Name: Standardisierter SDS-PAGE-Workflow für personalisiertes Protein-Corona-Profiling bei der frühen Krebserkennung (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-12-19T12:50:00.000+00:00
Duration: 10 min 2 s
Description: Erfahren Sie den standardisierten SDS-PAGE-Workflow für personalisiertes Protein-Corona-Profiling. Diese Methode ermöglicht reproduzierbare, kostengünstige Früherkennung von Pankreaskarzinom.

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<ol><li>Cai, R., Chen, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+crown+and+the+scepter%3A+Roles+of+the+protein+corona+in+nanomedicine%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Mater%22%5BJournal%5D)">The crown and the scepter: Roles of the protein corona in nanomedicine.</a> Adv Mater. 31 (45), 1805740(2019).</li>
<li>Caputo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanotechnology+meets+oncology%3A+A+perspective+on+the+role+of+the+personalized+nanoparticle-protein+corona+in+the+development+of+technologies+for+pancreatic+cancer+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Nanotechnology meets oncology: A perspective on the role of the personalized nanoparticle-protein corona in the development of technologies for pancreatic cancer detection.</a> Int J Mol Sci. 23 (18), 10591(2022).</li>
<li>Lundqvist, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolution+of+the+protein+corona+around+nanoparticles%3A+A+test+study%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">The evolution of the protein corona around nanoparticles: A test study.</a> ACS Nano. 5 (9), 7503-7509 (2011).</li>
<li>Hajipour, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Personalized+protein+coronas%3A+A+%26%2334%3Bkey%26%2334%3B+factor+at+the+nanobiointerface%5BTitle%5D)+AND+%22Biomater+Sci%22%5BJournal%5D)">Personalized protein coronas: A &#34;key&#34; factor at the nanobiointerface.</a> Biomater Sci. 2 (9), 1210-1221 (2014).</li>
<li>Quagliarini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+corona-enabled+serological+tests+for+early-stage+cancer+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Sens+Int%22%5BJournal%5D)">Protein corona-enabled serological tests for early-stage cancer detection.</a> Sens Int. 1, 100025(2020).</li>
<li>Caracciolo, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Size+and+charge+of+nanoparticles+following+incubation+with+human+plasma+of+healthy+and+pancreatic+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Colloids+Surf+B+Biointerfaces%22%5BJournal%5D)">Size and charge of nanoparticles following incubation with human plasma of healthy and pancreatic cancer patients.</a> Colloids Surf B Biointerfaces. 123, 673-678 (2014).</li>
<li>Barrán-Berdón, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Time+evolution+of+nanoparticle-protein+corona+in+human+plasma%3A+Relevance+for+targeted+drug+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Langmuir%22%5BJournal%5D)">Time evolution of nanoparticle-protein corona in human plasma: Relevance for targeted drug delivery.</a> Langmuir. 29 (21), 6485-6494 (2013).</li>
<li>Yu, Y., Luan, Y., Dai, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dynamic+process%2C+mechanisms%2C+influencing+factors%2C+and+study+methods+of+protein+corona+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Macromol%22%5BJournal%5D)">Dynamic process, mechanisms, influencing factors, and study methods of protein corona formation.</a> Int J Biol Macromol. 205, 731-739 (2022).</li>
<li>Hadjidemetriou, M., Kostarelos, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+the+nanoparticle+corona%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Nanotechnol%22%5BJournal%5D)">Evolution of the nanoparticle corona.</a> Nat Nanotechnol. 12 (4), 288-290 (2017).</li>
<li>Caputo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+protein+corona-enabled+blood+test+for+early+cancer+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Nanoscale%22%5BJournal%5D)">A protein corona-enabled blood test for early cancer detection.</a> Nanoscale. 9 (1), 349-354 (2017).</li>
<li>Pozzi, D., Caracciolo, G. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aPozzi%2C+D+%22Exploiting+differences+in+personal+nanoparticle+corona+profiles+for+cancer+diagnostics%22">Exploiting differences in personal nanoparticle corona profiles for cancer diagnostics</a>. , Taylor & Francis. 431-433 (2025).</li>
<li>Vence, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Potential+clinical+applications+of+the+personalized%2C+disease-specific+protein+corona+on+nanoparticles%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Chim+Acta%22%5BJournal%5D)">Potential clinical applications of the personalized, disease-specific protein corona on nanoparticles.</a> Clin Chim Acta. 501, 102-111 (2020).</li>
<li>Di Domenico, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoparticle-biomolecular+corona%3A+A+new+approach+for+the+early+detection+of+non-small-cell+lung+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Nanoparticle-biomolecular corona: A new approach for the early detection of non-small-cell lung cancer.</a> J Cell Physiol. 234 (6), 9378-9386 (2019).</li>
<li>Papi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploitation+of+nanoparticle-protein+interactions+for+early+disease+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Phys+Lett%22%5BJournal%5D)">Exploitation of nanoparticle-protein interactions for early disease detection.</a> Appl Phys Lett. 114 (16), 163702(2019).</li>
<li>Di Santo, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+corona+profile+of+graphene+oxide+allows+detection+of+glioblastoma+multiforme+using+a+simple+one-dimensional+gel+electrophoresis+technique%3A+A+proof-of-concept+study%5BTitle%5D)+AND+%22Biomater+Sci%22%5BJournal%5D)">Protein corona profile of graphene oxide allows detection of glioblastoma multiforme using a simple one-dimensional gel electrophoresis technique: A proof-of-concept study.</a> Biomater Sci. 9 (13), 4671-4678 (2021).</li>
<li>Caputo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synergistic+analysis+of+protein+corona+and+haemoglobin+levels+detects+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Synergistic analysis of protein corona and haemoglobin levels detects pancreatic cancer.</a> Cancers. 13 (1), 93(2020).</li>
<li>Colapicchioni, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Personalized+liposome-protein+corona+in+the+blood+of+breast%2C+gastric+and+pancreatic+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Personalized liposome-protein corona in the blood of breast, gastric and pancreatic cancer patients.</a> Int J Biochem Cell Biol. 75, 180-187 (2016).</li>
<li>Di Santo, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Personalized+graphene+oxide-protein+corona+in+the+human+plasma+of+pancreatic+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Bioeng+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Personalized graphene oxide-protein corona in the human plasma of pancreatic cancer patients.</a> Front Bioeng Biotechnol. 8, 491(2020).</li>
<li>Digiacomo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Efficient+pancreatic+cancer+detection+through+personalized+protein+corona+of+gold+nanoparticles%5BTitle%5D)+AND+%22Biointerphases%22%5BJournal%5D)">Efficient pancreatic cancer detection through personalized protein corona of gold nanoparticles.</a> Biointerphases. 16 (1), 011010(2021).</li>
<li>Caputo, D., Caracciolo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoparticle-enabled+blood+tests+for+early+detection+of+pancreatic+ductal+adenocarcinoma%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Lett%22%5BJournal%5D)">Nanoparticle-enabled blood tests for early detection of pancreatic ductal adenocarcinoma.</a> Cancer Lett. 470, 191-196 (2020).</li>
<li>Caracciolo, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Challenges+in+molecular+diagnostic+research+in+cancer+nanotechnology%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Today%22%5BJournal%5D)">Challenges in molecular diagnostic research in cancer nanotechnology.</a> Nano Today. 27, 6-10 (2019).</li>
<li>Ashkarran, A. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurements+of+heterogeneity+in+proteomics+analysis+of+the+nanoparticle+protein+corona+across+core+facilities%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Measurements of heterogeneity in proteomics analysis of the nanoparticle protein corona across core facilities.</a> Nat Commun. 13 (1), 6610(2022).</li>
<li>Pederzoli, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+corona+and+nanoparticles%3A+How+can+we+investigate+on%5BTitle%5D)+AND+%22Wiley+Interdiscip+Rev+Nanomed+Nanobiotechnol%22%5BJournal%5D)">Protein corona and nanoparticles: How can we investigate on.</a> Wiley Interdiscip Rev Nanomed Nanobiotechnol. 9 (6), e1467(2017).</li>
<li>Otoo, J. A., Schlappi, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((REASSURED+multiplex+diagnostics%3A+A+critical+review+and+forecast%5BTitle%5D)+AND+%22Biosensors%22%5BJournal%5D)">REASSURED multiplex diagnostics: A critical review and forecast.</a> Biosensors. 12 (2), 124(2022).</li>
<li>Papi, M., Caracciolo, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Principal+component+analysis+of+personalized+biomolecular+corona+data+for+early+disease+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Today%22%5BJournal%5D)">Principal component analysis of personalized biomolecular corona data for early disease detection.</a> Nano Today. 21, 14-17 (2018).</li>
<li>Giulimondi, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reproducibility+of+biomolecular+corona+experiments%3A+A+primer+for+reliable+results%5BTitle%5D)+AND+%22Part+Part+Syst+Charact%22%5BJournal%5D)">Reproducibility of biomolecular corona experiments: A primer for reliable results.</a> Part Part Syst Charact. 40 (2), 2200169(2023).</li>
<li>Renzi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structuring+lipid+nanoparticles%2C+DNA%2C+and+protein+corona+into+stealth+bionanoarchitectures+for+in+vivo+gene+delivery%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Structuring lipid nanoparticles, DNA, and protein corona into stealth bionanoarchitectures for in vivo gene delivery.</a> Nat Commun. 15 (1), 9119(2024).</li>
<li>Van Dorpe, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+automated+liquid+handling+in+the+separation+workflow+of+extracellular+vesicles+enhances+specificity+and+reproducibility%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nanobiotechnology%22%5BJournal%5D)">Integrating automated liquid handling in the separation workflow of extracellular vesicles enhances specificity and reproducibility.</a> J Nanobiotechnology. 21 (1), 157(2023).</li>
<li>Quagliarini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+influence+of+protein+corona+on+graphene+oxide%3A+Implications+for+biomedical+theranostics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Nanobiotechnology%22%5BJournal%5D)">The influence of protein corona on graphene oxide: Implications for biomedical theranostics.</a> J Nanobiotechnology. 21 (1), 267(2023).</li>
<li>Jiříčková, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthesis+and+applications+of+graphene+oxide%5BTitle%5D)+AND+%22Materials%22%5BJournal%5D)">Synthesis and applications of graphene oxide.</a> Materials. 15 (3), 920(2022).</li>
<li>Saorin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+redefined+protocol+for+protein+corona+analysis+on+graphene+oxide%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nanosci+Au%22%5BJournal%5D)">A redefined protocol for protein corona analysis on graphene oxide.</a> ACS Nanosci Au. , (2025).</li>
<li>Digiacomo, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nanoparticle-protein+corona+enhances+accuracy+of+Ca-19.9-based+pancreatic+cancer+classification%5BTitle%5D)+AND+%22Nanoscale%22%5BJournal%5D)">Nanoparticle-protein corona enhances accuracy of Ca-19.9-based pancreatic cancer classification.</a> Nanoscale. 17 (12), 7066-7075 (2025).</li>
<li>Caputo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+the+accuracy+of+pancreatic+cancer+clinical+staging+by+exploitation+of+nanoparticle-blood+interactions%3A+A+pilot+study%5BTitle%5D)+AND+%22Pancreatology%22%5BJournal%5D)">Improving the accuracy of pancreatic cancer clinical staging by exploitation of nanoparticle-blood interactions: A pilot study.</a> Pancreatology. 18 (6), 661-665 (2018).</li>
<li>Quagliarini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+decade+of+the+liposome-protein+corona%3A+Lessons+learned+and+future+breakthroughs+in+theranostics%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Today%22%5BJournal%5D)">A decade of the liposome-protein corona: Lessons learned and future breakthroughs in theranostics.</a> Nano Today. 47, 101657(2022).</li>
<li>Wu, S. Y., An, S. S. A., Hulme, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Current+applications+of+graphene+oxide+in+nanomedicine%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Nanomedicine%22%5BJournal%5D)">Current applications of graphene oxide in nanomedicine.</a> Int J Nanomedicine. 10 Suppl 1, 9-24 (2015).</li>
<li>Caputo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+detection+of+pancreatic+cancer+by+combining+a+nanoparticle-enabled+blood+test+and+plasma+levels+of+acute-phase+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers%22%5BJournal%5D)">Multiplexed detection of pancreatic cancer by combining a nanoparticle-enabled blood test and plasma levels of acute-phase proteins.</a> Cancers. 14 (19), 4658(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1,5 ml Protein LoBind TUBE</td><td>Eppendorf</td><td>22431081</td><td></td></tr><tr><td>10x Tris/Glycin/SDS</td><td>Biorad</td><td>1610732</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifuge</td><td>Labortechnik</td><td>Z 216 MK Hermle</td><td>Verwendet bei 18.620 RCF für 20 Minuten bei 4 & Grad; C</td></tr><tr><td>ChemiDoc-Bildgebungssystem</td><td>Bio-Rad</td><td>12003153</td><td>Verwendet für die Gel-Bildaufnahme</td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C2432-1L</td><td>Lösungsmittel für DOTAP</td></tr><tr><td>Corning 1-200 & Mikro; L Universal Fit Bulk Packed Pipet Tips</td><td>Corning</td><td>4845</td><td></td></tr><tr><td>Criterion TGX Stain-Free Precast Gels</td><td>Biorad</td><td>5678095</td><td></td></tr><tr><td>Destilliertes Wasser 6 x 1 Liter</td><td>Thermofischer</td><td>15230001</td><td></td></tr><tr><td>DOTAP (1,2-Dioleoyl-3-Trimethylammonium-Propan)</td><td>Avantipolare Lipide</td><td>890890P-200mg</td><td>Zur Herstellung kationischer Liposomen verwendet; in Chloroform gelöst, verdampft, hydratisiert und extrudiert</td></tr><tr><td>Enduro 300V Netzteil&nbsp;</td><td>Labnet&nbsp;</td><td>E0303-230V</td><td></td></tr><tr><td>GloMax Discover Mikroplatten-Leser</td><td>Promega</td><td>GM3000</td><td></td></tr><tr><td>Goldnanopartikel (citrat-stabilisiert)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>742031-25ML</td><td>Als Nanomaterial verwendet; ohne weitere Reinigung verwendet</td></tr><tr><td>Gradienten-Polyacrylamid-Gel (4 & Strich; 20% TGX)</td><td>Bio-Rad</td><td>5678095</td><td>Verwendet für SDS&ndash; PAGE</td></tr><tr><td>Grant Instrument&nbsp; Thermoshaker HC24N (24 x 1,5 mL Mikroröhren)</td><td>Fisher Scientific</td><td>PHMT-PSC24N</td><td></td></tr><tr><td>Graphenoxid (GO)-Lösung</td><td>Graphenea</td><td>GO-4-1000</td><td>Als Nanomaterial verwendet; verdünnt auf 0,25 mg/mL und sonikiert</td></tr><tr><td>Menschliches Plasma (HP)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P9523-5ML</td><td>Verwendet für die Nanopartikel-Inkubation</td></tr><tr><td>ImageLab-Software</td><td>Bio-Rad. Version 6.1.0.07</td><td>/</td><td>Verwendet zum Exportieren von Gel-Bildern als TIFF-Dateien</td></tr><tr><td>Laemmli Ladepuffer 2x</td><td>Biorad</td><td>1610737</td><td>Verwendet zum Resuspendieren von Pellets</td></tr><tr><td>MATLAB</td><td>MathWorks. Version R2022a</td><td>/</td><td>Verwendet für Bildverarbeitung, Datenanalyse und Profilberechnung</td></tr><tr><td>Mini-Extruder</td><td>Avantipolare Lipide</td><td>610020</td><td>Verwendet zur Liposomenpräparation</td></tr><tr><td>NuPAGE Beispielreduktionsmittel (10X)</td><td>Thermowissenschaftlich</td><td>NP004</td><td></td></tr><tr><td>Phosphatsalz-Puffer</td><td>Corning&nbsp;</td><td>21-031-cm</td><td>Verwendung für DOTAP-HP-Samples</td></tr><tr><td>Pierce BCA Protein-Assay Kit, 1 Kit (1 L)</td><td>ThermoFisher</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>Pipetspitzen 0,5-10 μl klar</td><td>Axygen</td><td>T-300-STK</td><td></td></tr><tr><td>PIPETMAN L P10L, 0,5-10 & Mikro; L, Metallauswurf</td><td>Gilson</td><td>FA10002M</td><td></td></tr><tr><td>PIPETMAN P20, 2-20 & Mikro; L, Metallauswurf</td><td>Gilson</td><td>F144056M</td><td></td></tr><tr><td>PIPETMAN P200, 20-200 & Mikro; L, Metallauswurf</td><td>Gilson</td><td>F144058M</td><td></td></tr><tr><td>PIPETMAX automatisiertes Pipettsystem</td><td>Gilson</td><td>GSYS0021</td><td>Verwendung für die automatisierte Probenbehandlung</td></tr><tr><td>Polycarbonatfilter (0,1 & Mikro; m)</td><td>Avantipolare Lipide</td><td>610005-1EA</td><td>Verwendet zur Liposomenextrudion</td></tr><tr><td>Precision Plus Protein All Blue Prestained Protein Standards</td><td>Biorad</td><td>1610373</td><td></td></tr><tr><td>Precision Plus Protein Unfärbte Standards&nbsp;</td><td>Biorad</td><td>1610363EDU</td><td></td></tr><tr><td>Vibra-Zell-Sonikator VC505</td><td>Sonics and Materials Inc.</td><td>VC505</td><td></td></tr><tr><td>ZetaSizer</td><td>Malvern</td><td>ZS90</td><td>Verwendet für Messungen der dynamischen Lichtstreuung (DLS) und Mikroelektrophorese (ME)</td></tr></tbody></table>

standardisierter sds-page-workflow für personalisiertes protein-corona-profiling bei der frühen krebserkennung

Standardized SDS-PAGE Workflow for Personalized Protein Corona Profiling in Early Cancer Detection

Standardisierter SDS-PAGE-Workflow für personalisiertes Protein-Corona-Profiling bei der frühen Krebserkennung

The formation of a personalized protein corona (PC) on nanoparticles (NPs) upon exposure to biological fluids has emerged as a promising, minimally ...

standardized-sds-page-workflow-for-personalized-protein-corona

Research

Forschung

JoVE Journal

Cancer Research

Krebsforschung

Wir beschrieben ein Verfahren für die Zerlegung von Darmkrebs (CRC), lebensfähige einzelne Zellen, die dann auf kundenspezifische Antikörper Microarrays erkennen Oberflächen-Antigene (DotScan CRC-Microarray) erfasst zu produzieren. Sub-Populationen von Zellen gebunden, die Microarray kann durch Fluoreszenz-Multiplexing mit monoklonalen Antikörpern mit Fluoreszenzfarbstoffen markiert profiliert werden.

Darmkrebs Zelloberflächenprotein Profiling mit einem Antikörper Microarray und Fluoreszenz Multiplexing

RPPA ermöglicht die Proteinexpression von Hunderten von Proben auf Nitrozellulose Folien gedruckt, um gleichzeitig abgefragt werden, mit fluoreszenzmarkierten Antikörpern. Diese Technik angewendet worden ist, um die Wirkung der medikamentösen Behandlung Heterogenität innerhalb klarzelligen Nierenkarzinom studieren.

Der Einsatz von Reverse Phase Protein Arrays (RPPA) an Protein Expression Variation innerhalb der einzelnen Renal Cell Cancers erkunden

Eingehende Analysen von Krebszellproteomen erleichtern die Identifizierung neuer Wirkstoffziele und diagnostischer Biomarker. Wir beschreiben einen experimentellen Workflow zur quantitativen Analyse von (Phospho-)Proteomen in Krebszell-Subpopulationen, die aus flüssigen und festen Tumoren stammen. Dies wird durch die Kombination von zellulären Anreicherungsstrategien mit quantitativer Super-SILAC-basierter Massenspektrometrie erreicht.

Quantitative massenspektrometrische Analyse von Krebs-Zellen-Proteome Abgeleitet von Liquid und soliden Tumoren

Das Ziel dieses Video ist zu zeigen, wie automatisierte DNA-Extraktion aus Formalin fixierten und in Paraffin eingebetteten (FFPE) Referenz-Standard-Zelllinien und digitale Tröpfchen PCR (ddPCR) Analyse seltene Mutationen in einer klinischen Umgebung detektieren auszuführen. Nachweis von Mutationen in FFPE-Proben zeigt, die den klinischen Nutzen ddPCR in FFPE-Proben.

Verwendung digitaler Droplet PCR zu BRAF V600E Mutationen in Formalin-fixierte Paraffin Reference Standard-Zelllinien Detect

Die Verwendung eines RNA-basierten Ansatzes zur Bestimmung quantitativer Immunprofile von soliden Tumorgeweben und zur Nutzung klinischer Kohorten für die Entdeckung von bioonkologischen Biomarkern wird durch molekulare und informatikische Protokolle beschrieben.

Predictive Immune Modeling von Solid Tumoren

Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Feinabstimmung von Regions of Interest (ROIs) für Spatial Omics-Technologien, um die Tumormikroumgebung besser zu charakterisieren und spezifische Zellpopulationen zu identifizieren. Für Proteomik-Assays können automatisierte, angepasste Protokolle die ROI-Auswahl leiten, während Transkriptomik-Assays mit ROIs von nur 50 μm fein abgestimmt werden können.

Räumliches Profiling der Protein- und RNA-Expression im Gewebe: Ein Ansatz zur Feinabstimmung der virtuellen Mikrodissektion

Proteomische Dysregulation spielt eine wichtige Rolle bei der Ausbreitung diffus infiltrierender Gliome, aber mehrere relevante Proteine bleiben unidentifiziert. Digital Spatial Processing (DSP) bietet einen effizienten Hochdurchsatzansatz zur Charakterisierung der differentiellen Expression von Kandidatenproteinen, die zur Invasion und Migration infiltrativer Gliome beitragen können.

Digitales räumliches Profiling zur Charakterisierung der Mikroumgebung bei diffus infiltrierenden Gliomen im Erwachsenentyp

Hier etablieren wir eine massenspektrometrische proteomische Methode unter Verwendung isolierter Regionen von Interesse in formalinfixierten, paraffineingebetteten Gewebeschnitten. Dieses Protokoll wird verwendet, um Proteome aus bestimmten Gewebebereichen in archivierten formalinfixierten, paraffineingebetteten Gewebeschnitten zu analysieren.

Ein optimierter Ansatz für die massenspektrometrische Proteomik unter Verwendung ausgewählter Geweberegionen

Hier stellen wir ein Protokoll vor, das die Erfassung und Identifizierung krankheitsspezifischer Protein-Protein-Wechselwirkungen aus nativen Zellen und Geweben mit Hilfe chemischer Sonden und Massenspektrometrie ermöglicht. Die resultierenden Interaktionsdatensätze werden über eine spezielle webbasierte Plattform analysiert, um dynamische Netzwerkdysfunktionen und Veränderungen des Signalwegs im Zusammenhang mit Krankheiten aufzudecken.

Kartierung dysfunktionaler Protein-Protein-Wechselwirkungen bei Krankheiten

Dieses Protokoll wurde entwickelt, um einen Machine Learning-Algorithmus zu trainieren, um eine Kombination von bildgebenden Parametern zu verwenden, die aus der Magnetresonanztomographie (MRT) und der Positronenemissionstomographie/Computertomographie (PET/CT) in einem Rattenmodell von Brustkrebsknochenmetastasen abgeleitet wurden, um frühe metastasierende Erkrankungen zu erkennen und das spätere Fortschreiten zu Makrometastasen vorherzusagen.

Machine Learning-Algorithmen zur Früherkennung von Knochenmetastasen in einem experimentellen Rattenmodell

Erfahren Sie den standardisierten SDS-PAGE-Workflow für personalisiertes Protein-Corona-Profiling. Diese Methode ermöglicht reproduzierbare, kostengünstige Früherkennung von Pankreaskarzinom.

Standardisierter SDS-PAGE-Workflow für personalisiertes Protein-Corona-Profiling bei der frühen Krebserkennung

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