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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este artículo proporciona un protocolo para la extracción del veneno de arañas utilizando la estimulación eléctrica con el fin de 1) llevar a cabo la caracterización proteómica, 2) estimular el veneno de la expresión del gen de la glándula, y 3) realizar estudios funcionales de venenos. Esto es seguido por una descripción de microdisecciones glándula de veneno para estudios de expresión génica.
Venenos son químicamente secreciones complejas que comprenden típicamente numerosas proteínas y péptidos con actividades fisiológicas variadas. Caracterización funcional de las proteínas del veneno tiene importantes aplicaciones biomédicas, incluyendo la identificación de los clientes potenciales de la droga o sondas para los receptores celulares. Las arañas son la mayoría de las especies ricas clado de organismos venenosos, pero los venenos de sólo unas pocas especies son bien comprendidas, en parte debido a la dificultad asociada con la recolección de pequeñas cantidades de veneno de animales pequeños. En este trabajo se presenta un protocolo para la recolección de veneno de arañas utilizando la estimulación eléctrica, lo que demuestra el procedimiento de la viuda negro occidental (Viuda negra). El veneno de recogida es útil para diversos análisis aguas abajo, incluyendo la identificación directa de proteínas mediante espectrometría de masas, ensayos funcionales, y la estimulación de la expresión génica veneno para los estudios de transcriptómica. Esta técnica tiene la ventaja sobre los protocolos que isofinales de veneno de homogeneizados de la glándula enteros, que no se separan los componentes del veneno auténticos a partir de proteínas celulares que no son secretadas como parte del veneno. Los resultados representativos demuestran la detección de péptidos del veneno conocidos de la muestra recogida utilizando la espectrometría de masas. El procedimiento de recogida de veneno es seguido por un protocolo para la disección de las glándulas de veneno de araña, con resultados que demuestran que esto conduce a la caracterización de las proteínas y péptidos del veneno-expresado en el nivel de secuencia.
Venenos son secreciones animales predominantemente inyectados en otro animal a los efectos de la depredación o la defensa, y también tienen importantes aplicaciones biológicas con relevancia biomédica 1-3. Sólo ciertos animales sintetizan veneno, pero su producción es taxonómicamente generalizada en invertebrados (por ejemplo, los cnidarios, caracoles cono, escorpiones y arañas) y vertebrados (por ejemplo, serpientes, algunos peces y mamíferos), debido a que ha evolucionado independientemente varias veces 1,4 . La caracterización bioquímica de los venenos muestran típicamente se componen de una amplia variedad de proteínas y péptidos, que actúan en gran medida de los sistemas circulatorio y nervioso de los animales inyectados para entregar rápidamente toxinas constituyentes 1. Una pequeña fracción de los animales venenosos puede representar una amenaza para los seres humanos, en particular las especies con distribuciones sinantrópicas 5. El estudio de la composición del veneno y las actividades funcionales ha jugado un papel importante enla caracterización funcional de los componentes celulares de vertebrados (en particular los canales iónicos neuronales) 6 y en la elucidación de los procesos celulares fundamentales (por ejemplo neurosecreción 7). Por otra parte, seleccione péptidos del veneno tienen propiedades útiles en contextos biomédicos, incluyendo sus usos como tratamientos para el cáncer y el dolor 8,9, y se extraen para los plomos de drogas candidatos y el desarrollo de antiveneno. Venenos también jugar un papel destacado en la investigación ecológica y evolutiva 1,4,10,11, por tanto, la colección de estas secreciones peligrosos tiene muchas utilidades.
Hay> 40.000 especies descritas de araña (orden Araneae), y todos menos uno de los más de 100 familias de arañas poseen pares de glándulas de veneno que terminan en 12 colmillos. La alta diversidad de especies de arañas sugiere que representan el mayor clado de organismos venenosos. Sin embargo, la caracterización bioquímica de venenos de araña tiene largely concentrado en un pequeño número de especies más frecuentemente asociados con envenenamiento humano. Recientes estudios de proteómica y transcriptómica de venenos de araña indican por lo general contienen muchas proteínas y péptidos 2,13,14 únicas. Los avances en alto rendimiento de secuenciación de ADNc y la espectrometría de masas de huellas dactilares péptido ha facilitado en gran medida el descubrimiento de estas proteínas de veneno de 15. Sin embargo, este trabajo comienza con la recolección de veneno suficiente y / o glándulas de veneno de las arañas, y la documentación detallada de estas técnicas son pocos 16.
En este trabajo se presenta un protocolo para la recolección de veneno y veneno de las glándulas de arañas viuda negra, que se puede aplicar a las arañas de tamaño similar. La colección de veneno por separado de las glándulas permite la identificación de proteínas que se secretan en el veneno en oposición a las proteínas que realizan otras funciones celulares. Las viudas negras y otra Latrodectus especies son ampliamente reconocidos entre las arañas más peligrosas debido a su veneno altamente neurotóxico, lo que provoca dolor severo en los seres humanos, que a veces se acompaña de sudoración profusa, contracciones musculares, hipertensión, dificultad para respirar y parálisis desigual 5. El protocolo de recogida de veneno que aquí se presenta utiliza electro-estimulación para suministrar corriente eléctrica a las arañas anestesiados para provocar contracciones musculares y la liberación de veneno. Gotitas de veneno se recogen rápidamente con micro-capilares y se dispensan en tubos para almacenamiento en el congelador. Debido a que el protocolo implica procedimientos peligrosos, sólo debe ser realizado por individuos bien entrenados y se instó a la precaución en pasos clave. El veneno de recogida tiene numerosos usos, como la caracterización y aislamiento de moléculas constituyentes 2, para experimentos o ensayos fisiológicos funcionales 18, y para estimular el veneno de la expresión del gen 11. El protocolo concluye con una description de la disección glándula de veneno y la preservación útil para la clonación de genes-veneno específica, la expresión de los que se ha demostrado que se producen 2-3 días siguientes agotamiento de veneno de arañas en diferentes 10,11.
1. Preparación del aparato electro-estimulador
2. Preparación de inmovilizar fórceps y Otros Materiales
3. Inmovilización de la araña en el fórceps
4. Veneno Colección
5. Veneno Glándula disecciones
La colección de veneno y de las glándulas de veneno de las disecciones se realizan con frecuencia para caracterizar proteínas y péptidos del veneno en el plano secuencia 10,11,15. Veneno recogido puede usarse también en ensayos fisiológicos para determinar sus actividades funcionales 18. La colección de veneno estimulará la expresión del gen de la glándula de veneno, lo que facilita la clonación de las transcripciones de toxina específicos a través de RT-PCR 10,11. Identificación de proteínas del veneno se puede realizar también de una manera de alto rendimiento mediante la integración de técnicas de espectrometría de masas estándar con bases de datos de secuencia generados a partir de bibliotecas de ADNc de glándula de veneno 15,21. Un ejemplo de este tipo de trabajo, a partir de veneno y las glándulas recogidas utilizando el protocolo detallado anteriormente, lo que demuestra su eficacia, se ilustra en la Figura 1.
Veneno de recogida de L. hesperus hembras adultas se digirió con tripsina y se sometieron a una solución enAnálisis MudPIT, que vincula la HPLC (cromatografía líquida de alta resolución) a la espectrometría de masas en tándem (MS / MS). Aquí el análisis MudPIT se llevó a cabo por la Universidad de Arizona Proteómica Consorcio. Las masas de péptidos detectadas y sus fragmentos disociados (iones hija, inferidos a partir de los espectros) se compararon con secuencias de péptidos predichos teóricamente a partir de las traducciones de las secuencias de ADNc obtenidas a partir de una biblioteca de expresión de gen construido a partir de L. hesperus glándulas de veneno (glándulas fueron adquiridos por el protocolo de disección se ha descrito anteriormente) 21. En este experimento, 36 proteínas se detectaron a partir de todos los espectros recogidos, en el umbral de probabilidad 99,9%, y contenían por lo menos un péptido detectados. Una de las proteínas detectadas se apoya en 43 espectros total (espectros ejemplar se muestra en la Figura 1A), correspondiente a tres péptidos exclusivos, que cubre 35% de la secuencia de la proteína (Figura 1B). La proteína detectada (traducido a partir de un collecte d ADNc) tiene un éxito superior a BLASTp latrodectin de L. tredecimguttatus (GenBank adhesión P49125.1), con un e-score de 2e-46, y comparte el 80% de identidad en la secuencia de aminoácidos con la proteína detectada en este experimento. Latrodectin, que también se conoce como la proteína de bajo peso molecular de alfa-latrotoxina, es un componente reconocido de veneno de arañas viuda negro 22, 23, la verificación de la eficacia del protocolo presentado. Algunas proteínas identificadas a partir del veneno corresponden a secuencias para el que se ha encontrado ningún hit BLAST. No está claro si este resultado se debe a los limitados recursos genómicos disponibles para las arañas, así como la información funcional limitada por sus proteínas, o porque la proteína desconocida representa un contaminante veneno. Sin embargo, el gen o los análisis de expresión de la proteína examen de la abundancia de una proteína tal novela en glándulas de veneno relativos a otros tejidos deben revelar si se trata de un componente de veneno genuino.
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El autor no tiene nada que revelar y no los intereses financieros de la competencia.
Este artículo proporciona un protocolo para la extracción del veneno de arañas utilizando la estimulación eléctrica con el fin de 1) llevar a cabo la caracterización proteómica, 2) estimular el veneno de la expresión del gen de la glándula, y 3) realizar estudios funcionales de venenos. Esto es seguido por una descripción de microdisecciones glándula de veneno para estudios de expresión génica.
Doy las gracias a las siguientes personas por su ayuda en el desarrollo de este protocolo: Chuck Kristensen, Greta Binford, Alex K. Lancaster, Konrad Zinsmaier, y Mays Imad. Datos de espectrometría de masas y proteómica fueron adquiridas por el Consorcio de Proteómica de Arizona con el apoyo de NIEHS subvención ES06694 al SWEHSC, NIH / NCI subvención CA023074 al AZCC y por el Instituto BIO5 de la Universidad de Arizona. La financiación de este trabajo fue proporcionado por los Institutos Nacionales de la Salud (Instituto Nacional de Medicina General) de las subvenciones 1F32GM83661-01 y 1R15GM097714-01 a Jessica E. Garb.
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| Pinzas ultrafinas (pinzas de disección) | EMS | 78310-0 | pinzas de punta fina similares de alta calidad que se pueden sustituir |
| Interruptor de pie/pedal | Linemaster Switch Corp. | 491-S | |
| Abrazadera de extensión de dos puntas, con manguitos recubiertos de vinilo, 8,5 pulgadas | VWR | 21570-007 | podrían sustituirse por modelos similares |
| Soporte de abrazadera | VWR | 89084-746 | sepueden sustituir modelos similares, debe acomodar el diámetro de la varilla de sujeción de extensión |
| Base magnética (sujeta la abrazadera de extensión a través del soporte de abrazadera) | VWR | 300042-270 | Se puede sustituir por un aparato similar capaz de sujetar de forma segura la abrazadera de extensión en una posición fija |
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| Hilo de coser de algodón | Tienda de telas y manualidades Joann | 7245855 | producto similar podría ser sustituido |