Bidirectional Retroviral Integration Site PCR Methodology and Quantitative Data Analysis Workflow

Gajendra W. Suryawanshi; Song Xu; Yiming Xie; Tom Chou; Namshin Kim; Irvin S. Y. Chen; Sanggu Kim

doi:10.3791/55812

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Bidirektionale Retrovirale Integrationsstelle PCR Methodik und quantitative Datenanalyse Workflow

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Bidirectional Retroviral Integration Site PCR Methodology and Quantitative Data Analysis Workflow

Bidirektionale Retrovirale Integrationsstelle PCR Methodik und quantitative Datenanalyse Workflow

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12:53 min

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June 14, 2017

DOI:

10.3791/55812-v

DOI:

10.3791/55812-v

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12:53 min

June 14, 2017

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Gajendra W. Suryawanshi*^1,2, Song Xu*³, Yiming Xie¹, Tom Chou³, Namshin Kim⁴, Irvin S. Y. Chen^1,5, Sanggu Kim⁶

¹UCLA AIDS Institute,University of California at Los Angeles (UCLA)²Department of Microbiology, Immunology, & Molecular Genetics,University of California at Los Angeles (UCLA)³Departments of Biomathematics and Mathematics,University of California at Los Angeles (UCLA)⁴Personalized Genomic Medicine Research Center, Division of Strategic Research Groups,Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology ⁵Department of Medicine,University of California at Los Angeles (UCLA)⁶Department of Veterinary Biosciences, College of Veterinary Medicine,The Ohio State University (OSU)

Summary

Dieses Manuskript beschreibt die experimentelle Prozedur und Softwareanalyse für einen bidirektionalen Integrationsort-Assay, der gleichzeitig stromaufwärts und nachgeschaltete Vektor-Host-Junction-DNA analysieren kann. Bidirektionale PCR-Produkte können für jede nachgeschaltete Sequenzplattform eingesetzt werden. Die resultierenden Daten sind nützlich für einen hochdurchsatzreichen, quantitativen Vergleich von integrierten DNA-Targets.