Name: Optische photothermale Infrarot-Fluoreszenz-In-situ-Hybridisierung (OPTIR-FISH) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-02-23T14:20:00.000+00:00
Duration: 4 min 7 s
Description: Lernen Sie OPTIR-FISH zur Identifizierung einzelner Zellen und Analyse des Stoffwechsels auf Einzelzellebene. Diese Methode ermöglicht Einblicke in zelluläre Interaktionen in komplexen Umgebungen.

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<meta charset="utf8"></head><body>Umfassendes Protokoll zur Zellidentifikation und Stoffwechselanalyse mit OPTIR-FISH

<ol><li>Evers, T. M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Deciphering+metabolic+heterogeneity+by+single-cell+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Deciphering metabolic heterogeneity by single-cell analysis.</a> Anal Chem. 91 (21), 13314-13323 (2019).</li>
<li>Overmann, J., Abt, B., Sikorski, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Present+and+future+of+culturing+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Present and future of culturing bacteria.</a> Annu Rev Microbiol. 71, 711-730 (2017).</li>
<li>Epstein, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+phenomenon+of+microbial+uncultivability%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Microbiol%22%5BJournal%5D)">The phenomenon of microbial uncultivability.</a> Curr Opin Microbiol. 16 (5), 636-642 (2013).</li>
<li>Su, C., Lei, L., Duan, Y., Zhang, K. -Q., Yang, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culture-independent+methods+for+studying+environmental+microorganisms%3A+methods%2C+application%2C+and+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Microbiol+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Culture-independent methods for studying environmental microorganisms: methods, application, and perspective.</a> Appl Microbiol Biotechnol. 93 (3), 993-1003 (2012).</li>
<li>Musat, N., Foster, R., Vagner, T., Adam, B., Kuypers, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detecting+metabolic+activities+in+single+cells%2C+with+emphasis+on+nanoSIMS%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Detecting metabolic activities in single cells, with emphasis on nanoSIMS.</a> FEMS Microbiol Rev. 36 (2), 486-511 (2012).</li>
<li>Jiang, H., Kilburn, M. R., Decelle, J., Musat, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NanoSIMS+chemical+imaging+combined+with+correlative+microscopy+for+biological+sample+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">NanoSIMS chemical imaging combined with correlative microscopy for biological sample analysis.</a> Curr Opin Biotechnol. 41, 130-135 (2016).</li>
<li>Porta Siegel, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometry+imaging+and+integration+with+other+imaging+modalities+for+greater+molecular+understanding+of+biological+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Imaging+Biol%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometry imaging and integration with other imaging modalities for greater molecular understanding of biological tissues.</a> Mol Imaging Biol. 20 (6), 888-901 (2018).</li>
<li>Lagunov, O., Drenchev, N., Chakarova, K., Panayotov, D., Hadjiivanov, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isotopic+labelling+in+vibrational+spectroscopy%3A+a+technique+to+decipher+the+structure+of+surface+species%5BTitle%5D)+AND+%22Top+Catal%22%5BJournal%5D)">Isotopic labelling in vibrational spectroscopy: a technique to decipher the structure of surface species.</a> Top Catal. 60, 1486-1495 (2017).</li>
<li>Bai, Y., Guo, Z., Pereira, F. C., Wagner, M., Cheng, J. -X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mid-infrared+photothermal-fluorescence+in+situ+hybridization+for+functional+analysis+and+genetic+identification+of+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Mid-infrared photothermal-fluorescence in situ hybridization for functional analysis and genetic identification of single cells.</a> Anal Chem. 95 (4), 2398-2405 (2023).</li>
<li>Manz, W., Amann, R., Ludwig, W., Wagner, M., Schleifer, K. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+oligodeoxynucleotide+probes+for+the+major+subclasses+of+proteobacteria%3A+problems+and+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22System+Appl+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic oligodeoxynucleotide probes for the major subclasses of proteobacteria: problems and solutions.</a> System Appl Microbiol. 15 (4), 593-600 (1992).</li>
<li>Manz, W., Amann, R., Ludwig, W., Vancanneyt, M., Schleifer, K. -H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+suite+of+16S+rRNA-specific+oligonucleotide+probes+designed+to+investigate+bacteria+of+the+phylum+cytophaga-flavobacter-bacteroides+in+the+natural+environment%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Application of a suite of 16S rRNA-specific oligonucleotide probes designed to investigate bacteria of the phylum cytophaga-flavobacter-bacteroides in the natural environment.</a> Microbiology. 142, 1097-1106 (1996).</li>
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<li>Greuter, D., Loy, A., Horn, M., Rattei, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((probeBase-an+online+resource+for+rRNA-targeted+oligonucleotide+probes+and+primers%3A+new+features+2016%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">probeBase-an online resource for rRNA-targeted oligonucleotide probes and primers: new features 2016.</a> Nucleic Acids Res. 44, D586-D589 (2016).</li>
<li>Yilmaz, L. S., Parnerkar, S., Noguera, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mathFISH%2C+a+web+tool+that+uses+thermodynamics-based+mathematical+models+for+in+silico+evaluation+of+oligonucleotide+probes+for+fluorescence+in+situ+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">mathFISH, a web tool that uses thermodynamics-based mathematical models for in silico evaluation of oligonucleotide probes for fluorescence in situ hybridization.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (3), 1118-1122 (2011).</li>
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<li>Xia, Q., Yin, J., Guo, Z., Cheng, J. -X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mid-infrared+photothermal+microscopy%3A+principle%2C+instrumentation%2C+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22J+Phys+Chemi+B%22%5BJournal%5D)">Mid-infrared photothermal microscopy: principle, instrumentation, and applications.</a> J Phys Chemi B. 126 (43), 8597-8613 (2022).</li>
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<li>Ge, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SRS-FISH%3A+A+high-throughput+platform+linking+microbiome+metabolism+to+identity+at+the+single-cell+level%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">SRS-FISH: A high-throughput platform linking microbiome metabolism to identity at the single-cell level.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (26), e2203519119(2022).</li>
<li>Bai, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+chemical+imaging+by+widefield+photothermal+sensing+of+infrared+absorption%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Ultrafast chemical imaging by widefield photothermal sensing of infrared absorption.</a> Sci Adv. 5 (7), 7127(2019).</li>
<li>Zhang, J., Zhao, J., Lin, H., Tan, Y., Cheng, J. -X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-speed+chemical+imaging+by+dense-net+learning+of+femtosecond+stimulated+Raman+scattering%5BTitle%5D)+AND+%22J+Phys+Chem+Lett%22%5BJournal%5D)">High-speed chemical imaging by dense-net learning of femtosecond stimulated Raman scattering.</a> J Phys Chem Lett. 11 (20), 8573-8578 (2020).</li>
<li>Lin, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microsecond+fingerprint+stimulated+Raman+spectroscopic+imaging+by+ultrafast+tuning+and+spatial-spectral+learning%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Microsecond fingerprint stimulated Raman spectroscopic imaging by ultrafast tuning and spatial-spectral learning.</a> Nat Commun. 12 (1), 3052(2021).</li>
<li>Fu, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Super-resolution+imaging+of+non-fluorescent+molecules+by+photothermal+relaxation+localization+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Photon%22%5BJournal%5D)">Super-resolution imaging of non-fluorescent molecules by photothermal relaxation localization microscopy.</a> Nat Photon. 17, 330-337 (2023).</li>
<li>Tamamitsu, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mid-infrared+widefield+nanoscopy%5BTitle%5D)+AND+%22arXiv%22%5BJournal%5D)">Mid-infrared widefield nanoscopy.</a> arXiv. , (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>96% Ethanol</td><td>ThermoScientific</td><td>T032021000</td><td></td></tr><tr><td>Calciumfluorid</td><td>Crystran</td><td>CAFP10-0,35</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-Glukose</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>G7021-1KG</td><td></td></tr><tr><td>D-Gluocose (U-13C6, 99%)</td><td>Cambridge Isotopic Laboratories</td><td>CLM-1396-1</td><td></td></tr><tr><td>Ethylendiamintetraessigsäure</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E9884-100G</td><td></td></tr><tr><td>Formamid</td><td>ThermoScientific</td><td>17899</td><td></td></tr><tr><td>Luria-Bertani Brühe&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3522-250G</td><td></td></tr><tr><td>M9 Minimale Salze 5x</td><td>SIGMA</td><td>M6030-1KG</td><td></td></tr><tr><td>OPTIR Instrument</td><td>Photothermische Spektroskopie Corp.</td><td>mIRage LS</td><td></td></tr><tr><td>Paraforaldehyd-Lösung, 4% in PBS</td><td>ThermoScientific</td><td>J19943-K2</td><td></td></tr><tr><td>Poly-L-Lysin-Lösung 0,1% (w/v)&nbsp;</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P8920-500ML</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchlorid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S9888-25G</td><td></td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfat</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L3771-25G</td><td></td></tr><tr><td>Tris(hydroxymethyl)aminomethanhydrochlorid, 99+%</td><td>ThermoScientific</td><td>A11379.18</td><td></td></tr><tr><td>Trypic Sojabrühe</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>22092-500G</td><td></td></tr></tbody></table>

optische photothermale infrarot-fluoreszenz-in-situ-hybridisierung (optir-fish)

Optical Photothermal Infrared-Fluorescence In Situ Hybridization (OPTIR-FISH)

Der allgemeine Arbeitsablauf für die einzelzellige mikrobielle Stoffwechselanalyse mit genetischer Identifizierung mittels OPTIR-FISH ist zusammengefasst in Abbildung 2. Die repräsentativen Ergebnisse, die die Fähigkeit von OPTIR zur molekularen metabolischen Bildgebung demonstrieren, sind in Abbildung 3. In diesem Beispiel wurden E. coli-Zellen verwendet, die mit 12C- oder 13C-Glukose für 24 h. Die Einbeziehung von 13Es wurde gezeigt, dass C in Proteine eine signifikante Rotverschiebung der Proteinamide I und II verursacht (Abbildung 3A)17,18. Daher sind diese beiden Schlüsselwellennummern, die die 12C-Eiweiß (1656 cm-1, normale Amid-I-Bande) und 13C-Eiweiß (1612 cm-1, verschobene Amid-I-Bande) wurden ausgewählt und OPTIR-Bilder bei diesen beiden Wellenzahlen aufgenommen. Die entsprechenden Hellfeldbilder werden ebenfalls gezeigt, um die Morphologie der Zellen zu demonstrieren (Abbildung 3B,E). Stäbchenförmige Bakterien können sowohl in Hellfeld- als auch in OPTIR-Bildern auf Einzelzellebene eindeutig aufgelöst werden, was die hohe räumliche Auflösung der OPTIR-Technik bestätigt (Abbildung 3B-G). Für Zellen, die mit 12C-Glukose (Abbildung 3B-D), eine höhere Intensität bei 1656 cm-1 wurde ein höherer Wert von 1612 cm-1 Intensität wurde für Zellen beobachtet, die mit 13C-Glukose (Abbildung 3E-G). Diese Peakverschiebung deutet auf den Einbau schwererer Kohlenstoffisotope in die Proteinmasse hin17. Die Evaluierung wurde erweitert, um die Fähigkeit von OPTIR-FISH zur Unterscheidung bakterieller Taxa und ihrer metabolischen Aktivitäten in Mehrspeziesproben zu bewerten. Wir haben zwei Bakterienarten, die im menschlichen Darmmikrobiom weit verbreitet sind, künstlich gemischt: E. coli und B. thetaiotaomicron (B. theta). E. coli Zellen, die mit 13C-Glukose wurde mit einer Gam42a-Cy5-Sonde hybridisiert, die auf die 23S rRNA von Gammaproteobakterien abzielt10. B. theta Zellen, die mit 12C-Glukose wurde mit der Bac303-Cy3-Sonde hybridisiert, die auf die 16S rRNA der meisten Bacteroidaceae-Spezies abzielt11. Es ist sehr schwierig, die beiden Spezies anhand der Hellfeldbilder zu unterscheiden, da sie beide stäbchenförmig sind (Abbildung 4A). Daher war die mehrfarbige Fluoreszenzbildgebung von hybridisierten Sonden unerlässlich, um jeder analysierten Bakterienzelle eine taxonomische Identität zuzuweisen (Abbildung 4B). Nach Abzug von OPTIR-Bildern, die bei 1612 cm aufgenommen wurden-1 von 1656 cm-1stellten wir fest, dass ein Segment von Zellen in dieser Bi-Spezies-Stichprobe positive Subtraktionswerte aufwies (Abbildung 4C), was auf die Einbeziehung von 13C-Isotope. Basierend auf den Kulturbedingungen haben wir die Zellen mit positivem Subtraktionswert E. coliund negativer Subtraktionswert B. theta. Die Zuordnung der Bakterienarten wird durch die Ergebnisse der Fluoreszenzbildgebung bestätigt: Die Zellen, die positive Subtraktionswerte erzeugen, erzeugen einen Cy5-Kontrast, der spezifisch für E. coli, und die Zellen, die negative Subtraktionswerte erzeugen, erzeugen B. theta-spezifische Cy3-Kontraste. Dann wurde das Isotopenverdrängungsverhältnis berechnet, in diesem Fall neu synthetisiert 13C-Protein aus 13C-Glukose (Abbildung 4D). Erwartungsgemäß ist ein signifikanter Unterschied im Isotopenersatzverhältnis zwischen den beiden Bakterienarten (paarweiser t-Test, p = 9,74 x 10-33) festgestellt wurde. Dieser Datensatz unterstreicht die Machbarkeit der Anwendung der OPTIR-FISH-Plattform zur Untersuchung des Stoffwechsels in einer komplexen Umgebung, in der mehrere Probenarten vorhanden sind.
<img alt="Mikrobielle Analyse; Fluoreszenzhybridisierung, Isotopenmarkierung, OPTIR-Bildgebung, Genotyp-Phänotyp." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66562/66562fig01.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 1"> Abbildung 1: Schematische Darstellung der OPTIR-FISH-Plattform zur gleichzeitigen Speziesidentifikation und Metabolismusanalyse. Verschiedene Mitglieder der mikrobiellen Gemeinschaft konnten durch spezifische Bindung der mikrobiellen ribosomalen RNA-Sonden durch Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung identifiziert und durch Fluoreszenzbildgebung der angehängten Fluorophore nachgewiesen werden. Die metabolische Aktivität konnte durch Kultivierung mit Isotopensubstraten analysiert und durch OPTIR-Bildgebung nachgewiesen werden. Die OPTIR-Bildgebung detektiert die durch die IR-Absorption induzierte Streuänderung, und OPTIR ist von Natur aus kompatibel mit weit verbreiteten Fluoreszenzwerkzeugen. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66562/66562fig01large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
<img alt="Prozessdiagramm für die Isotopenmarkierung: mikrobielle FISH, OPTIR-Analyse, Identitätsbestimmung, Verhältnisse." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66562/66562fig02.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 2"> Abbildung 2: Allgemeiner Arbeitsablauf für die Einzelzellanalyse der metabolischen Aktivität mit genetischer Identifizierung durch OPTIR-FISH. (A) Bakterienzellen wurden mit isotopenmarkierten Substraten kultiviert. (B) Anschließend wurde eine Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) durchgeführt. (C) Probenvorbereitung auf IR-transparentem Objektträger. (D) Hellfeldbilder identifizieren die Regionen mit optimaler Zelldichte. (E,H) Die mehrfarbige Fluoreszenzbildgebung verschiedener FISH-Fluorophore zeigt die genetische Identität einzelner Zellen, wie sie von FISH-Sonden spezifiziert wird oder unbekannt bleibt. (F,G) Die anschließende multispektrale OPTIR-Bildgebung am normalen und verschobenen Peak zeigt den Isotopeneinbau in die mikrobielle Biomasse. Unter Bezugnahme auf die OPTIR-Spektren für unmarkierte und vollständig markierte Proben (Koeffizient h) konnte der relative Beitrag von regulären (cr) und isotopischen (ci) Biokomponenten quantifiziert werden. Die Proteinsynthese aus metabolisierten isotopenmarkierten Substraten wurde mit Hilfe des "Isotopenersatzverhältnisses" quantifiziert. (I) Mit OPTIR-FISH kann eine Hochdurchsatzanalyse der metabolischen Aktivität von mikrobiellen Spezies in einer komplexen Population durchgeführt werden. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66562/66562fig02large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
<img alt="Spektroskopie von E. coli mit 12C/13C-Glukose; OPTRIR Spektren; Hellfeld- und OPTIR-Bilder." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66562/66562fig03.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 3"> Abbildung 3: Repräsentative OPTIR-Spektren und Bildgebungsergebnisse. (A) OPTIR-Spektren für E. coli-Zellen, kultiviert mit 12C-Glucose (cyan) und 13C-Glucose (orange), die die Amid I- und Amid II-Region abdecken. Ein klarer rotverschobener Amid-I-Peak (1656 cm-1 bis 1612 cm-1) wird für 13C-Glucose-kultivierte Zellen beobachtet. Repräsentative Hellfeld- und OPTIR-Bilder von E. coli-Zellen bei normaler Amide I- und verschobener Amid I-Bande unter (B-D) 12C-Glucose- und (E-G) 13C-Glucose-Kultivierungsbedingungen. Maßstabsleisten: 10 μm. Diese Abbildung wurde mit Genehmigung von Bai et al.9 geändert. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66562/66562fig03large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
<img alt="Hellfeld- und FISH-Mikroskopie-Bilder mit OPTIR-Subtraktion, E. coli- und B. theta-Quantifizierungsdiagramm." class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66562/66562fig04.jpg" data-altupdatedat="1754922859000" data-alt="Figure 4"> Abbildung 4: Repräsentative Bilder und Quantifizierungsergebnisse aus Bakterienmischungen. E. coli-Zellen wurden mit 13C-Glukose inkubiert, gefolgt von einer Hybridisierung mit der Oligonukleotidsonde Gam42a-Cy5. B. theta-Zellen wurden mit 12C-Glukose inkubiert, gefolgt von einer Hybridisierung mit der Oligonukleotidsonde Bac303-Cy3. (A) Das Hellfeldbild zeigt die Morphologie der Zellmischung. (B) Das zweifarbige Fluoreszenzbild zeigt die Verteilung von E. coli (rot) und B. theta (grün). (C) Das OPTIR-Subtraktionsergebnis (1612 cm-1-1656 cm-1) zeigt den Proteinstoffwechsel der Bakterienzellen. (D) Quantifizierung des Isotopenersatzverhältnisses, das neu synthetisiertes 13C-Protein aus 13C-Glukose darstellt. (Paarweiser t-Test: p = 9,74 x 10-33). Maßstabsleisten: 10 μm. Diese Abbildung wurde mit Genehmigung von Bai et al.9 geändert. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66562/66562fig04large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>

Optische photothermale Infrarot-Fluoreszenz-In-situ-Hybridisierung (OPTIR-FISH)

Understanding the metabolic activities of individual cells within complex communities is critical for unraveling their role in human disease. Here, we ...

optical-photothermal-infrared-fluorescence-situ-hybridization-optir

Research

Forschung

JoVE Journal

Bioengineering

Biotechnik

Whole mount in situ Hybridisierung ist eine der am häufigsten verwendeten Techniken in der Entwicklungsbiologie. Hier präsentieren wir ein hochauflösendes Doppel-Fluoreszenz-in situ-Hybridisierung Protokoll zur Analyse der genauen Expressionsmuster eines einzelnen Gens und zur Bestimmung der Überlappung der Ausdruck Domains von zwei Genen. Wir gehören eine Propidiumiodid nukleare Gegenfärbung des Gewebes Organisation hervorzuheben.

Zebrafisch Whole Mount High-Resolution Doppel Fluorescent In-situ Hybridisierung

Doppel-Fluoreszenz- In situ Hybridisierung in Fresh Hirnschnitten

Nachweis viraler RNA durch Fluoreszenz<em&gt; In-situ-</em&gt; Hybridisierung (FISH)

Whole Berg RNA Fluorescent<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisierung<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryonen

Wir beschreiben hier ein einfaches Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH)-Verfahren zur Lokalisierung von Viren und Bakterien in Insekten-und Pflanzengeweben. Dieses Protokoll kann für die Visualisierung von mRNA in ganze Berg und mikroskopische Abschnitte erweitert werden.

Fluoreszenz<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisierungen (FISH) für die Lokalisierung von Viren und Bakterien in Endosymbiotic Pflanzen-und Insekten Gewebe

Die beschriebenen RNA in Situ Hybridisierung Protokoll ermöglicht die Erkennung von RNA in ganze Drosophila Embryos oder seziert Gewebe. Mit 96-Well-Mikrotiterplatten und Tyramide Signalverstärkung, können Protokolle mit hoher Auflösung, Empfindlichkeit und Durchsatz und bei relativ geringen Kosten erkannt werden.

Hochauflösender Fluoreszenz In Situ Hybridisierung in Drosophila Embryos und Gewebe mit Tyramide Signalverstärkung

Dieses Manuskript stellt eine detaillierte Methode zur Erzeugung von X-Chromosom Arm Sonden und darstellende Fluoreszenz in Situ Hybridisierung (FISH) zu prüfen, den Zustand der Schwester Chromatids Zusammenhalt im prometaphase und Metaphase ich verhaftet  Drosophila Eizellen. Dieses Protokoll eignet sich zur Feststellung, ob meiotische Arm Zusammenhalt intakt oder in verschiedenen Genotypen gestört ist.

Fluoreszenz In Situ Hybridisierung (FISH) verwenden, um den Zustand der Arm Zusammenhalt im Prometaphase und Metaphase überwachen ich Drosophila Eizellen

Gen-Editing-Technologien haben es Forschern ermöglicht, Zebrafischmutanten zu generieren, um die Genfunktion relativ einfach zu untersuchen. Hier bieten wir einen Leitfaden zur parallelen Embryo-Genotypisierung und Quantifizierung von In-situ-Hybridisierungssignalen in Zebrafischen. Dieser unvoreingenommene Ansatz bietet eine höhere Genauigkeit bei phäotypischen Analysen auf der Grundlage der In-situ-Hybridisierung.

Genotypisierung und Quantifizierung der In-Situ-Hybridisierungsfärbung in Zebrafischen

Expansion-Assisted Itercence In Situ Hybridization (EASI-FISH) ist eine robuste Technik, die Expansionsmikroskopie mit Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH) kombiniert, um die Expression mehrerer Gene in dickem Gewebe nachzuweisen. Dieses Protokoll beschreibt die jüngsten Fortschritte in der Methode und ihre Anpassung an die Markierung des intakten Drosophila-Zentralnervensystems.

Multiplex-Detektion der Genexpression im intakten Drosophila-Gehirn mittels expansionsunterstützter iterativer Fluoreszenz-In-situ-Hybridisierung

Optische Auflösung photoakustische Mikroskopie (OR-PAM) ist eine aufstrebende Technologie, mit der abbildenden optischen Absorption...

Dreidimensionale Optische Auflösung photoakustische Mikroskopie

Lernen Sie OPTIR-FISH zur Identifizierung einzelner Zellen und Analyse des Stoffwechsels auf Einzelzellebene. Diese Methode ermöglicht Einblicke in zelluläre Interaktionen in komplexen Umgebungen.

Optische photothermale Infrarot-Fluoreszenz-In-situ-Hybridisierung (OPTIR-FISH)

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