Una de las principales limitaciones con células madre embrionarias (ESC) protocolos de diferenciación actuales es la generación de poblaciones de células heterogéneas. Estos cultivos contienen las células de interés, pero también se contaminan con los CES indiferenciadas, derivados no neurales y otros subtipos neuronales. Esto limita su uso en in vitro y en aplicaciones in vivo, tales como el modelado in vitro para el descubrimiento de fármacos o la terapia de reemplazo celular. Para ayudar a superar esto, las líneas celulares reporteras, que ofrecen un medio para visualizar, controlar y aislar las células de interés, se pueden diseñar. Sin embargo, para lograr esto en células madre embrionarias humanas a través de recombinación homóloga convencional es extremadamente ineficiente. Este protocolo describe la orientación de la homeobox pituitaria 3 (Pitx3) locus de células madre embrionarias humanas mediante nucleasas de dedos de zinc de diseño personalizado, que introducen rupturas de doble hebra de ADN específicas del lugar, junto con unPitx3 - EGFP específico de vector donante de ADN. Después de la generación de la línea celular reportera Pitx3, entonces se puede diferenciar usando protocolos publicados para su uso en estudios in vitro tales como el modelado de la enfermedad o el reemplazo de células en la terapia de Parkinson.