Name: Infinium-Assay für Groß SNP Genotypisierung Anwendungen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-11-19T14:10:00.000+00:00
Duration: 13 min 33 s
Description: Lernen Sie den Infinium-Assay für groß angelegte SNP-Genotypisierung mit DNA-Amplifikation, Hybridisierung und Scanning. Dieses Verfahren ermöglicht zuverlässige Ergebnisse für Assoziationsstudien.

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Die Finanzierung für diese Arbeit wurde von NIH P20 GM103456, NIH RC2 AR058959 und NIH R56 AI063274 versehen worden

<ol><li>Shi, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+large-scale+pharmacogenetic+studies+by+high-throughput+mutation+detection+and+genotyping+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throughput mutation detection and genotyping technologies.</a> Clin. Chem. 47 (2), 164-172 (2001).</li>
<li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+by+the+5%27-nuclease+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction.</a> Methods Mol. Biol. 212, 129-148 (2003).</li>
<li>Seeb, J. E., Pascal, C. E., Ramakrishnan, R., Seeb, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+by+the+5%27-nuclease+reaction%3A+advances+in+high+throughput+genotyping+with+non-model+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction: advances in high throughput genotyping with non-model organisms.</a> Methods in Mol. Biol. 578, 277-292 (2009).</li>
<li>Bayés, M., Gut, I. G. Overview of Genotyping. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBay%C3%A9s%2C+M+%22Molecular+Analysis+and+Genome+Discovery%22">Molecular Analysis and Genome Discovery</a>. ed, , 2nd, John Wiley & Sons, Ltd. Chichester, UK. 1-23 (2011).</li>
<li>Lee, Y., Seifert, S. N., Fornadel, C. M., Norris, D. E., Lanzaro, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Nucleotide+Polymorphisms+for+High-Throughput+Genotyping+of+Anopheles+arabiensis+in+East+and+Southern+Africa%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Single-Nucleotide Polymorphisms for High-Throughput Genotyping of Anopheles arabiensis in East and Southern Africa.</a> J. Med. Entomol. 49 (2), 307-315 (2012).</li>
<li>Liu, Z. SNP Genotyping Platforms. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLiu%2C+Z+%22Next+generation+sequencing+and+whole+genome+selection+in+aquaculture%22">Next generation sequencing and whole genome selection in aquaculture</a>. , Wiley-Blackwell. 123-132 (2011).</li>
<li>Shen, R., Fan, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+SNP+genotyping+on+universal+bead+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat.+Res.%2FFundam+and+Mol.+Mech.+of+Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays.</a> Mutat. Res./Fundam and Mol. Mech. of Mutagenesis. 573 (1), 70-82 (2005).</li>
<li>Ragoussis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+technologies+for+all%5BTitle%5D)+AND+%22Drug+Discov.+Today%3A+Technol%22%5BJournal%5D)">Genotyping technologies for all.</a> Drug Discov. Today: Technol. 3 (2), 115-122 (2006).</li>
<li>Wu, C. C., Shete, S., Jo, E. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-Genome+Detection+of+Disease-Associated+Deletions+or+Excess+Homozygosity+in+a+Case-Control+Study+of+Rheumatoid+Arthritis%5BTitle%5D)+AND+%22Hum.+Mol.+Genet%22%5BJournal%5D)">Whole-Genome Detection of Disease-Associated Deletions or Excess Homozygosity in a Case-Control Study of Rheumatoid Arthritis.</a> Hum. Mol. Genet. , (2012).</li>
<li>Green, E. K., Hamshere, M., Forty, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+of+bipolar+disorder+susceptibility+alleles+and+identification+of+two+novel+genome-wide+significant+associations+in+a+new+bipolar+disorder+case-control+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Psychiatry%22%5BJournal%5D)">Replication of bipolar disorder susceptibility alleles and identification of two novel genome-wide significant associations in a new bipolar disorder case-control sample.</a> Mol. Psychiatry. , (2012).</li>
<li>Shete, S., Hosking, F. J., Robertson, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+association+study+identifies+five+susceptibility+loci+for+glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Genome-wide association study identifies five susceptibility loci for glioma.</a> Nat. Genet. 41 (8), 899-904 (2009).</li>
<li>Inc Illumina. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Infinium+HD+Ultra+User+Guide+11328087+RevB-1%22">Infinium HD Ultra User Guide 11328087 RevB-1</a>. , 15-101 (2009).</li>
<li>Turner, S., Armstrong, L. orenL., Yuki Bradford,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+Control+Procedures+for+Genome+Wide+Association+Studies%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Quality Control Procedures for Genome Wide Association Studies.</a> Curr Protoc Hum Genet. , 1-19 (2011).</li>
</ol>

Die Autoren dieses Artikels haben keine konkurrierenden finanziellen Interessen offen zu legen.

Groß Genotypisierung Anwendungen verwendet worden, um den genetischen Mechanismus viele menschliche Krankheiten zugrunde liegen, besser zu verstehen. Die Entdeckung einer signifikanten Variante durch eine genomweiten Assoziationsanalyse kann eine Kandidatenregion für die weitere Untersuchung Flagge. Darüber hinaus ist Genotyp Daten ein gutes Werkzeug für die Qualitätskontrolle auf Sequenzierungsprojekten. Um Probendurchsatz zu maximieren, können mehrere Probenplatten verstärkt und in ihrer fragmentiert, resuspendierten Staaten gespeichert werden. Acht Platten können an einem einzigen Tag verstärkt werden, die Kombination der ersten 24 Stunden des Protokolls für mehrere Chargen und Bereitstellung von genügend Material für ~ 2-8 Tagen Chip-Verarbeitung. Wenn Platten verstärkt werden vorher gehortet, und wenn neue Proben auf Chips hybridisiert sofort nach dem Scanvorgang beginnt mit dem vorherigen Lauf, kann die Verarbeitung kontinuierlich, ohne die Notwendigkeit für zusätzliche Probenvorbereitung Pause laufen. Daher wird zwar Proben drei Tage zu unterziehen die kompletteAssays können Daten täglich erzeugt. Assuming24 Chips werden jeden Tag verarbeitet werden, ermöglicht über ein 1.000 DNA-Proben auf einer 12-Sample-Wulst-Chip ausgeführt werden 5 Tage-Woche. Wenn jeder Schritt oder Reagenz ausgefallen ist, aber mehrere Batches könnte mit einem Risiko für eine schlechte Leistung sein, bevor eine Korrektur angewendet werden kann. Fehler können sich Aufmerksamkeit entgehen, bis die Arrays werden gescannt oder analysiert, daher, wenn der Durchsatz maximiert, Hunderte von Proben in verschiedenen Stadien des Protokolls vielleicht schon das gleiche fehlerhafte Behandlung nach Entdeckung erhielt. Wie verloren Reagenzien und Daten nicht wiederhergestellt werden können, muss der Benutzer diese Risiken gegen die Notwendigkeit einer beschleunigten Workflow wiegen. Die Genome Analyse-Software ist die erste Chance, um wirklich beurteilen den Erfolg der Genotypisierung Prozess. Wenn die Norm-R vs Norm-Theta Intensität Stücke richtig gruppiert sind, sollte die durchschnittliche Anrufrate (Prozent des Gesamt SNPs erfolgreich typisiert) der Proben nähern sich 99%, obwohl dieser Wert variiert slightly je nach Array-Typ. Die Daten von jeder Probe mit einem Anrufrate niedriger als 85-90% ist nicht vertrauenswürdig und muss verworfen werden. Für die Qualitätskontrolle, sollten die Ergebnisse zu allen bisher bekannten Genotypen, wann immer möglich verglichen werden. Wenn keine solche Daten vorhanden sind, ist gewollt Probe Vervielfältigung ein nützliches Werkzeug bei der Überprüfung Platte oder Array-Platzierungen. Diese doppelten Paare sollten auf getrennten Chips, Platten, Chargen, oder Projekte gelegt werden, deren Genotypen bei der Erzeugung überprüft. Während spezifische QC Einschränkungen variieren je nach den Prüfer bevorzugt werden gemeinsame SNP Einschränkungen Beispielaufruf Erfolg, Hardy-Weinberg-Gleichgewicht oder missingness zwischen Fällen und Kontrollen, basiert, während gemeinsame Probe Einschränkungen werden auf Tarife für Gespräche, Mendel Unstimmigkeiten oder Querverweise auf Basis X-Chromosom Heterozygotie der klinischen Daten Geschlecht [13]. Wenn ein Problem auftritt, die Controls-Armaturenbrett, in der Analyse-Suite gefunden wird, kann die eingereicht werdenUnternehmen, um Ursache zu ermitteln. Diese Kontrollen können oft verengen das Thema auf die wahrscheinlichste Schritt oder Reagenzienversagen. Falls SNPs von Interesse sind durch eine Genotypisierung Infinium Experiment gefunden, sollten ihre Intensität Stücke doppelt überprüft in Genome für Clustering Fehler, bevor weitere Untersuchungen durchgeführt werden. Ein fehlgeschlagener Versuch Infinium Genotypisierung ist wahrscheinlich auf menschliche Verarbeitungsfehler oder schlechte Qualität der eingesetzten DNA. Beispiel Quantifizierung müssen genau und präzise sein. Für beste Ergebnisse, alle Reagenzien hinzugefügt, um jede Probe oder Chip muss an der mit dem Protokoll festgelegten Volumen verzichtet werden. Pipetten sind ordnungsgemäß zu kalibrieren. Reagenzien dürfen nach Ablauf ausgeführt werden und sollte nicht einmal aufgetaut wieder eingefroren werden, mit Ausnahme der RA1 Reagenz. Um mögliche Färbung und Verlängerung Fehler zu minimieren, sollte das Formamid / EDTA-Mischung jeden Monat frisch zubereitet werden. Alle -20 ° C Reagenzien werden in nur manuelle Abtauen Gefriergeräte gelagert werden. Alle Laborgeräte in der st verwendetaining, Erweiterung und Wasch Teile des Protokolls sollten gründlich mit Wasser und einem milden Reinigungsmittel sofort bei Nichtgebrauch ausgespült werden. Die Befeuchtung Stauseen in der hyb Kammer sollte mit einem Reagenzglas Bürste und einem milden Reinigungsmittel gewaschen werden. Die Glasobjektträger mit 10% Bleichmittel gewaschen werden, wie durch ihre Benutzerhandbüchern angewiesen, einmal pro Woche.

Typing Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) ist eine wichtige Methode zur Identifizierung mit der Krankheit assoziiert Risikovarianten. Historisch ist der Umfang der Genotypisierungsanalysen durch die verfügbare Technologie begrenzt. Gelelektrophorese-basierte Genotypisierung Methoden werden in Abtast-und SNP-Durchsatz begrenzt ist [1]. Die Entwicklung dieser Tests können oft arbeitsintensiv sein, die sich auf dem Make-up und Struktur der Region die Variante für die Optimierung Umgebung [1]. TaqMan-Assays Genotypisierung von Life Technologies entwickelt wurde, kann eine große Anzahl von Proben schnell und mit minimalen Beteiligung Techniker laufen [2], aber SNP-Multiplex Einschränkungen weiterhin die Gesamtzahl der Genotypen auf deutlich unter eine Million pro Tag [3,4 begrenzen ]. Sequenoms Iplex Plattform kann auch viele Proben laufen auf einmal, aber, da weniger als hundert SNPs können zusammen gemultiplext werden, ist vergleichsweise geringen Gesamtdurchsatz [5]. Beckman Coulter SNP-Stream-Technologiekönnte theoretisch produzieren mehr als drei Millionen Genotypen pro Tag, aber diese Technik Grenzen Projektbereich zu einem Maximum von nur achtundvierzig SNPs pro Reaktion [4,6]. Während die Goldengate-Test kann fast zweihundert DNA-Proben jeden Tag auf Hunderten oder Tausenden von SNPs pro Probe zu verarbeiten, ist der Preis pro Genotyp nicht wettbewerbsfähig mit erweiterten, ultra-Hochdurchsatz-Techniken bei der Eingabe über dreitausend SNPs auf einmal [4,7 ]. Um mehrere Millionen Genotypen pro Tag verarbeiten, die für große Genom-weite Assoziationsstudien erforderlich Skala, Array-Hybridisierungstests haben sich die kostengünstigste Option auf dem Markt. Affymetrix-Linie von Hybridisierungsarrays und Illumina-Linie von Infinium-basierte Arrays ermöglichen potenziell Hunderte von Proben auf Hunderttausende oder Millionen von SNPs parallel [4,8] eingegeben werden. Diese SNPs können über das gesamte Genom verstreut werden, in Regionen, von Interessen, wie Ex lokalisiertomes oder den Vorlieben des Benutzers angepasst. Diese Arrays haben den Vorteil, nicht nur in der Lage, eine Million SNPs pro Probe genau Genotyp auf einmal, aber auch Kopienzahl Variation zu messen, potenziell Enthüllung Chromosomenanomalien. Infinium ausgerichtet OMNI BeadChip Arrays haben derzeit die Möglichkeit, Genotyp bis zu fast fünf Millionen Marker pro Probe, darunter eine halbe Million individuelle Loci, auf bis zu fast hundert Proben pro Tag. Da die meisten Krankheiten haben eine genetische Komponente, können diese Großversuche entscheidend bei der Suche nach Genen, die mit Krankheiten in Verbindung gebracht werden. Hochdurchsatz-Genotypisierung ermöglicht eine effiziente Genotyp Generation in der Probe setzt groß genug, um genetische Assoziation zeugend erkennen zu niedrigeren kleinere Allel-Frequenzen. [9,10,11] Whole Genome Genotypisierung Projekte verwendet werden, um Regionen mit statistisch signifikanten Fall-Kontroll-Allel Frequenz oder Kopienzahl Unterschiede zu lokalisieren. Nach Angaben der Nationalen Menschen Genome Research Institute, führte genomweite Assoziationsstudien, um 1490 getrennte Publikationen zwischen dem 25. November 2008 und dem 25. Januar 2013, die sich aus der Entdeckung von 8.283 SNPs mit einem p-Wert von weniger als 1 x 10 -5 (siehe http:// www.genome.gov/gwastudies/). Diese Studien, die Bedingungen von Höhe zu Hodenkrebs, profitierte von der breiten Ansatz durch eine genomweite Analyse ergab erforscht. In Fällen wie diesen, kann ganze Regionen von Interesse entgangen war der Umfang der Typisierung war zu restriktiv. So kann zum Großverband analysiert, ist eine genomweite Genotypisierung Technik die Technik der Wahl. Verschiedene Versionen des Infinium Assay vorhanden ist, jeweils für die Verwendung mit bestimmten Typen von Arrays bestimmt. Die InfiniumUltra Assay, in der Tiefe unten diskutiert wird, ist angemessen für viele 12 - oder 24-Sample-Array-Chips. Diese oft Genotyp über hunderttausend SNPs pro DNA-Probe und konzentrieren sich auf targeted Regionen, wie auf exome oder benutzerdefinierte Panels. Andere Assay-Versionen können für andere Chiptypen, wie z. B. die Gesamtgenom-Genotypisierung Arrays erforderlich. Da jedoch alle Infinium Assays haben eine gemeinsame Grundlage und unterscheiden sich hauptsächlich nur von den Reagenz-Name, der Reagenzienmengen, oder die genaue Färbereagenz Verfahren, Techniken, die auf einem Test-Version perfektioniert kann oft universell einsetzbar. Andere Felder wie Methylierung Arrays könnte eine nahezu identische Protokoll verwenden, wie gut. Es muss nur genommen die Version des für die Chip-Typ im Einsatz erforderlich Assay werden. Einige Arten, wie beispielsweise diejenigen Messung der Genexpression Ebene könnten die Verwendung eines nonInfinium Protokoll. Die Proben müssen in Chargen verarbeitet werden. Zum Beispiel mit dem InfiniumUltra Assay enthalten Prähybridisierung Reagenzröhrchen genug Volumen zu 96 Proben laufen, und die Rohre können nicht wieder eingefroren werden. Daher müssen Proben in Chargen von 96 Proben zu einem Zeitpunkt ausgeführt werden. Die Proben werden auf den Tannen verstärkt werdent Tag. Nach ca. 1 h Rohbau, müssen die Proben in einem Umluftofen für 20-24 Stunden erhitzt werden. Am folgenden Tag wird fast 4 h ausgegeben werden Fragmentierungs, Ausfällen und Resuspendieren der Proben, an welchem ​​Punkt können die Proben entweder für zukünftige Verwendung eingefroren oder auf dem Chip hybridisiert werden. Lädt Chips dauert fast 2 Stunden, nach dem die Proben über Nacht für 16-24 h hybridisiert werden. Am dritten Tag erfolgt die Färbung und Verlängerungsschritt ~ 4 Stunden. Eine weitere Stunde ausgegeben werden Wasch-, Beschichten und Trocknen der Späne. Schließlich werden die Matrizen gescannt, die 15-60 min / Chip dauern kann, abhängig von der Art verwendet. Standard-Labor Sicherheit und Sauberkeit Vorsichtsmaßnahmen gelten. Obwohl die Amplifikation nicht PCR-basierten, sind separate Arbeitsstationen für Vor-und postamplification Verfahren notwendig, um die Wahrscheinlichkeit einer Kontamination zu minimieren. Die Identifikationsnummer eines jeden Kit gelieferten Reagenzien im Einsatz muss auf einer Tracking-Blatt angemeldet sein. Reagents sollten unmittelbar vor Gebrauch mehrmals vor der Abgabe aufgetaut und umgekehrt werden. Die getippt werden müssen DNA hochwertige genomische DNA (260/280 Absorptionsverhältnis von 1,6 bis 2,0, 260/230 Absorptionsverhältnis von unter 3,0), nach Standardmethoden isoliert und mit einem Fluorometer quantifiziert werden. Abbau von DNA ist oft ein Faktor in geringer Qualität Assay-Ergebnisse. Typischerweise wird 200 ng DNA benötigt wird, obwohl dieser Betrag kann für einige Chiptypen variieren. Ein Tecan Flüssigkeitshandhabungsroboter kann viele Schritte des Protokolls zu automatisieren und menschliche Fehler zu minimieren als Faktor.

<table><tbody><tr><td>Verbrauchsmaterial oder Ausrüstung</td><td>Hersteller<</td><td>strong>Teilenummer</td><td>Minimum erforderlich für 96 Proben0,8</td></tr> <tr><td>ml Deep Well Plate</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0765</td><td>1</td></tr><tr><td>Plattenmatten</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0674</td><td>2</td></tr><tr><td>Reagenzbecken</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-681-502</td><td>9</td></tr><tr><td>Heißsiegelfolien</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0559</td><td>1</td></tr><tr><td>Durchfluss-Abstandshalter</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC9563984</td><td>6</td></tr><tr><td>Pipettenspitzen - 200 &mu; l</td><td>Rainin</td><td>GP-L200F</td><td>192</td></tr><tr><td>Pipettenspitzen - 10 &mu; l</td><td>Rainin</td><td>GP-L10F</td><td>16</td></tr><tr><td>Pipettenspitzen - 1.000 μmu; l</td><td>Rainin</td><td>GP-L1000F</td><td>16</td></tr><tr><td>DNA-Suspensionspuffer</td><td>Teknova</td><td>T0220</td><td>0,5 ml</td></tr><tr><td>0,1 N NaOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC12419-0010</td><td>0,5 ml</td></tr><tr><td>Isopropanol (HPLC-Qualität)</td><td>Fisher Scientific</td><td>A451</td><td>15 ml</td></tr><tr><td>Ethanol (200-proof)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>459836</td><td>330 ml</td></tr><tr><td>Formamid (100%)</td><td>Thomas Scientific</td><td>C001K38</td><td>15 ml</td></tr><tr><td>EDTA (0,5 M)</td><td>Amresco</td><td>E177</td><td>0,2 ml</td></tr><tr><td>10 &mu; l 8-Kanal-Pipette</td><td>Rainin</td><td>L8-10XLS</td><td>1</td></tr><tr><td>200 &mu; l 8-Kanal-Pipette</td><td>Rainin</td><td>L8-200XLS</td><td>2</td></tr><tr><td>1.000 μmu; l Einkanal-Pipette</td><td>Rainin</td><td>L-1000XLS</td><td>1</td></tr><tr><td>Mikrotiterplatten-Schüttler</td><td>VWR</td><td>13500-890</td><td>1</td></tr><tr><td>gekühlte Mikrotiterplatten-Zentrifuge</td><td>VWR</td><td>BK369434</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybridisierungsofen</td><td>Illumina</td><td>SE-901-1001</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybex Mikroproben-Inkubator</td><td>SciGene</td><td>1057-30-0</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybex MIDI Heat Block-Einsatz</td><td>Illumina</td><td>BD-60-601</td><td>1</td></tr><tr><td>Heißsiegelgerät</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0384</td><td>1</td></tr><tr><td>Hyb-Kammer mit Einsatz und Matte</td><td>Illumina</td><td>BD-60-402</td><td>2</td></tr><tr><td>Chirurgische Schere</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-804-20</td><td>1</td></tr><tr><td>Durchfluss-Montageteile</td><td>Illumina</td><td>WG-10-202</td><td>8</td></tr><tr><td>Waschgestell und Geschirr</td><td>Illumina</td><td>BD-60-450</td><td>1</td></tr><tr><td>Genepaint Chamber Rack</td><td>Tecan</td><td>760-800</td><td>1</td></tr><tr><td>Temperaturfühler</td><td>Illumina</td><td>A1-99-109</td><td>1</td></tr><tr><td>Färbegestell und Dish</td><td>Illumina</td><td>WG-10-207</td><td>1</td></tr><tr><td>Selbstschließende Pinzette</td><td>Ted Pella, Inc</td><td>5374-NM</td><td>1</td></tr><tr><td>Vakuumverteiler</td><td>Ted Pella, Inc</td><td>2240</td><td>1</td></tr><tr><td>iScan oder HiScan</td><td>Illumina</td><td>- </td><td>1</td></tr></tbody></table>

infinium-assay für groß snp genotypisierung anwendungen

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Genotypisierung Varianten des menschlichen Genoms hat sich als ein wirksames Verfahren, um genetische Assoziationen Phänotypen identifizieren. Die Verteilung der Varianten innerhalb der Familien oder Populationen kann die Identifizierung der genetischen Faktoren der Erkrankung zu erleichtern. Panel der Genotypisierung BeadChips Illumina ermöglicht Ermittler zu Tausenden oder Millionen von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) Genotyp oder an andere genomische Varianten, wie Kopienzahl, über eine große Anzahl von DNA-Proben zu analysieren. Diese SNPs können über das gesamte Genom verteilt oder in bestimmten Regionen, um potenzielle Entdeckungen zu maximieren richtet sein. Die Infinium-Assay wurde optimiert, um hochwertige, schnell genaue Ergebnisse liefern. Bei richtiger Konfiguration können ein Techniker von einigen hundert bis zu über tausend DNA-Proben pro Woche zu verarbeiten, abhängig von der Art der Anordnung. Dieser Test führt den Benutzer durch jeden Schritt, ausgehend von genomischer DNA und endend mit dem Scannen des Arrays. Mit Anstand Reagents werden Proben verstärkt, fragmentiert, gefällt, resuspendiert, auf dem Chip, um eine einzelne Base, gebeizt erweitert hybridisiert und entweder auf einem iScan oder Hallo Scan hochauflösende optische Abbildungssystem gescannt. Eine Nacht Schritt erforderlich, um die DNA zu amplifizieren. Die DNA wird denaturiert und isotherm durch Amplifikation des gesamten Genoms amplifiziert, daher ist kein PCR erforderlich. Proben werden über Nacht in einem zweiten Schritt auf die Arrays hybridisiert. Am dritten Tag werden die Proben nun gescannt und analysiert werden. Amplifizierte DNA kann in großen Mengen gelagert werden, so dass Perlenanordnungen jeden Tag der Woche verarbeitet werden, wodurch der Durchsatz maximiert wird.

Ein richtig verarbeitet Wulst Chip sollte hell und deutlich roten und grünen Laser-Lichtintensitäten beim Scannen angezeigt. In Abbildung 6 zeigt die iScan Scan-Software eine Standard genomischen DNA-Probe erfolgreich zu einer benutzerdefinierten Bild SNP-Genotypisierung Array hybridisiert. Die markierten Nukleotide, die in den Ausbau und die Färbeschritte befestigt waren fluoreszieren unter den Lichtern der beiden Laser. Da diese Nukleotide selektiv erweitern den Wulst des Oligonukleotid-Kette an die fragmentierte DNA-Strang hybridisiert, und als die Oligonukleotid-Ketten sind direkt an der Stelle der Variante zu beenden, kann die Farbe und die Intensität des sich ergebenden Signals verwendet werden, die an die vorhandenen Allele zu bestimmen, SNP-Stelle. Ein User-generierten Probenblatt, die Proben-IDs und klinische Informationen CHIPID und Lage entspricht, und ein Array-spezifischen SNP manifestieren, direkt von der Firma erhalten, notwendig sind beide um die sca importierennner Ausgabedateien in die Genome Analyse-Software. Beispiel Musterblätter können auf der Website des Unternehmens zu finden. Sobald die Genome Projekt erstellt wird, kann Genotypen aus den resultierenden Intensität Cluster von der Software automatisch generiert erzielt werden. Obwohl mehrere Display-Optionen bestehen, die Standardansicht, Norm-R (eine normierte Intensitätswert) vs Norm-Theta (ein Allel-Intensitätsverhältnis), ist oft die einfachste Handlung zu drei unterschiedliche Cluster unterscheiden. Die meisten SNPs sollte eine, zwei oder drei Gruppen zeigen, abhängig von der Neben Allelfrequenz. Die drei Cluster stellen Proben demonstriert AA, AB oder BB-Allele (siehe Abbildung 7). Diese Cluster können Genotypen entweder, indem Sie eine Standard-Clustering-Position Vorlage direkt aus dem Unternehmen, indem Sie &quot;Cluster Alle SNPs&quot; aus der Symbolleiste Analyse der Software oder durch Klicken und Ziehen Sie die farbigen Kreise auf der Intensitätsgrundstücke manuell edi zugeordnet werden<html> t nennt. Die Farbe der Probe von der Intensität Grundstück (rot, violett oder blau) gibt an, den Anruf (AA, AB oder BB, respectively), schwarz zeigt keine Anruf. Durch Scrollen durch die in der Volldatenbereich der Software aufgeführt SNPs kann das Clustering für jeden SNP angezeigt oder abgerufen werden. Sobald die Cluster zufriedenstellend Anrufe vergeben, wird die Volldatenbereich der Software sind die Genotypen für jede einzelne Probe bei jedem einzelnen SNP. Die Option Spaltenauswahl über der Tabelle können Datenformate umzuschalten. Daten können entweder über die Symbolleiste Analyse oder direkt von der Full Data-Tabelle für eingehende Analyse exportiert werden. <img alt="Figur 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> Fig. 1 ist. Übersicht - Infinium Assay-Protokoll.683/50683fig1highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; Klicken Sie hier für eine größere Ansicht. <img alt="Figur 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> 2. Komplette Hyb Kammerbasis und Matte sowie Deckel. [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier für eine größere Ansicht</a> . <img alt="Fig. 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> Abbildung 3 Laden einer BeadChip -.. Dispense die Probe auf den Einlassöffnungen [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier, um zu vergrößern</a><html> Bild. <img alt="Fig. 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> Abbildung 4 Entfernen der BeadChip Cover -.. Fassen Sie die Dichtung an der Ecke diagonal schälen und sanft [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier für eine größere Ansicht</a> . <img alt="Figur 5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> 5. Komplette BeadChip Durchflussversammlung - Das BeadChip wird aus einem Glasobjektträger mit einem Abstandshalter getrennt und mit Klammern gebunden.&gt; Klicken Sie hier für eine größere Ansicht. <img alt="Fig. 6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> 6. Erfolgreiche BeadChip Scan - A) Die BeadChip ist sowohl mit einem roten und grünen Laser abgetastet, die Scan-Software zeigt beide gleichzeitig. Sections vorbei Intensität QC wird grün auf dem BeadChip Display nach links zu markieren. § § andernfalls Intensität QC wird auf der Anzeige zu markieren BeadChip rot. B) Sobald der Scanvorgang abgeschlossen ist, wird die Software die roten und grünen Anzeigen überlagern. Ein vergrößerten Bild gezeigt. Die Farbe und die Intensität der einzelnen Perle zeigt den aktuellen Allel. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier für eine größere Ansicht</a> . <p class="jove_content" fo:keep-together.wiDünn page = &quot;always&quot;&gt; <img alt="Fig. 7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> Abbildung 7. SNP-NORM-R vs NORM-THETA Clusterprofile - A) Eine gültige SNP mit drei verschiedenen Clustern, die AA, AB und BB-Genotypen, rot, lila, blau und b) ein SNP erfordern Bearbeitung.. Die mittlere Cluster, die homozygot AB sein soll, bleibt un-genannt. Die BB-Cluster fälschlicherweise als AB. C) Eine schlechte leistungs SNP. Keine Genotypen können von dieser Intensität Grundstück erhalten werden, da keine unterschiedliche Cluster existieren. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">Klicken Sie hier für eine größere Ansicht</a> .

Ein Protokoll beschrieben, das Illumina Infinium Assays verwendet, um groß angelegte Genotypisierung. Diese Assays zuverlässig Millionen SNPs Genotyp über Hunderte von einzelnen DNA-Proben in drei Tagen. Einmal erzeugt, können diese Genotypen verwendet werden, um für Vereine mit einer Vielzahl von verschiedenen Erkrankungen oder Phänotypen zu überprüfen.

Infinium-Assay für Groß SNP Genotypisierung Anwendungen

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

Das übergeordnete Ziel dieses Verfahrens besteht darin, den Infinium-Assay erfolgreich zur Bearbeitung eines Genotypisierungs-Bead-Chips einzusetzen. Dies wird erreicht, indem die DNA zuerst amplifiziert, fragmentiert und isoliert wird. Der zweite Schritt besteht darin, den denaturierten DNA-Strang an Oligonukleotide zu hybridisieren, die an die auf dem Array befindlichen Beads gebunden sind.Anschließend wird das an die Perle gebundene Oligonukleotid angefärbt und gezielt um eine Base verlängert. Im letzten Schritt werden die Perlenchips abgescannt, um den markierten Nukleotid nachzuweisen. Letztendlich werden die Genotypergebnisse verwendet, um die an der interessierenden Stelle vorhandenen Allele zu bestimmen.Die visuelle Demonstration dieser Methode ist entscheidend, da viele der Schritte zum Färben und Beladen der Bienen-Chips schwer zu erlernen sind. Viele der Handgriffe kommen bei anderen Genotypisierungsmethoden nicht vor, und viele der Geräte haben sehr ähnliche Namen. Bereiten Sie einen Tag vor der Amplifikation die DNA vor, indem Sie 200 Nanogramm DNA pro Vertiefung in eine tiefe 96er-Probenplatte abfüllen.Es müssen mindestens 96 Proben ausgeplattet werden, um sicherzustellen, dass kein Reagenz verschwendet wird. Beschriften Sie die Platte mit einem Barcode-Aufkleber, der im Kit enthalten ist, und zentrifugieren Sie sie, um die Volumina zu normalisieren. Lassen Sie die Proben über Nacht in einer Schublade oder im Abzug, damit die Flüssigkeit verdunstet.Decken Sie die Platte locker mit einem Deckel oder einem Papiertuch ab, um Staub fernzuhalten. Überprüfen Sie am folgenden Morgen, ob die Vertiefungen trocken sind. Verwenden Sie eine Reagenzienwanne und eine 10-Mikroliter-Acht-Kanal-Pipette, um vier Mikroliter DNA-Resus-Puffer in jede Vertiefung abzugeben, um die Proben zu rehydrieren. Wenn sorgfältig gearbeitet wird und die Flüssigkeit nicht berührt wird, ist es nicht notwendig, die Pipettenspitzen zwischen jeder Spalte zu entsorgen.Als Nächstes geben Sie mit einer Acht-Kanal-Pipette und einer frischen Reagenzienwanne 20 Mikroliter MA-One-Reagenz in jedes Loch der Platte. Verschließen Sie die Platte mit einer wiederverwendbaren Dichtung, kurz zentrifugieren und eine Minute lang bei 1600 U/min auf einem Mikroplatten-Schüttelinkubator vortexen, anschließend mindestens 30 Minuten bei Raumtemperatur inkubieren. Die weiteren Schritte zur Amplifikation werden in diesem Video nicht gezeigt, das Protokoll ist jedoch in der begleitenden Veröffentlichung enthalten.Nachdem alle Reagenzien zugegeben wurden, stellen Sie die Platte in einen korrekt kalibrierten Ofen, der auf 37 Grad Celsius eingestellt ist, und inkubieren Sie sie dort 20 bis 24 Stunden. Nach der Amplifikation werden die DNA-Proben fragmentiert und wie in der Publikation beschrieben nach der Präzipitation in einer Hochgeschwindigkeitszentrifuge ausgefällt. Prüfen Sie den Boden der Platte, ohne sie umzudrehen.Um zu bestätigen, dass die Proben als blauer Pellet ausgefällt sind, entsorgen Sie den Deckel und entfernen Sie die Flüssigkeit schnell, indem Sie die Platte umdrehen und sie kräftig auf die mit Papiertüchern bedeckte Arbeitsfläche klopfen. Sobald die Platte umgedreht ist, achten Sie darauf, sie nicht wieder umzudrehen. Solange noch Flüssigkeit vorhanden ist, klopfen Sie die Platte wiederholt auf die Arbeitsfläche, bis die gesamte Flüssigkeit entfernt ist.Stellen Sie die Platte umgekehrt auf ein Reagenzgläserrack, um sie eine Stunde bei Raumtemperatur zum Trocknen zu inkubieren. Anschließend wird die DNA resuspendiert, um mit der Hybridisierung zu beginnen. Stellen Sie eine 96-Loch-Platte mit resuspendierter DNA für 20 Minuten auf einen Heizblock bei 95 Grad Celsius.Um die DNA nach 20 Minuten zu denaturieren, nehmen Sie die Probenplatte vom Wärmeblock und inkubieren Sie sie bei Raumtemperatur für 30 Minuten. Während die Probenplatte abkühlt, bereiten Sie die Brutraumkammer vor. Für jeweils vier Bienen-Chips wird eine Kammer benötigt. Legen Sie eine Gummimatte auf die Oberseite der Brutraumkammerbasis und richten Sie das dickere Loch mit der Vorderseite der Basis aus.Das auf der Unterseite eingeätzte Barcode-Symbol sollte weiterhin sichtbar sein. Geben Sie mit einer 1000-Mikroliter-Pipette jeweils 400 Mikroliter PB-Zwei-Reagenz in die acht an der Unterseite angebrachten Befeuchtungsreservoirs. Setzen Sie den Deckel der HI-Kammer auf die Unterseite und befestigen Sie beide Enden, indem Sie zwei Verschlüsse an diagonal gegenüberliegenden Seiten anbringen.Platzieren Sie zunächst vier Hi-Chamber-Einsätze für jede verwendete Hi-Chamber auf dem Laborpult, und zwar kurz vor Ablauf der 30-minütigen Abkühlphase. Öffnen Sie die Verpackungen der Silberperlen-Chips.Entfernen Sie die Chips aus ihren durchsichtigen Plastikhüllen, ohne die Perlen zu berühren. Legen Sie jeden Bienen-Chip auf einen Hochkammer-Einsatz. Richten Sie den Chip so aus, dass der Barcode des Chips mit dem auf der Oberseite des Einsatzes eingeätzten Barcodesymbol übereinstimmt.Der nächste Schritt, das Beladen der Bienen-Chips, könnte der kritischste Schritt des Protokolls sein. Eine korrekte Durchführung erfordert eine vorherige Visualisierung des Probentransfers von der DNA-Platte auf den Bienen-Chip. Entfernen und entsorgen Sie den Deckel der Probenplatte. Eine Mehrkanalpipette kann zum Applizieren der Flüssigkeit auf die Chips verwendet werden, jedoch muss sorgfältig überlegt werden, nur die Anzahl an Proben anzusaugen, die sicher auf dem Bienen-Chip platziert werden können, da die Anzahl der Reihen auf einer Platte nicht immer der Anzahl der Reihen auf einem Chip entspricht.Entnehmen Sie 15 Mikroliter der Probe von der Probenplatte und geben Sie sie langsam auf den Eingang des Arrays. Es ist äußerste Sorgfalt erforderlich, um die richtige Probe an der richtigen Stelle auf dem entsprechenden Bienen-Chip entsprechend der zuvor aufgezeichneten Reihenfolge aufzutragen, die mit dem Bead-Chip übereinstimmt.Öffnen Sie die Hi-Kammer und platzieren Sie die Inserts über den Befeuchtungsreservoirs. Der Barcode des Chips sollte über der Barcode-Gravur in der Basis der Hive-Kammer platziert werden. Setzen Sie die Abdeckung der Hive-Kammer wieder ein und schließen Sie alle vier Verschlüsse, indem Sie die Verschlüsse an diagonal gegenüberliegenden Seiten schließen.Zunächst wird die Hi-Kammer nach Abschluss der Hybridisierung 16 bis 24 Stunden lang in einem Ofen bei 48 Grad Celsius inkubiert. Anschließend werden die Hi-Kammern aus dem Ofen genommen und 25 Minuten bei Raumtemperatur abgekühlt. Sobald die Hi-Kammern abgekühlt sind, öffnen Sie eine Hi-Kammer. Entfernen Sie die Abdeckdichtung von einem Bienen-Chip, indem Sie die Dichtung an einer Ecke fassen und vorsichtig diagonal abziehen.Nach dem Entfernen der Versiegelung den Chip sofort auf ein Bienen-Chip-Tray legen und in PB1 eintauchen, wobei die Kügelchen nicht berührt werden dürfen. Wiederholen, bis das Tray mit Kügelchen-Chips gefüllt ist. Dabei darauf achten, dass kein Chip austrocknet.Bewegen Sie das Tablett vorsichtig, um eventuelle Blasen zu entfernen, und lassen Sie die Chips eine Minute lang untergetaucht. Agitieren Sie das Tablett erneut. Überführen Sie das Tablett mit den Bienen-Chips in eine zweite Waschschale, die mit PB gefüllt ist. Agitieren Sie erneut leicht und lassen Sie die Chips eine Minute lang einweichen.Danach erneut in der Flüssigkeitsströmung durch die Montagestation schütteln. Vier schwarze Kunststoff-Durchflussstützen in die Rillen einsetzen. Die Station schrittweise mit PB1 füllen, bis die Flüssigkeit nahezu die Höhe der acht Montagehalterungen erreicht.Entfernen Sie die Bead-Chips aus dem Tray und legen Sie sie in die Montagestation auf eine Kunststoff-Durchfluss-Halterung, wobei der Chip-Barcode über dem in die Montagestation eingeätzten Barcode-Symbol ausgerichtet sein sollte. Sobald sich vier Chips in der Montagestation befinden, platzieren Sie einen transparenten Kunststoffabstandshalter auf jedem Bead-Chip. Die äußeren Kanten des Abstandshalters sollten die Halterungen innerhalb der Montagestation umschließen.Platzieren Sie den Kunststoffmontagestab in der Montagestation, indem Sie ihn über die Rillen schieben. Legen Sie vorsichtig einen Objektträger auf den Kunststoffabstandshalter, indem Sie das hintere Ende des Objektträgers gegen den Montagestab drücken und das vordere Ende langsam in die Flüssigkeit absenken. Die Nut an der Oberseite des Objektträgers sollte nach unten gerichtet sein und sich direkt über dem Barcode des Chips befinden, sodass am Barcode-Ende ein Spalt zwischen dem Chip und dem Objektträger verbleibt.Überprüfen Sie, dass sich keine Blasen zwischen Chip und Objektträger befinden, und schnappen Sie zwei Metallklammern um das Glas. Schieben Sie eine Klammer in Richtung des Barcode-Endes und eine in Richtung des hinteren Endes. Die Kanten der Kunststoffklammern sollten die Kunststoff-Durchflussstütze unter dem Chip greifen.Dieses Bild zeigt ein komplettes Flussdurchlauf-Flussdiagramm. Sobald sich alle Kügelchen in ihren Flussdurchlauf-Anordnungen befinden, nehmen Sie eine Schere für chirurgische Eingriffe und schneiden beide Enden des Abstandshalters so nah wie möglich an der Objektträgerfläche ab. Sobald der Kammerhalter 44 Grad erreicht hat, beginnen Sie dieses Verfahren, indem Sie eine Flussdurchlauf-Anordnung des Bienen-Chips auf den Kammerhalter setzen, indem Sie die Anordnung nach unten schieben und die Halterung an der Oberseite einhaken. Die Rückseite des Bienen-Chips sollte den Kammerhalter berühren.Die Objektträgerseite sollte nach außen weisen, wobei die Nut oben liegt, um ein Reagenzienreservoir zu bilden. Sobald alle Bienen-Chip-Assemblierungen im Kammersatz platziert wurden, geben Sie mit einer 200-Mikroliter-Pipette 150 Mikroliter RA-eins-Reagenz zu den Durchfluss-Assemblierungen hinzu. Durch das Einfüllen der Flüssigkeit in das Glasreservoir fließt das Reagenz natürlich die Objektträgerfläche hinab und tritt an der Basis der Assemblierung aus, sodass zukünftige Reagenzien direkt in das Reservoir gegeben werden können.Die verbleibenden Schritte zur Färbung einer Extension werden nicht gezeigt. Bitte beachten Sie das Protokoll in der begleitenden Veröffentlichung nach Abschluss der Färbung und Extension. Demontieren Sie die Flussdurchlaufanordnung, indem Sie einen dünnen Metallstab zwischen die Verschlüsse und die Halterung einführen.Dann drehen. Legen Sie den Objektträger beiseite und nehmen Sie den Bienen-Chip heraus, platzieren Sie sofort einen Bienen-Chip in einem vertikalen Bienen-Chip-Träger und tauchen Sie ihn in PB1 ein; wiederholen Sie dies für jede Durchflussmontage. Achten Sie darauf, jeden Bienen-Chip in dieselbe Richtung auszurichten und die Belüftung so gering wie möglich zu halten.Schließen Sie anschließend dieses Verfahren ab. Gemäß der Anleitung im begleitenden Text sollte ein ordnungsgemäß verarbeiteter Bienen-Chip helle und deutlich unterscheidbare rote und grüne Laserlichtintensitäten aufweisen, wenn er gescannt wird, da die während der Verlängerungs- und Färbungsschritte angebundenen markierten Nukleotide unter dem Licht der beiden Laser fluoreszieren. Hier ist eine Standard-Genom-DNA-Probe dargestellt, die erfolgreich an die Abschnitte eines benutzerdefinierten SNP-Genotypisierungsarrays hybridisiert wurde und die Intensitätsprüfung besteht.QC zeigt im Bienen-Chip-Display links grün an. Intensitätsfehler. QC zeigt im Bienen-Chip-Display rot an.Nach Abschluss des Scannens überlagert das System die roten und grünen Anzeigen. Ein vergrößertes Bild ist hier dargestellt, da diese Nukleotide selektiv die Oligonukleotidkette der an den fragmentierten DNA-Strang hybridisierten Kügelchen verlängern. Und da die Nukleotidketten so konzipiert sind, dass sie an der Stelle der Variante enden, kann anhand der Farbe und Intensität des resultierenden Signals die an der SNP-Stelle vorliegende Allele bestimmt werden.Die Ausgabedateien des Scanners werden in die Genome-Studio-Analysesoftware importiert, die Clusterprofile generiert. Dies ist ein Beispiel für ein gültiges SNP mit drei deutlich getrennten Clustern, die die Genotypen aa, A, B und B, B repräsentieren und jeweils rot, lila und blau eingefärbt sind. Diese Intensitätsdarstellung zeigt das SNP, bei dem der schwarze mittlere Cluster bearbeitet werden musste, der homozygot sein sollte.AB wird nicht genannt. Der BB-Cluster wird fälschlicherweise als ab bezeichnet. Das letzte Intensitätsdiagramm zeigt einen SNP mit schlechter Leistung.Es können keine Genotypen aus diesem Intensitätsplot gewonnen werden, da keine deutlichen Cluster existieren. Während des Durchführens dieses Verfahrens ist es wichtig, daran zu denken, die Bienen-Chips schnell zu verarbeiten. Stellen Sie sie nicht für längere Zeit der Luft aus.

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Biology

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