Dynamische Differenzkalorimetrie zur Untersuchung der Interaktion zwischen DNA-Aptamer und thermolabilen Liganden

Die dynamische Differenzkalorimetrie hilft bei der Untersuchung von Biomolekül-Liganden-Wechselwirkungen, indem sie die Wärme misst, die erforderlich ist, um das Biomolekül in Abwesenheit und Anwesenheit des Liganden zu denaturieren.

Nehmen Sie zunächst eine Referenz mit freien DNA-Aptameren – strukturierten einzelsträngigen Oligonukleotiden – und eine Probe mit thermolabilen ligandengebundenen Aptameren. Die Liganden stabilisieren die Sekundärstruktur des Aptamers.

Führen Sie einen Vorwärtsscan durch, indem Sie die Lösungen erhitzen. Bei Erreichen der Schmelztemperatur denaturieren die freien Aptamere.

Die ligandenstabilisierten Aptamere dissoziieren von den Liganden und denaturieren bei einer relativ höheren Temperatur, was zu einer Erhöhung der Schmelztemperatur im Vergleich zu den freien Aptameren führt. Bei hohen Temperaturen erhält eine Untergruppe von Liganden eine irreversible Sekundärform mit geringer Bindungsaffinität.

Führen Sie anschließend einen Rückwärtsscan durch, indem Sie die Lösungen abkühlen, um die Aptamerstruktur wiederherzustellen. Bei der niedrigeren Temperatur binden der anfängliche und der umgesetzte Ligand in der Probe an die Aptamere.

Während des zweiten