J. Vis. Exp. (2022)This ...

Source: Becker, B., et al. A Simple Fluorescence-based Reporter Assay to Identify Cellular Components Required for Ricin Toxin A Chain (RTA) Trafficking ...

Quelle:...

Quelle: Choi, H. J., et al. Mikrofluidische Akustophorese zur Durchflusstrennung von gramnegativen Bakterien mit Hilfe von Aptamer-Affinitätsperlen. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Methode zur selektiven Trennung von gramnegativen Bakterien aus einer gemischten Bakterienprobe unter Verwendung von Aptamer-beschichteten Mikrokügelchen und akustischen Kräften innerhalb eines mikrofluidischen Chips.

Quelle: Brodl, E., et al. In situ Messung und Korrelation von Zelldichte und Lichtemission von biolumineszierenden Bakterien. J. Vis. Exp. (2018).Dieses Video zeigt die Messung und Korrelation der Biolumineszenz mit der Zelldichte in transformierten Bakterien. Eine einzelne Bakterienkolonie wird verwendet, um eine Flüssigkultur zu initiieren. Die Kultur wird in einer Vertiefung mit der gewünschten Zellkonzentration platziert. Ein Antibiotikum und ein Induktor werden hinzugefügt, um das für die...

Quelle: Koeth, L. M., et. al., Eine Referenzbouillon-Mikrodilutionsmethode für Dalbavancin In-vitro-Empfindlichkeitstests von Bakterien, die aerob wachsen. J. Vis. Exp. (2015).Dieses Video zeigt die Bouillon-Mikrodilutionsmethode zur Bestimmung der minimalen Hemmkonzentration (MIC) eines Lipoglykopeptid-Antibiotikums gegen grampositive Bakterien. Es umfasst die Isolierung von Bakterienkolonien, die Verdünnung, die Inokulation von Mikrotiterplatten-Wells mit unterschiedlichen...

Quelle: Zhang, X. et. al., Ein Zebrafisch-Embryomodell für die In-vivo-Visualisierung und Intravitalanalyse von Biomaterial-assoziierten Staphylococcus aureus-Infektionen . J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt ein Modell eines Zebrafischembryos zur Untersuchung von Infektionen, die mit implantiertem Biomaterial in Verbindung stehen. Die Injektion von Staphylococcus aureus mit Polystyrol-Mikrosphären verbessert das Überleben der Bakterien und bestätigt die infektionsfördernde Rolle der...

Quelle: Yeung, M., et al. Entwicklung eines empfindlicheren und spezifischeren chromogenen Agarmediums für den Nachweis von Vibrio parahaemolyticus und anderen Vibrio-Spezies . J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt eine kulturbasierte Methode zur Identifizierung von Vibrio-Spezies , wobei chromogener Agar als genauere Alternative zu den häufig verwendeten Thiosulfat-Citrat-Gallensalzen-Saccharose oder TCBS-Agar hervorgehoben wird. Chromogener Agar bietet eine überlegene Differenzierung von...

Quelle: Al Ahmar, R., et al. Kultur einer kleinen Kolonievariante von Pseudomonas aeruginosa und Quantifizierung ihres Alginats. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt einen kolorimetrischen Assay zur Quantifizierung von Alginat, das von Pseudomonas aeruginosa produziert wird, wobei Carbazol zum Nachweis von Uronsäuren nach saurer Hydrolyse verwendet wird. Die Methode ermöglicht eine vergleichende Analyse der Alginatproduktion, normiert auf bakterielle Biomasse in Forschung und klinischen...

Quelle: Al Ahmar, R., et al. Kultur einer kleinen Kolonievariante von Pseudomonas aeruginosa und Quantifizierung ihres Alginats. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt einen kolorimetrischen Immunoassay zur Quantifizierung von Alginat, einem schützenden Exopolysaccharid, das von Pseudomonas aeruginosa produziert wird. Bei dem Verfahren wird eine Mikroplatte mit der Probe beschichtet, spezifische Antikörper aufgetragen und eine Enzym-Substrat-Reaktion verwendet, um eine messbare Farbveränderung...

Quelle: Hassan, J. A., et al. Hochdurchsatz-Identifizierung von Resistenzen gegen Pseudomonas syringae pv. Tomate in Tomate mit dem Seedling Flood Assay. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video zeigt eine Methode zum Screening auf bakterielle Resistenz bei verschiedenen Tomatenstämmen mit zehn Tage alten Sämlingen, die mit einer bakteriellen Suspension geimpft wurden. Es wird erklärt, wie Bakterien durch Spaltöffnungen eindringen, Effektorproteine liefern, um die pflanzliche Immunität zu unterdrücken,...

Quelle: Anderson, Q. L. et al. Ein Pathosystem von C. elegans mit hohem Durchsatz und hohem Gehalt auf Flüssigkeitsbasis. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt eine Hochdurchsatz-Screening-Methode mit Caenorhabditis elegans , um Gen-Knockdowns während Wirt-Pathogen-Interaktionen zu untersuchen. Es beschreibt das Verfahren zur Aufbereitung von Knockdown-Würmern und deren Übertragung auf Testplatten, um die Auswirkungen der erregerinduzierten Wurmabtötung zu bewerten.

Quelle: Cayron, J. und Lesterlin, C. Multiskalige Analyse des Bakterienwachstums unter Stressbehandlungen. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt das Verfahren zur Beurteilung der Filamentierung von E. coli und der DNA-Replikation unter zellteilungshemmender Antibiotikabehandlung unter Verwendung von Plattierung zur Messung der Lebensfähigkeit und Durchflusszytometrie zur Analyse der Zellgröße und des DNA-Gehalts.

Quelle: Cheng, C., et al. Inaktivierung von Krankheitserregern durch Photolyse von Riboflavin-5'-Phosphat im sichtbaren Licht. J. Vis. Exp. (2022).In diesem Video wird ein gepuffertes Reaktionsgemisch aus L-Methionin, Nitroblau-Tetrazolium (NBT) und Flavinmononukleotid (FMN) mit violettem Licht bestrahlt, um die Produktion reaktiver Sauerstoffspezies (ROS) zu induzieren. Dies führt zur bakteriellen Inaktivierung und zur Bildung von spektrometrisch nachweisbarem Formazan.

Quelle: Weber, N. et. al., Natürliche Transformation, Proteinexpression und Kryokonservierung des filamentösen Cyanobakteriums Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt einen fokussierten LED-basierten Assay zur Untersuchung von Phototaxis in filamentösen Cyanobakterien. Die Bakterien wandern in Richtung der Lichtquelle und bilden eine dichte Anhäufung im beleuchteten Zentrum, die durch eine Pixelintensitätsanalyse des aufgenommenen Bildes visualisiert und quantifiziert wird.

Quelle: Balczon, R., et al. Verfahren zum Nachweis zytotoxischer Amyloide nach Infektion von Lungenendothelzellen durch Pseudomonas aeruginosa. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt das Protokoll zur Quantifizierung von Amyloiden in Kulturüberständen aus Lungenendothelzellen, die mit virulenten Bakterien infiziert sind, unter Verwendung von Thioflavin T, einem Fluoreszenzfarbstoff, der an Amyloid-Beta-Faltblattstrukturen bindet. Ein Anstieg der Fluoreszenz im Vergleich zum Ausgangswert deutet...

Quelle: Speare, L., et al. Coinkubationsassay zur Quantifizierung kompetitiver Wechselwirkungen zwischen Vibrio fischeri Isolaten. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt einen Co-Inkubations-Assay, mit dem untersucht wird, wie Bakterienstämme in einer gemeinsamen Umgebung konkurrieren. Es wird in der Mikrobiologie häufig eingesetzt, um Mechanismen wie die kontaktabhängige oder kontaktunabhängige Abtötung zu identifizieren, die diese Wechselwirkungen antreiben.

Quelle: Venkateswaran, S., et al. Hochdurchsatz-Identifizierung von bakterienabweisenden Polymeren für Medizinprodukte. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt eine Hochdurchsatzmethode zur Identifizierung bakterienabweisender Polymere mit Hilfe eines Microarray-Objektträgers, der gemischten Bakterienkulturen ausgesetzt wurde. Die bakterielle Bindung wird durch DAPI-Fluoreszenz bewertet, wobei ein reduziertes Signal Polymere mit minimaler Oberflächenbindung anzeigt.

Quelle: Barber, A. E., et al. Vorbereitung und Anwendung eines neuen bakteriellen Biosensors zur mutmaßlichen Detektion von Schussrückständen. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt die Detektion spezifischer Analyten mit Hilfe eines bakteriellen Biosensors. Es wird eine Bakterienkultur entnommen, die ein Plasmid mit einem Gen für rot fluoreszierendes Protein (RFP) unter einem analytsensitiven Promotor trägt. Nach dem gründlichen Abwischen der Testoberfläche wird ein kleiner Teil des Tuchs in...

Quelle: Augimeri, R. V. et. al., Verwendung der Ethylen-freisetzenden Verbindung 2-Chlorethylphosphonsäure als Werkzeug zur Untersuchung der Ethylenreaktion in Bakterien. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Wirkung von Ethylen, das von 2-Chlorethylphosphonsäure (CEPA) erzeugt wird, auf das Bakterienwachstum und die Zelluloseproduktion. Ethylen aktiviert Signalwege, die die Zellulosesynthese stimulieren, was zu einer verstärkten Pellikelbildung führt. Diese Ergebnisse unterstreichen die...

Quelle: Cayron, J., et al. Multiskalige Analyse des Bakterienwachstums unter Stressbehandlungen. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video zeigt, wie eine mikrofluidische Platte für die Abbildung von Bakterienzellen unter Stressbedingungen vorbereitet und verwendet wird. Es wird der Prozess der Einführung einer Bakterienkultur und eines stressinduzierenden antibiotischen Mediums beschrieben, gefolgt von der Zellbeladung und dem mikroskopischen Aufbau. Mit Hilfe der Zeitraffer-Bildgebung im...

Quelle: Sekar, A., et. al., Eine neuartige Methode zur Bestimmung der longitudinalen antibakteriellen Aktivität von arzneimittelfreisetzenden Materialien. J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt einen Lumineszenz-basierten Assay zur Beurteilung der antibakteriellen Wirksamkeit eines mit Antibiotika beladenen Polymerstreifens durch Quantifizierung der ATP-gesteuerten Lumineszenz, die in Bakterienkulturen, die dem Antibiotikum ausgesetzt sind, abnimmt.

Quelle: Zhu, W., & Chu, W. Empfindliche visuelle Methode zum Nachweis von Schwefelwasserstoff produzierenden Bakterien. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt eine empfindliche visuelle Methode zum schnellen Nachweis von Schwefelwasserstoff produzierenden Bakterien. Ein Farbwechsel von gelb zu schwarz deutet auf bakterielle Aktivität durch die Bildung von Wismutsulfid hin.

Quelle: Bennett, J. A., et al. Visuelle und mikroskopische Bewertung von Streptomyces-Entwicklungsmutanten. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt die Kultivierung und den phänotypischen Vergleich von Wildtyp- und mutierten Streptomyces coelicolor-Stämmen . Es werden Verfahren zur Minimierung spontaner Mutationen, zur Verhinderung von Kreuzkontaminationen und zur Förderung des Bakterienwachstums durch geeignete Beschichtungstechniken beschrieben. Schließlich hebt das Video visuelle Unterschiede...

Quelle: Francis, M. B., et al. Nachweis von Kortexfragmenten während der Keimung von Bakteriensporen. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt eine kolorimetrische Methode zum Nachweis des Kortexabbaus während der Keimung bakterieller Sporen, indem die Freisetzung von reduzierenden Zuckern im Laufe der Zeit gemessen wird. Unter Verwendung von N-Acetylglucosamin-Standards und Zeitpunktproben quantifiziert der Assay die Zuckerkonzentration durch eine violette chromogene Reaktion, die das Ausmaß der...

Quelle: Stenzler, B. R. et. al., Ein anaerober Biosensor-Assay zum Nachweis von Quecksilber und Cadmium. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt den Einsatz von gentechnisch veränderten bakteriellen Biosensoren, um den bioverfügbaren Anteil von Quecksilberionen unter anaeroben Bedingungen genau zu messen. Durch Variation der Konzentration von Magnesiumsulfat stellt der Assay sicher, dass der Biosensor selektiv auf freie Quecksilberionen reagiert, was sich in Änderungen der Fluoreszenzintensität...

Quelle: Vidilaseris, K., et al. Screening auf thermotoga maritima membrangebundene Pyrophosphatase-Inhibitoren. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt einen kolorimetrischen Assay zum Screening von Inhibitoren der bakteriellen membrangebundenen Pyrophosphatase (mPPase) durch Quantifizierung der Orthophosphatfreisetzung. Die Methode ermöglicht die Identifizierung von Verbindungen, die die mPPase aus Thermotoga maritima, einem potenziellen antimikrobiellen Wirkstoffziel, hemmen.

Quelle: Sarathy, J. P. et al. Ein In-vitro-Caseum-Bindungsassay, der die Penetration von Medikamenten in Tuberkuloseläsionen vorhersagt. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video zeigt einen In-vitro-Assay zur Messung der Wirkstoffbindung an das Caseum von Tuberkuloseläsionen mittels Schnellgleichgewichtsdialyse. Es beschreibt die Schritte zur Herstellung von Caseumsuspensionen, zur Durchführung der Dialyse und zur Berechnung der ungebundenen Wirkstofffraktion, um das Eindringen des Medikaments in das...

Quelle: Rugjee, K. N. et. al., Etablierung eines Hochdurchsatzaufbaus für das Screening kleiner Moleküle, die den c-di-GMP-Signalweg in Pseudomonas aeruginosa modulieren. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Erzeugung eines zyklisch-di-GMP-responsiven Reporterstamms in Pseudomonas aeruginosa mittels Elektroporation. Die erfolgreiche Transformation wird durch Antibiotikaauswahl und fluoreszenzbasierte Analyse...

Quelle: Rugjee, K. N., et al. Etablierung eines Hochdurchsatzaufbaus für das Screening kleiner Moleküle, die die c-di-GMP-Signalübertragung in Pseudomonas aeruginosa modulieren. J. Vis. Exp. (2016).Dieses Video zeigt das Screening von zyklischen di-GMP-Modulatoren unter Verwendung genetisch veränderter Bakterien, die grün fluoreszierendes Protein (GFP) unter der Kontrolle eines c-di-GMP-sensitiven Promotors exprimieren. Die Fluoreszenz wird in einer Multiwell-Platte gemessen, die verschiedene...

Quelle: Chapman, I. J., et al., Molecular Probe Optimization to Determine Cell Mortality in a Photosynthetic Organism (Microcystis aeruginosa) using Flow Cytometry. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video zeigt die Methode zur Unterscheidung von lebenden und toten Microcystis aeruginosa-Zellen durch die Kombination der Fluoreszenzsondenmarkierung mit der durchflusszytometrischen Analyse der Phycocyanin-Autofluoreszenz und des Sondensignals.

Quelle: Nickling, J. H., et.al. Antimikrobielle Peptide, die durch selektiven Druckeinbau von nicht-kanonischen Aminosäuren hergestellt werden. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt einen Agar-Well-Diffusionsassay, der zur Bewertung der antimikrobiellen Aktivität von Nisin-Varianten verwendet wird. Es wird gezeigt, wie Lactococcus lactis , der die membrangebundene Peptidase NisP exprimiert, die in E. coli produzierten Nisin-Vorläufer aktiviert, was zu wachstumshemmenden Halos führt. Die Größe...

Quelle: Tokunou, Y., et al., Elektrochemischer Nachweis des deuteriumkinetischen Isotopeneffekts auf den extrazellulären Elektronentransport in Shewanella oneidensis MR-1. J. Vis. Exp. (2018)Dieses Video zeigt eine elektrochemische Ganzzellmethode, um zu beurteilen, wie sich der Protonentransfer auf den extrazellulären Elektronentransport (EET) in elektroaktiven Bakterien auswirkt. Durch das Ersetzen von Protonen durch Deuteronen unter Verwendung von Deuteriumoxid misst die Methode...

Quelle: Dodge, R., et al. Schnelle Zählung von koloniebildenden Einheiten im 96-Well-Plattenformat, angewendet auf das Drosophila-Mikrobiom . J. Vis. Exp. (2023)Dieses Video zeigt die Quantifizierung von koloniebildenden Einheiten (KBEs) von darmassoziierten Bakterien in Drosophila-Fliegen unter Verwendung eines seriellen Verdünnungs- und Plattierungsansatzes. Homogenisierte Fliegenproben, die Darmbakterien enthalten, werden seriell verdünnt, auf Agar plattiert und inkubiert, um das Wachstum...

Quelle: Maurakis, S., et al. Metallbegrenztes Wachstum von Neisseria gonorrhoeae zur Charakterisierung von metallresponsiven Genen und Metallaufnahme aus Wirtsliganden. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video zeigt einen metallbegrenzten Bakterienwachstumsassay, um die Rolle von metallresponsiven Genen zu untersuchen. Wildtyp- und mutierte Bakterien, die in metallabgereichertem Medium gezüchtet werden, werden mit Metallliganden inkubiert und ihr Wachstum wird mit einem Plattenleser überwacht. Unter...

Quelle: Maurakis, S. und Cornelissen, C. N. Metallbegrenztes Wachstum von Neisseria gonorrhoeae zur Charakterisierung von metallresponsiven Genen und Metallerwerb aus Wirtsliganden. J. Vis. Exp. (2020)Dieses Video zeigt das Verfahren zum Nachweis von Oberflächenmetalltransportern in Neisseria gonorrhoeaee , die unter metallbegrenzten Bedingungen gezüchtet wurden, unter Verwendung eines Dot-Blot-Assays, der Ligandenbindung, Antikörperdetektion und kolorimetrische Visualisierung umfasst.

Quelle: Chen, Y., et al., Messung spezifischer mykobakterieller Fehltranslationsraten mit Gain-of-Function-Reportersystemen. J. Vis. Exp. (2019)Dieses Video zeigt eine Methode zur Quantifizierung von Fehltranslationen in Mycobacterium smegmatis unter Verwendung eines induzierbaren GFP und eines sezernierten mutierten Luciferase-Reportersystems. Es zeigt, wie die Lumineszenz, die aus einer Fehltranslation resultiert, gemessen und mit der GFP-Fluoreszenz verglichen wird, um den Einfluss eines...

Quelle: Gilmore, S. F. et al. Zellfrei skalierte Produktion und adjuvante Addition an ein rekombinantes Hauptprotein der äußeren Membran aus Chlamydia muridarum für die Impfstoffentwicklung. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt die Verwendung von Western Blotting zur Bewertung der strukturellen Integrität des wichtigsten äußeren Membranproteins (MOMP) in Nanopartikel-basierten Impfstoffkomplexen. Es werden die wichtigsten Schritte beim Proteintransfer, der Antikörpermarkierung und der...

Quelle: Stefan, A., et al. Die vielfältigen Vorteile der Protein-Co-Expression in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (96), (2015).Dieses Video zeigt die Bewertung der Mutationshäufigkeit in Bakterien mit Hilfe eines Beta-Glucosidase-Assays. Bakterienkulturen, die eine Korrektur-defiziente DNA-Polymerase exprimieren, werden über aufeinanderfolgende Generationen gesammelt. Replikationsfehler, die durch ein vermindertes Korrekturlesen verursacht werden, können ein unterdrücktes Beta-Glucosidase-Gen...

Quelle: Jian, X. et. al., Automatisierte mikrobielle Kultivierung und adaptive Evolution mit dem mikrobiellen Mikrotröpfchenkultursystem (MMC). J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt den Einsatz einer mikrofluidischen Tröpfchen-basierten Plattform zur Echtzeitüberwachung des Bakterienwachstums. Durch die Erzeugung einheitlicher Tröpfchen, die Bakteriensuspensionen enthalten, und deren Führung durch einen Nachweisweg ermöglicht das System eine kontinuierliche optische Messung der Zelldichte, um...

Nehmen Sie eine Kultur von Corynebacterium glutamicum, transformiert mit einem Plasmid, das ein fluoreszierendes Reportergen stromabwärts der Ribonukleinsäure-Antiterminator- oder RAT-Sequenz trägt, in einer Multiwell-Platte.Während der Transkription bildet die RAT-RNA eine Stammschleifenstruktur, die die RNA-Polymerase blockiert und die Expression des Reportergens stoppt.Das Plasmid exprimiert auch konstitutiv LicV, ein Fusionsprotein, das das RAT-RNA-bindende Protein LicT und die...

Beginnen Sie mit einer Aufschlämmung, die Bakterienzellen enthält, die mit Silbernanopartikeln behandelt wurden, die in einer Exopolysaccharidmatrix suspendiert sind.Fügen Sie der Aufschlämmung einen Phosphatpuffer hinzu, um einen stabilen pH-Wert aufrechtzuerhalten.Geben Sie dann eine Lösung ein, die Glukose und einen löslichen Redoxindikator enthält, und inkubieren Sie die Mischung. Der Redoxindikator fungiert als Elektronenakzeptor.Während der Inkubation gelangen Glukose und der...

Nehmen Sie serielle Verdünnungen einer Bakterienkultur und geben Sie Aliquots in kalorimetrische Fläschchen, die Wachstumsmedium enthalten.Laden Sie die versiegelten Fläschchen in die Multiwell-Platte eines isothermen Mikrokalorimeters, um die metabolische Wärmeproduktion zu messen.Das Gerät wird auf einer konstanten Temperatur gehalten, um sicherzustellen, dass die erfasste Wärme ausschließlich aus dem bakteriellen Stoffwechsel stammt.Wenn Bakterien Nährstoffe verstoffwechseln und sich...

Quelle: Ali, I., et al. Hochdurchsatz-Screening mikrobieller Isolate mit Auswirkungen auf die Gesundheit von Caenorhabditis elegans . J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video demonstriert einen Hochdurchsatz-Fluoresziertest, um zu bewerten, wie Darmbakterien die Stressresistenz bei Caenorhabditis elegans beeinflussen. Durch die Verfolgung der blauen Fluoreszenz aus geplatzten Darmgranulaten zeigt der Test frühere Todessignale bei Würmern, die Testbakterien ausgesetzt waren.

Quelle: Sutlief, A. L., et al. Live-Zell-Analyse der Scherspannung auf Pseudomonas aeruginosa mit einem automatisierten hochdurchsatzfähigen mikrofluidischen System. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video demonstriert die Herstellung einer mikrofluidischen Platte für Scherspannungsstudien in bakteriellen Kulturen. Nach dem Primieren der Kanäle mit Medien werden Bakterienzellen in den experimentellen Kanal eingeführt und zur Befestigung inkubiert. Restmedien und Kultur werden entfernt, um das System...

Quelle: Brumfield, K. D., et al. Labortechniken, die zur Aufrechterhaltung und Unterscheidung von Biotypen von Vibrio cholerae – klinische und Umweltisolate eingesetzt werden. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert einen Soft-Agar-Test mit Triphenyltetrazoliumchlorid, um die Beweglichkeit von Vibrio-cholerae-Stämmen zu bewerten und zu vergleichen, indem die Stoffwechselaktivität durch die Bildung der roten Zonen um aktiv wandernde Zellen visualisiert wird.

Quelle: Brumfield, K. D., et al., Labortechniken zur Erhaltung und Unterscheidung von Biotypen von klinischen und Umweltisolaten von Vibrio cholerae . J. Vis. Exp. (2017).Dieses Video demonstriert den Voges-Proskauer-(VP)-Test, um zwischen drei Biotypen von Vibrio cholerae zu unterscheiden: klassisch, Wildtyp-El Tor und El Tor-Variante. Jede Kultur wird in ein glukosehaltiges Medium geimpft, inkubiert und mit α-Naphthol und Kaliumhydroxid behandelt, um das Vorhandensein von Acetoin nachzuweisen.

Quelle: Mettrick, K. A., Lawrence et al., Induzierung einer ortsspezifischen Replikationsblockade bei E. coli mittels eines fluoreszierenden Repressor-Operatorsystems. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert eine standortspezifische Replikationsgabelblockade in Escherichia coli unter Verwendung von Arabinose-induzierter Expression von gelb fluoreszierendem Protein-markiertem TetR, das chromosomale TetO-Arrays bindet.

Quelle: Domesle, K. J. et al. Schleifenvermittelte isotherme Amplifikation zur Screening von Salmonellen in tierischen Lebensmitteln und zur Bestätigung von Salmonellen durch Kulturisolation. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video demonstriert die loop-mediated isothermal amplification (LAMP)-Technik zur Erkennung eines Zielbakteriengens, indem DNA bei konstanter Temperatur amplifiziert wird. Die Reaktionsmischung wird durch Zugabe eines isothermen Master-Mixes, spezifischer Primer für das Zielgen...

Quelle: Aigrain, L., et al. Internalisierung und Beobachtung fluoreszierender Biomoleküle in lebenden Mikroorganismen mittels Elektroporation. J. Vis. Exp. (2015)Das Video demonstriert die Abgabe von fluoreszierenden Biomolekülen in elektrokompetente mikrobielle Zellen mittels Elektroporation. Der Prozess beginnt mit der Einführung von fluorophor-markierter DNA oder Proteinen in eine gekühlte Zellsuspension. Anschließend wird ein Hochspannungsimpuls angelegt, um temporäre Membranporen zu...

Quelle: Kurokawa, M., et al. Präzise, Hochdurchsatzanalyse des Bakterienwachstums. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert die Hochdurchsatzquantifizierung des Bakterienwachstums mit einem Mikroplattenleser. Er beschreibt die Schritte, die bei der Kulturvorbereitung, der optischen Dichtemessung und der Analyse der Wachstumsdynamik erforderlich sind.

Quelle: Dahl, J. et al. Nachweis der pH-abhängigen Aktivität von Escherichia coli Chaperone HdeB In vitro und In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert einen auf Fluoreszenzspektrophotometer basierenden Test zur Bewertung der Chaperonaktivität auf einem Substratprotein unter Säure- und Hitzestress. Es beschreibt die Schritte zur Überwachung der Entfaltung und Aggregation des Substrats durch Lichtstreuung und vergleicht Bedingungen mit und ohne den Begleiter.

Quelle: Dahl, J., et al. Nachweis der pH-abhängigen Aktivität von Escherichia coli Chaperone HdeB In vitro und In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert den Einsatz rekombinanter E.-coli-Kulturen , um die schützende Wirkung eines säureaktivierten Chaperons während Säurestress zu bewerten. Die Überwachung des bakteriellen Wachstums zeigt ein verbessertes Überleben in chaperon-exprimierenden Kulturen im Vergleich zu Kontrollen und unterstreicht die Rolle von Chaperonen bei der...

Quelle: Stenum, T. S. et al. Quantifizierung der Häufigkeit und Ladungsniveaus von Transfer-RNAs in Escherichia coli. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert den Einsatz von Gelelektrophorese und Northern Blotting, um die Ladeniveaus von Transfer-RNAs in E. coli zu erkennen und zu vergleichen, indem aminoacylierte und deacylierte Formen getrennt werden.

Quelle: Gulla, S., et al. Multi-Locus-Tandem-Repeat-Analyse des fischpathogenen Bakteriums Yersinia ruckeri mittels multiplexer PCR und Kapillarelektrophorese. J. Vis. Exp. (2019).Dieses Video demonstriert das Verfahren zur Trennung fluoreszierend markierter variabler Tandem-Repeat-(VNTR)-Amplicons, die von einem fischpathogenen Bakterium abgeleitet sind, mithilfe kapillarer Elektrophorese zur Erstellung größenspezifischer Elektropherogrammprofile zur Bakterienidentifikation.

Quelle: Hockett, K. L. und Baltrus, D. A. Einsatz der Soft-Agar-Überlagerungstechnik zur Suche nach bakteriell produzierten inhibitorischen Verbindungen. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert das Verfahren zur Erkennung von bakteriiocinvermitteltem Tötung, indem Supernatant aus einem antibiotikainduzierten Spenderstamm auf eine weiche Agarschicht mit einem Teststamm gespott wird. Freie Zonen, die nach der Inkubation entstehen, deuten auf bakterielle Hemmung hin.

Quelle: Cabeen, M. T., et al. Einzellige mikrofluidische Analyse von Bacillus subtilis. J. Vis. Exp. (2018)Das Video demonstriert den Einsatz eines mikrofluidischen Geräts zur Beobachtung des bakteriellen Wachstums auf Einzelzellebene. Es zeigt, wie nicht bewegliche bakterielle Zellen, die in mikrogroßen Gräben eingeschlossen sind, kontinuierlich unter einem Fluoreszenzmikroskop genährt und abgebildet werden. Das Setup ermöglicht eine Echtzeitvisualisierung der Zellteilung und der...

Quelle: Scheidweiler, D., et al. Die Kombination von fluidischen Geräten mit Mikroskopie und Durchflusszytometrie zur Untersuchung des mikrobiellen Transports in porösen Medien über räumliche Skalen hinweg. J. Vis. Exp. (2020).Dieses Video demonstriert den Einsatz eines mikrofluidischen Geräts zur Quantifizierung der bakteriellen Beweglichkeit durch eine poröse Matrix, die aus zufällig angeordneten Säulen besteht. Fluoreszierend markierte Bakterien werden in das Gerät eingeführt, mikroskopisch...

Quelle: Kim, H. et al., Multi-Enzym-Screening mit einem Hochdurchsatz genetischen Enzym-Screening-System. J. Vis. Exp. (2016)Dieses Video demonstriert eine genetische Screening-Methode zur Erkennung der Enzymexpression unter Verwendung metagenomischer Fosmidbibliotheken und chromogener Substrate. Die Durchflusszytometrie identifiziert und isoliert einzelne Zellen, die farbige Produkte produzieren, was eine Hochdurchsatzselektion aktiver enzymexpressiver Zellen ermöglicht.

Quelle: Samuels, D. J., et al. Ein auf Tandem-Flüssigkeitschromatographie basierender Massenspektrometrie-basierter Ansatz zur Metabolitenanalyse von Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2017)Dieses Video demonstriert den Einsatz von Flüssigchromatographie–Massenspektrometrie zur Identifizierung und Quantifizierung intrazellulärer Metaboliten von S. aureus. Er beschreibt die Schritte, die bei der Metabolitenextraktion, Peptid-Normalisierung, Flüssigkeitschromatographie und...