Name: Analyse von DNA-Protein-Wechselwirkungen mit Streptavidin-basierter Biolayer-Interferometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Lernen Sie die Analyse von DNA-Protein-Wechselwirkungen mit Streptavidin-basierter Biolayer-Interferometrie. Diese Methode ermöglicht Echtzeit-Überwachung von Bindungskinetiken und Untersuchung post-translationaler Modifikationen.

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<meta charset="utf8"></head><body>Quantitative Analyse der RPA-ssDNA-Bindungskinetik mit markierungsfreien Methoden

<table><tbody><tr><td>0,5 mL Mikrozentrifugenröhrchen</td><td>Globe Scientific</td><td>111554A</td><td></td></tr><tr><td>96 Well Standard Schwarz Mikroplatte</td><td>Dot Scientific</td><td>4ti-0223</td><td></td></tr><tr><td>Biotinyliertes Poly dT Oligonukleotid</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Rinderserumalbumin (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2153-10G</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSD11000-10</td><td></td></tr><tr><td>Ethylendiamintetraessigsäure (EDTA)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSE57020-500</td><td></td></tr><tr><td>Salzsäure&nbsp;</td><td>Fisher Wissenschaftlich&nbsp;</td><td>A144-500</td><td></td></tr><tr><td>Kimtec Science Kimwipes&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Octet N1 Software</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>1.4.0.13</td><td></td></tr><tr><td>Octet SA Biosensor&nbsp;</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>18-5019</td><td></td></tr><tr><td>PBS pH 7,2 (10x)</td><td>Gibco</td><td>1666711</td><td></td></tr><tr><td>Personal Assay Octet N1 System</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Phosphorsäure&nbsp;</td><td>Ward's Science</td><td>470302-024</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchlorid (NaCl)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSS23020-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Dot</td><td>Scientific DST60040-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tween20&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>170-6531</td><td></td></tr></tbody></table>

analyse von dna-protein-wechselwirkungen mit streptavidin-basierter biolayer-interferometrie

Analyzing DNA-Protein Interactions with Streptavidin-Based Biolayer Interferometry

Bei BLI wird weißes Licht von der Grenzfläche von Bioschicht/Puffer und der internen Referenzgrenzfläche zum Spektrometer reflektiert. Das resultierende Interferenzmuster wird aufgezeichnet und die spektrale Verschiebung über einen bestimmten Zeitraum gemessen und als Antwort der Bindungskurven in nm dargestellt. Eine repräsentative Abbildung, die die Biosensorspitze mit und ohne Analytbindung und die entsprechende spektrale Wellenlängenverschiebung (nm) zeigt, ist in Abbildung 1 dargestellt...

Analyse von DNA-Protein-Wechselwirkungen mit Streptavidin-basierter Biolayer-Interferometrie

Protein-DNA interactions underpin essential cellular processes. Understanding these interactions is critical for elucidating the molecular mechanisms of ...

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

In diesem Video demonstrieren wir die Biolayer-Interferometrie (BLI)-Technologie, um die intermolekularen Wechselwirkungen zwischen Liganden und Zielanalyten in Echtzeit zu detektieren. BLI misst Veränderungen im Interferenzmuster von weißem Licht, das von einer Schicht immobilisierter Liganden auf einer Biosensoroberfläche reflektiert wird, wenn sie mit Analyten in Lösung interagieren.

Biolayer-Interferometrie-Technologie zum Nachweis von Wechselwirkungen zwischen Ligand und Analyt

Die Protokolle beschreiben kinetische Untersuchungen von Protein-Protein-Wechselwirkungen mit Bio-Schicht-Interferometrie. F-ATP-Synthase, die in der zellulären Energiestoffwechsel beteiligt ist, kann durch die ε-Untereinheit in Bakterien gehemmt werden. Wir haben Bio-Schicht Interferometrie geeignet ist, Wechselwirkungen des katalytischen Komplexes mit inhibitorischer C-terminalen Domäne ε zu studieren.

Bio-Schicht-Interferometrie zur Messung der Kinetik der Protein-Protein-Interaktionen und allosterische Ligandeneffekte

Hier beschreiben wir die Instrumentierung und Verfahren zum Nachweis einzelner fluoreszenzmarkierten Proteinmoleküle in Wechselwirkung mit einem einzelnen DNA-Molekül zwischen den zwei optisch eingeschlossene Mikrokügelchen suspendiert.

Die Kombination von Einzelmolekül-Imaging und Manipulation für das Studium der Protein-DNA-Wechselwirkungen

Hier präsentieren wir ein Protokoll, um die Montage und Demontage der Biolayer Interferometrie (BLI) mit Milzbrand-Toxin zu überwachen. Nach Montage/Demontage auf der Biosensor-Oberfläche sind von der Oberfläche zur Visualisierung und Identifikation von Komponenten der komplexe mit Elektronenmikroskopie und Massenspektrometrie, bzw. die große Proteinkomplexe veröffentlicht.

Analyse dynamischer Proteinkomplexe montiert auf und befreit Biolayer Interferometrie Biosensor mit Massenspektrometrie und Elektronenmikroskopie

Wechselwirkungen von Transkriptionsfaktoren (TFs) mit der RNA-Polymerase werden in der Regel mit Pulldown-Assays untersucht. Wir wenden eine Biolayer Interferometry (BLI) Technologie an, um die Wechselwirkung von GrgA mit der Chlamydien-RNA-Polymerase zu charakterisieren. Im Vergleich zu Pulldown-Assays erkennt BLI Echtzeit-Assoziation und Dissoziation, bietet eine höhere Empfindlichkeit und ist sehr quantitativ.

Anwendung der Biolayer-Interferometrie (BLI) zur Untersuchung von Protein-Protein-Wechselwirkungen bei der Transkription

Konformationsänderungen Flexibilität spielt eine entscheidende Rolle bei der Proteinfunktion. Hier beschreiben wir die Verwendung von zeitaufgelöster Elektrospray-Ionisations-Massenspektrometrie gekoppelt Wasserstoff-Deuterium-Austausch für die schnellen Strukturveränderungen Sondieren, die Funktion in geordneten und ungeordneten Proteinen treiben.

Zeitaufgelöste Elektrospray-Ionisations Wasserstoff-Deuterium-Austausch-Massenspektrometrie zur Struktur Protein Studium und Dynamik

Dieses Protokoll beschreibt die Trennung von funktionellen mitochondrialen Elektronentransportkettenkomplexen (Cx) IV und deren Superkomplexe unter Verwendung der nativen Elektrophorese, um Informationen über deren Zusammenbau und Struktur zu zeigen. Das native Gel kann Immunoblotting, In-Gel-Assays und Reinigung durch Elektroelution unterworfen werden, um einzelne Komplexe weiter zu charakterisieren.

Analysieren von Supercomplexen der mitochondrialen Elektronentransportkette mit Native Elektrophorese, In-Gel-Assays und Elektrolyse

Wir präsentieren Ihnen ein Protokoll für schnelle Charakterisierung der biomolekularen Faltung und Interaktionen mit thermolabilen Liganden mit differential scanning Kalorimetrie verbindlich.

Messprofile biomolekularen DSC mit thermolabilen Liganden schnell zu charakterisieren, Falt- und bindende Wechselwirkungen

Hier das Protokoll beschreibt die Wechselwirkungen von gereinigten hEAG1 Ionen-Kanal-Protein mit niedermolekularer Lipid Liganden Phosphatidylinositol 4, 5-Bisphosphate (PIP-2). Die Messung zeigt, dass BLI eine mögliche Methode für neue kleine Molekül-Ion Channel Liganden Screening werden könnte.

Erfassung der Interaktion Kinetics eines Ionenkanals Proteins mit kleinen Molekülen durch die Bio-Schicht Interferometrie Assay

Site-verwiesene Mutagenese ist eine Technik verwendet, um bestimmte Mutationen in Desoxyribonukleinsäure (DNA) einzuführen. Dieses Protokoll beschreibt, wie Sie die Site-verwiesene Mutagenese mit einem 2-Schritt tun und 3-Stufen-Polymerase-Kettenreaktion (PCR) basierenden Ansatz, die auf DNA-Fragment von Interesse anwendbar ist.

Site-verwiesene Mutagenese für In Vitro und In Vivo Experimente veranschaulicht mit RNA-Interaktionen in Escherichia Coli

Lernen Sie die Analyse von DNA-Protein-Wechselwirkungen mit Streptavidin-basierter Biolayer-Interferometrie. Diese Methode ermöglicht Echtzeit-Überwachung von Bindungskinetiken und Untersuchung post-translationaler Modifikationen.

Analyse von DNA-Protein-Wechselwirkungen mit Streptavidin-basierter Biolayer-Interferometrie

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