Name: Screening und Identifizierung von kleinen Peptiden Targeting Fibroblast Growth Factor Receptor2 mit einem Phage Display Peptid Bibliothek (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-09-30T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 32 s
Description: Lernen Sie ein effizientes Screening-Verfahren für kleine Peptide, die an FGFR2 binden, mithilfe einer Phagen-Display-Bibliothek. Diese Methode ermöglicht die quantitative und qualitative Identifizierung neuer Modulatoren.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Diese Arbeit wurde vom Science and Technology Program of Guangzhou (Nr. 2016201604030039) unterstützt.

1. Reagenzzubereitung
<ol><li>LB (Lysogeny-Brühe) Medium: 1 g Trypton, 0,5 g Hefeextrakt und 0,5 g NaCl in 100 mlH2O. Autoklav auflösen und bei 4 °C lagern.</li>
	<li>Tetracyclin-Bestand: Bereiten Sie 20 mg/ml in 1:1 Ethanol:H2O. bei -20 °C auf, und Wirbel vor der Verwendung.</li>
	<li>IPTG/X-gal-Lösung: Mischen Sie 0,5 g IPTG (Isopropyl-D-1-Thiogalactopyranosid) und 0,4 g X-gal (5-bromo-4-chlor-3-indolyl-D-Galactosid) in 10 ml DMF (Dimethylformamid). Die Lösung kann bei -20 °C für ein Jahr im Dunkeln gelagert werden.</li>
	<li>LB + Tetracyclin (Tet) Platten: Dissove 1 g Bacto-Trypton, 0,5 g Hefeextrakt, 0,5 g NaCl und 1,5 g Agar in 100 mlH2O. Autoklav und abkühlen auf < 70 °C. Fügen Sie 100 l des Tetracyclin-Bestands hinzu und gießen Sie Platten. Platten bei 4 °C im Dunkeln lagern.</li>
	<li>LB + IPTG/X-gal Platten: 1 g Bacto-Trypton, 0,5 g Hefeextrakt, 0,5 g NaCl und 1,5 g Agar in 100 mlH2O. Autoklav auflösen und auf < 70°C abkühlen lassen. Fügen Sie 100 l der IPTG/X-gal-Lösung hinzu und gießen Sie Platten. Platten bei 4 °C im Dunkeln lagern.</li>
	<li>Glycin-HCI-Puffer (0,2 M): 1,5014 g Glycin und 100 mg BSA (Rinderserumalbumin) in 100 mlH2O auflösen und den pH-Wert mit HCl auf 2,2 einstellen. Die Lösung mit einem 0,22-mm-Filter filtern und bei 4 °C lagern.</li>
	<li>Tris-HCl-Puffer (1 M): 12,11 g Tris (Tris(Hydroxymethyl)Aminomethan) in 100 mlH2O auflösen und den pH-Wert mit HCl. Autoklav auf 9,1 einstellen und bei 4 °C lagern.</li>
	<li>Beschichtungspuffer (0,1 M): 1,68 g NaHCO3 in 200 mlH2O auflösen und den pH-Wert mit NaOH auf 8,6 einstellen. Filtern Sie die Lösung mit einem 0,22 m-Filter und lagern Sie sie bei 4 °C.</li>
	<li>Sperrpuffer: Bereiten Sie 0,1 M NaHCO3 (pH 8,6) mit 5 mg/ml BSA vor. Filtern Sie die Lösung mit einem 0,22 m-Filter und lagern Sie sie bei 4 °C.</li>
	<li>TBS: 50 mM Tris-HCl (pH 7.5) mit 150 mM NaCl vorbereiten. Autoklav und lagern bei Raumtemperatur.</li>
	<li>0,05%, 0,1% oder 0,5% TBST: Bereiten Sie TBS mit 0,05%, 0,1% oder 0,5% (v/v) Tween-20 vor. Filtern Sie mit einem 0,22 m Filter und lagern Sie bei Raumtemperatur.</li>
	<li>PEG/NaCl: 20% (w/v) Polyethylenglykol–8000 mit 2,5 M NaCl vorbereiten. Autoklav und lagern bei Raumtemperatur.</li>
	<li>TE-Lösung: 1 ml von 1 M Tris-HCl (pH8.0) und 2 ml 50 mM EDTA (pH 8.0) mischen und das Volumen mit H2O. Autoklav auf 100 ml einstellen und bei Raumtemperatur lagern.</li>
	<li>Jodidpuffer: 30 g NaI in 50 ml TE auflösen, pH 8,0. Bewahren Sie die Lösung bei Raumtemperatur im Dunkeln auf.</li>
	<li>Top Agar: 1 g Trypton, 0,5 g Hefeextrakt, 0,5 g NaCl und 0,7 g Agarin in 100 ml H2O. Autoklav auflösen und in 15 ml Aliquoten abgeben. Bei Raumtemperatur aufbewahren.</li>
</ol>2. Erste Runde der Biopannierung: Screening-Phagenklone, die an die extrazelluläre Domäne von FGFR2 binden
HINWEIS: Verwenden Sie aerosolbeständige Pipettenspitzen und tragen Sie Handschuhe für alle Protokolle, um die Kontamination mit Umweltbakteriophagen zu minimieren.
<ol><li>Bereiten Sie eine Lösung mit 10 g/ml FGFR2 (Reinheit > 97 %; siehe Materialtabelle)im Beschichtungspuffer vor. 1 ml der vorbereiteten Lösung in eine 35 cm2 Schale geben und wiederholt wirbeln, bis die Oberfläche vollständig nass ist. Über Nacht bei 4 °C mit Schütteln inkubieren. HINWEIS: Um die Auswahl von Köderzielbindemitteln zu vermeiden, muss das Zielprotein stark gereinigt werden.</li>
	<li>5 ml LB + Tet medium mit Escherichia coli (E. coli) ER2738 für 5–10 Stunden bei 37 °C mit Schütteln impfen. Die verstärkten ER2738-Zellen werden in Schritt 3.3 zur Titration verwendet.</li>
	<li>Gießen Sie die Beschichtungslösung aus der Schale (die überschüssige Lösung muss entfernt werden) und fügen Sie die Blockierlösung hinzu. Bei 4 °C für mindestens 1 h inkubieren.</li>
	<li>Entsorgen Sie die Blockierlösung und waschen Sie sie 6-mal schnell mit TBST (TBS + 0,05% (v/v] Tween-20). Vermeiden Sie das Austrocknen der Schale.</li>
	<li>Rekonstituieren Sie die ursprüngliche Phagenbibliothek in 1 ml TBST [Endkonzentration von 1011 Plaque forming Units (PFU)], fügen Sie die beschichtete Schale hinzu und schaukeln Sie sanft für 2 h auf einem Shaker bei Raumtemperatur.</li>
	<li>Entsorgen Sie den Überstand und waschen Sie die Schale 10x mit TBST (TBS + 0.05% (v/v) Tween-20), wie in Schritt 2.4 durchgeführt. HINWEIS: Die ungebundenen Phagen müssen durch kräftiges Waschen gründlich entfernt werden.</li>
	<li>Den gebundenen Phagen durch Zugabe von 1 ml 0,2 m Glycin-HCl-Puffer (pH 2,2) in die Schale legen und bei Raumtemperatur 10 min sanft schaukeln.</li>
	<li>Übertragen Sie das Eluat in ein sterilisiertes Mikrofugenrohr und neutralisieren Sie es mit 100 l von 1 M Tris-HCl, pH 9,1. HINWEIS: Entfernen Sie in Schritt 2.6 den ungebundenen Phagen so weit wie möglich, indem Sie die Schale 10x kräftig waschen. Dies ist ein entscheidender Schritt. Der eluierte Phagen kann eine Woche lang bei 4 °C gelagert werden. Es ist jedoch am besten, so bald wie möglich zum nächsten Schritt überzugehen.</li>
</ol>3. Titerbestimmung der eluierten Phagen
<ol><li>Vorwärmige LB + IPTG/X-gal Platten für mindestens 1 h bei 37 °C vor Gebrauch.</li>
	<li>Bereiten Sie 100 l 10-fache serielle Verdünnungen (d. h. 101, 102, 103 und 104) des Eluats ab Schritt 2.8 in LB vor. Verwenden Sie Spitzen mit Filterpatronen, um Verunreinigungen zu vermeiden.</li>
	<li>Lassen Sie die Kultur von Schritt 2.2 die Mid-Log-Phase erreichen (OD600 x 0,5). Geben Sie 200 l der Kultur in sterilisierte Mikrofugenröhrchen, eine für jede Eluatverdünnung.</li>
	<li>Um die Infektion zu initiieren, fügen Sie 10 l jeder Verdünnung von Schritt 3.2 zu einzelnen Mikrofugenröhren hinzu, die die E. coli ER2738-Kultur ab Schritt 3.3 enthalten. Wirbel schnell und inkubieren bei Raumtemperatur für 5 min.</li>
	<li>Beschichten Sie 90 l des Gemischs von Schritt 3.4 in die LB +IPTG/X-gal Platten mit Beschichtungsstäben.</li>
	<li>Optional schmelzen Top-Agar in einer Mikrowelle, geben Sie 3 ml in sterile Kulturröhren, eine für jede Eluat-Verdünnung, und pflegen Rohre bei 45 °C. Übertragen Sie die Mischung von Schritt 3.4 auf Kulturröhren mit 45 °C Top-Agar. Mischen Sie schnell und gießen Sie die Kultur sofort auf eine vorgewärmte LB/IPTG/X-gal Platte. Neigen und drehen Sie die Platte sanft, um den oberen Agar gleichmäßig zu verteilen.</li>
	<li>Nach 5 min Platten bei 37 °C invertieren und inkubieren.</li>
	<li>Graf Plaques auf Tafeln mit ca. 100 Plaques. Multiplizieren Sie jede Zahl mit dem Verdünnungsfaktor für diese Platte, um den PHAGEN-Titer in PFU pro 10 L zu erhalten.</li>
	<li>Ungeimpfen Sie weitere 5 ml LB + Tet Medium mit E. coli ER2738 bei 37 °C über Nacht mit Schütteln zur Phagenverstärkung. HINWEIS: Verwenden Sie die Kultur von ER2738 in der Mittleren Log-Phase (OD600 x 0,5) für Phagen-Titer. Wenn die meisten Plaques auf X-gal/IPTG-Platten weiß sind, bedeutet dies, dass der Phagenpool mit wilden Bakteriophagen kontaminiert wurde. Wenn eine Kontamination auftritt, ist es notwendig, mit den Schwenkschritten aus der unbelasteten Phagenlagerlösung erneut zu beginnen.</li>
</ol>4. Phage-Verstärkung
<ol><li>Verdünnen (1:100) die Übernachtungskultur von Schritt 3,8 in 20 ml LB in einem 250 mL Erlenmeyer Kolben. Das ungeamplifizierte Eluat hinzufügen und mit kräftigem Schütteln für 4,5 h bei 37 °C brüten.</li>
	<li>Übertragen Sie die Kultur auf ein Zentrifugenrohr und eine Zentrifuge für 10 min bei 12.000 x g bei 4 °C. Den Überstand in ein frisches Rohr geben, wieder zentrifugieren und das Pellet entsorgen.</li>
	<li>Übertragen Sie die oberen 80% des Überstandes auf ein frisches Rohr und fügen Sie 1/6 Volumen von 20% PEG/2,5 M NaCl hinzu. Lassen Sie den Phagen bei 4 °C über Nacht ausbrechen. HINWEIS: Mischen Sie den Kulturüberstand mit PEG/2.5 M NaCl gut.</li>
	<li>Zentrifugieren Sie den gefällten Phagen bei 12.000 x g für 15 min bei 4 °C. Entsorgen Sie den Überstand, die Zentrifuge erneut, und entfernen Sie den Restüberstand mit einer Pipette.</li>
	<li>Das Pellet in 1 ml TBS wieder aufhängen und den Überstand in ein Mikrofugenrohr übertragen. Zentrifuge bei 12.000 x g für 5 min bei 4 °C.</li>
	<li>Übertragen Sie den Überstand auf ein frisches Mikrofugenrohr und fällen Sie erneut, indem Sie 1/6 Volumen von 20% PEG/2,5 M NaCl hinzufügen. 15–60 min. Zentrifuge bei 12.000 x g für 10 min bei 4 °C auf Eis. Zentrifuge. Entsorgen Sie den Überstand, drehen Sie ihn erneut, und entfernen Sie den Restüberstand mit einer Pipette.</li>
	<li>Setzen Sie das Pellet in 200 l TBS und Zentrifuge für eine zusätzliche Minute aus, um Verunreinigungen zu entfernen. Übertragen Sie den Überstand in ein frisches Mikrofugenrohr, um das verstärkte Eluat zu erhalten.</li>
	<li>Titer den verstärkten Phagen, wie in Abschnitt 3 beschrieben. ANMERKUNG: Die Verdünnung des verstärkten Eluats ist höher als das nicht amplifizierte Eluat; serielle Verdünnungen von 108–1011 werden in der Regel vorgeschlagen.</li>
</ol>5. Zweite Runde der Biopannierung
<ol><li>Wiederholen Sie die Abschnitte 2 bis 4.</li>
	<li>Titer die zweite Runde des verstärkten Eluats auf LB + IPTG/X-gal Platten, wie in Abschnitt 3 beschrieben. ANMERKUNG: Reduzieren Sie die Beschichtungskonzentration des FGFR2-Proteins auf 5 g/ml. Verwenden Sie den verstärkten Phagen aus Schritt 4.7 als Eingang und halten Sie den Titer gleich wie in der ersten Runde (1011 PFU). Verkürzen Sie die Inkubationszeit von Phagen und FGFR2-beschichteter Schale auf 1 h und erhöhen Sie die Tween-Konzentration in den Waschschritten auf 0,1% (v/v).</li>
</ol>6. Dritte Runde der Biopannierung
<ol><li>Wiederholen Sie die Schritte 2.1-2.6.</li>
	<li>Den gebundenen Phagen durch Zugabe von 1 ml 20 'M bFGF-Lösung (ein Liganden für FGFR2) in die Schale geben und 60 min bei Raumtemperatur sanft schaukeln.</li>
	<li>Wiederholen Sie die Schritte 3.1-3.7. HINWEIS: Reduzieren Sie die Beschichtungskonzentration des FGFR2-Proteins auf 2,5 g/ml. Verwenden Sie die zweite Runde des verstärkten Phagens aus Abschnitt 5 als Eingang und halten Sie den Titer gleich wie in der ersten Runde (1011 PFU). Verkürzen Sie die Inkubationszeit von Phagen und FGFR2-beschichteter Schale auf 30 min und erhöhen Sie die Tween-Konzentration in den Waschschritten auf 0,5% (v/v).</li>
</ol>7. Erwerb von Plaque-DNA zur Sequenzierung
<ol><li>Plaque-Verstärkung<ol>
<li>Verdünnen Sie (1:100) eine Übernachtungskultur von ER2738 in LB. Geben Sie 1 ml verdünnte Kultur in ein 2 ml Rohr, eines für jeden zu kennzeichnenden Klon.</li>
		<li>Verwenden Sie eine Pipettenspitze, um eine gut abgetrennte blaue Plaque aus einer Titerplatte aus Abschnitt 6 zu pflücken und in das Rohr mit der verdünnten Kultur zu übertragen. Wählen Sie insgesamt 15 Plaketten. HINWEIS: Die Platten sollten < 1-3 Tage alt, bei 4 °C gelagert und < 100 Plaques haben.</li>
		<li>Die Rohre mit kräftigem Schütteln für 4,5 h bei 37 °C inkubieren.</li>
		<li>Übertragen Sie die Kulturen bei 12.000 x g für 30 s auf Zentrifugenröhrchen und Zentrifuge. Den Überstand wieder in ein frisches Rohr und eine Zentrifuge geben.</li>
		<li>Mit einer Pipette die oberen 80% des Überstandes auf ein frisches Rohr übertragen. Beschriften Sie dies als verstärkten Phagenbestand. HINWEIS: Verdünnen Sie den verstärkten Phagen mit einem gleichen Volumen von 100% sterilem Glycerin und lagern Sie bei -80 °C für die spätere Anwendung.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Extraktion von Plaque-DNA<ol>
<li>Übertragen Sie 500 l des verstärkten Phagens auf ein frisches Mikrofugenrohr und fügen Sie ein 1/6 Volumen von 20% PEG/2,5 M NaCl hinzu. Invertieren und 10–20 min bei Raumtemperatur stehen lassen.</li>
		<li>Zentrifugieren Sie bei 12.000 x g 10 min bei 4 °C und gießen Sie dann den Überstand ab. HINWEIS: Phage Pellet ist möglicherweise nicht sichtbar.</li>
		<li>Zentrifuge wieder. Entfernen Sie sorgfältig alle verbleibenden Überstand.</li>
		<li>Setzen Sie das Pellet gründlich in 100 l des Jodpuffers wieder auf, indem Sie das Rohr kräftig anzapfen.</li>
		<li>Fügen Sie 250 l 100% Ethanol hinzu und brüten Sie 15 min bei Raumtemperatur.</li>
		<li>Zentrifuge bei 12.000 x g für 10 min bei 4 °C und entfernen Sie den Überstand. Das Pellet mit 0,5 ml 70% Ethanol waschen, schnell wieder zentrifugieren, den Überstand entfernen und das Pellet kurz trocknen.</li>
		<li>Setzen Sie das Pellet in 30 L TE-Puffer wieder aus, und verwenden Sie dies für die Sequenzierung. HINWEIS: Das 70% Ethanol bei -20°C vor Schritt 7.2.6 vorkühlen. Das Phagenpellet muss vor der Zugabe von Ethanol gründlich im Jodpuffer resuspendiert werden.</li>
	</ol>
</li>
</ol>8. Identifizierung der Peptidsequenz
<ol><li>Verwenden Sie die -96 gIII Sequenzierungsgrundierung (5 '-CCC TCA TAG TTA GCG TAA CG –3') für die Sequenzierung.</li>
	<li>Analysieren Sie die Peptidsequenzen, die auf dem Phagen angezeigt werden, basierend auf den DNA-Sequenzierungsergebnissen.</li>
	<li>Synthetisieren Sie kleine Peptide und analysieren Sie sie durch Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie (HPLC) und Massenspektrometrie, um ihre Reinheit zu bestätigen (98 %).</li>
</ol>9. Erkennung der Affinität des erhaltenen kleinen Peptids und extrazellulären Proteins von FGFR2 durch ITC
<ol><li>Steriles Wasser mit einem Ultraschallgerät entgasen. Lösen Sie das kleine Peptid und das extrazelluläre Protein FGFR2 in sterilem Wasser auf. Zentrifugieren Sie diese Proben, um Restausscheidung zu entfernen.</li>
	<li>Führen Sie die ITC-Titrationsexperimente bei 25 °C durch. Titrieren Sie 40 M kleines Peptid in der Zelle mit 1,5 M FGFR2-Protein aus der Spritze, mit einer Rührgeschwindigkeit von 750 Rprossen. Fügen Sie das FGFR2-Protein in 5-min-Intervallen in 2 L-Aliquots (für insgesamt 19 Injektionen) hinzu.</li>
	<li>Analysieren Sie die ITC-Daten mithilfe eines Single-Site-Bindungsmodells. HINWEIS: Steriles Wasser muss entgast werden, und alle Proben müssen zentrifugiert werden, um Luftblasen und Restunreinheiten zu entfernen. Das Experiment muss bei einer konstanten Temperatur von 25 °C durchgeführt werden.</li>
</ol>10. Überprüfung der biologischen Aktivität des erhaltenen kleinen Peptids mit einem Zellproliferationstest
<ol><li>Samen BALB/c 3T3-Zellen (3,0 x 103 Zellen/Well, 100 l) in einer 96-Well-Platte mit Dulbeccos Modified Eagle Medium (DMEM) mit 10% fetalem Rinderserum (FBS) über Nacht bei 37 °C und 5% CO2.</li>
	<li>Ersetzen Sie den Überstand durch frisches DMEM mit 0,5% FBS und verhungern Sie die Zellen für 12 h.</li>
	<li>Machen Sie serielle Verdünnungen des kleinen Peptids (0, 0,0064, 0,032, 0,16, 0,8, 4, 20 und 100 M) mit frischem DMEM, ergänzt mit 0,5% FBS (6 doppelte Brunnen/Konzentration). Entfernen Sie den Überstand von der 96-Well-Platte und fügen Sie 100 l der kleinen Peptidlösung pro Brunnen hinzu. Inkubieren für 48 h bei 37 °C und 5%CO2.</li>
	<li>Ersetzen Sie den Überstand durch frische DMEM mit 10% Cell Counting Kit (CCK)-8 Lösung und inkubieren für 2 h.</li>
	<li>Messen Sie die Absorption jedes Brunnens bei 450 nm mit einem Mikroplattenleser und analysieren Sie die Zelllebensfähigkeit.</li>
</ol>

<ol><li>Eswarakumar, V. P., Lax, I., Schlessinger, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+signaling+by+fibroblast+growth+factor+receptors%5BTitle%5D)+AND+%22Cytokine+%26+Growth+Factor+Reviews%22%5BJournal%5D)">Cellular signaling by fibroblast growth factor receptors.</a> Cytokine & Growth Factor Reviews. 16 (2), 139-149 (2005).</li>
<li>Turner, N., Grose, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fibroblast+growth+factor+signaling%3A+from+development+to+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Fibroblast growth factor signaling: from development to cancer.</a> Nature Reviews Cancer. 10 (2), 116-129 (2010).</li>
<li>Cancer Genome Atlas Network. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+molecular+portraits+of+human+breast+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Comprehensive molecular portraits of human breast tumors.</a> Nature. 490 (7418), 61-70 (2012).</li>
<li>Matsumoto, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FGFR2+gene+amplification+and+clinicopathological+features+in+gastric+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22British+Journal+of+Cancer%22%5BJournal%5D)">FGFR2 gene amplification and clinicopathological features in gastric cancer.</a> British Journal of Cancer. 106 (4), 727-732 (2012).</li>
<li>Weiss, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Frequent+and+focal+FGFR1+amplification+associates+with+therapeutically+tractable+FGFR1+dependency+in+squamous+cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Science+Translational+Medicine%22%5BJournal%5D)">Frequent and focal FGFR1 amplification associates with therapeutically tractable FGFR1 dependency in squamous cell lung cancer.</a> Science Translational Medicine. 2 (62), 62ra93(2010).</li>
<li>Babina, I. S., Turner, N. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+and+challenges+in+targeting+FGFR+signaling+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Cancer%22%5BJournal%5D)">Advances and challenges in targeting FGFR signaling in cancer.</a> Nature Reviews Cancer. 17 (5), 318-322 (2017).</li>
<li>Katoh, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fibroblast+growth+factor+receptors+as+treatment+targets+in+clinical+oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Clinical+Oncology%22%5BJournal%5D)">Fibroblast growth factor receptors as treatment targets in clinical oncology.</a> Nature Reviews Clinical Oncology. 16 (2), 105-122 (2019).</li>
<li>Soria, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase+I%2FIIa+study+evaluating+the+safety%2C+efficacy%2C+pharmacokinetics%2C+and+pharmacodynamics+of+lucitanib+in+advanced+solid+tumors%5BTitle%5D)+AND+%22Annals+of+Oncology%22%5BJournal%5D)">Phase I/IIa study evaluating the safety, efficacy, pharmacokinetics, and pharmacodynamics of lucitanib in advanced solid tumors.</a> Annals of Oncology. 25 (11), 2244-2251 (2014).</li>
<li>French, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+FGFR4+inhibits+hepatocellular+carcinoma+in+preclinical+mouse+models%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Targeting FGFR4 inhibits hepatocellular carcinoma in preclinical mouse models.</a> PLoS ONE. 7 (5), e36713(2012).</li>
<li>Martinez-Torrecuadrada, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+the+extracellular+domain+of+fibroblast+growth+factor+receptor+3+with+human+single-chain+Fv+antibodies+inhibits+bladder+carcinoma+cell+line+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Cancer+Research%22%5BJournal%5D)">Targeting the extracellular domain of fibroblast growth factor receptor 3 with human single-chain Fv antibodies inhibits bladder carcinoma cell line proliferation.</a> Clinical Cancer Research. 11 (17), 6280-6290 (2005).</li>
<li>Palamakumbura, A. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lysyl+oxidase+propeptide+inhibits+prostate+cancer+cell+growth+by+mechanisms+that+target+FGF-2-cell+binding+and+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Oncogene%22%5BJournal%5D)">Lysyl oxidase propeptide inhibits prostate cancer cell growth by mechanisms that target FGF-2-cell binding and signaling.</a> Oncogene. 28 (38), 3390-3400 (2009).</li>
<li>Ladner, R. C., Sato, A. K., Gorzelany, J., de Souza, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phage+display-derived+peptides+as+therapeutic+alternatives+to+antibodies%5BTitle%5D)+AND+%22Drug+Discovery+Today%22%5BJournal%5D)">Phage display-derived peptides as therapeutic alternatives to antibodies.</a> Drug Discovery Today. 9 (12), 525-529 (2004).</li>
<li>Wu, C. H., Liu, I. J., Lu, R. M., Wu, H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancement+and+applications+of+peptide+phage+display+technology+in+biomedical+science%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biomedical+Science%22%5BJournal%5D)">Advancement and applications of peptide phage display technology in biomedical science.</a> Journal of Biomedical Science. 23, 8(2016).</li>
<li>Kay, B. K., Kasanov, J., Yamabhai, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Screening+phage-displayed+combinatorial+peptide+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Screening phage-displayed combinatorial peptide libraries.</a> Methods. 24 (3), 240-246 (2001).</li>
<li>Rodi, D. J., Makowski, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phage-display+technology+-+Finding+a+needle+in+a+vast+molecular+haystack%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Phage-display technology - Finding a needle in a vast molecular haystack.</a> Current Opinion in Biotechnology. 10, 87-93 (1999).</li>
<li>Sidhu, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineering+M13+for+phage+display%5BTitle%5D)+AND+%22Biomolecular+Engineering%22%5BJournal%5D)">Engineering M13 for phage display.</a> Biomolecular Engineering. 18, 57-63 (2002).</li>
<li>Hamzeh-Mivehroud, M., Mahmoudpour, A., Dastmalchi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+new+peptide+ligands+for+epidermal+growth+factor+receptor+using+phage+display+and+computationally+modeling+their+mode+of+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Biology+%26+Drug+Design%22%5BJournal%5D)">Identification of new peptide ligands for epidermal growth factor receptor using phage display and computationally modeling their mode of binding.</a> Chemical Biology & Drug Design. 79 (3), 246-259 (2012).</li>
<li>Askoxylakis, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Peptide-based+targeting+of+the+platelet-derived+growth+factor+receptor+beta%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Imaging+and+Biology%22%5BJournal%5D)">Peptide-based targeting of the platelet-derived growth factor receptor beta.</a> Molecular Imaging and Biology. 15 (2), 212-221 (2013).</li>
<li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transdermal+protein+delivery+by+a+coadministered+peptide+identified+via+phage+display%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotechnology%22%5BJournal%5D)">Transdermal protein delivery by a coadministered peptide identified via phage display.</a> Nature Biotechnology. 24 (4), 455-460 (2006).</li>
<li>Azzazy, H. M., Highsmith, W. E. Jr <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phage+display+technology%3A+clinical+applications+and+recent+innovations%5BTitle%5D)+AND+%22Clinical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Phage display technology: clinical applications and recent innovations.</a> Clinical Biochemistry. 35, 425-445 (2002).</li>
<li>Pasqualini, R., Ruoslahti, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organ+targeting+In+vivo+using+phage+display+peptide+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Organ targeting In vivo using phage display peptide libraries.</a> Nature. 380 (6572), 364-366 (1996).</li>
<li>Liu, R., Li, X., Xiao, W., Lam, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor-targeting+peptides+from+combinatorial+libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Advanced+Drug+Delivery+Reviews%22%5BJournal%5D)">Tumor-targeting peptides from combinatorial libraries.</a> Advanced Drug Delivery Reviews. 110-111, 13-37 (2017).</li>
<li>Binetruy-Tournaire, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+peptide+blocking+vascular+endothelial+growth+factor+%28VEGF%29-mediated+angiogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Identification of a peptide blocking vascular endothelial growth factor (VEGF)-mediated angiogenesis.</a> The EMBO Journal. 19, 1525-1533 (2000).</li>
<li>Peng, Y., Zhang, Y., Mitchell, W. J., Zhang, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+Lipopolysaccharide-Targeted+Peptide+Mimic+Vaccine+against+Q+Fever%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Immunology%22%5BJournal%5D)">Development of a Lipopolysaccharide-Targeted Peptide Mimic Vaccine against Q Fever.</a> Journal of Immunology. 189, 4909-4920 (2012).</li>
<li>Lamichhane, T. N., Abeydeera, N. D., Duc, A. C., Cunningham, P. R., Chow, C. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selection+of+Peptides+Targeting+Helix+31+of+Bacterial+16S+Ribosomal+RNA+by+Screening+M13+Phage-Display+Libraries%5BTitle%5D)+AND+%22Molecules%22%5BJournal%5D)">Selection of Peptides Targeting Helix 31 of Bacterial 16S Ribosomal RNA by Screening M13 Phage-Display Libraries.</a> Molecules. 16, 1211-1239 (2011).</li>
<li>Sahin, D., Taflan, S. O., Yartas, G., Ashktorab, H., Smoot, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Screening+and+Identification+of+Peptides+Specifically+Targeted+to+Gastric+Cancer+Cells+from+a+Phage+Display+Peptide+Library.+Asian+Pacific%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Cancer+Prevention%22%5BJournal%5D)">Screening and Identification of Peptides Specifically Targeted to Gastric Cancer Cells from a Phage Display Peptide Library. Asian Pacific.</a> Journal of Cancer Prevention. 19 (4), 927-932 (2018).</li>
<li>Kelly, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+nanoparticles+for+imaging+incipient+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+Medicine%22%5BJournal%5D)">Targeted nanoparticles for imaging incipient pancreatic ductal adenocarcinoma.</a> PLOS Medicine. 5 (4), e85(2008).</li>
<li>Sugihara, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+pro-apoptotic+peptides+as+potential+therapy+for+peritoneal+endometriosis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Development of pro-apoptotic peptides as potential therapy for peritoneal endometriosis.</a> Nature Communications. 5, 4478(2014).</li>
<li>Rafii, S., Avecilla, S. T., Jin, D. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tumor+vasculature+address+book%3A+Identification+of+stage-specific+tumor+vessel+zip+codes+by+phage+display%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Cell%22%5BJournal%5D)">Tumor vasculature address book: Identification of stage-specific tumor vessel zip codes by phage display.</a> Cancer Cell. 4, 331-333 (2003).</li>
<li>Arap, W., Pasqualini, R., Ruoslahti, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+Treatment+by+Targeted+Drug+Delivery+to+Tumor+Vasculature+in+a+Mouse+Model%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Cancer Treatment by Targeted Drug Delivery to Tumor Vasculature in a Mouse Model.</a> Science. 279, 377-390 (1997).</li>
</ol>

Die Autoren erklären keinen Konflikt mit finanziellen Interessen.

Eine kombinatorische Phagenbibliothek ist ein leistungsfähiges und effektives Werkzeug für das Hochdurchsatzscreening neuartiger Peptide, die Zielmoleküle binden und ihre Funktion regulieren können13. Derzeit haben Phagenanzeige Peptidbibliotheken eine breite Palette von Anwendungen. Zum Beispiel können sie für die Auswahl von bioaktiven Peptiden verwendet werden, die an Rezeptorproteine23gebunden sind, Nicht-Protein-Targets24,<sup class="...

Fibroblasten-Wachstumsfaktorrezeptoren (GFR) spielen eine Schlüsselrolle bei der Zellproliferation, Wundheilung und Angiogenese in vivo1. Aberrante Aktivierung der FGFR-Signalisierung, die bei einer Vielzahl von Tumoren beobachtet wurde2,3,4,5 umfasst Genverstärkung, Genmutationen, Chromosomenaberrationen und übermäßige Ligandensekretion6 . Viele Inhibitoren, die auf FGFRs abzielen, haben in klinischen Studien vielversprechende therapeutische Wirkungen gezeigt und werden hauptsächlich in drei Typen eingeteilt: (1) kleine Molekülkinase-Inhibitoren, die an die intrazelluläre Domäne von FGFR binden, (2) Antagonisten, die auf die extrazelluläres Segment und (3) FGF-Ligandenfallen6. Obwohl einige der kleinen Molekülkinase-Inhibitoren sowohl in vitro als auch in vivo7eine gute therapeutische Wirkung haben, haben die meisten von ihnen eine schlechte Zielspezifität und zeigen nebenwirkungende Wirkungen wie Bluthochdruck8. Die Mehrheit der Antagonisten sind monoklonale Antikörper9,10 und Polypeptide11. Peptide haben Vorteile gegenüber kleinen Molekülen aufgrund ihrer Spezifität und niedrigeren Nebenwirkungen. Sie behalten auch Zelldurchlässigkeit und akkumulieren nicht in bestimmten Organen im Vergleich zu Protein-Medikamente12. Daher sind gezielte kleine Peptide sowohl wirksame als auch prospektive therapeutische Wirkstoffe.
Phage Display-Technologie ist ein einfaches, aber leistungsfähiges Werkzeug zur Identifizierung von kleinen Peptiden, die an ein bestimmtes Molekül binden können13,14,15. Wir verwendeten eine Phagenanzeige Peptid-Bibliothek, die auf einem einfachen M13-Phagen mit über 109 verschiedenen Peptidsequenzen am Schwanz für die Bindung an das Zielmolekül basiert (siehe Tabelle der Materialien)16. Durch die hohe Affinität von Phagen zum gegebenen Molekül können ungebundene Phagen weggewaschen werden und nur eng gebundene Phagen mit den gewünschten kurzen Peptiden erhalten bleiben. Die gegebenen molekularen Ziele können immobilisierte Proteine17,18, Kohlenhydrate, kultivierte Zellen oder sogar anorganische Materialien19,20sein. Ein spannender Fall wurde berichtet, bei dem organspezifische Peptide in vivo mit der Phagenanzeigetechnologie21ausgewählt wurden. Zu den Vorteilen der Phagenanzeige-Technologie gehören hoher Durchsatz, einfache Bedienung, niedrige Kosten und eine breite Palette von Anwendungen22.
In dieser Studie bieten wir ein detailliertes Protokoll zum Screening kleiner Peptide, die mit hilfe einer Phagenanzeigebibliothek an das immobilisierte Protein (FGFR2) binden. Die Wirksamkeit der Technologie wird auch untersucht, indem die Affinität des erhaltenen Peptids zu FGFR2 durch Isothermale Titrationskalorimetrie (ITC) und die biologische Aktivität durch einen Zellproliferationstest gemessen wird. Die Methode kann für das Screening von kleinen Peptiden erweitert werden, die an Kohlenhydrate, kultivierte Zellen oder sogar anorganische Materialien binden.

<table><tbody><tr><td>0,22 μm m Filter</td><td>Merck Millipore</td><td>MPGP002A1</td><td></td></tr><tr><td>35 cm2 Kleine Schüssel</td><td>Thermo</td><td>150460</td><td></td></tr><tr><td>70% Ethanol</td><td>Guangzhou chemische Reagenzfabrik</td><td>64-17-5-96</td><td></td></tr> <tr><td>gIII Sequenzierungsprimer</td><td></td><td></td><td>Synthese von Sangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.</td></tr><tr><td>96-Well-Platte</td><td>Nest</td><td>701001-2</td><td></td></tr><tr><td>Agar</td><td>Beyotime</td><td>ST004D</td><td></td></tr><tr><td>Bacto-Trypton</td><td>Oxoid</td><td>L0037</td><td></td></tr><tr><td>BALB/c 3T3 Zellen</td><td>ATCC</td><td>CRL-& shy; 6587</td><td></td></tr><tr><td>BSA</td><td>Biodragon</td><td>BD-M10110</td><td></td></tr><tr><td>CCK-8 Kit</td><td>DOJINDO</td><td>CK04</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Hyclone</td><td>sh30243.01</td><td></td></tr><tr><td>DMF</td><td>Newprobe</td><td>PB10247</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Invitrogen</td><td>15576028</td><td></td></tr><tr><td>FGF2 Protein</td><td>Sino Biological Inc.</td><td>10014-HNAE</td><td>Reinheit >95%</td></tr> <tr><td>Glycin</td><td>Sigma</td><td>G8898-1KG</td><td></td></tr><tr><td>IPTG</td><td>Beyotime</td><td>ST097</td><td></td></tr><tr><td>ITC200 System</td><td>MicroCal Omega</td><td></td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma</td><td>S6191</td><td></td></tr><tr><td>NaHCO3</td><td>Guangzhou chemische Reagenzfabrik</td><td>144-55-8</td><td></td></tr><tr><td>NaI</td><td>Bidepharm</td><td></td><td></td>BD40879</tr><tr><td>NaOH</td><td>Guangzhou Fabrik für chemische Reagenzien</td><td>1310-73-2</td><td></td></tr><tr><td>PEG&ndash; 8000</td><td>Sigma</td><td>P2139-250</td><td></td></tr><tr><td>Ph.D.-7 Phagen-Display-Peptidbibliothekskit</td><td>New England BioLabs</td><td>E8100S</td><td>Enthält die Ph.D.-7 Phagenbibliothek, E. coli ER2738 Wirtsstamm und M13KE Kontrollphagen</td></tr><tr><td>Rekombinante FGFR2 extrazelluläre Domänenproteine</td><td>Sino Biological Inc.</td><td>10824-H08H</td><td>Reinheit > 97%</td></tr> <tr><td>Kleine Peptidsynthese</td><td></td><td></td><td>von GL Biochem Ltd. (Shanghai, China)</td></tr><tr><td>Tetracyclin</td><td>Sigma</td><td>S-SHS-5</td><td></td></tr><tr><td>Tris</td><td>Sigma</td><td>SLF-T1503</td><td></td></tr><tr><td>Tween-20</td><td>Beyotime</td><td>ST825</td><td></td></tr><tr><td>X-Gal</td><td>Beyotime</td><td>ST912</td><td></td></tr><tr><td>Hefeextrakt</td><td>Oxoid</td><td>Nr. LP0021</td><td></td></tr></tbody></table>

screening und identifizierung von kleinen peptiden targeting fibroblast growth factor receptor2 mit einem phage display peptid bibliothek

Screening and Identification of Small Peptides Targeting Fibroblast Growth Factor Receptor2 using a Phage Display Peptide Library

Die menschliche Fibroblast Growth Factor Receptor (FGFR) Familie besteht aus vier Mitgliedern, nämlich FGFR1, FGFR2, FGFR3 und FGFR4, die an verschiedenen biologischen Aktivitäten wie Zellproliferation, Überleben, Migration und Differenzierung beteiligt sind. Mehrere Aberrationen im FGFR-Signalweg aufgrund von Mutationen oder Genamplifikationsereignissen wurden bei verschiedenen Krebsarten identifiziert. Daher konzentrierte sich die jüngste Forschung auf die Entwicklung von Strategien mit therapeutischer Ausrichtung von FGFRs. Aktuelle FGFR-Inhibitoren in verschiedenen Stadien der präklinischen und klinischen Entwicklung umfassen entweder kleine Molekülinhibitoren von Tyrosin-Kinasen oder monoklonale Antikörper, bei dem nur wenige Peptid-basierte Inhibitoren in der Pipeline sind. Hier stellen wir ein Protokoll mit Phagenanzeige-Technologie zur Verfügung, um kleine Peptide als Antagonisten von FGFR2 zu überprüfen. Kurz gesagt, wurde eine Bibliothek von Phagen-angezeigten Peptiden in einer Platte mit FGFR2 beschichtet inkubiert. Anschließend wurde ungebundener Phagen durch TBST abgewaschen (TBS + 0,1% [v/v] Tween-20), und gebundener Phagen wurde mit 0,2 M Glycin-HCl-Puffer (pH 2.2) eluiert. Der eluierte Phagen wurde weiter verstärkt und als Input für die nächste Runde der Biopannierung verwendet. Nach drei Runden Biopanning wurden die Peptidsequenzen einzelner Phagenklone durch DNA-Sequenzierung identifiziert. Schließlich wurden die gescreenten Peptide synthetisiert und auf Affinität und biologische Aktivität analysiert.

Erhalten Sie eine hohe Affinität kleine Peptid Targeting FGFR2.
Um Phagen zu überprüfen, die auf FGFR2 abzielen, wurde in dieser Studie eine Ph.D.-7-Bibliothek verwendet. Eine schematische Darstellung des Workflows ist in Abbildung 1dargestellt. Dabei blieb die Anzahl der Phageneingänge (PFU) unverändert, während die Beschichtungskonzentration des FGFR2-Proteins schrittweise reduziert wurde. Die Ergebnisse des Phagen-Titers legten nahe, daß die Za...

Hierin präsentieren wir ein detailliertes Protokoll zum Screening kleiner Peptide, die mit einer Phagenanzeige-Peptidbibliothek an FGFR2 binden. Wir analysieren weiter die Affinität der ausgewählten Peptide zu FGFR2 in vitro und seine Fähigkeit, die Zellproliferation zu unterdrücken.

Screening und Identifizierung von kleinen Peptiden Targeting Fibroblast Growth Factor Receptor2 mit einem Phage Display Peptid Bibliothek

The human Fibroblast Growth Factor Receptor (FGFR) family comprises four members, namely, FGFR1, FGFR2, FGFR3, and FGFR4, that are involved in various ...

Im Vergleich zu anderen Methoden ist dieses Protokoll leichter, neue Antagonisten, Agonister und allosterische Modulatoren quantitativ und qualitativ zu finden, ohne die Hydroverdünnungsstruktur und die Bildung des Zielproteins zu kennen. Dieses Protokoll ist hocheffizient, einfach zu handhaben, wirtschaftlich und kommerziell erhältlich. Kombinieren Sie diese Hochdurchsatz-Screening-Methode mit der ITC-Analyse, die funktionellen kleinen Peptide können quantitativ und qualitativ erhalten werden.Demonstriert wird das Verfahren von Ying Zhao und Qiang Wang, Absolventen unseres Labors. Um dieses Verfahren zu beginnen, bereiten Sie eine Lösung von FGFR2 in Beschichtungspuffer mit einer Konzentration von 10 Mikrogramm pro Milliliter vor. Einen Milliliter der Lösung zu einer 35-Quadratzentimeter-Schale geben und immer wieder wirbeln, bis die Oberfläche vollständig nass ist.Über Nacht bei vier Grad Celsius mit Schütteln bebrüten. Gießen Sie am nächsten Tag die Beschichtungslösung ab und fügen Sie die vorbereitete Blockierlösung hinzu. Bei vier Grad Celsius mindestens eine Stunde inkubieren, dann die Sperrlösung entsorgen und die Platte mit TBST sechsmal waschen und gleichzeitig sicherstellen, dass die Schale nicht austrocknet.Rekonstituieren Sie die ursprüngliche Phagenbibliothek in einem Milliliter TBST und fügen Sie diese der beschichteten Schale hinzu. Schaukeln Sie die Platte vorsichtig auf einem Shaker bei Raumtemperatur für zwei Stunden. Danach den Überstand entsorgen und die Schale 10 Mal mit TBST waschen.Elute den gebundenen Phagen, indem Sie einen Milliliter 0,2 Molglycin HCL in die Schale geben und bei Raumtemperatur 10 Minuten sanft schaukeln. Übertragen Sie das Eluent in ein sterilisiertes Mikrozentrifugenrohr und neutralisieren Sie es mit 100 Mikrolitern eines Molaren Tris-HCL bei pH 9,1. Zuerst die vorbereiteten LB- und IPTG X-Gal-Platten bei 37 Grad Celsius mindestens eine Stunde vor Gebrauch vorwärmen.Mit Pipettenspitzen mit Filterpatronen 100 Mikroliter zehnfacher Verdünnungen des Eluenten in LB zubereiten. Nachdem die vorbereitete E.coli-Kultur die Mid-Log-Phase erreicht hat, geben Sie 200 Mikroliter der Kultur in sterilisierte Mikrozentrifugenröhren eins für jede Eluentverdünnung. Um die Infektion zu initiieren, fügen Sie 50 Mikroliter jeder Verdünnung in die Röhren, die die E.coli-Kultur enthalten. Wirbel schnell und inkubieren bei Raumtemperatur für fünf Minuten.Dann verwenden Sie Beschichtungsstäbe, um die LB- und IPTG X-GAL-Platten mit 90 Mikrolitern dieser Mischung zu beschichten. Nach fünf Minuten die Platten umkehren und über Nacht bei 37 Grad Celsius bebrüten. Zählen Sie Plaketten, wenn sie erscheinen.Zunächst die Nachtkultur in 20 Milliliter LB in einem 250-Milliliter-Erlenmeyerkolben verdünnen. Fügen Sie das ungezügelte Eluent hinzu und brüten Bei 37 Grad Celsius mit kräftigem Schütteln für 4-1/2 Stunden. Als nächstes zentrifugieren Sie die Kultur bei 12.000 Mal G und vier Grad Celsius für 10 Minuten.Übertragen Sie den Überstand auf ein frisches Rohr. Zentrifuge wieder unter den gleichen Bedingungen und entsorgen Sie das Pellet. Übertragen Sie die oberen 80% des Überstandes in ein frisches Rohr und fügen Sie es zu 1/6 Volumen von 20%Polyethylenglycol und 2,5 Mol Natriumchlorid.Lassen Sie den Phagen über Nacht bei vier Grad Celsius ausfallen. Am nächsten Tag zentrifugieren Sie den gefällten Phagen bei 12.000 Mal G und vier Grad Celsius für 15 Minuten. Entsorgen Sie den Überstand und die Zentrifuge unter den gleichen Bedingungen erneut.Verwenden Sie eine Pipette, um den Restüberstand zu entfernen. Das Pellet in einem Milliliter TBS wieder aufhängen und den Überstand in ein Mikrozentrifugenrohr übertragen. Zentrifuge bei 12.000 mal G und vier Grad Celsius für fünf Minuten.Übertragen Sie den Überstand auf ein frisches Mikrozentrifugenrohr und fällen Sie erneut, indem Sie 1/6 Volumen von 20%Polyethylenglycol und 2,5 Mol Natriumchlorid hinzufügen. 15 bis 60 Minuten auf Eis bebrüten. Als nächstes Zentrifuge bei 12.000 mal G und vier Grad Celsius für 10 Minuten.Entsorgen Sie den Überstand und die Zentrifuge unter den gleichen Bedingungen erneut. Verwenden Sie eine Pipette, um den Restüberstand zu entfernen. Setzen Sie das Pellet in 200 Mikroliter TBS und Zentrifuge für eine zusätzliche Minute aus, um Verunreinigungen zu entfernen.Dann den Überstand in ein frisches Mikrozentrifugenrohr geben, um das verstärkte Eluent zu erhalten. In dieser Studie wird die Anzahl der Phageneingaben unverändert gehalten, während die Beschichtungskonzentration von FGFR2-Protein enden wird. Die Ergebnisse des Phagen-Titers deuten darauf hin, dass die Zahl der wiedergewonnenen Phagen allmählich zunimmt und dass nach drei Runden eine 65-fache Zunahme im Vergleich zur ersten Runde zu verzeichnen ist.Anschließend wird ein ITC-Experiment durchgeführt, um die Affinität des kleinen Peptids zu FGFR2 zu messen. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass das SP1-Peptid eine hohe Affinität zu FGFR2 hat. Diese Daten zeigen die Effizienz des Screening-Protokolls.Um die biologische Aktivität des SP1-Peptids zu untersuchen, wird ein Fibroblasten-Proliferationstest mit einem CCK-8-Kit durchgeführt. BALB/C3T3 werden mit dem SP1-Peptid in unterschiedlichen Konzentrationen inkubiert. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass das SP1-Peptid das Wachstum der Zellen unterdrückt.Hier muss die Kontamination durch Wildphagen vermieden werden. Achten Sie darauf, aerosolbeständige Pipettenspitzen zu verwenden. Während Wachstum durch die Erlangung der Phagenverstärkung.Dieses Verfahren kann auch beim Screening von kleinen Peptiden verwendet werden, die an Kohlenhydrate, Kulturzellen und Gewebe binden. Diese Peptide können eine weitere Amplifikation über diagnostische und gezielte

screening-identification-small-peptides-targeting-fibroblast-growth

Research

Forschung

JoVE Journal

Bioengineering

Biotechnik

Eine Phagen-Display-Bibliothek verwendet wurde, um Peptidsequenzen, die auf Knochen zu identifizieren. Das Ziel war, die Wirkung dieser Peptide auf mesenchymale Zelldifferenzierung zu untersuchen und ihre Wirkung auf die Knochenregeneration zu bestimmen.

Peptide aus Phage Display Bibliothek Genexpression modulieren in mesenchymalen Zellen und potenzieren Osteogenesis in unikortikale Knochendefekten

Es wird ein Verfahren mit visuellen Begleitung für die Durchführung von skalierbaren, Hochdurchsatz-Auswahl aus Phagendisplaykombi synthetische Antikörperbibliotheken gegen Hunderte von Antigenen gleichzeitig beschrieben. Mit dieser parallelen Ansatz haben wir Antikörperfragmente, die eine hohe Affinität und Spezifität für verschiedene Antigene, die in Funktionsstandard Immunoassays weisen isoliert.

Skalierbare High Throughput Auswahl aus Phagen-Antikörperbibliotheken angezeigt Synthetische

Peptid-Array-Screening ist ein Hochdurchsatz-Assay zur Identifizierung von Protein-Protein-Interaktionsstellen. Dies ermöglicht die Kartierung mehrerer Wechselwirkungen eines Zielproteins und kann als Methode zur Identifizierung von Stellen für Inhibitoren dienen, die auf ein Protein abzielen. Hier beschreiben wir ein Protokoll zum Screening und zur Analyse von Peptidarrays.

Ermittlung von Protein-Protein-Interaktionsstellen unter Verwendung von Peptid-Arrays

Wir bieten eine Methode an, um gleichzeitig eine Bibliothek von Antikörperfragmenten auf Bindungsaffinität und zytoplasmatische Löslichkeit zu untersuchen, indem wir den Escherichia coli Twin-Arginin-Translokationsweg verwenden, der einen inhärenten Qualitätskontrollmechanismus für die intrazelluläre Proteinfaltung hat, um die Antikörperfragmente auf der inneren Membran anzuzeigen.

Bakterielle Inner-Membran-Display für das Screening einer Bibliothek von Antikörperfragmenten

Biopanning bakterielle Anzeige Bibliotheken ist eine bewährte Technik für Entdeckung von Peptid Affinität Reagenzien, eine robuste Alternative zu Antikörpern. Die halbautomatische Sortiermethode hierin wurde gestrafft, Biopanning um das Auftreten von Fehlalarmen zu verringern. Hier zeigen wir den Denkprozess und Techniken Bewertung der Kandidaten und nachgelagerte Analyse zu minimieren.

Halbautomatische Biopanning bakterielle Anzeige Bibliotheken für Peptid Affinität Reagenz Entdeckung und Analyse der daraus resultierenden Isolate

Hier präsentieren wir ein Protokoll zum Bildschirm extrazelluläre Protein Microarrays zur Identifizierung von Roman-Rezeptor-Ligand-Interaktionen in hohem Durchsatz. Wir beschreiben auch eine Methode zur Erkennung von transienten Proteinprotein Interaktionen zu verbessern mithilfe von Protein-Microbead-komplexe.

Extrazelluläre Protein-Microarray-Technologie für hohen Durchsatz-Erkennung von geringe Affinität-Rezeptor-Ligand-Wechselwirkungen

Hier stellen wir eine Methode zur Auswahl neuartiger Varianten der E. coli-Biotin-Proteinligase BirA vor, die ein bestimmtes Zielpeptid biotinylatiert. Das Protokoll beschreibt die Konstruktion eines Plasmids zur bakteriellen Darstellung des Zielpeptids, die Erzeugung einer BirA-Bibliothek, die Auswahl und Charakterisierung von BirA-Varianten.

Bakterielles Peptid-Display zur Auswahl neuartiger Biotinylatierungsenzyme

Diese Studie zielte darauf ab, eine Strategie zur Identifizierung von Wechselwirkungen zwischen Medikamenten und Peptid zu präsentieren. Die Strategie umfasst die Biopanierung von medikamentenerkennenden kurzinomischen Kurzpeptiden auf der Grundlage eines Mikrobilanzsensors (QCM) in Quarzkristall, gefolgt von einer Bioinformatik-Analyse zur quantitativen Bewertung der für die Arzneimittelerkennung und Anmerkung der Arzneimittelbindungsstellen auf Proteinen erhaltenen Informationen.

Biosensor-basierte Hochdurchsatz-Biopanning- und Bioinformatik-Analysestrategie zur globalen Validierung von Wechselwirkungen zwischen Arzneimittel und Proteinen

Techniken zur Erzeugung einer Bibliothek von kurzen Peptiden, die Mastzellen über den MRGPRX2-Rezeptor aktivieren können, werden beschrieben. Zugehörige Techniken sind einfach, kostengünstig und können auf andere Zellrezeptoren ausgeweitet werden.

Screening von Peptiden, die MRGPRX2 mit engineered HEK Cells aktivieren

Ubiquitinierung ist eine kritische posttranslationale Proteinmodifikation, deren Dysregulation mit zahlreichen menschlichen Krankheiten in Verbindung gebracht wurde. Dieses Protokoll beschreibt, wie die Phagenanzeige verwendet werden kann, um neuartige Ubiquitin-Varianten zu isolieren, die die Aktivität von E3-Ligasen binden und modulieren können, die die Spezifität, Effizienz und Muster der Ubiquitinierung steuern.

Verwendung von Phagenanzeige zur Entwicklung von Ubiquitin-Variantenmodulatoren für E3-Ligasen

Lernen Sie ein effizientes Screening-Verfahren für kleine Peptide, die an FGFR2 binden, mithilfe einer Phagen-Display-Bibliothek. Diese Methode ermöglicht die quantitative und qualitative Identifizierung neuer Modulatoren.

Screening und Identifizierung von kleinen Peptiden Targeting Fibroblast Growth Factor Receptor2 mit einem Phage Display Peptid Bibliothek (Video) | JoVE Journal

Screening und Identifizierung von kleinen Peptiden Targeting Fibroblast Growth Factor Receptor2 mit einem Phage Display Peptid Bibliothek

Weitere Videos entdecken