Name: Volumen pequeño (1-3L) Filtración de muestras de agua marina costera (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Aprende a filtrar volúmenes pequeños de agua marina costera para recolectar biomasa microbiana. Este método permite estudiar la diversidad microbiana marina y analizar comunidades de microorganismos en ecosistemas costeros.

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Nos gustaría agradecer a la Fundación Canadiense para la Innovación, el British Columbia Fondo de Desarrollo de conocimientos y el Nacional de Ciencias e Ingeniería de Investigación (NSERC) de Canadá para apoyar los estudios en curso en las regiones de bajo nivel de oxígeno de las aguas oceánicas costeras y abiertas. DAW fue apoyado por becas de NSERC, Killam y la Fundación Centro TULA financiado por la diversidad microbiana y la evolución.

<ol><li> Puesta en marcha de aparatos de filtración <ol><li> Antes de filtrar, primero limpie la condensación de las botellas llenas y pesarlos </li><li> Coloque una bandeja de autoclave en un lado de la bomba, y el frasco de residuos en el otro. </li><li> A continuación, coloque una botella de muestra completa en la bandeja de autoclave, sin embargo, no quite la tapa de la botella todavía. </li><li> Pase el tubo a través de la bomba peristáltica para que el extremo luer del tubo está en el frasco. </li><li> Con unas pinzas, retirar el algodón de una pipeta estéril de 25 ml, y adjuntar la pipeta en el otro extremo de la tubería. </li></ol></li><li> Filtración de agua de mar <ol><li> Para empezar a filtrar el agua de mar, abrir la botella e insertar la pipeta. Encienda la bomba y ajustar la velocidad de flujo a 1. Reloj para asegurar que el agua se bombea en la dirección correcta. </li><li> Permitir ~ 100 ml de agua pase a través del tubo entero. </li><li> Apague la bomba y coloque un filtro Sterivex a la conexión luer macho en el extremo libre de la tubería. </li><li> Continuar el filtrado hasta que no quede agua en las botellas. </li></ol></li><li> El almacenamiento de filtros <ol><li> Para almacenar los filtros, en primer lugar expulsar cualquier resto de agua con una jeringa de 30-60. </li><li> Selle la parte inferior del filtro Sterivex con Parafilm. Con una pipeta, añadir 1,8 ml de solución amortiguadora de lisis del filtro, manteniendo ~ 200 ul de espacio en el filtro para la adición posterior de los reactivos. </li><li> Luego, selle la parte superior del filtro Sterivex con un pequeño trozo de Parafilm, y la etiqueta de los filtros con la fecha y la identificación de la muestra. </li><li> Almacenar los filtros de pre-etiquetados tubos Falcon de 50 ml a -80 ° C </li></ol></li><li> Limpiar <ol><li> Inserte la pipeta de 25 ml en un matraz que contenía 0,1% de HCl, y el interruptor de la bomba. </li><li> Después del lavado HCl, enjuague el tubo con agua esterilizada. Por último, medir y registrar la masa de las botellas de 1 litro vacía con el fin de calcular el volumen de agua que pasa por el filtro. </li></ol></li></ol> Resultados representante: Cada muestra de agua de 1 L rinde un Sterivix filtro, que contiene la biomasa mayor de 0,22 micras. Esto se almacena en buffer de lisis para la extracción de ADN y posterior análisis. El resultado final consiste en un filtro de Sterivix por botella de 1 litro almacenados en buffer de lisis y listo para la extracción de ADN. El filtro contiene la biomasa mayor de 0,22 micras. Los filtros pueden ser almacenadas a -80 ° C antes de la extracción Edna.

Los autores no tienen nada que revelar.

Es imprescindible para limpiar los bancos y las bombas con una toalla húmeda después de cada uso para eliminar cualquier rastro persistente de agua salada que de otra manera corroer el equipo. Aunque el procedimiento es simple, el tiempo requerido puede ser extensa en función de la concentración de la biomasa o los residuos de la muestra que se filtra.

<table><tbody><tr><td>Bomba peristáltica</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tubo Tygon LFL</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Abrazaderas para manguera</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Adaptadores de tubo de 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Soporte de prefiltro de polipropileno</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Conector metálico luer (extremo de manguera a luer macho con bloqueo)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Imanes de 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Tapas de garrafa de 3 vías</td><td></td><td></td><td>Para el aparato de filtración</td></tr><tr><td>Filtros GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtros GF/D de 47 mm de diámetro y 2.7 &amp;mu;m</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Tampón de lisis</td><td></td><td></td><td>0.75 M sacarosa, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>HCl al 0.1 %</td><td></td><td></td><td>Para enjuague posterior a la filtración</td></tr><tr><td>Agua autoclavada</td><td></td><td></td><td>Para enjuague posterior a la filtración</td></tr></tbody></table>

volumen pequeño (1-3l) filtración de muestras de agua marina costera

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

El flujo de trabajo comienza con la recolección de las aguas marinas costeras de la comunidad microbiana abajo, análisis de gases en nutrientes y oligoelementos. Para las muestras de la manifestación de hoy s se obtuvieron de la cubierta de la operación HMS John Strickland en Saanich Inlet. Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua. El protocolo es una extensión del protocolo de muestreo a gran volumen se describió anteriormente, con una diferencia importante: aquí no hay paso de pre-filtración, por lo que todas las clases de tamaño de la biomasa se recogen hasta los 0,22 m de corte del filtro. Las muestras recogidas de esta manera son ideales para el análisis de ácidos nucleicos. Pasos de la instalación, filtración y limpieza de cada toma unos 20-30 minutos. Si se usan dos bombas peristálticas de forma simultánea, hasta 8 muestras pueden ser filtrados al mismo tiempo. Para prevenir la formación de biofilm entre los viajes de muestreo, todo el equipo de filtración debe ser enjuagado con HCl diluido y agua destilada y autoclave inmediatamente después del uso.

Este video documenta pequeño volumen (aproximadamente 1 L) de filtración de la biomasa microbiana de la columna de agua.

Volumen pequeño (1-3L) Filtración de muestras de agua marina costera

El flujo de trabajo comienza con la recolección de aguas marinas costeras para los análisis posteriores de la comunidad microbiana, nutrientes y gases traza. Para el día de hoy...

Hola, soy David Walsh del Laboratorio de Steven Hallam en el Departamento de Microbiología e Inmunología de la Universidad de Columbia Británica. Hoy les mostraré un procedimiento para filtrar pequeños volúmenes de agua de mar con el fin de obtener biomasa microbiana. Utilizamos este procedimiento en nuestro laboratorio para estudiar la diversidad microbiana en el ambiente marino.Así que comencemos. Antes de filtrar, elimine cualquier condensación de las botellas llenas y péselas. Coloque un recipiente para autoclave a un lado de la bomba y el matraz de desecho dentro de un recipiente para autoclave al otro lado.Luego, coloque un frasco completo con la muestra en el contenedor del autoclave. Sin embargo, aún no retire la tapa del frasco. Pase el tubo a través de la bomba peristáltica de modo que el extremo del tubo que atrae esté dentro del vaso de precipitados.Utilizando pinzas, retire el algodón de una pipeta estéril de 25 mililitros y conecte la pipeta al otro extremo del tubo. Para comenzar a filtrar agua de mar, abra la botella e introduzca la pipeta. Encienda la bomba y ajuste la velocidad de flujo a un reloj para asegurarse de que el agua se esté bombeando en la dirección co

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Investigación

JoVE Journal

Biology

Biología

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El agua de mar de muestreo y recolección

Este volumen de vídeo documentos de gran tamaño (≥ 20 L) de filtración de la biomasa microbiana, que oscilan entre 0.22μm y 2.7μm de diámetro, desde la columna de agua.

De gran volumen (20 litros +) Filtración de muestras de agua marina costera

Aquí, presentamos un protocolo integral para evaluar la disponibilidad de nutrientes orgánicos e inorgánicos y la abundancia y estructura de las comunidades microbianas y virales en entornos marinos remotos.

Desentrañar los jugadores invisibles en el Océano - Guía de Campo a la química del agua y Microbiología Marina

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Automatizado Gel Tamaño Selección para mejorar la calidad de las bibliotecas de secuenciación de próxima generación Preparado a partir de muestras de agua del medio ambiente

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VacuSIP, un método mejorado para InEx<em&gt; In Situ</em&gt; Medición de las partículas y compuestos disueltos procesada por Alimentadores Active Suspension

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Un aparato de múltiples capas ultra limpio para recoger plancton marino tamaño fraccionado y partículas en suspensión

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Muestreo, clasificación y caracterización de Microplastics en ambientes acuáticos con cargas de sedimento en suspensión alta y basura flotante grande

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Determinación de clases totales de lípidos y lípidos en muestras marinas

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Aprende a filtrar volúmenes pequeños de agua marina costera para recolectar biomasa microbiana. Este método permite estudiar la diversidad microbiana marina y analizar comunidades de microorganismos en ecosistemas costeros.

Volumen pequeño (1-3L) Filtración de muestras de agua marina costera

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