Name: Chromatin Immunopräzipitation von humanen embryonalen Stammzellen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2008-07-22T00:31:00.000+00:00
Duration: 10 min 36 s
Description: Lernen Sie die Chromatin-Immunopräzipitation zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen in humanen embryonalen Stammzellen. Diese Methode ermöglicht Einblicke in chromatinbedingte Regulationsmechanismen während der Differenzierung.

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Die vorliegende Arbeit wurde durch eine Spende (RS1-00477-1) vom California Institute for Regenerative Medicine (CIRM), um FS unterstützt

<ol><li>Evans, M. J., Kaufman, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Establishment+in+culture+of+pluripotential+cells+from+mouse+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos.</a> Nature. 292, 154-156 (1981).</li>
<li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polycomb+complexes+repress+developmental+regulators+in+murine+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells.</a> Nature. 441, 349-353 (2006).</li>
<li>Lee, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+developmental+regulators+by+Polycomb+in+human+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells.</a> Cell. 125, 301-313 (2006).</li>
<li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Twenty-five+years+of+the+nucleosome%2C+fundamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li>
<li>Guenther, M. G., Jenner, R. G., Chevalier, B., Nakamura, T., Croce, C. M., Canaani, E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Global+and+Hox-specific+roles+for+the+MLL1+methyltransferase%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A.%22%5BJournal%5D)">Global and Hox-specific roles for the MLL1 methyltransferase.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.. 102, 8603-8608 (2005).</li>
<li>Lee, T. I., Johnstone, S. E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+immunoprecipitation+and+microarray-based+analysis+of+protein+location%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Chromatin immunoprecipitation and microarray-based analysis of protein location.</a> Nat. Protoc. 1, 729-748 (2006).</li>
<li>Sanchez-Elsner, T., Gou, D., Kremmer, E., Sauer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Noncoding+RNAs+of+trithorax+response+elements+recruit+Drosophila+Ash1+to+Ultrabithorax%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ash1 to Ultrabithorax.</a> Science. 311, 1118-1123 (2006).</li>
</ol>

Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP) bietet eine wertvolle Technik für die Präparation von Chromatin-basierte Prozesse während der zellulären Differenzierung. Voraussetzungen für den Erfolg dieser Methode sind gute Antikörper und die Verfügbarkeit von Chromatin aus Kontroll-Zellen oder Gewebe, die das Antigen von Interesse fehlt. Durch die Kombination von ChIP mit DNA-Mikroarray-Technologie, riesige Mengen an Informationen eingeholt werden können. Die Validierung der ChIP Ergebnisse hängt von der Verfügbarkeit geeigneter Testsysteme, dass die dynamische Zuordnung von Proteinen, Protein-Modifikationen und / oder RNA mit der Ausführung der biologischen Prozesse im Zell-Entwicklung verknüpfen können.

<table><tbody><tr><td>Proteinase-K</td><td>Reagenz</td><td>Roche Group</td><td>#EO0491</td><td></td></tr><tr><td>RNase-A</td><td>Reagenz</td><td>Fermentas</td><td>#EN0531</td><td></td></tr><tr><td>Formaldehyd 37 %</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>FX040-13</td><td></td></tr><tr><td>Chloroform</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>3150</td><td></td></tr><tr><td>Äthanol</td><td>Reagenz</td><td>Goldshield</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Phenol:Chloroform:Isoamylalkohol</td><td>Reagenz</td><td>Invitrogen</td><td>15593-031</td><td></td></tr><tr><td>SA, Fraktion V</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>2930</td><td></td></tr><tr><td>Dubecco&amp;rsquo;s Phosphatgepufferte Kochsalzlösung</td><td>Reagenz</td><td>GIBCO, by Life Technologies</td><td>14190</td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>5330</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchlorid</td><td>Reagenz</td><td>Fisher Scientific</td><td>S271-10</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>4050</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>9410</td><td></td></tr><tr><td>Natriumdodecylsulfat</td><td>Reagenz</td><td>JT Baker</td><td>4095-02</td><td></td></tr><tr><td>Lithiumchlorid</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>5910</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>9230</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Reagenz</td><td>Calbiochem</td><td>492015</td><td></td></tr><tr><td>Desoxycholsäure, Natriumsalz</td><td>Reagenz</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP349-100</td><td></td></tr><tr><td>Ammoniumacetat</td><td>Reagenz</td><td>Applichem</td><td>631-61-8</td><td></td></tr><tr><td>Glycin</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>4840</td><td></td></tr><tr><td>Glycin</td><td>Reagenz</td><td>EMD Millipore</td><td>4840</td><td></td></tr><tr><td>Dynalbeads, Protein A</td><td>Reagenz</td><td>Invitrogen</td><td>100.02D</td><td></td></tr><tr><td>Dynalbeads, Protein G</td><td>Reagenz</td><td>Invitrogen</td><td>100.04D</td><td></td></tr><tr><td>1,5-ml-Low-Retention-Mikroröhrchen, Xtreme</td><td>Sonstiges</td><td>Phenix Research Products</td><td>MAX-815S</td><td></td></tr><tr><td>Phase-Lock-Gel Light, 2,0 ml</td><td>Reagenz</td><td>Eppendorf</td><td>955154037</td><td></td></tr></tbody></table>

chromatin immunopräzipitation von humanen embryonalen stammzellen

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

Die funktionelle und strukturelle Komplexität der Myriaden von Zellen in vielzelligen Organismen ergibt sich aus einer kleinen Anzahl von Stammzellen. Selbsterneuerung und Multipotenz, dass eine Stammzelle in nahezu jeder Zelle Typ 1 unterscheiden können: Stammzellen sind durch zwei grundlegende Eigenschaften aus. Die Progression Stammzellen zu differenzierten Zelle ist durch den Verlust von Multipotenz, strukturellen und morphologischen Veränderungen und die hierarchische Aktivität von Transkriptionsfaktoren und Signalmoleküle, deren Aktivitäten zu etablieren und zu pflegen zelltypspezifisch Genexpressionsmuster gekennzeichnet. Auf molekularer Ebene beinhaltet die Zelldifferenzierung dynamischen Veränderungen der Struktur und Zusammensetzung von Chromatin und der Nachweis dieser dynamischen Veränderungen können wertvolle Einblicke in die funktionellen Eigenschaften von Stammzellen und der Zelldifferenzierung Prozess 2,3 liefern. Chromatin ist eine hoch verdichtete DNA-Protein-Komplex, der entsteht, wenn Zellen Paket chromosomale DNA mit Proteinen, vor allem Histone 4. Stemcellness und Zelldifferenzierung hat mit dem Vorhandensein von spezifischen Arrays von regulatorischen Proteinen wie epigenetische Faktoren, Histon-Varianten und Transkriptionsfaktoren 2,3,5 korreliert. Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP) bietet eine wertvolle Methode, um die Anwesenheit von RNA, Proteine ​​und Proteinmodifikationen in Chromatin 6,7 überwachen. Der Vergleich von Chromatin aus verschiedenen Zelltypen aufzuklären dynamischen Änderungen im Protein-Chromatin Verbände, die während der Zelldifferenzierung auftreten. Chromatin Immunopräzipitation beinhaltet die Reinigung von in vivo vernetzt Chromatin. Die isolierte Chromatin ist in kleinere Fragmente durch enzymatische Verdauung oder mechanische Kraft reduziert. Chromatin-Fragmente werden ausgefällt mittels spezifischer Antikörper an Proteine ​​oder Protein-und DNA-Modifikationen Ziel. Die gefällte DNA oder RNA wird gereinigt und als Matrize für die PCR oder DNA-Mikroarray-basierte Assays. Voraussetzungen für eine erfolgreiche ChIP sind hochwertige Antikörper gegen das gewünschte Antigen und die Verfügbarkeit von Chromatin aus Kontroll-Zellen, die nicht exprimieren das Zielmolekül. Chip kann korrelieren die Anwesenheit von Proteinen, Protein-und RNA Modifikationen und RNA mit spezifischen Ziel-DNA, und je nach Wahl des outread Tool, erkennt der Verband der Zielmoleküle an bestimmten Zielgenen oder im Rahmen eines gesamten Genoms. Der Vergleich der Verteilung der Proteine ​​im Chromatin differenzierenden Zellen kann erhellen den dynamischen Veränderungen des Chromatins Zusammensetzung, die mit dem Fortschreiten der Zellen entlang einer Zelllinie zusammenfallen.

Die Differenzierung der ESC deckt sich mit Zelltyp-spezifische Veränderungen in der Struktur und Zusammensetzung des Chromatins. Der Nachweis dieser Veränderungen bietet wertvolle Einblicke in die Mechanismen, die stemcellness und der Zelldifferenzierung zu definieren. Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP) stellt eine wertvolle Methode, um die zugrunde liegenden molekularen Mechanismen Stammzell-Differenzierung zu sezieren.

Chromatin Immunopräzipitation von humanen embryonalen Stammzellen

Die funktionelle und strukturelle Komplexität der Vielzahl von Zellen in metazoischen Organismen geht auf eine geringe Anzahl von Stammzellen zurück. Stammzellen sind ...

Hallo, ich bin Stefan Burani aus dem Labor von Dr. Frank Zawa am Department für Biochemie der University of California Riverside. Heute zeigen wir Ihnen ein Verfahren zur Chromatin-Immunpräzipitation. Beginnen wir also.Dieses Verfahren beginnt mit der Formaldehyd-Vernetzung menschlicher embryonaler Stammzellen vor der Vernetzung. Menschliche embryonale Stammzellen werden fünf Minuten lang bei 37 Grad Celsius aus flüssigem Stickstoff aufgetaut und anschließend mit Medium gewaschen. Danach werden die Zellen auf mit Gelatine beschichteten Sechs-Well-Platten ausgesät und zwei bis drei Tage lang zur Expansion kultiviert.Für jede Immunpräzipitationsreaktion benötigen wir 50 bis 100 Millionen Zellen. Die Zellen werden zunächst lysiert und in Suspension gesammelt. Frisch hergestelltes Aldehyd wird jeder Zellsuspension in einer Konzentration von 1 % zugegeben und 10 Minuten bei Raumtemperatur inkubiert.Fügen Sie anschließend ein Zehntelvolumen von 1,25 molarer Glycin hinzu, um das Formaldehyd abzubrechen, und inkubieren Sie 10 Minuten lang. Waschen Sie die Zellen zweimal mit je 10 Milliliter PBS und sammeln Sie sie dann in 50-Milliliter-Konizflaschen. Zentrifugieren Sie die Flaschen bei 1000 U/min fünf Minuten lang bei vier Grad Celsius, um die Zellen als Pellet zu sedimentieren.Nach dem Zentrifugieren verwerfen Sie das Überstand und resuspendieren das Pellet in 1,5 Milliliter Lysepuffer. Überführen Sie die Zellen abschließend in ein 1,5-Milliliter-Mikrozentrifugenröhrchen. Nach der Übertragung der Zellen gefrieren Sie diese dreimal kurz in flüssigem Stickstoff ein und zerkleinern sie dann mit einem Gewebemörser.Nachdem die Zellen vernetzt wurden, sind sie bereit für die Immunpräzipitation oder können unbegrenzt bei minus 80 Grad Celsius eingefroren gelagert werden. Sobald Sie die Zellen vernetzt haben, müssen Sie die magnetischen Kügelchen vorbereiten. Geben Sie 50 µL DI-Kügelchen in 1,5-mL-Mikrogefäße mit niedriger Bindungsaffinität und richten Sie ein Gefäß pro Immunpräzipitation ein.Dann ein Milliliter Blockierungslösung hinzufügen. Sammeln Sie nun die Dialyseperlen mithilfe von Dialyse-MPC. Stellen Sie die Röhrchen auf den Magnethalter.Lassen Sie die Kügelchen an der Seitenwand des Reaktionsgefäßes absetzen. Dies sollte etwa 15 Sekunden dauern. Sie können den Rack zweimal umdrehen, um das Sammeln der Kügelchen zu unterstützen.Nachdem die Perlen gesammelt wurden, können Sie die Flüssigkeit mit einer Pipette entfernen. Nach dem Entfernen des Überstandes fügen Sie ein Milliliter Blockierungslösung hinzu und resuspendieren die Perlen vorsichtig, indem Sie den Magneten vom Gestell nehmen und das Gestell umdrehen. Dabei können Sie den Vorgang 10 bis 20 Mal wiederholen oder so lange, bis die Perlen gleichmäßig suspendiert sind.Suspendieren Sie die Perlen erneut, wie zuvor beschrieben. Nach dem Sammeln können Sie den Überstand mit einer Pipette entfernen. Wiederholen Sie diese Waschung mit 1,5 Milliliter Blocklösung.Nach der zweiten Wäsche können Sie die Kügelchen in 750&nbsp;Mikrolitern Blocklösung resuspendieren und anschließend 10&nbsp;Mikrogramm Antikörper hinzufügen. In unserer Forschung verwenden wir einen Antikörper gegen das Protein MLL und inkubieren das Gemisch bei vier Grad Celsius für mindestens sechs Stunden oder über Nacht auf einem Mutaschüttler. Während dieser Inkubation können Sie Ihr vernetztes Chromatin sonifizieren, was wir kurz nach der Übernachtinkubation demonstrieren werden.Entfernen Sie die Antikörperlösung und waschen Sie die Perlen anschließend dreimal. Verwenden Sie dazu ein Milliliter Lysepuffer, wie zuvor, unter Verwendung des Magnetständer zur Sammlung der Perlen. Nach den Waschschritten können Sie Ihr gesättigtes Chromatin hinzufügen.Bevor Sie mit der Sonifikation beginnen, müssen Sie zunächst die gefrorenen Zellpellets aus dem Minus-80-Grad-Celsius-Gefrierschrank entnehmen und sie auftauen lassen. Bereiten Sie ein 15-Milliliter-Kegelrohr für die Sonifikation vor. Dies erfolgt, indem Sie das Rohr an der 5-Milliliter-Marke in zwei Teile schneiden und die obere Hälfte entsorgen.Die Röhrchen können mit Parafilm oder mit dem Röhrchenverschluss verschlossen werden. Während des Aufbaus sollten die Röhrchen in einem Röhrchenständer so positioniert werden, dass die Ator-Sonde etwa 0,5 bis 1 cm über dem Boden des Röhrchens steht.Stellen Sie sicher, dass die Sonde zentriert ist und die R&ouml;hrenwand nicht ber&uuml;hrt, um Schaumbildung der L&ouml;sung zu vermeiden. Sonozierte nun die Suspension sechs Mal f&uuml;r jeweils 20 Sekunden. Zwischen den Sonozierrunden sollte jede Probe in einem Eiswasserbad aufbewahrt werden, um die Schaumbildung zu verringern.Stellen Sie zunächst die Leistungsabgabe auf null ein und erhöhen Sie diese dann manuell auf die endgültige Leistung während des ersten Pulses. Nach einer gewissen Einwirkzeit überführen Sie das Material in ein 1,5-Milliliter-Gefäß und zentrifugieren es 10 Minuten bei 13.000 U/min und 4 Grad Celsius. Um den Pellet mit dem Zelltrümmer zu erhalten und die sna zu gewinnen.Überführen Sie das SINA in ein neues 1,5-Milliliter-Röhrchen. Heben Sie 50 Mikroliter des Zelllysats von jeder Probe als Input-DNA auf. Dies wird später verwendet, um die Größe des gemeinsamen Chromatins zu überprüfen.Dies kann bei minus 20 Grad Celsius gelagert werden. Pro Charge des beschallten Lysats sollte mindestens ein Aliquot der Eingabe-DNA aufbewahrt werden. Nun sind wir bereit, das Chromatin durch Immunpräzipitation anzureichern, um das Chromatin anzureichern.Fügen Sie zunächst das Chromatinäquivalent von 50 bis 100 Millionen Zellen aus dem im vorherigen Schritt gesammelten Sating zu 50 µL Antikörper-Magnetpartikel-Mischung, die zuvor hergestellt wurde, hinzu, sodass sich ein Endvolumen von einem Milliliter ergibt. Gegebenenfalls kann dieses Volumen mit Lysepuffer invertiert angepasst werden, um eine Resuspension zu ermöglichen. Die Partikel inkubieren diese Mischung über Nacht auf dem Mutator bei vier Grad Celsius.Nach der Inkubation sammeln Sie die Kügelchen mit dem Dyl-MPC, indem Sie die Röhrchen in das Gestell stellen und die Kügelchen an der Röhrchenwand abscheiden lassen. Dies sollte anschließend etwa 20 Sekunden dauern. Klopfen Sie das Gestell zweimal leicht an, um sicherzustellen, dass sich alle Kügelchen gesammelt haben.Entfernen Sie anschließend den Überstand mit einer Pipette, wobei zwischen den Proben die Spitzen gewechselt werden. Als Nächstes müssen die Perlen gewaschen werden. Dazu fügen Sie je ein Milliliter Lysepuffer zu jedem Röhrchen hinzu und resuspendieren die Perlen vorsichtig.Dies kann durch Entfernen des Magneten vom Rack und durch 10 bis 20faches Umstülpen des Racks mit den darin befindlichen Reaktionsgefäßen oder bis zur gleichmäßigen Rückaufschlämmung der Partikel erfolgen. Danach sammeln Sie die Partikel durch Wiedereinsetzen des Magneten. Entfernen Sie die Flüssigkeit mittels Pipette.Wiederholen Sie diese Waschung drei bis fünf weitere Male. Denken Sie daran, zwischen den Waschungen die Spitzen zu wechseln. Waschen Sie die Kügelchen anschließend vier bis sechs Mal in einem Milliliter IP1-Puffer, wie gerade beschrieben.Danach die Kügelchen ebenso vier bis sechs Mal mit je einem Milliliter IP2-Puffer waschen. Zum Schluss die Kügelchen vier bis sechs Mal mit je einem Milliliter TE-Puffer, pH 8,0, waschen, wie bei den anderen Waschungen durchgeführt. Nach der letzten Waschung den TE-Puffer entfernen.Jetzt dreimal Sieben Minuten bei drei Grad Celsius mit 3000 U/min zentrifugieren, um jeglichen Rest an TE-Puffer zu entfernen. Die Kügelchen sind nun bereit für die Elution, um das Chromatin zu gewinnen. Geben Sie zunächst 210 Mikroliter Elutionspuffer hinzu und eluieren Sie das Material von den Kügelchen, indem Sie die Röhrchen 15 Minuten oder bis zu 30 Minuten in einem thermischen Mischer bei 65 Grad Celsius und 800 U/min inkubieren, um die Ausbeute der Eluate zu verbessern.Zentrifugieren Sie die Kügelchen bei 13.000 U/min für eine Minute. Nach der Zentrifugation entfernen Sie 200 Mikroliter der S-Nain-Fraktion und überführen sie in ein neues Röhrchen. Geben Sie anschließend 200 Mikroliter TE 0,0 hinzu. Nun sind Ihre Proben bereit für CROs, um die reversen Vernetzungen der präzipitierten DNA durchzuführen.Inkubieren Sie das Überstand in einem Wasserbad mit 65 Grad Celsius für mindestens sechs Stunden und maximal 15 Stunden. Diese Inkubation kann in einem Wasserbad durchgeführt werden, um Kondensation zu minimieren. Danach folgen Sie der 50 Mikroliter Eingabe-DNA.Dies wurde reserviert, nachdem die Reverse-Vernetzung der Input-DNA nach der Sonikation durch Inkubation bei 65 Grad Celsius erfolgte, wie zuvor mit dem Eluat durchgeführt. Nun sind wir bereit, die DNA zu reinigen. Die DNA wird anschließend mittels Phenol-Chloroform-Extraktion gereinigt und anschließend durch Ethanolpräzipitation angereichert.Die präzipitierten DNA-Pellets werden in Wasser resuspendiert und können dann bei minus 20 Grad Celsius gelagert werden. Zur späteren Verwendung kann die gereinigte Input-DNA in einem Agarose-Gel laufen, um die Größe des geschnittenen Chromatins zu überprüfen. Ideal sollte das Fragment zwischen 250 und 750 Basen liegen.Wir haben Ihnen soeben gezeigt, wie man eine Chromatin-Immunpräzipitation aus menschlichen embryonalen Stammzellen durchführt. Bei der Durchführung dieses Experiments ist es wichtig, einen hochaffinen Antikörper für Chromatin im richtigen Größenbereich sowie Waschschritte mit hoher Stringenz zu verwenden. Das war's.Vielen Dank fürs Zuschauen und viel Erfolg bei Ihren Experimenten.

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Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Wir zeigen eine Chromatin-Immunopräzipitation (ChIP)-Methode, um Wechselwirkungen zwischen Faktoren bei Gewebe-spezifische Gene während oder nach dem Einsetzen der Gewebe-spezifische Gen-Expression in embryonalen Maus-Gewebe zu identifizieren. Dieses Protokoll sollte allgemein anwendbar für die Untersuchung von Gewebe-spezifische Genaktivierung, wie es während der normalen Embryonalentwicklung auftritt.

Chromatin Immunopräzipitation-Assay für Tissue-spezifische Gene mit Frühzeitige muriner Embryonen

Wir beschreiben eine robuste Methode zur Chromatinimmunpräzipitation mit primären T-Zellen. Die Methode basiert auf Standard-Ansätzen gegründet, nutzt aber einen bestimmten Satz von Bedingungen und Reagenzien, die Effizienz für begrenzte Mengen von Zellen einer zu verbessern. Wichtig ist, dass auf eine detaillierte Beschreibung des Datenanalysephase dargestellt.

Effiziente Chromatin Immunopräzipitation mit limitierende Mengen an Biomasse

Die Frage, wie Chromatin Regulierungsbehörden und Chromatin-Staaten betreffen das Genom in vivo ist der Schlüssel zum Verständnis, wie frühe Zellschicksal Entscheidungen werden in den sich entwickelnden Embryo gemacht. ChIP-Seq-die beliebteste Ansatz zur Chromatin Funktionen auf globaler Ebene, wird hier für Xenopus Embryonen beschrieben untersuchen.

Genomweite Snapshot von Chromatin Regulierungsbehörden und Staaten in<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryonen von ChIP-Seq

Eine Feinabstimmung Regulation der Gen-Transkription zugrunde liegt, embryonale Zellschicksal Entscheidung. Hier beschreiben wir Immunpräzipitationstests Chromatin verwendet epigenetischen Regulation sowohl der Herz Differenzierung von Stammzellen und kardialen Entwicklung von Mäuseembryos untersuchen.

Epigenetische Regulation der Herz Differenzierung von embryonalen Stammzellen und Gewebe

Hier beschreiben wir eine Chromatin Immunopräzipitation (ChIP) und ChIP-Seq Bibliothek Vorbereitung Protokoll zum globalen epigenomischen Profile aus Low-Fülle Huhn embryonalen Proben zu generieren.

Chromatin Immunopräzipitation (ChIP) Protokoll für Low-Fülle embryonalen Proben

Hier beschreiben wir eine optimierte Hochdurchsatz-ChIP-Sequenzierung Protokoll und rechnerische Analysen Pipeline für die Bestimmung der genomweiten Chromatin Zustand Muster von gefrorenen Tumorgewebe und Zell-Linien.

Eine integrierte Plattform für genomweite Kartierung von Chromatin Staaten mit hohem Durchsatz ChIP-Sequenzierung im Tumorgewebe

Hier beschreiben wir Methoden zum Ausführen von ChIP-Seq und CARIP-FF, einschließlich der Bibliothek Vorbereitung auf Next Generation Sequencing, global epigenomischen und Chromatin-assoziierter RNA zu generieren-Karten von ES-Zellen.

CARIP-Seq und ChIP-Seq: Methoden zur Ermittlung von Chromatin-assoziierter RNA und Protein-DNA-Wechselwirkungen in embryonale Stammzellen

Verordnung der Chromatin-Umgebung ist ein wesentlicher Prozess erforderlich für die ordnungsgemäße Genexpression. Hier beschreiben wir eine Methode zur Steuerung der Genexpression durch die Rekrutierung von Chromatin-modifizierende Maschinen Gen-spezifischen und reversibel.

Gentranskription durch Umleiten zellulären Maschinerie mit chemischen epigenetische Modifikatoren zu unterdrücken

Dieses Protokoll konzentriert sich auf die Chromatinpräparation aus tiefgefrorenem Gewebe und eignet sich für die Vernetzung der Chromatin-Immunpräzipitation (X-ChIP), gefolgt von einer quantitativen PCR-Analyse (X-ChIP-qPCR) oder einem Next-Generation-Sequencing-Ansatz (X-ChIP-seq).

Chromatinextraktion aus gefrorenem chimärem Lebergewebe für die Chromatin-Immunpräzipitationsanalyse

Dieses Protokoll beschreibt die Capture Hi-C-Methode, die verwendet wird, um die 3D-Organisation von megabasierten Zielgenomregionen mit hoher Auflösung zu charakterisieren, einschließlich der Grenzen topologisch assoziierender Domänen (TADs) und langreichweitiger Chromatininteraktionen zwischen regulatorischen und anderen DNA-Sequenzelementen.

Entschlüsselung der hochauflösenden 3D-Chromatinorganisation über Capture Hi-C

Lernen Sie die Chromatin-Immunopräzipitation zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen in humanen embryonalen Stammzellen. Diese Methode ermöglicht Einblicke in chromatinbedingte Regulationsmechanismen während der Differenzierung.

Chromatin Immunopräzipitation von humanen embryonalen Stammzellen

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