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Artículo de método

Aislamiento de núcleos de tejidos frescos congelados de glioma: un método para obtener núcleos intactos a partir de muestras de tumores de glioma

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30 de abril de 2023

En este artículo

Resumen

Fuente: Narayanan, A. et al. Aislamiento de núcleos de tumores cerebrales frescos congelados para RNA-seq de un solo núcleo y ATAC-seq. J. Vis. Exp. (2020)

Este video describe el protocolo para aislar núcleos individuales de tejido de glioma fresco congelado. Los núcleos individuales aislados se pueden utilizar como muestras para técnicas de secuenciación como la secuenciación de ARN de un solo núcleo (snRNA) y el ensayo de un solo núcleo para la secuenciación de cromatina accesible a la transposasa (snATAC) para obtener una visión más profunda de la heterogeneidad inter e intratumoral observada en el glioma de los tejidos nerviosos centrales.

Protocolo

1. Disección y disociación de tejidos

  1. Transfiera una muestra de tejido fresco congelado (10-60 mg) a una placa de Petri preenfriada. Picar el pañuelo fresco congelado con una cuchilla de afeitar en trozos pequeños con hielo.
  2. Añada 500 μL de tampón de lisis de núcleos refrigerados a un tubo de 1,5 mL preenfriado. Coloque las piezas de tejido en el tubo de 1,5 mL que contiene el tampón de lisis de núcleos y transfiéralas a un Douncer (Tabla de Materiales).
    nota: Hay dos morteros homogeneizadores Dounce: mortero "suelto" o "A" para la reducción inicial de la muestra y mortero....

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Divulgaciones

No se han declarado conflictos de interés.

Materiales

Lista de materiales utilizados en este artículo
NombreEmpresaNúmero de catálogoComentarios
2-Mercaptoetanolsigma M6250
CaCl2 sigma 21115-100ML
EDTA (0,5 M) Termo Científico R1021
Tubos de centrífuga cónicos Falcon de 15 mL Fisher Científico352096
MACS SmartStrainers (100 μm) Miltenyi Biotec 130-098-463
Mg(Ac)2 sigma 63052-100ML
NP-40 Abcam AB142227
Kit de aislamiento de núcleos: Nuclei EZ Prep sigma NUC101-1KT
Tubos de bloqueo seguro de 1,5 mL Eppendorf 30120086
Tubos de bloqueo seguro 2.0 mL Eppendorf 30120094
sacarosa sigma S0389
Puntas de pipeta de diámetro ancho (1000 μL) Themo Fisher Científico 2079GPK

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