Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua.
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Artículo de método
Volumen pequeño (1-3L) Filtración de muestras de agua marina costera
En este artículo
Resumen
Resumen
El flujo de trabajo comienza con la recolección de las aguas marinas costeras de la comunidad microbiana abajo, análisis de gases en nutrientes y oligoelementos. Para las muestras de la manifestación de hoy s se obtuvieron de la cubierta de la operación HMS John Strickland en Saanich Inlet. Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua. El protocolo es una extensión del protocolo de muestreo a gran volumen se describió anteriormente, con una diferencia importante: aquí no hay paso de pre-filtración, por lo que todas las clases de tamaño de la biomasa se recogen hasta los 0,22 m de corte del filtro. Las muestras recogidas de esta manera son ideales para el análisis de ácidos nucleicos. Pasos de la instalación, filtración y limpieza de cada toma unos 20-30 minutos. Si se usan dos bombas peristálticas de forma simultánea, hasta 8 muestras pueden ser filtrados al mismo tiempo. Para prevenir la formación de biofilm entre los viajes de muestreo, todo el equipo de filtración debe ser enjuagado con HCl diluido y agua destilada y autoclave inmediatamente después del uso.
Protocolo
- Puesta en marcha de aparatos de filtración
- Antes de filtrar, primero limpie la condensación de las botellas llenas y pesarlos
- Coloque una bandeja de autoclave en un lado de la bomba, y el frasco de residuos en el otro.
- A continuación, coloque una botella de muestra completa en la bandeja de autoclave, sin embargo, no quite la tapa de la botella todavía.
- Pase el tubo a través de la bomba peristáltica para que el extremo luer del tubo está en el frasco.
- Con unas pinzas, retirar el algodón de una pipeta estéril de 25 ml, y adjuntar la pipeta en el otro extremo de la tubería.
- Filtración de agua....
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Discusión
Es imprescindible para limpiar los bancos y las bombas con una toalla húmeda después de cada uso para eliminar cualquier rastro persistente de agua salada que de otra manera corroer el equipo. Aunque el procedimiento es simple, el tiempo requerido puede ser extensa en función de la concentración de la biomasa o los residuos de la muestra que se filtra.
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Nos gustaría agradecer a la Fundación Canadiense para la Innovación, el British Columbia Fondo de Desarrollo de conocimientos y el Nacional de Ciencias e Ingeniería de Investigación (NSERC) de Canadá para apoyar los estudios en curso en las regiones de bajo nivel de oxígeno de las aguas oceánicas costeras y abiertas. DAW fue apoyado por becas de NSERC, Killam y la Fundación Centro TULA financiado por la diversidad microbiana y la evolución.
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Bomba peristáltica | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | |
| Tubo Tygon LFL | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | Para el aparato de filtración |
| Abrazaderas para manguera | Cole-Parmer | 0683204 | Para el aparato de filtración |
| Adaptadores de tubo de 1/4” x 3/16” | Cole-Parmer | 31702-20 | Para el aparato de filtración |
| Soporte de prefiltro de polipropileno | ADVANTEC | 501200 | Para el aparato de filtración |
| Conector metálico luer (extremo de manguera a luer macho con bloqueo) | Cole-Parmer | 31507-27 | Para el aparato de filtración |
| Imanes de 2“ | Para el aparato de filtración | ||
| Tapas de garrafa de 3 vías | Para el aparato de filtración | ||
| Filtros GV 0.22 μm STERIVIX | EMD Millipore | SVGV01R5 | |
| Filtros GF/D de 47 mm de diámetro y 2.7 μm | Whatman, GE Healthcare | 1823047 | |
| Tampón de lisis | 0.75 M sacarosa, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | ||
| HCl al 0.1 % | Para enjuague posterior a la filtración | ||
| Agua autoclavada | Para enjuague posterior a la filtración |
Reimpresiones y permisos
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