Name: Eine integrierte Plattform für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten mit hohem Durchsatz ChIP-Sequenzierung im Tumorgewebe (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-04-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 41 s
Description: Erfahren Sie eine optimierte Hochdurchsatz-ChIP-Sequenzierungsmethode für die Analyse von Chromatin-Zuständen in Tumorgeweben. Diese Technik ermöglicht die effiziente Verarbeitung multiplier Histomodifikationen und Proben.

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Wir danken Marcus Coyle, Curtis Gumbs, SMF Kern am MDACC für Sequenzierung Unterstützung. Die in diesem Artikel beschriebene Arbeiten wurde unterstützt durch Zuschüsse von der NIH-Zuschuss (CA016672), SMF Kern und NCI vergibt (1K99CA160578 und R00CA160578) an K. R.

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Autoren erklären keine Konflikte.

Dieses Protokoll beschreibt eine vollständige und umfassende Hochdurchsatz-ChIP-Seq-Modul für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten in menschlichen Tumorgewebe und Zell-Linien. In jedem ChIP-Seq-Protokoll ist einer der wichtigsten Schritte Antikörperbesonderheit. Hier veranschaulicht diese Methode Immunopräzipitation Bedingungen für die beschriebenen sechs Histon Änderungen, von die alle sind ChIP-Klasse und wurden zuvor in unserer und anderer Labors42,44<s...

Die Mehrheit der Säugetier-Genome (98-99 %) bestehen aus Nichtkodierende Sequenz, und diese Nocoding-Regionen enthalten regulatorische Elemente bekannt, bei der Kontrolle der Genexpression und Chromatin Organisation1,2teilzunehmen. In einer normalen Zelle ist die angegebene Assembly genomic DNA in verdichteten Chromatinstruktur entscheidend für die räumliche Organisation, Regulierung und präzises Timing von verschiedenen DNA-assoziierten Prozesse3,4,5. In eine Krebszelle führen jedoch Chromatin Modifikationen von aberranten epigenetischen Mechanismen zu unsachgemäßen Organisation von Chromatinstruktur, einschließlich des Zugangs zu regulatorischen Elemente, chromosomale Schleife Systeme und Gen Ausdruck Muster6, 7,8,9,10.
Trotz der jüngsten Fortschritte haben wir Verständnis für epigenetische Veränderungen beschränkt, die Tumorprogression oder therapeutische Reaktion zugeordnet sind. Das epigenom besteht aus einer Reihe von Änderungen, einschließlich Histon Marks und DNA-Methylierung, die bilden zusammen einen dynamischen Zustand (bezeichnet als Chromatin-Staat), der bei der Gen-Expression-Netzwerken und anderen Prozessen entscheidend für die Aufrechterhaltung der auftrifft zelluläre Identität. Vor kurzem wurden Änderungen in Enhancer in mehreren Malignome gezeigt, durch das Studium der H3K27Ac profile11. Obwohl solche Studien in die Korrelation von isolierten epigenetischen Markierungen Einblick, wurden mehr als 100 epigenetische Modifikationen identifizierten12,13 ohne klares Verständnis ihrer biologischen Rollen und Interdependenz. Darüber hinaus gibt es eine noch größere Anzahl von möglichen kombinatorische Muster dieser Histon und DNA-Veränderungen, und es ist diese kombinatorische Muster - keine individuelle Anpassungen -, die epigenetische Staaten14diktieren. Daher gibt es enormen Bedarf zur Identifikation von Veränderungen in diesen Staaten Chromatin während Tumorprogression oder Reaktionen auf die Therapie. Umfassende Kenntnisse der epigenom Änderungen bei Krebsarten hat teilweise aufgrund von technischen (z. B. Erzeugung von großen Datenmengen aus kleinen Menge an klinischen Material/einzelne Zellen) hinken und analytische (z.B. Algorithmen zu definieren Kombinatorische Staaten) Herausforderungen. Daher gibt es kritische Notwendigkeit für robuste Hochdurchsatz-Methoden für die Profilerstellung große Anzahl von Histon Modifikation Markierungen von klinischem Material und einfach zu implementierende rechnerische Ansätze, kombinatorische Muster vorherzusagen, die erleichtert Bestimmung der epigenetischen Staaten mit verschiedenen Stufen der Tumorgenese und therapeutischen Widerstand verbunden. Darüber hinaus verfügbaren Daten aus den letzten epigenom profiling Studien15,16,17,18,19,20,21, 22,23 in normalen Geweben und Zelllinien mit Chromatin Profile von Tumoren für weitere Einblicke in epigenom Beitrag zur Tumorbiologie integriert werden können.
Chromatin-profiling ist ein leistungsfähiges Werkzeug zur Ermittlung der global verbindliche Muster von verschiedenen Chromatin Änderungen15,24geworden. In den letzten Jahren ist die ChIP-Seq der "Goldstandard" für die Untersuchung von DNA-Protein Interaktionen auf einer globalen Skala25,26,27geworden. Für jeden ChIP-Seq-Experiment sind wichtige Schritte für seinen Erfolg, einschließlich Gewebe Verarbeitung und Dissoziation, bestimmen optimale Beschallung Bedingungen bestimmen optimale antikörperkonzentration für Niederschlag, Bibliothek Vorbereitung notwendig, nach Abschluss der Sequenzierung Datenverarbeitung und nachgelagerte Analyse. Jeder dieser Schritte enthalten wichtige Qualitätskontrolle Prüfpunkte und zusammengenommen sind ausschlaggebend für richtig identifizieren potenzielle Ziele für die funktionelle Validierung. Durch Innovation in den folgenden Schritten haben mehrere vorherige Studien Methoden zum Ausführen von ChIP oder ChIP-Seq aus kleine Menge an Gewebe28,29,30,31,32 entwickelt. . Darüber hinaus haben einige Studien gezeigt, Protokolle für Hochdurchsatz-ChIP Experimente gefolgt von PCR-basierte Quantifizierung33,34. Schließlich sind einige öffentlich zugängliche Analyse Plattformen für ChIP-Seq-Daten jetzt wie Easeq35 und Galaxy36zur Verfügung. Allerdings hat eine integrierte Plattform für die Durchführung von ChIP-Seq in eine Hochdurchsatz-Mode in Kombination mit einer rechnerischen Pipeline einzelne Markierung sowie Chromatin-Zustand-Analysen durchführen gefehlt.
Dieses Protokoll beschreibt einen vollständigen und umfassenden ChIP-Seq-Workflow für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten im Tumorgewebe und Zell-Linien, mit leicht Richtlinien umfasst alle die notwendigen Schritte für ein gelungenes Experiment. Durch die Annahme einer Hochdurchsatz-Methode zuvor von Blecher-Gonen Et Al. beschrieben 37, dieses Protokoll auf Dutzenden von Proben parallel durchgeführt werden kann und auf Krebszelllinien und menschlichen Tumoren wie Melanom, Dickdarm, Prostata und Glioblastoma Multiforme erfolgreich angewendet wurde. Wir zeigen die Methodik für die sechs Kern-Histon-Modifikationen, die Schlüsselkomponenten der epigenetischen regulatorischen Landschaft im menschlichen Melanom-Zelllinien und tumorproben darstellen. Diese Änderungen umfassen H3K27ac (Enhancer), H3K4me1 (aktive und Balanciert, Enhancer), H3K4me3 (Promotoren), H3K79me2 (transkribiert Regionen), H3K27me3 (Polycomb Repression) und H3K9me3 (heterochromatischen Repression). Diese Markierungen können entweder allein oder in Kombination verwendet werden, um funktionell unterschiedlichen Chromatin Staaten repräsentieren sowohl repressive als auch aktive Domains zu identifizieren.

<table><tbody><tr><td>H3K4me1-Antikörper in ChIP-Qualität</td><td>Abcam</td><td>ab8895</td><td></td></tr><tr><td>H3K27ac-Antikörper in ChIP-Qualität</td><td>Abcam</td><td>ab4729</td><td></td></tr><tr><td>H3K4me3-Antikörper in ChIP-Qualität</td><td>Abcam</td><td>ab8580</td><td></td></tr><tr><td>H3K79me2-Antikörper in ChIP-Qualität</td><td>Abcam</td><td>ab3594</td><td></td></tr><tr><td>H3K27me3-Antikörper in ChIP-Qualität</td><td>Abcam</td><td>ab6002</td><td></td></tr><tr><td>H3K9me3 in ChIP-Qualität Antikörper</td><td>Abcam</td><td>ab8898</td><td></td></tr><tr><td>1M Tris HCl, pH 8,0</td><td>Teknova</td><td>T1080</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E9884</td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S7653</td><td></td></tr><tr><td>Glycin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G8898</td><td></td></tr><tr><td>Natriumdesoxycholat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>30970</td><td></td></tr><tr><td>DPBS</td><td>Sigma - Leben Sciences</td><td>D8537-500ML</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>74255</td><td></td></tr><tr><td>Triton-X</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>X100-100ML</td><td></td></tr><tr><td>LiCl</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>746460</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Calbiochem</td><td>492016-100ML</td><td></td></tr><tr><td>1% TWEEN-20</td><td>Fisher Bioreagenzien</td><td>BP337-500</td><td></td></tr><tr><td>BSA - IgG-frei</td><td>Sigma - Leben Sciences</td><td>A2058-5G</td><td></td></tr><tr><td>HBSS Gibo</td><td></td><td>14025092</td><td></td></tr><tr><td>GentleMACS C Tube</td><td>GentleMACS</td><td>120-008-466</td><td>Dissoziationstube</td></tr><tr><td>16% Formaldehyd</td><td>Peierce</td><td>28906</td><td></td></tr><tr><td>miniProteaseinhibitor</td><td>Roche Diagnostics</td><td>11836153001</td><td>Proteasehemmer Tabletten</td></tr><tr><td>Dynabeads Protein G&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>10009D</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor NGS-Röhrchen 0,65 ml</td><td>Diagenode</td><td>C30010011</td><td>Beschallungsröhrchen</td></tr><tr><td>DynaMag - 96</td><td>Invitrogen</td><td>120.27</td><td>96-Well-Magnetständer TE-Puffer</td></tr><tr><td></td><td>Promega</td><td>V6231</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>Invitrogen</td><td>12091021</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Invitrogen</td><td>100005393</td><td></td></tr><tr><td>AMPure XP Beads</td><td>Beckman Coulter</td><td>A63882</td><td>paramagnetische Beads</td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td></td></tr><tr><td>Qubit ds DNA High Sensitivity Assay Kit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32854</td><td>hochempfindliche DNA-Reagenzien</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II DNA-Bibliothek Prep Kit</td><td>New England BioLabs</td><td>E7645L</td><td>DNA Library Prep</td></tr><tr><td>Kit Nukleasefreies Wasser</td><td>Ambion</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>Hochempfindliche D1000 ScreenTape</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-5584</td><td>hochempfindliche DNA-Reagenzien</td></tr><tr><td>Hochempfindliche D1000 Reagenzien</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-5585</td><td>hochempfindliche DNA-Reagenzien</td></tr><tr><td>Multiplex-Oligos (Index-Primer - Set 1)</td><td>New England BioLabs</td><td>E7335L</td><td>Multiplex-Oligos</td></tr><tr><td>Multiplex-Oligos (Index-Primer - Set 2)</td><td>New England BioLabs</td><td>E7500L</td><td>Multiplex-Oligos&nbsp;</td></tr><tr><td>TapeStation 4200</td><td>Agilent Technologies</td> G2991AA <td>hochempfindliches DNA-Elektropherogramm-Gerät</td><td></td></tr><tr><td>Bioruptor Pico Beschallungsgerät&nbsp;</td><td>Diagenode</td><td>B01060001</td><td>Wasserbad-Disruputor</td></tr><tr><td>Mischer</td><td>Nutator</td><td>421105</td><td></td></tr><tr><td>Bio-Rad C1000 Touch Thermocycler</td><td>Bio-Rad</td><td>1851196</td><td>PCR Thermocycler</td></tr><tr><td>Wasserbad</td><td>Fisher Scientific</td><td>2322</td><td></td></tr><tr><td>Mehrkanalpipette</td><td>Denville</td><td>1003123</td><td></td></tr><tr><td>Tube Revolver</td><td>Thermo-Scientific</td><td></td><td></td>88881001</tr><tr><td>Platte mit 96-Well-Sockel</td><td>Eppendorf</td><td>47744-110</td><td></td></tr><tr><td>Allegra X-12R Zentrifuge&nbsp;</td><td>Beckman Coulter</td><td>A99464</td><td>Tischzentrifuge</td></tr><tr><td>Zentrifuge 5424</td><td>Eppendorf</td><td>22620461</td><td>Tischzentrifuge</td></tr><tr><td>Optische Schlauchstreifen (8x Streifen)</td><td>Agilent Technologies</td><td>401428</td><td></td></tr><tr><td>Optische Rohrstreifenkappen (8x Streifen)</td><td>Agilent Technologies</td><td>401425</td><td></td></tr><tr><td>Ladespitzen, 10 Stück</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-5599</td><td></td></tr><tr><td>IKA MS3 Vortex</td><td>IKA</td><td>3617000</td><td>Vortex</td></tr></tbody></table>

eine integrierte plattform für genomweite kartierung von chromatin staaten mit hohem durchsatz chip-sequenzierung im tumorgewebe

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

Histon-Modifikationen stellen eine wichtige Komponente des das epigenom und eine wichtige regulatorische Rolle bei der Bestimmung der transkriptionellen Status der zugehörigen Loci. Darüber hinaus hat das Vorhandensein von spezifischen Änderungen verwendet worden, die Position und nicht-kodierenden Funktionselemente wie Enhancer für Identität bestimmen. In den letzten Jahren geworden Chromatin Immunopräzipitation gefolgt von Sequenzierung der nächsten Generation (ChIP-Seq) ein mächtiges Werkzeug bei der Bestimmung der genomweiten Profile der einzelnen Histon-Modifikationen. Jedoch ist es immer deutlicher geworden, dass die kombinatorische Muster von Chromatin Modifikationen, als Chromatin Staaten bezeichnet die Identität und die Natur von der damit verbundenen genomischen Locus bestimmen. Daher, bestehend aus robusten Hochdurchsatz-(HT) Methoden für die Profilerstellung einer Reihe von Histon Modifikation Marken sowie computergestützte Analysen Rohrleitungen in der Lage, Arbeitsabläufe Umgang mit Myriaden von ChIP-Seq profiling Datasets, sind notwendig für umfassende Ermittlung der epigenomischen Staaten in große Anzahl von Proben. Die HT-ChIP-Seq-Workflow, die hier vorgestellten besteht aus zwei Modulen: 1) ein experimentelles Protokoll für die Profilerstellung mehrere Histon-Modifikationen von geringen Mengen an tumorproben und Zell-Linien in einem 96-Well-Format; und 2) eine numerische Daten-Analyse-Pipeline, die vorhandenen Tools zur Berechnung der einzelnen Mark Belegung und kombinatorische Chromatin Zustand Muster kombiniert. Zusammen ermöglichen diese beiden Module einfache Verarbeitung von Hunderten von ChIP-Seq-Proben in eine schnelle und effiziente Weise. Die hier vorgestellten Workflow wird verwendet, um 6 Histon Mark Profile in Melanom Tumoren und Zelllinien Chromatin Zustand Muster abgeleitet. Insgesamt präsentieren wir Ihnen einen umfassende ChIP-Seq-Workflow, der die Dutzende von menschlichen tumorproben und Krebszelllinien festzustellen, epigenomischen Aberrationen in verschiedenen Tumoren angewendet werden kann.

Dieses Protokoll ermöglicht die Immunopräzipitation aus gefrorenen Tumorgewebe und Zell-Linien, die auf Dutzenden von Proben parallel mit einer Hochdurchsatz-Methode (Abbildung 1A)ausgeführt werden können. Chromatin Fragmente sollte im Bereich zwischen ~ 200-1000 bps für optimale Immunopräzipitation. Wir haben festgestellt, dass der Zeitaufwand für die Schur die selbe zu erreichen für verschiedene Gewebe und Zelltypen unterscheidet sich. Der ...

Hier beschreiben wir eine optimierte Hochdurchsatz-ChIP-Sequenzierung Protokoll und rechnerische Analysen Pipeline für die Bestimmung der genomweiten Chromatin Zustand Muster von gefrorenen Tumorgewebe und Zell-Linien.

Eine integrierte Plattform für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten mit hohem Durchsatz ChIP-Sequenzierung im Tumorgewebe

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

Das übergeordnete Ziel dieses Protokolls ist es, kombinatorische Chromatinzustandsmuster in Tumorgeweben und Krebszelllinien unvoreingenommen zu identifizieren. Diese Methode könnte dazu beitragen, Schlüsselfragen im Bereich der Krebsepigenetik zu beantworten, z. B. wie ein unfruchtbarer Histonmodifikationszustand zur Tumorgenese beitragen könnte. Der Hauptvorteil dieser Technik besteht darin, dass sowohl mehrere Histonmodifikationen als auch mehrere Proben gleichzeitig und effizient verarbeitet werden können.Dissoziieren Sie zunächst 50 Milligramm Melanomgewebe manuell und zwei Milliliter Hank's Balanced Salt Solution oder HBSS mit einer sterilen Rasierklinge. Zerkleinern Sie das Gewebe etwa fünf Minuten lang in einer sterilen Gewebekulturschale in drei oder vier Millimeter große Stücke. Übertragen Sie die Gewebelösung in ein Dissoziatorröhrchen und fügen Sie weitere Achtel Milliliter HBSS hinzu.Dissoziieren Sie das Gewebe mit einem Dissoziator weiter, bis es homogenisiert ist. Als nächstes vernetzen Sie das Gewebe und fügen 200 Mikroliter 16%iges Formaldehyd pro drei Milliliter HBSS hinzu. Schütteln Sie die Mischung mit einem Mixer bei 10 U/min genau 10 Minuten lang bei 37 Grad C

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Research

Forschung

JoVE Journal

Cancer Research

Krebsforschung

Die Hallo-C-Methode ermöglicht unvoreingenommene, genomweite Identifizierung von Chromatin-Wechselwirkungen (1). Hallo-C Paare Ligationssysteme und massiv parallele Sequenzierung. Die resultierenden Daten können verwendet werden, um genomische Architektur auf mehreren Skalen zu studieren: die ersten Ergebnisse identifizierten Features wie Chromosom Gebiete, Segregation von offenen und geschlossenen Chromatin und Chromatin-Struktur an der Megabasen.

Hallo-C: eine Methode, um die dreidimensionale Architektur des Genoms Study.

Chromatin Interaction Analysis von Paired-End-Tag-Sequenzierung (Chia-PET) ist eine Methode...

Chromatin Interaction Analysis gepaart mit End-Tag-Sequenzierung (Chia-PET) zur Abbildung von Chromatin-Wechselwirkungen zu verstehen und Transkriptionsregulation

Die Kombination von Chromatinimmunpräzipitation und ultra-Sequenzierung mit hohem Durchsatz (Chip-seq) zu identifizieren und abzubilden Protein-DNA-Wechselwirkungen in einem bestimmten Gewebe oder Zelllinie. Skizziert ist, wie man eine hohe Qualität ChIP Vorlage für anschließende Sequenzierung mit Erfahrung mit dem Transkriptionsfaktor TCF7L2 als Beispiel zu generieren.

Generierung von High Quality Chromatin Immunpräzipitation DNA Vorlage für Hochdurchsatz-Sequenzierung (ChIP-seq)

Wir beschreiben hier eine Plattform, die Comet-Assay Nachweis von DNA-Schäden mit beispielloser Durchsatz ermöglicht. Die Gerätemuster Säugerzellen in einem Microarray und ermöglicht die parallele Verarbeitung von 96 Proben. Der Ansatz erleichtert Analyse der Ausgangsniveau von DNA-Schäden, die Exposition induzierten DNA-Schäden und DNA-Reparatur-Kinetik.

CometChip: Eine Hochdurchsatz-96-Well-Plattform für Mess DNA-Schäden in menschlichen Zellen Microarray

Ein integriertes System für die gezielte Next-Generation-Sequenzierung von onkologischen Proben wird beschrieben. Dieses plattformübergreifende System ist für Tumorbiopsien von geringer Qualität und geringen Mengen optimiert, ermöglicht geringe DNA-Eingaben, umfasst gut charakterisierte Mehrvariantenkontrollen und verfügt über einen neuartigen Variantenaufrufer, der auf quantitativen präanalytischen Qualitätskontrollmaßnahmen basiert.

Integration von Nass- und Trocken Bench Prozesse werden so optimiert Gezielte Next-Generation Sequenzierung von Low-Qualität und Low-Menge Tumorbiopsien

Eine präzise Bestimmung von Proteinbindungsstellen im genomischen Ist wichtig für das Verständnis der Genregulation. Hier beschreiben wir eine genomische Kartierungsmethode, die chromatinimmunpräzipierte DNA mit Exonukleaseverdauung (ChIP-exo) behandelt, gefolgt von hochdurchsatzhoher Sequenzierung. Diese Methode erkennt Protein-DNA-Wechselwirkungen mit nahezu Base-Pair-Mapping-Auflösung und einem hohen Signal-Rausch-Verhältnis in Säugetierneuronen.

Hochauflösende Kartierung von Protein-DNA-Wechselwirkungen in Mausstammzell-abgeleiteten Neuronen mit Chromatin-Immunpräzipitation-Exonuklease (ChIP-Exo)

Dieser Artikel beschreibt ein halbautomatisches, mikroskaliertes ChIP-Seq-Protokoll von DNA-Regionen, die mit einer spezifischen Histonmodifikation (H3K27ac) unter Verwendung einer ChIP-Liquid-Handler-Plattform assoziiert sind, gefolgt von der Bibliotheksvorbereitung mittels Tagmentation. Das Verfahren umfasst eine Kontrollbewertung für Qualitäts- und Quantitätszwecke und kann auf andere Histonmodifikationen oder Transkriptionsfaktoren angewendet werden.

Ein halbautomatisches ChIP-Seq-Verfahren für groß angelegte epigenetische Studien

ATAC-seq ist eine DNA-Sequenzierungsmethode, die die hyperaktive mutierte Transposase Tn5 verwendet, um Veränderungen in der Chromatinzugänglichkeit abzubilden, die durch Transkriptionsfaktoren vermittelt werden. ATAC-seq ermöglicht die Entdeckung der molekularen Mechanismen, die phänotypischen Veränderungen in Krebszellen zugrunde liegen. Dieses Protokoll beschreibt Optimierungsverfahren für ATAC-seq in Epithelzelltypen, einschließlich Krebszellen.

ATAC-Seq Optimierung für die Krebsepigenetikforschung

Die Genexpression wird durch Wechselwirkungen von Genpromotoren mit distalen regulatorischen Elementen reguliert. In dieser Arbeit beschreiben wir, wie Low Input Capture Hi-C (liCHi-C) die Identifizierung dieser Interaktionen in seltenen Zelltypen ermöglicht, die bisher nicht messbar waren.

Ein integrierter Workflow zur Untersuchung der Promotor-zentrierten raum-zeitlichen Genomarchitektur in seltenen Zellpopulationen

Ein optimiertes Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease gefolgt von Next-Generation-Sequenzierungsprotokoll (CUT&amp;RUN-seq) wird für neuroendokrine kleinzellige Lungenkrebszelllinien beschrieben. Es ermöglicht eine genomweite Kartierung verschiedener Histonmodifikationen und Bindungsstellen von Transkriptionsfaktoren (z. B. E2F7), um epigenetische und transkriptionelle Deregulation in der SCLC-Pathobiologie zu untersuchen.

Genomweite Kartierung von Histonmodifikationen und Bindungsstellen von Transkriptionsfaktoren in neuroendokrinen kleinzelligen Lungenkrebszelllinien mittels CUT&amp;RUN

Erfahren Sie eine optimierte Hochdurchsatz-ChIP-Sequenzierungsmethode für die Analyse von Chromatin-Zuständen in Tumorgeweben. Diese Technik ermöglicht die effiziente Verarbeitung multiplier Histomodifikationen und Proben.

Eine integrierte Plattform für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten mit hohem Durchsatz ChIP-Sequenzierung im Tumorgewebe (Video) | JoVE Journal

Eine integrierte Plattform für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten mit hohem Durchsatz ChIP-Sequenzierung im Tumorgewebe

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