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Extracción de miRNA: un método para extraer miRNA de una muestra de plasma

30 de abril de 2023

En este artículo

Resumen

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Fuente: Mensah, M. et. al., Biopsia líquida basada en microARN: la experiencia del clasificador de firmas de miARN (MSC) de plasma para el cribado del cáncer de pulmón. J. Vis. Exp. (2017).

Los microRNAs (miRNAs) son ARNs específicos de tejidos, pequeños, no codificantes, que regulan la expresión génica, y podrían representar candidatos ideales para la detección temprana del cáncer de pulmón. En el protocolo presentado, aislaremos microARN de muestras de sangre de pacientes para la detección temprana del cáncer de pulmón.

Protocolo

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1. Recolección de muestras de plasma

  1. Recoja 10 mL de muestra de sangre total en tubos Vacutainer con K2EDTA recubierto con aerosol y almacene a temperatura ambiente.
    nota: Para minimizar la hemólisis, separe el plasma dentro de las 2 h. No almacene la sangre entera a baja temperatura (es decir, 4 °C) para evitar el choque térmico y la lisis celular que conducen a una liberación inespecífica de miARN.
  2. En 1 h, separar el plasma en una primera etapa de centrifugación a 1.258 x g y 4 °C durante 10 min.
  3. Transfiera el sobrenadante plasmático a un tubo de 15 mL, evitando cuidadosamente el contacto con el anillo linfocítico.
  4. Centrifugar el plasma por segunda vez a 1.258 x g y 4 °C durante 10 min.
  5. Alícuota 1 mL de plasma en crioviales de 1,5 mL, evitando recoger la fracción plasmática en la base del tubo.
  6. Almacene todas las alícuotas a -80 °C, excepto una para la evaluación de la hemólisis. El análisis molecular debe realizarse en un plazo de 5 semanas.

2. Extracción de ARN total por plasma

  1. Prepare una solución de 1-tioglicerol/homogeneización (OMG) con 20 μl de 1-tioglicerol por ml de solución de homogeneización. Dado que el 1-tioglicerol es viscoso, pipetee cuidadosamente para una medición precisa. Enfríe la solución OMG en hielo o a 2-10 °C antes de usarla.
    nota: La solución de trabajo es estable a 2-10 °C durante 1 mes.
  2. Suspenda la DNasa I liofilizada añadiendo 275 μL de agua sin nucleasas en el vial y mezcle suavemente (no haga vórtice). Como ayuda visual, añada 5 μL de colorante azul a la DNasa I reconstituida y dispense la solución en alícuotas de un solo uso en tubos sin nucleasa. Almacene la DNasa I reconstituida a una temperatura de -30 °C a -10 °C.
  3. A partir de 200 μL de plasma, agregue 200 μL de la solución OMG refrigerada.
  4. Vórtice 15-30 s para asegurar una homogeneización completa. Si se produce espuma, deje que la muestra se asiente sobre hielo.
  5. Añadir 200 μL de tampón de lisis y 25 μL de proteinasa K a la muestra homogeneizada y al vórtice durante 20 s.
  6. Incubar las muestras durante 15 min en una batidora precalentada a 37 °C.
  7. Cargue un cartucho para cada muestra en la bandeja de la cubierta del instrumento y coloque el tapón en la posición correcta.
  8. Transfiera el lisado a la posición adecuada en el cartucho del instrumento.
  9. Añada 5 μL de solución de DNasa I en la posición correcta del cartucho.
  10. Añadir 60 μL de agua libre de nucleasas a la base de cada tubo de elución.
  11. Seleccione el método "RSC miRNA Tissue" y comience la ejecución de purificación automatizada. Las muestras totales de ARN se pueden almacenar a -80 °C.

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Divulgaciones

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No se han declarado conflictos de interés.

Materiales

Lista de materiales utilizados en este artículo
NombreEmpresaNúmero de catálogoComentarios
1x PBS Lonza BE-17-516
Tampón 20xTE, pH 8.0 Sonda molecularT11493Diluir la solución madre 20X para obtener la concentración final de 0,1X en agua libre de nucleasas
Agua libre de nucleasas
Kit de tejido de miARN Maxwell RSC PromegaAS1460El kit contiene solución de homogeneización, DNasa I, proteinasa K, tampón de lisis y cartuchos. En el caso del 1-tioglicerol, se debe evitar la inhalación y el contacto con la piel y los ojos. Úselo debajo de un gabinete de gases.
Vacutainer Safety-Lock Set de Extracción de Sangre Becton Dickinson367286-364815
Mezclador de vórtice Velp ScientificaF202A0173
Agitador en T ThermoMixer EuroclonA00564Lleve el termomezclador a 37 °C antes de iniciar la extracción de ARN
Instrumento Maxwell RSC PromegaAS4500
Viales criogénicos de 1,5 ml Sigma-AldrichZ359033

Reimpresiones y permisos

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Etiquetas

Centrifugaci n de sangreaislamiento de ARNextracci n de cidos nucleicostratamiento con proteinasa Ksoluci n de DNasa 1extractor autom ticopurificaci n de miARNcribado del c ncer de pulm n

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