Se ha desarrollado un protocolo para superar las dificultades de aislamiento y caracterización de linfocitos T raros específicos para patógenos, como el virus del papiloma humano (VPH), que causan infecciones localizadas. Los pasos implicados consisten en identificar la(s) región(es) de las proteínas del VPH que contienen epítopo(s) para linfocitos T a partir de un sujeto, seleccionar los linfocitos T específicos para el péptido basándose en la secreción de interferón-γ (IFN-γ) y cultivar y caracterizar los clones de linfocitos T (Fig. 1). El sujeto 1 era un paciente recientemente diagnosticado con una lesión intraepitelial escamosa de alto grado mediante biopsia y que se sometió a una escisión electroquirúrgica con asa para su tratamiento el mismo día en que se recolectaron los linfocitos T1. Se identificó una región dentro de las proteínas E6 y E7 del virus del papiloma humano tipo 16 (VPH 16) que contenía un epítopo para linfocitos T, utilizando un ensayo ELISPOT (enzima inmunoensayo con detección de placas) para IFN-γ realizado con péptidos sintéticos superpuestos (Fig. 2). Los datos de este ensayo se utilizaron no solo para identificar una región que contenía un epítopo para linfocitos T, sino también para estimar el número de linfocitos T específicos para el epítopo y para aislarlos en función de la secreción de IFN-γ mediante microperlas magnéticas comercialmente disponibles (kit de aislamiento de linfocitos T CD8, Miltenyi Biotec, Auburn CA). Los linfocitos T seleccionados que secretaban IFN-γ se diluyeron y cultivaron individualmente en presencia de una mezcla de células alimentadoras irradiadas para favorecer el crecimiento de un solo linfocito T por pocillo. Estos clones de linfocitos T se cribaron mediante un ensayo ELISPOT para IFN-γ en presencia de péptidos que cubrían la región identificada y células B linfoide transformadas por el virus de Epstein-Barr autólogas (LCLs, obtenidas como se describe en Walls y Crawford)2, con el fin de minimizar el número de células del clon de linfocitos T necesarias. En lugar de utilizar 1 x 105 células por pocillo, cantidad típicamente empleada en ensayos ELISPOT1,3, se utilizaron 1.000 células del clon de linfocitos T en presencia de 1 x 105 LCLs autólogas, reduciendo drásticamente el número de células del clon de linfocitos T necesarias. Las LCLs autólogas sirvieron no solo para presentar antígenos peptídicos a las células del clon de linfocitos T, sino también para mantener una alta densidad celular en los pocillos, lo que permitió a las células del clon de linfocitos T específicas para el epítopo secretar IFN-γ. Esto asegura el correcto funcionamiento del ensayo ELISPOT para IFN-γ. De manera similar, se utilizaron ensayos ELISPOT para IFN-γ para caracterizar la secuencia aminoacídica mínima y óptima del epítopo para linfocitos T CD8 (VPH 16 E6 52-61 FAFRDLCIVY) y su elemento de restricción de clase I del HLA (B58). También se realizó el ensayo ELISPOT para IFN-γ utilizando LCLs autólogas infectadas con virus vaccinia que expresaban la proteína E6 o E7 del VPH 16. El resultado demostró que el epítopo para linfocitos T E6 fue procesado endógenamente. Se mostró el reconocimiento cruzado del epítopo homólogo de linfocitos T de otros tipos de VPH de alto riesgo. Este método también puede utilizarse para describir epítopos para linfocitos T CD44.