Las células madre embrionarias (ESC) son un modelo excepcional para dilucidar los mecanismos moleculares de la diferenciación celular. Son especialmente útiles para investigar el desarrollo de células progenitoras hematopoyéticas tempranas (HPC). La expresión génica en las ESC puede manipularse mediante varias técnicas que permiten determinar el papel de las moléculas individuales en el desarrollo. Una dificultad es que la expresión de genes específicos a menudo tiene diferentes efectos fenotípicos dependiendo de su expresión temporal. Este problema puede evitarse mediante la generación de ESCs que expresan induciblemente un gen de interés utilizando tecnología como el sistema transgénico inducible por doxiciclina. Sin embargo, la generación de estas líneas celulares inducibles es costosa y requiere mucho tiempo. Aquí se describe un método para desagregar cuerpos embrioides (EB) derivados de ESC en suspensiones de una sola célula, infectando retroviralmente las suspensiones celulares y luego reformando las EB mediante gotas colgantes. A continuación, la diferenciación aguas abajo se evalúa mediante citometría de flujo. Utilizando este protocolo, se demostró que la expresión exógena de un gen de microARN al comienzo de la diferenciación de ESC bloquea la generación de HPC. Sin embargo, cuando se expresa en células derivadas de EB después de que se produce el mesodermo naciente, el gen de microARN mejora la diferenciación hematopoyética. Este método es útil para investigar el papel de los genes después de que se deriva el tejido específico de la capa germinal.