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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
A continuación, presentamos nuestro método establecido para reprogramar las células somáticas humanas en transgenes libre iPSCs humanas con virus Sendai, que muestra resultados consistentes y una mayor eficiencia.
Hace unos años, la creación de células madre pluripotentes inducidas humanas (iPSCs) marcó el comienzo de una nueva era en la biomedicina. Los usos potenciales de iPSCs humanos incluyen el modelado patogénesis de enfermedades genéticas humanas, la terapia celular autóloga después de la corrección de genes, y la detección de drogas personalizada, proporcionando una fuente de células relevantes y los síntomas específicos del paciente. Sin embargo, hay varios obstáculos que superar, como la eliminación del factor de reprogramación transgén expresión restante después de la producción iPSCs humanos. Más importante aún, la expresión transgénica residual en iPSCs humanas indiferenciadas podría obstaculizar diferenciaciones adecuadas y confundir a la interpretación de los fenotipos in vitro relevantes enfermedad. Con este motivo, se han desarrollado-la integración libre y / o iPSCs humanos transgenes gratis con varios métodos, como el adenovirus, el sistema piggyBac, minicircle vector, vectores episomales, entrega directa de proteínas y ARNm sintetizado. Sin embargo, la eficiencia de reprogramming utilizando métodos de integración libre es bastante bajo en la mayoría de los casos.
A continuación, presentamos un método para aislar iPSCs humanos mediante el uso de Sendai-virus (virus RNA) sistema de reprogramación en base. Este método de reprogramación muestra resultados consistentes y de alta eficiencia en forma rentable.
Las células madre embrionarias (hESCs) tienen una capacidad de auto-renovación in vitro y tienen la pluripotencia, lo que podría ser potencialmente útil para el modelado de la enfermedad, para la detección de drogas, y para el desarrollo de terapias basadas en células para tratar lesiones de la enfermedad y del tejido. Sin embargo, hESCs tienen una limitación para la terapia de reemplazo de la célula debido a las barreras inmunológicas, oncológicas y éticas, y para estudiar los genes relacionados con la enfermedad, hESCs específicos de la enfermedad pueden ser aislados a través de pre-implantación diagnóstico genético (PGD) se acerca, pero sigue siendo un reto técnico y las donaciones de embriones son bastante raros. Estos problemas están relacionados con el progreso en la biología de células madre, lo que ha llevado al desarrollo de células madre pluripotentes inducidas (hiPSCs).
IPSCs humanos se reprograman genéticamente a partir de células somáticas adultas humanas y albergan características madre pluripotentes similares a células similares a hESCs, que los convierte en una fuente útil para la medicina regenerativa, como ddescubrimiento alfombra, el modelado de la enfermedad y la terapia celular en forma específica para cada paciente 1,2.
Hasta ahora, hay varios métodos para generar iPSCs humanos, incluyendo mediada por virus (retrovirus y adenovirus) 3, no el virus mediada (sistema de BAC y vectores de transfección) 4 transducciones de genes, y del sistema de administración de proteínas 5-7.
Aunque una entrega de genes mediada por virus puede garantizar un cierto nivel de eficiencia, vectores virales podrían dejar huella genética, debido a que se integran en los cromosomas del hospedador para expresar genes de reprogramación de una manera incontrolada. Incluso cuando la integración viral de factores de transcripción puede activar o inactivar genes de acogida 8, que puede causar una aberración genética inesperado y el riesgo de 5,9 tumorigénesis. Por otra parte, se informó de la introducción directa de proteínas o ARN en las células somáticas, pero tienen algunas desventajas tales como, transf repetida mano de obra intensivaexión, y el bajo nivel de la reprogramación de 7,10. Incluso episomal y no la integración de adenovirus, virus adeno-asociados, y vectores plasmídicos son todavía relativamente menos eficiente 11. Por estas razones, es plausible para elegir métodos de reprogramación no-integración con alta eficacia de generación de IPSC y un menor número de anomalías genéticas. En este estudio, utilizamos una reprogramación basada Sendai-virus. Este método es conocido por ser no integrado en el genoma huésped y produce consistentemente iPSCs humanos sin integraciones transgén.
1. Preparación de la célula y Medios de Comunicación (Día 1)
2. Realizar Transducción (Día 2)
3. Sustitución del medio de cultivo (día 3 y el día 5)
4. Preparar platos MEF para la Co-cultura (Día 8)
5. Start Co-cultura transducidas células con células alimentadoras MEF (Día 9)
6. Alimente Embrionarias Humanas Medio de Células Madre y Monitorear las células (Día 10)
7. Elegir la madre pluripotentes inducidas colonias de células y expandir las células (Día 20 ~)
8. Caracterización de iPSCs Humano (después de 10 pasajes)
Por lo general, los fibroblastos infectados no muestran cambios morfológicos en varios días después de la transducción de virus Sendai, pero cinco días después, empiezan a tener diferentes formas (Figura 1). Como se describe en un panel de la derecha de la Figura 1, las células no tienen la morfología típica de fibroblastos más. Ellos tienen una forma redonda y el núcleo más grande que el citoplasma. Incluso cuando la transducción se realiza en el 80% de confluencia celular, parece que son menos confluentes en el pozo después de que empiecen a reprogramar. Si este tipo de cambios morfológicos comienzan a ser visto en la mayor parte de la bien, fibroblastos transducidos están listos para ser chapada en placas de cultivo de MEF-subordinado.
En nuestro protocolo, minimizamos escala cultivo celular y también dimos varias posibilidades de reprogramación, tales como el empleo de diferentes densidades de células de fibroblastos y el título del virus, y la posterior relación de varias re-chapado MEF, lo que aumentará la eficiencia de la generación (hiPSCs Al comienzo de la reprogramación en los alimentadores del MEF, es difícil de distinguir tipos de células transducidas, pero después de más de una semana a partir de co-cultivo, fibroblastos parcialmente reprogramadas aparece y parece aflojado forma ES-like (Figura 3). Debido a esta razón, cuando las colonias IPSC humanos están listos para la pases a un nuevo plato alimentador de MEF, picking manual es la forma más eficiente para la transferencia en lugar de la disociación con enzima. En la Figura 3 y la Figura 4, bajo el microscopio sólo iPSCs humanos tienen bordes claros, que hacen una clara distinción entre iPSCs humanos (considerados como "células totalmente reprogramadas ') y' células incompletamente reprogramadas" por la morfología. Totalmente células reprogramadas look como compacto y muy llena. Especialmente las colonias tienen límites claros, mientras que las células reprogramadas parcialmente parecen reunir para hacer colonia pero muy pierden y frágil a descomponerse. Incluso si no hacemos una pipeta suavemente se separa fácilmente. Incluso después de excluir parcialmente reprogramadas colonias iPSCs humanos (durante la expansión de ellos y los pases), iPSCs humanos completamente reprogramadas necesitan ser mantenidos por la recolección manual. Después de recoger las colonias y la expansión de los clones hiPSC en varias semanas, la expresión de marcadores stemness necesita ser determinado. Después de la expansión de clones hiPSC, verificamos ellos con diferentes conjuntos de pruebas, incluyendo la tinción de anticuerpos (SSEA4, Oct-4, TRA-81 y Nanog) y RT-PCR del marcador pluripotentes (datos no se muestra) como un control de calidad. En comparación con el H9, dos hiPSCs diferentes son positivos para SSEA4, Oct-4, TRA-81, y Nanog. Este resultado demuestra que iPSCs humanas aisladas adquieren calidad pluripotentes ( Finalmente, la Figura 6 muestra que no podemos detectar cualquier expresión de los transgenes en los clones hiPSC por RT-PCR. Por lo menos más de 10 hiPSCs pasajes, cebadores específicos (Tabla 1) para exógeno Oct-4, Sox-2, Klf-4 y C-Myc se pueden utilizar con muestras de control positivas con fuerte nivel de expresión del transgén. Tabla 1. Cebadores de RT-PCR para la confirmación transgén. Estas son las secuencias de los cebadores que se utilizan para TRAconfirmación NsGene. Tm es 50,6 ° C en todos los conjuntos de cebadores. 
Figura 1. El cambio morfológico después de la transducción de virus Sendai. Antes de la transducción, fibroblastos muestran la forma de tipo huso típico (izquierda). Aproximadamente ocho días después de la transducción, la morfología de las células transducidas cambio como mucho más la forma redonda (derecha). Haga clic here para ver una versión más grande de esta figura. 
Figura 2. Diagrama del plan de acogida para garantizar la máxima eficiencia. Más de cuatro diferentes tipos de células se pueden sembrar en una placa de 24 pocillos (de 1 a 4). Debido a su capacidad de fijación y la supervivencia celular podrían ser diferentes dependerá de los tipos de células, se sugiere a la placa diferente densidad celular (de 200K a 6,25 células por pocillo). Además, la concentración del virus se puede ajustar (0.5X, 1X y 2X). 
Figura 3. Formación de inducida por el hombre de colonias de células madre pluripotentes a partir de f transducidasibroblast. En unas dos semanas después de la re-plating ellos en MEFs, colonias redondas deben aparecer y se parecen a las colonias de células madre embrionarias humanas. Normalmente las colonias IPSC humanos totalmente reprogramadas tienen límites muy claros. (Arrow: reprogramado totalmente colonias humanas IPSC, punta de flecha: parcialmente reprogramado iPSCs humanas). Haga clic aquí para ver la imagen más grande . 
Figura 4. Recogiendo pluripotentes colonias de células madre de origen humano. Colonias IPSC humanos están a menudo rodeadas por células parcialmente reprogramadas (izquierda). Bajo el microscopio, recogiendo la colonia ES-como única, se descomponen en pequeños grupos y luego la transferencia (a la derecha). Después de 2 ~ 3 pasajes, hay colonias hiPSC indiferenciadas (abajo izquierda) y. (Arrow: colonias totalmente reprogramadas humanos IPSC, punta de flecha: humana parcialmente reprogramado iPSCs) Haz click aquí para ver la imagen más grande . 
Figura 5. La tinción de inmunofluorescencia con marcadores de células madre pluripotentes. Ensayo de inmunofluorescencia muestra iPSCs humanos tienen stemness features.SSEA-4, TRA-81, Nanog, Oct-marcadores pluripotentes 4aS y DAPI es un control para la tinción del núcleo. (A) representa la tinción H9 como muestra de control. (B) y (C) muestran los clones IPSC humanos.et = "_blank"> Haga clic aquí para ver la imagen más grande. 
Figura 6. Confirmación del nivel de expresión del transgén. Al menos después de cultivo de 10 paso de iPSCs humanos, silenciamiento de Sox2 exógeno, Oct-4 niveles de expresión génica Klf-4, c-Myc, y se confirma por reacciones inversas de la cadena de la polimerasa con transcriptasa. hGAPDH es un control interno. Para un control positivo, el ARN se extrae a partir de fibroblastos de sobra transducidas (día 7 después de la infección de virus Sendai-). (Carril 1: Marcador, carriles 2-6: GAPDH, Klf4, c-Myc, Oct-4 y Sox-2 en el control positivo, carriles 7-11: GAPDH, Klf4, c-Myc, Oct-4 y Sox -2 en hiPSCs). Nombre Primer <td> Secuencia hOCT4 (F) CCC GAA AGA GAA GAA AGC CCA T hOCT4 (R) AAT GTA TCG AAG GTG CTC AA hMYC (F) TAA CTG ACT AGC AGG CTT GTC T hMYC (R) TCC ACA TAC AGT CCT GGA TGA TGA TG hSOX2 (F) ACA AGA GAA AAA ACA TGT ATG T hSOX2 (R) ATG CGC TGG TTC ACG CCC GCG CCC AGG hKLF4 (F) ACA AGA GAA AAA ACA TGT ATG T hKLF4 (R) CGC GCT GGC AGG GCC GCT GCT CGA C hGAPDH (F) AGG TCG GAG TCA ACG GAT TTG hGAPDH (R) GTG ATG ACG TGG ACT GTG GT
Los autores no tienen nada que revelar.
A continuación, presentamos nuestro método establecido para reprogramar las células somáticas humanas en transgenes libre iPSCs humanas con virus Sendai, que muestra resultados consistentes y una mayor eficiencia.
Nos gustaría dar las gracias a los miembros del laboratorio Lee valiosa para los debates sobre el manuscrito. El trabajo en el laboratorio de Lee fue apoyado por becas de Robertson Investigator Award de la Fundación de Células Madre de Nueva York y de Maryland Stem Cell Research Fund (TEDCO).
| Kit de reprogramación CytoTune-iPS | Invitrogen A1378002 | ||
| CF-6, MEFs, resistente a la neomicina, tratado con mitomicina C | Tallo global | GSC-6105M | 5x 105/6 cm o 12,5 x 105/placa de 24 pocillos |
| Tripsina EDTA 0.25% Tripsina con EDTA 4Na 1X | Invitrogen | 25200114 | |
| DMEM/F-12 medio | Invitrogen | 11330-032 | |
| Placa de cultivo celular de 24 pocillos, fondo plano con tapa | BD | 353935 | |
| Y-27632 | TOCRIS | 1254 | 10 μ M (Stock: 10 mM) |
| factor de crecimiento básico de fibroblastos | LIFE TECHNOLOGIES | PHG0263 | 10 ng (Stock: 100 ug) |
| Reemplazo de suero knock-out | Gibco | 10828028 | |
| Dulbecco' s Medio Eagle Modificado (D-MEM, DMEM) (1X), líquido (glucosa alta) | Invitrogen | 11965118 | |
| Suero fetal bovino | Thermo Scientific Fermentas | SH30071.03 | |
| L-Glutamina-200 mM (100X), líquido | GIBCO | 25030-081 | 1/100 |
| MEM Solución de aminoácidos no esenciales, 100X | LIFE TECHNOLOGIES | 11140050 1/100 | |
| 2-Mercaptoetanol (1,000X), líquido | GIBCO | 21985023 | 1/1.000 |
| Hausser Fase Contraste Hemacitómetros | Hausser Scientific | 02-671-54 | |
| EmbryoMax 0.1% Solución de Gelatina | Millipore | ES-006-B | |
| SSEA-4 | DSHB | MC-813-70 | 1/200 |
| anti-Tra-1-81 | Señalización Celular | 4745S | 1/200 |
| anticuerpo Oct4 monoclonal de ratón | Santa Cruz | SC-5279 | 1/1.000 |
| Nanog | R& D | AF1997 | 1/1.000 |
| Alexa Flouor 488 cabra anti-ratón | Invitrogen | 948492 1/2.000 | |
| DPBS (Dulbecco' s Solución salina tamponada con fosfato), 1X sin calcio & magnesio | Cellgro | 21-031-CV | |
| QuantiTect Kit de transcripción inversa | QIAGEN | 205313 | |
| PCR Master Mix [2X] | Thermo Scientific Fermentas | K0171 | |
| Trizol | Invitrogen | campana | de recogida 15596018|
| NuAire | NU-301 | ||
| visor de disección | Nikon | SMZ745 |