Ein Metadaten-Extraktion-Ansatz für klinische Fallberichte zu ermöglichen erweiterte Verständnis für biomedizinische Konzepte

Diese Methode kann helfen, Fragen zu Krankheiten und Pathologien zu beantworten, indem sie einen strukturierten Überblick über Krankheitssymptome, diagnostische und therapeutische Verfahren und Patientenergebnisse aus klinischen Fallberichten bietet. Der Hauptvorteil dieser Technik ist, dass sie auf jede Patientenkohorte in der biomedizinischen Literatur angewendet werden kann. Epidemiologische Studien seltener oder neu auftretender Erkrankungen sind realisierbarer.

Diese Methode macht nachfolgende Textanalyse-Workflows intuitiver und einfacher zu implementieren. Indem wir Textdatencomputer mit umfangreichen Metadaten lesbar machen, können wir klinische Fallberichte als auffindbare, zugängliche, interoperable und wiederverwendbare oder faire Datenressource erstellen. Im Mittelpunkt dieser Methode steht die Metadatenvorlage, mit der alle klinischen Informationen extrahiert werden, die in den ausgewählten klinischen Fallberichten enthalten sind.

Nach dem Workflow wie dargestellt ermöglicht die Montage eines klinischen Fallberichts Corpus. Verbesserung der Suche nach Fähigkeiten, Zugänglichkeit, Interoperabilität und Wiederverwendbarkeit der medizinischen Inhalte aus einem klinischen Fallbericht. Fügen Sie kontextbezogene Details in jedes Feld ein, anstatt Begriffe nur aus einem kontrollierten Vokabular bereitzustellen.

Lassen Sie häufig wiederholte Wörter und Sätze weg. Geben Sie in der Anmerkungsvorlage bestimmte Begriffe an, die in einem Dokument in der Regel in der Kopfzeile als Schlüsselbegriffe identifiziert werden, die durch ein Semikolon getrennt sind. Geben Sie demografische Werte an.

Insbesondere alle Texterklärungen, die den Hintergrund eines Patienten beschreiben, einschließlich Geschlecht und/oder Geschlecht, Alterszugehörigkeit oder Nationalität. Geben Sie geografische Standorte an, die innerhalb der klinischen Erzählung erwähnt werden, und nicht bestimmte Institutionsadressen. Geben Sie Lifestyle-Werte an, einschließlich textbezogener Textaussagen, die häufige Aktivitäten oder Verhaltensweisen von Patienten beschreiben, die für ihre allgemeine Gesundheit relevant sind.

In der Praxis handelt es sich häufig um Rauch- oder Alkoholkonsumgewohnheiten, kann aber auch Sonneneinstrahlung, Ernährung oder Häufigkeit bestimmter Körperlichkeitsarten umfassen. Geben Sie medizinische Verlaufswerte an, die sich auf die Familiengeschichte beziehen, einschließlich Textaussagen, die klinische Beobachtungen und Ereignisse beschreiben, die von Geschwistern, Eltern und anderen Familienmitgliedern erlebt wurden. Neben genetischen Bedingungen und negativen Beobachtungen.

Geben Sie Werte an, die sich auf die Sozialgeschichte beziehen, einschließlich Textaussagen, die den Patientenhintergrund beschreiben, der nicht in den Abschnitten "Demografie" oder "Lifestyle" behandelt wird. Die Aussagen können Berufsgeschichte und soziale Gewohnheiten umfassen. Geben Sie Werte an, die sich auf die medizinische und chirurgische Geschichte der Patienten beziehen, einschließlich textbezogener Aussagen, die medizinische Beobachtungen, Behandlungen oder andere Ereignisse beschreiben, die vor Beginn der klinischen Präsentation stattgefunden haben.

Geben Sie eine oder mehrere der folgenden 16 Krankheitssystemkategorien auf der Grundlage der in der internationalen statistischen Klassifikation von Krankheiten und damit verbundenen Gesundheitsproblemen verwendeten Kategorien an, Revision 10, wie in der Tabelle angegeben. Geben Sie Details zu allen Anzeichen und Symptomen an, einschließlich aller Textaussagen, die medizinische Beobachtungen von Anzeichen oder Symptomen beschreiben, die bei der ersten Präsentation über den Beginn, die Dauer, den Schweregrad oder die Auflösung der Symptome beginnen, wie vorgesehen. Geben Sie Einzelheiten zu allen Komorbiditäten an, einschließlich aller Begriffe oder Formulierungen, die verschiedene Krankheiten beschreiben, die zum Zeitpunkt der ersten klinischen Präsentation vorhanden waren.

Geben Sie Details zu allen Diagnosetechniken und -verfahren an, einschließlich der Namen der medizinischen Verfahren, die zu diagnostischen Zwecken abgeschlossen wurden. Wie Prüfungen, Tests und Imaginierungen. Neben den Bedingungen, unter denen die Tests durchgeführt wurden, und den relevanten anatomischen Orten.

Aber ohne Testergebnisse. Geben Sie Details zur Diagnose an. Einschließlich etwaiger Texterklärungen, die die Diagnosen der Krankheit beschreiben.

Auch wenn die endgültige Diagnose mehrdeutig ist. Geben Sie alle Laborwerte und Testergebnisse an. Einschließlich der Namen der Diagnosetests, ihrer Werte und der Bedingungen, unter denen die Tests durchgeführt wurden.

Die Verwendung sowohl numerischer als auch qualitativer Werte ist akzeptabel. Geben Sie Details der Pathologie an. Einschließlich aller Texterklärungen, die alle Ergebnisse der Pathologie- und Histologiestudien beschreiben.

Wie grobe Pathologie, Immunologie oder Mikroskopie-Studien. Einige Begriffe können sich mit denen überschneiden, die im Abschnitt Diagnosetechniken und -verfahren verwendet werden. Bieten Sie alle pharmakologischen Therapien an.

Einschließlich etwaiger Textaussagen, die die im Verlauf der Behandlung verwendeten Medikamenttherapien beschreiben und wann und wie die Therapien gestoppt wurden. Verwendung allgemeiner Begriffe wie Antibiotika oder spezifische Arzneimittelnamen. Stellen Sie alle interventionellen Verfahren bereit.

Einschließlich etwaiger Texterklärungen, in denen die therapeutischen Verfahren beschrieben werden, die während der Behandlung verwendet werden und wann und wie die Verfahren gestoppt wurden, sowie alle invasiven Verfahren. Die Implantation von Medizinprodukten oder Verfahren, die abgeschlossen wurden, um andere Therapien zu erleichtern. Geben Sie das Patientenergebnis an.

Einschließlich etwaiger Texterklärungen, die den Gesundheitszustand des Patienten am Ende der im Bericht beschriebenen klinischen Darstellung beschreiben. Einschließlich aller Folgetests. Geben Sie dann die Anzahl aller Diagnosebilder, Abbildungen, Videos oder Animationen und Tabellen an.

Alle Im Bericht enthaltenen Anzahl visueller Medien im angegebenen Format. Um zwischen den Abbildungen und Bildern zu unterscheiden, zählen Sie die Bilder als alle Produkte der klinischen Diagnostik. Einschließlich Fotografien, Mikrographik, Elektrokardiogramm-Rhythmusbilder oder anderen Produkten der diagnostischen Bildgebung.

Während die Zahlen sollten alle anderen Bilder berücksichtigt werden. Im Allgemeinen einschließlich Datendiagramme und Illustrationen. In dieser Tabelle werden Beispiele für zwei Sätze abgeschlossener Metadatenanmerkungen zu klinischen Fallberichten gezeigt.

Das erste Beispiel enthält Mockdaten, um das ideale Format jedes Werts zu veranschaulichen. Während das zweite Beispiel Werte enthält, die aus einem tatsächlich veröffentlichten klinischen Fallbericht über eine seltene Erkrankung extrahiert wurden; Acrodermatitis Enteropathica. Diese Methode erleichtert sowohl menschliche als auch automatisierte Ansätze für die Annotation klinischer Freitextdokumente.

Durch die Einrichtung einer strukturierten Metadatenstandardvorlage, die sicherstellt, dass die darin enthaltenen Informationen sowohl zugänglich als auch nützlich sind. Die mit dieser Methode generierten Metadaten unterstützen nachgelagerte Textanalysen, z. B. die Erkennung benannter Entitäten. Die Forscher können Informationen über Anzeichen und Symptome, diagnostische Techniken und Verfahren und Laborwerte in einer in der biomedizinischen Literatur dargestellten Patientenkohorte extrahieren.