Se presenta un método para la generación de cDNA a partir del ARNm del medio ambiente. En general, el ARN total se recogen la primera del medio ambiente, se elimina selectivamente rRNA, mRNA se amplifica de forma selectiva, y cDNA sintetizado a partir de la piscina es la secuencia de ARNm enriquecido. Secuencias recuperadas se pueden anotar utilizando las técnicas de bioinformática para identificar los genes que se expresan.
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Artículo de método
El análisis de la expresión génica de las comunidades microbianas marinas con Transcriptómica Ambiental
En este artículo
Resumen
Resumen
Análoga a la metagenómica, la transcriptómica del medio ambiente (metatranscriptomics) recupera y las secuencias de ARNm del medio ambiente a partir de un conjunto microbiana sin conocimiento previo de lo que los genes de la comunidad puede expresar. Por lo tanto, ofrece la perspectiva más imparcial en la expresión de genes de la comunidad
Protocolo
Trabajar con ARN
Debido a RNasas son ubicuos y ARNm se degrada rápidamente, las precauciones estándar para trabajar en un ambiente libre de ribonucleasa se deben seguir y las muestras deben ser procesadas o en conserva tan pronto como sea posible después de la recolección.
Parte 1: Colección Ambiental de ARN (diseñado para recoger la biomasa en la fracción de tamaño de 0,2 a 3,0 micras)
Material necesario:
Masterflex tubería
Bomba peristáltica
3 m de alto volumen de filtro plisado cápsula
0,22 m Supor o 142 mm de policarbonato filtro
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Discusión
La investigación de la expresión génica de las comunidades microbianas naturales se ha vuelto común en los últimos años como un medio para explorar los roles y funciones ecológicas de los microorganismos. Utilizado en combinación con la detección, cuantificación y caracterización de microorganismos marinos, análisis de expresión génica puede ser utilizado para conectar la filogenia de funcionar en las comunidades microbianas naturales. Muchas de las técnicas para dirigir la expresión de genes funcionales se basan en son.......
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Agradecimientos
El financiamiento fue proporcionado por la Gordon and Betty Moore Foundation y subvenciones de la National Science Foundation MCB-0702125.
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios | |
|---|---|---|---|---|
| Tubos de bolas PowerSoil | kit | MoBio | 12866-25-PBT | |
| Kit RNeasy Mini | kit | Qiagen | 74104 | |
| TURBO DNA-free | kit | Ambion | AM1907 | |
| Kit de aislamiento de mRNA procariota mRNA-ONLY | kit | Epicentre Biotechnologies | MOP51010/MOP51024 | |
| Kit de enriquecimiento de mRNA bacteriano MICROBExpress | kit | Ambion | AM1905 | |
| Kit MICROBEnrich | kit | Ambion | AM1901 | |
| Kit de amplificación de ARN bacteriano MessageAmp II-Bacteria | kit | Ambion | AM1790 | |
| Sistema universal de síntesis de ADNc RiboClone | kit | Promega Corp. | C4360 | |
| Sistema de purificación de ADN Wizard | kit | Promega Corp. | A7280 |
Referencias
- Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).
- Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).
- Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).
- Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).
- Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).
- Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).
- Poretsk....
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Reimpresiones y permisos
