Robert A. Edwards Department of Biology San Diego State University Biography Publications Institution JoVE Articles Robert A. Edwards has not added a biography. If you are Robert A. Edwards and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Genomic Comparison of the Closely-Related Salmonella Enterica Serovars Enteritidis, Dublin and Gallinarum PloS One. 2015 | Pubmed ID: 26039056 Multidimensional Metrics for Estimating Phage Abundance, Distribution, Gene Density, and Sequence Coverage in Metagenomes Frontiers in Microbiology. 2015 | Pubmed ID: 26005436 RASTtk: a Modular and Extensible Implementation of the RAST Algorithm for Building Custom Annotation Pipelines and Annotating Batches of Genomes Scientific Reports. 2015 | Pubmed ID: 25666585 Microbial Taxonomy in the Post-genomic Era: Rebuilding from Scratch? Archives of Microbiology. Apr, 2015 | Pubmed ID: 25533848 Sequencing at Sea: Challenges and Experiences in Ion Torrent PGM Sequencing During the 2013 Southern Line Islands Research Expedition PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 25177534 Comparative Genomics of 274 Vibrio Cholerae Genomes Reveals Mobile Functions Structuring Three Niche Dimensions BMC Genomics. 2014 | Pubmed ID: 25096633 A Highly Abundant Bacteriophage Discovered in the Unknown Sequences of Human Faecal Metagenomes Nature Communications. 2014 | Pubmed ID: 25058116 Local Genomic Adaptation of Coral Reef-associated Microbiomes to Gradients of Natural Variability and Anthropogenic Stressors Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24982156 FOCUS: an Alignment-free Model to Identify Organisms in Metagenomes Using Non-negative Least Squares PeerJ. 2014 | Pubmed ID: 24949242 Wnt Signaling Directs a Metabolic Program of Glycolysis and Angiogenesis in Colon Cancer The EMBO Journal. Jul, 2014 | Pubmed ID: 24825347 Excited State Photoreaction Between the Indole Side Chain of Tryptophan and Halocompounds Generates New Fluorophores and Unique Modifications Photochemistry and Photobiology. Sep-Oct, 2014 | Pubmed ID: 24738707 Angiogenic Sprouting is Regulated by Endothelial Cell Expression of Slug Journal of Cell Science. May, 2014 | Pubmed ID: 24554431 The Cytokine IL-22 Promotes Pathogen Colonization by Suppressing Related Commensal Bacteria Immunity. Feb, 2014 | Pubmed ID: 24508234 The SEED and the Rapid Annotation of Microbial Genomes Using Subsystems Technology (RAST) Nucleic Acids Research. Jan, 2014 | Pubmed ID: 24293654 Microbial Genomic Taxonomy BMC Genomics. 2013 | Pubmed ID: 24365132 Combining De Novo and Reference-guided Assembly with Scaffold_builder Source Code for Biology and Medicine. 2013 | Pubmed ID: 24267787 Draft Genome Sequence of the Fish Pathogen Piscirickettsia Salmonis Genome Announcements. 2013 | Pubmed ID: 24201203 Probiotic Bacteria Reduce Salmonella Typhimurium Intestinal Colonization by Competing for Iron Cell Host & Microbe. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23870311 Circadian Clock Regulates the Host Response to Salmonella Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23716692 Explaining Microbial Phenotypes on a Genomic Scale: GWAS for Microbes Briefings in Functional Genomics. Jul, 2013 | Pubmed ID: 23625995 Multivariate Analysis of Functional Metagenomes Frontiers in Genetics. 2013 | Pubmed ID: 23579547 Structure and Function of a Cyanophage-encoded Peptide Deformylase The ISME Journal. Jun, 2013 | Pubmed ID: 23407310 A Bioinformatic Analysis of Ribonucleotide Reductase Genes in Phage Genomes and Metagenomes BMC Evolutionary Biology. 2013 | Pubmed ID: 23391036 Applying Shannon's Information Theory to Bacterial and Phage Genomes and Metagenomes Scientific Reports. 2013 | Pubmed ID: 23301154 Intracellular Trafficking of the KV1.3 Potassium Channel is Regulated by the Prodomain of a Matrix Metalloprotease The Journal of Biological Chemistry. Mar, 2013 | Pubmed ID: 23300077 SEED Servers: High-performance Access to the SEED Genomes, Annotations, and Metabolic Models PloS One. 2012 | Pubmed ID: 23110173 Reference-independent Comparative Metagenomics Using Cross-assembly: CrAss Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23074261 Real Time Metagenomics: Using K-mers to Annotate Metagenomes Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2012 | Pubmed ID: 23047562 Metabolic Trajectory of Cellular Differentiation in Small Intestine by Phasor Fluorescence Lifetime Microscopy of NADH Scientific Reports. 2012 | Pubmed ID: 22891156 Microfluidic PCR Combined with Pyrosequencing for Identification of Allelic Variants with Phenotypic Associations Among Targeted Salmonella Genes Applied and Environmental Microbiology. Oct, 2012 | Pubmed ID: 22885744 Sequencing of Seven Haloarchaeal Genomes Reveals Patterns of Genomic Flux PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22848480 Taxonomic and Functional Microbial Signatures of the Endemic Marine Sponge Arenosclera Brasiliensis PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22768320 Diversification of the Salmonella Fimbriae: a Model of Macro- and Microevolution PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22701679 Genome-wide Study of the Defective Sucrose Fermenter Strain of Vibrio Cholerae from the Latin American Cholera Epidemic PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22662140 MiR-23a Promotes the Transition from Indolent to Invasive Colorectal Cancer Cancer Discovery. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22628407 PhiSpy: a Novel Algorithm for Finding Prophages in Bacterial Genomes That Combines Similarity- and Composition-based Strategies Nucleic Acids Research. Sep, 2012 | Pubmed ID: 22584627 Genome Sequences of the Ethanol-tolerant Lactobacillus Vini Strains LMG 23202T and JP7.8.9 Journal of Bacteriology. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22582376 Genome Sequence of the Bacterioplanktonic, Mixotrophic Vibrio Campbellii Strain PEL22A, Isolated in the Abrolhos Bank Journal of Bacteriology. May, 2012 | Pubmed ID: 22535939 Muscle Sarcomas and Alopecia in A/J Mice Chronically Treated with Nicotine Life Sciences. Nov, 2012 | Pubmed ID: 22521759 Entwurf-Genom-Sequenz Von Garnelen Erreger Vibrio Harveyi CAIM 1792 Journal of Bacteriology. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22461546 Zink-Sequestrierung Durch Den Neutrophil Protein Calprotectin Erhöht Die Salmonellen Wachstum Im Entzündeten Darm Cell Host & Microbe. Mar, 2012 | Pubmed ID: 22423963 PhiSiGns: an Online Tool to Identify Signature Genes in Phages and Design PCR Primers for Examining Phage Diversity BMC Bioinformatics. 2012 | Pubmed ID: 22385976 TNF-α Induziert Up-Regulierung Des EGFR Ausdruck Und Körpersprache Menschlichen Kolon Myofibroblasts American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Feb, 2012 | Pubmed ID: 22301110 Charakterisierung Der ELPhiS Prophage Von Salmonella Enterica Serovar Enteritidis Stamm LK5 Applied and Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22247173 PHACTS, Ein Computational Ansatz Zur Klassifizierung Des Lebensstils Der Phagen Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2012 | Pubmed ID: 22238260 Phage-Bakterien-Beziehungen Und Eine Durchgeführte Metagenomische-Umfrage Der Pansen Als Mikrobiom CRISPR-Elemente Environmental Microbiology. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22004549 Genom-Sequenz Von Menschlicher Erreger Vibrio Cholerae Amazonia Journal of Bacteriology. Oct, 2011 | Pubmed ID: 21952545 Zytokin-induzierte Veränderungen Des α7 Nikotinische Rezeptoren Im Kolon CD4 T-Zellen Vermitteln Dichotomen Reaktion Auf Nikotin in Murinen Modelle Von Th1/Th17-im Vergleich Zu Th2-vermittelte Ulcerosa Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Sep, 2011 | Pubmed ID: 21784975 Lipidstoffwechsel Mit Der Angeborenen Immunantwort in Makrophagen Durch Sterin Regulatorischen Element Binding Protein-1a Verknüpfen Cell Metabolism. May, 2011 | Pubmed ID: 21531336 Mutation Der NIMA-bezogene Kinase 1 (NEK1) Führt Zu Chromosomen-Instabilität Molecular Cancer. 2011 | Pubmed ID: 21214959 Zugriff Auf Die Datenbanken Für Saatgut Genom über Web Services API: Tools Für Programmierer BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20546611 Transposases Sind Die Am Häufigsten Vorkommenden, Allgegenwärtige Gene in Der Natur Nucleic Acids Research. Jul, 2010 | Pubmed ID: 20215432 Cancer Research. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20145124 Rinderserumalbumin Glutaraldehyd Für Völlig Nahtlose Laparoskopische Heminephrectomy in Einem überleben-Schweine-Modell Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2010 | Pubmed ID: 20059350 Lysogeny Und Sporenbildung in Bacillus Isolate Aus Dem Golf Von Mexiko Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2010 | Pubmed ID: 20008174 Die GAAS Durchgeführte Metagenomische Tool Und Seine Einschätzungen Des Viralen Und Mikrobiellen Durchschnittliche Genom-Größe in Vier Großen Biome PLoS Computational Biology. Dec, 2009 | Pubmed ID: 20011103 Epigenetische Repression Der DNA Fehlanpassung Reparatur Durch Entzündung Und Hypoxie Entzündliche Darm-Krankheit-verbundenen Dickdarmkrebs Cancer Research. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19638594 Durchgeführte Metagenomische Analyse Der Gestresste Korallen Holobionts Environmental Microbiology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19397678 Auswertung Der Ergebnisse Der Elektrochirurgischen Induzierte Darm Verletzungen Mit Gewebe Klebstoff Und Dichtstoff Gegenüber Genähter Reparatur in Einem Kaninchen-Modell Behandelt Journal of Endourology / Endourological Society. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19275489 Die 'Boje' Stent: Evaluierung Eines Prototyps Innewohnung Ureteric Stent in Einem Porcinen Modell BJU International. Jul, 2009 | Pubmed ID: 19154469 Vergleichende Untersuchung Der In-vivo Lymphatischen Abdichtung Fähigkeit Des Porcinen Thoracic Kanals Laparoskopische Dissektion Geräte Verwenden The Journal of Urology. Jan, 2009 | Pubmed ID: 19010491 Durchgeführte Metagenomische Analysen Zeigen, Dass Stressoren Produktion Von Herpes-artige Viren in Die Korallen Porites Compressa Induzieren Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19017800 Vergleichende Metagenomik Offenbart Host Spezifische Metavirulomes Und Horizontalen Gentransfer-Transfer-Elemente in Das Huhn Blinddarm Mikrobiom PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18698407 Knochenmark-Stammzellen Für Urologische Tissue-Engineering World Journal of Urology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18654786 Taxonomische Zusammensetzung Und Gen-Inhalt Einer Methan-produzierenden Mikrobiellen Gemeinschaft Isoliert Aus Einem Biogas-Reaktor Journal of Biotechnology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18611419 Virale Vielfalt Und Dynamik in Den Darm Eines Säuglings Research in Microbiology. Jun, 2008 | Pubmed ID: 18541415 Virale Gemeinschaften Gesund Und Bleichen Korallen Zugeordnet Environmental Microbiology. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18479440 Rolle Für Epitheliale Dysregulation Früh Beginnende Kolitis-assoziierte Dickdarmkrebs Gi2-Alpha-/-Mäusen Inflammatory Bowel Diseases. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18340649 Durchgeführte Funktionelle Metagenomische Profilerstellung Von Neun Biome Nature. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18337718 Vergleich Der Heilung Nach Cystotomy Und Reparatur Mit Fibrin Kleben Und Genähter Schließung Im Porcinen Modell Journal of Endourology / Endourological Society. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18315486 Artenvielfalt Und Biogeographie Der Phagen in Modernen Stromatoliten Und Thrombolites Nature. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18311127 Mikrobielle Ökologie Vier Korallen-Atollen in Der Northern Line Islands PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18301735 Phylogenetische Klassifikation Der Kurzen Umwelt DNA-Fragmente Nucleic Acids Research. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18285365 Der RAST-Server: Schnelle Anmerkungen Mit Subsysteme-Technologie BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18261238 Bakterielle Kohlenstoff Verarbeitung Durch Generalist Arten in Den Küstennahen Ozean Nature. Feb, 2008 | Pubmed ID: 18223640 Beweise Für Differenzierte Rollen Für NKG2D Rezeptor Signalisieren in Angeborenen Host Verteidigung Gegen Coronavirus-induzierte Neurologische Und Leber-Krankheit Journal of Virology. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18094157 Durchgeführte Metagenomische Und Klein-Untereinheit RRNA-Analysen Zeigen Die Genetische Vielfalt Der Bakterien, Archaeen, Pilze Und Viren Im Boden Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2007 | Pubmed ID: 17827313 Ausdruck Der CXC-Chemokine Ligand 10 Aus Die Maus-Hepatitis-Virus-Genom Führt Schutz Vor Virus-induzierte Neurologische Und Leber-Krankheit Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). Jul, 2007 | Pubmed ID: 17617609 Entwicklung Von Indol Chemie Bezeichnung Tryptophan-Rückständen in Protein Zur Bestimmung Von Tryptophan Oberfläche Zugänglichkeit Protein Science : a Publication of the Protein Society. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17525468 Verringerte MAPK - Und PGE2-abhängigen IL-11 Produktion in Gialpha2-/-Kolon Myofibroblasts American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Jun, 2007 | Pubmed ID: 17332478 Die Nationalen Mikrobielle Erreger Datenbankressource (NMPDR): Eine Genomics Plattform Basierend Auf Subsystem-Anmerkung Nucleic Acids Research. Jan, 2007 | Pubmed ID: 17145713 Die Marine Viromes Vier Ozeanischen Regionen PLoS Biology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 17090214 Neuartiger Gene in Bakteriellen Gemeinschaften Isoliert Aus Der Umgebung Zu Finden Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2006 | Pubmed ID: 16873483 Identifizierung Der Trichloroethanol Proteine Von Zweidimensionalen Polyacrylamidgele Von Massenspektrometrie Visualisiert Analytical Chemistry. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16579625 Pyrosequencing Verwenden, Um Licht in Tiefe Grube Mikrobielle Ökologie BMC Genomics. 2006 | Pubmed ID: 16549033 Eine Anwendung Von Statistiken Zur Vergleichenden Metagenomik BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 16549025 Differenzielle Rollen Für CXCR3 CD4 + Und CD8 + T Zelle Handel Nach Virusinfektion Des ZNS European Journal of Immunology. Mar, 2006 | Pubmed ID: 16479546 Niedrig-Molekulargewicht Protein-Tyrosin-Phosphatasen Von Bacillus Subtilis Journal of Bacteriology. Jul, 2005 | Pubmed ID: 15995210 Virale Metagenomik Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2005 | Pubmed ID: 15886693 Beeinträchtigte TGF-beta-Reaktionen in Peripheren T-Zellen Von G-alpha-i2-/ - Mäusen Journal of Immunology (Baltimore, Md. : 1950). May, 2005 | Pubmed ID: 15879107 In-vitro-Charakterisierung Der Bacillus Subtilis Protein-Tyrosin-Phosphatase YwqE Journal of Bacteriology. May, 2005 | Pubmed ID: 15866923 Mosaic Prophagen Mit Horizontal Erworbenen Gene-Konto Für Die Entstehung Und Diversifizierung Des Global Verbreitet M1T1 Klon Von Streptococcus Pyogenes Journal of Bacteriology. May, 2005 | Pubmed ID: 15866915 Robotic Radikale Prostatektomie: Eine Technik, Um PT2 Positive Margen Zu Reduzieren Urology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15596205 Sichtbares Fluoreszenzlicht Detektion Von Proteinen in Polyacrylamidgelen Ohne Färbung Analytical Biochemistry. Mar, 2004 | Pubmed ID: 14769330 Trp-999 Von Beta-Galaktosidase (Escherichia Coli) Ist Ein Schlüssel Für Die Bindung Rest, Der Katalyse Und Synthese Von Allolactose, Die Natürlichen Lac-Operon-Induktor Biochemistry. Feb, 2003 | Pubmed ID: 12578395 Die Lichtinduzierte Reaktionen Von Tryptophan Mit Halocompounds Photochemistry and Photobiology. Apr, 2002 | Pubmed ID: 12003125 Vergleichende Genomik Der Eng Verwandten Salmonellen Trends in Microbiology. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11827811 Visualisierung Von Proteinen in Polyacrylamidgelen Mit Ultraviolettem Licht Analytical Biochemistry. Feb, 2002 | Pubmed ID: 11811971 Phage Phenomics: Physiologische Ansätze zur Charakterisierung Novel virale Proteine Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Inmunología e infección
Phage Phenomics: Physiologische Ansätze zur Charakterisierung Novel virale Proteine Savannah E. Sanchez1, Daniel A. Cuevas2, Jason E. Rostron1, Tiffany Y. Liang3, Cullen G. Pivaroff1, Matthew R. Haynes1, Jim Nulton4, Ben Felts4, Barbara A. Bailey4, Peter Salamon4, Robert A. Edwards1,5,6, Alex B. Burgin7, Anca M. Segall1, Forest Rohwer1 1Department of Biology, San Diego State University, 2Computational Science Research Center, San Diego State University, 3Bioinformatics and Medical Informatics Research Center, San Diego State University, 4Department of Mathematics and Statistics, San Diego State University, 5Department of Computer Science, San Diego State University, 6Mathematics and Computer Science Division, Argonne National Laboratory, 7SPARC Committee, Broad Institute Inmunología e infección