Análisis de la transcripción por microscopía de fluorescencia
1. Infectar las células con el MP-12 y la etiqueta de ARN naciente con la UE
- Lugar 12 mm cubreobjetos redondos en placa de cultivo tisular de 12 pocillos, un cubreobjetos por pocillo.
Nota: Si las células tienen problemas para la adhesión a cubreobjetos, la capa con poli-L-lisina (MW ≥ 70000) antes de colocar en los pozos. Para este objetivo, cubreobjetos de sumergir en una solución estéril de 0,1 mg / ml en H2O de poli-L-lisina durante 5 min. Enjuague cubreobjetos con H2O estéril y secar al aire durante al menos 2 horas.
- Para las células de semillas 293 en cubreobjetos, añadir x 10 células 4 5 en 1 ml de medio de crecimiento (DMEM que contenía 10% de suero fetal bovino, 100 U / ml de penicilina y 100 mg / ml de estreptomicina) por pocillo. Incubar en un incubador humidificado a 37 ° C y 5% CO 2 S / N.
- Infectar las células con MP-12 a una multiplicidad de infección (MOI) de 3. Incluya por lo menos dos pozos no infectados: uno de los dos pozos servirán como el control no infectado, y el otro serán tratados con actinomicina D (ActD) en el paso 1.5 como un control para la supresión transcripcional. Retire medio de crecimiento y se diluye el stock de virus de manera que el volumen total añadido a cada pocillo es de 200 ml. Incubar durante 1 hora en un incubador humidificado a 37 ° C y 5% de CO 2.
Nota: En vez de infectar a las células, las células también se pueden transfectar con ADN plásmido o in vitro sintetizan ARN que codifica una proteína viral específica. Para este objetivo, transfectar células con un reactivo de transfección química apropiada de acuerdo con las instrucciones del fabricante y continúe en el paso 1.5 a 16 h después de la transfección. Es aconsejable para optimizar las condiciones de transfección y el tiempo de incubación antes de su etiquetado ARN y la fijación.
- Eliminar el inóculo y se añade 1 ml de medio de cultivo fresco por pocillo. Incubar a 37 ° C durante 15 hr.
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Nota:. Si la adaptación de este protocolo para el uso con otro virus, es aconsejable llevar a cabo un experimento de curso de tiempo para determinar el momento óptimo para el etiquetado de ARN y la fijación Configurar este curso de tiempo de modo que los tiempos de infección están escalonadas y todos muestras pueden ser etiquetados, se fijaron, y se tiñeron en el mismo tiempo.
- En 15 horas después de la infección (hpi), sustituya medio de cultivo con medio que contenía 1 mM UE. Para uno de los pozos de infección simulada, también añadir 5 g / ml de ActD. Esto servirá como el control para la supresión de la transcripción, como ActD inhibe la síntesis de ARN dependiente de ADN. Células Volver a la incubadora.
- A los 16 hpi, eliminar el medio y lavar los cubreobjetos de una vez con 1 ml de PBS (KCl 0,20 g / L, KH 2 PO 4 0,20 g / l, NaCl 8,00 g / L, Na 2 HPO 4 1,15 g / L, pH 7,4) por pocillo. Fijar las células mediante la adición de 1 ml de 4% de paraformaldehído (PFA) por pocillo e incubando durante 30 min a TA.
Nota: Para preparar la solución de fijación PFA 4%, se disuelven 10 g de paraformaldehído en 150 ml de H 2 O se calienta a 60 ° C en un agitador magnético con calefacción. Añadir 500 l de NaOH 1 M y seguir removiendo hasta que la solución se aclare. Filtrar la solución de PFA a través de un papel de filtro para eliminar las partículas y añadir 62,5 ml de tampón de fosfato (77 mM NaH 2 PO 4, 287 mM de Na 2 HPO 4, pH 7,4). Añadir H2O hasta un volumen total de 250 ml. Congelar a -20 ° C en alícuotas de un solo uso.
- Lavar una vez con 1 ml de PBS por pocillo. No se requiere tiempo de incubación para este y todos los pasos de lavado posteriores. Proceda inmediatamente al paso 2.
Nota: Es importante para proceder inmediatamente con la reacción de click, como el ARN degenera si se mantiene en esta etapa durante períodos prolongados de tiempo, una pérdida de la señal de fluorescencia de RNA ya se puede observar si las células se mantienen durante 1 hora a 4 ° C . Del mismo modo, si porformando un experimento de evolución en el tiempo, asegúrese de etiqueta, fijar y teñir todas las muestras al mismo tiempo.
2. Haga clic en la reacción para detectar ARN marcado
- Permeabilizar las células mediante la adición de 1 ml de 0,2% de Triton X-100 en PBS. Incubar durante 10 min a TA.
Nota: Todas las soluciones utilizadas en los pasos 2.1 a 2.3 deben estar libre de nucleasa.
- Lavar tres veces con 1 ml de PBS por pocillo.
- Retire cubreobjetos de la placa de 12 pocillos y transferencia en cámara húmeda. Cubra cada portaobjetos con 50 - 100 l solución de tinción clic (Tris 100 mM pH 8,5, 1 mM de CuSO4, 20 mM de azida fluorescente [excitación / emisión máxima: 590/617 nm], ácido ascórbico 100 mM) cada uno. Incubar durante 1 hora a TA en la oscuridad.
Nota: Para el montaje de la cámara húmeda, línea de la parte inferior de un cultivo de células o placa de Petri con un diámetro de 10 cm con una película de plástico de parafina. Forre el interior del borde de la diSH con toallas de papel húmedas. Coloque el cubreobjetos sobre la película de parafina plástico.
Nota: Tenga cuidado de no dejar que los cubreobjetos se sequen durante este o cualquier otro paso en el protocolo. Lo mejor es añadir la solución de tinción a cada cubreobjetos directamente después de que se ha colocado en la cámara húmeda.
Nota: Preparar la solución de tinción clic fresco inmediatamente antes de este paso. Las soluciones madre de 1,5 M de Tris pH 8,5, 100 mM de CuSO4, y ácido ascórbico 500 mM se pueden almacenar a 4 ° C. Sin embargo, descartar cualquier solución de ácido ascórbico que se ha convertido amarillo.
Nota: Asegúrese de seleccionar un fluoróforo que coincida con los filtros de su microscopio de fluorescencia.
- Retire cubreobjetos de cámara húmeda y colocar en una placa de 12 pocillos frescos y lavar tres veces con 1 ml de PBS por pocillo.
Nota: si no dese desea la protección de las proteínas virales, cubreobjetos se puede montar y fotografiada después de este paso (vaya al paso 3.3).
3. La inmunofluorescencia para detectar la expresión de las proteínas virales
- Añadir 1 ml de tampón de bloqueo (3% (w / v) de suero de albúmina (BSA) en PBS bovina) a cada pocillo y se incuba durante 30 min a TA en la oscuridad.
- Retire cubreobjetos de placa de 12 pocillos, de transferencia en cámara húmeda y cubra con 50 - 100 l de anticuerpo primario (anti-RVFV, una especie de regalo del Dr. RB Tesh, UTMB) diluido en tampón de bloqueo (1:500). Incubar durante 1 hora a TA en la oscuridad.
Nota: Cuando la adaptación de este protocolo para su uso con un virus diferente, determinar la dilución óptima para su anticuerpo primario primero.
Nota: Como alternativa, este paso se puede realizar de O / N a 4 ° C en la oscuridad.
- Retire cubreobjetos de cámara húmeda y lugar de nuevo en placa de 12 pocillos y lavartres veces con 1 ml de PBS por pocillo.
- Retire cubreobjetos de un lugar de 12 pocillos, en lugar cámara húmeda y cubierta con 50 - 100 l de anticuerpo secundario (IgG anti-ratón conjugado con colorante fluorescente [excitación / emisión máxima: 495/519 nm]) diluido en tampón de bloqueo (1: 500). Incubar durante 1 hora a TA en la oscuridad.
Nota: Asegúrese de seleccionar un anticuerpo secundario que puede reconocer el anticuerpo primario y coincide con los filtros de su microscopio de fluorescencia.
Nota: Si se desea, 200 ng / ml de DAPI se puede añadir a la dilución de anticuerpo secundario para visualizar los núcleos.
- Retire cubreobjetos de la cámara húmeda y lugar de nuevo en placa de 12 pocillos y lavar tres veces con 1 ml de PBS por pocillo.
- Montar cubreobjetos mediante la colocación de una gota (ca. 15 l) de Fluoromount-G en un portaobjetos de microscopio. Sumerja el portaobjetos en H 2 O, eliminar el exceso de H 2 O tocando ªlado de correo contra una toalla de papel, y el lugar de células del lado hacia abajo en la gota de Fluoromount-G. Deje secar al aire durante 5 minutos.
Nota: Si formación de imágenes en un microscopio invertido, permitir Fluoromount-G para solidificar a 4 ° CO / N o colocar el cubreobjetos en el portaobjetos de un microscopio mediante el sellado del borde con esmalte de uñas transparente.
Nota: diapositivas se pueden visualizar inmediatamente o se almacenaron a 4 ° C en la oscuridad durante un máximo de una semana.
4. Adquisición de Datos
- De imagen usando un microscopio de fluorescencia.
Nota: Asegúrese de seleccionar fluoróforos adecuados que se pueden visualizar utilizando su microscopio. Como referencia, los siguientes son los fluoróforos y conjuntos de filtros utilizados para la adquisición de las imágenes mostradas en esta publicación.
DAPI:
Filtro de excitación: BP 330-385
Dichromatic espejo: 400 DM
Filtro de emisiones: LP 420
Fluoróforo con un máximo de excitación / emisión de 495/519:
Filtro de excitación: BP 460-490
Dichromatic espejo: 505 DM
Filtro de emisiones: LP 510
Fluoróforo con un máximo de excitación / emisión de 590/617:
Filtro de excitación: BP 545-580
Dichromatic espejo: 600 DM
Filtro de emisiones: LP 610
Análisis de la transcripción por citometría de flujo
5. Infectar las células con el MP-12 y la etiqueta de ARN naciente con la UE
- Semilla células 293 en una placa de cultivo tisular de 6 pocillos en medio de crecimiento (DMEM que contenía 10% de suero fetal bovino, 100 U / ml de penicilina, 100 mg / ml de estreptomicina). Incubar en un incubador humidificado a 37 ° C y 5% de CO 2 hasta que las células han alcanzado el 80 - 100% de confluencia.
- Infectar las células con MP-12 a una moi de 3. Incluir al menos dos pozos infectados: uno de los dos pozos servirá como control no infectado, el otro serán tratados con ActD en el paso5.4. Retire medio de crecimiento y se diluye el stock de virus de manera que el volumen total añadido a cada pocillo es de 400 l. Incubar durante 1 hora en un incubador humidificado a 37 ° C y 5% de CO 2.
- Retire inóculo y añadir 2 ml de medio de cultivo fresco por pocillo. Incubar a 37 ° C durante 12 hr.
Nota: Si la adaptación de este protocolo para el uso con otro virus, es aconsejable llevar a cabo un experimento de curso de tiempo para determinar el momento óptimo para el etiquetado y la cosecha. Establecer este supuesto tiempo de modo que los tiempos de infección están escalonados y todas las muestras pueden ser etiquetados, se recogieron, y se tiñeron en el mismo tiempo.
- A las 12 hpi, sustituya medio de cultivo en un medio con 0,5 mM UE. Para uno de los pozos de infección simulada, también añadir 5 g / ml de ActD. Esto servirá como el control para la supresión de la transcripción, como ActD inhibe la síntesis de ARN dependiente de ADN. Células Volver a la incubadora.
- A los 13 hpi, lavar las células una vez que el ingenioh PBS y la cosecha por tratamiento con tripsina de las células. Lavar las células cosechadas tres veces con PBS que contenía 1 mM de EDTA (PBS-EDTA).
Nota: Durante esta y las siguientes medidas, no centrifugar las células más rápidamente que 500 - 1000 xg para evitar la rotura celular. Centrifugar las células durante 1-2 min para sedimentar.
Nota: Si se planea una inmunotinción superficie siguiendo la reacción de click, la cosecha utilizando una goma de policía o un raspador celular desechable en su lugar.
- Fijar las células mediante resuspensión en 1 ml de PFA al 4% y se incuba durante 30 min a TA. Consulte el paso 1.6 para obtener instrucciones sobre cómo preparar 4% PFA.
- Lavar una vez con 1 ml de PBS-EDTA por pocillo. Proceda inmediatamente al paso 6.
Nota: Es importante para proceder inmediatamente con la reacción de click, como el ARN degenera si se mantiene en esta etapa durante períodos prolongados de tiempo. Del mismo modo, si se realiza una vez cexperimento ourse, asegúrese de etiquetar, fijar y teñir todas las muestras al mismo tiempo.
6. Haga clic en la reacción para detectar ARN marcado
- Permeabilizar las células mediante resuspensión en 0,5 ml de 0,2% de Triton X-100 en PBS. Incubar durante 10 min a TA.
Nota: Todas las soluciones utilizadas en los pasos 6.1 a 6.3 deben estar libre de nucleasa.
Nota: Si las células no hacen sedimentos correctamente durante este paso, aumentar el tiempo de centrifugación de 5 min. Comportamiento de sedimentación se mejorará una vez que las células se suspenden en tampón FACS (paso 6.4).
- Lavar una vez con 1 ml de PBS.
Nota: No utilice EDTA en este paso, ya que esto quelar el Cu 2 + iones necesarios para la reacción de click.
- Resuspender las células en 200 l solución de tinción clic (Tris 100 mM pH 8,5, 1 mM de CuSO4, 200 nM azida marcado con colorante fluorescente [exclitación / máximo de emisión: 650/665 nm], ácido ascórbico 100 mM). Incubar durante 1 hora a TA en la oscuridad.
Nota: Preparar la solución de tinción clic fresco inmediatamente antes de este paso. Las soluciones madre de 1,5 M de Tris pH 8,5, 100 mM de CuSO4, y ácido ascórbico 500 mM se pueden almacenar a 4 ° C. Sin embargo, descartar cualquier solución de ácido ascórbico que se ha convertido amarillo.
Nota: Si las células se agrupan durante este paso, volver a suspender pipeteando arriba y abajo varias veces.
Nota: Asegúrese de seleccionar un fluoróforo que puede ser detectada por el citómetro de flujo.
Nota: también preparar una muestra de las células infectadas que no están sometidos al procedimiento de tinción clic; éstos serán necesarios para la calibración del citómetro de flujo. Cualquier uso de la mitad de las células infectadas o incluir un adicional de infección así en el paso 5.2. Estos concélulas trol se immunostained en el paso 7.1.
- Lavar dos veces con tampón FACS (PBS que contenía 1 mM de EDTA y 0,5% (w / v) de BSA).
Nota: Si no se desea inmunotinción de proteínas virales, las células se pueden analizar inmediatamente (continúe en el paso 8).
7. La inmunofluorescencia para detectar la expresión de las proteínas virales
- Resuspender las células en 200 l de anticuerpo primario (anti-RVFV) diluidos en tampón FACS (1:10.000) y se incuban durante 1 hora a TA en la oscuridad.
Nota: Como alternativa, este paso se puede realizar de O / N a 4 ° C en la oscuridad.
Nota: También prepara una muestra de las células no infectadas que se sometieron al procedimiento de tinción clic, pero no se immunostained, éstos serán necesarios para la calibración del citómetro de flujo. Cualquier uso de la mitad de las células infectadas simuladas o incluir un bien no infectada adicional enpaso 5.2.
Nota: Cuando la adaptación de este protocolo para su uso con un virus diferente, determinar la dilución óptima para su anticuerpo primario primero.
- Lavar las células dos veces en tampón FACS.
- Resuspender las células en 200 l de anticuerpo secundario (IgG anti-ratón conjugado con colorante fluorescente [excitación / emisión máxima: 495/519 nm]) diluido en tampón FACS (1:1.000) y se incuba durante 1 hora a TA en la oscuridad.
- Lavar las células una vez en tampón FACS.
Nota: En este punto, las células pueden ser almacenadas O / N a 4 ° C en la oscuridad.
8. Adquisición de Datos
- Resuspender las células en 500 l de tampón FACS, transferencia en tubos de poliestireno de 5 ml y analizar utilizando un citómetro de flujo. Usa-12 MP células infectadas (ninguna reacción clic, sólo tinción anti-RVFV) y las células infectadas simuladas (haga clic reacción sólo) para calibrar el instrumento.
Noe: Asegúrese de seleccionar fluoróforos que pueden ser detectados por el instrumento. Como referencia, las siguientes son las líneas de láser y conjuntos de filtros utilizados para la adquisición de los datos mostrados en esta publicación.
Fluoróforo con un espectro de excitación / emisión de 495/519:
Láser: 488 nm
Filtrar: 530/30
Fluoróforo con un espectro de excitación / emisión de 650/665:
Láser: 640 nm
Filtrar: 670/20