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La citometría de flujo se ha utilizado ampliamente para definir poblaciones celulares en inmunología, hematología y oncología. Aquí, proporcionamos una descripción detallada de los protocolos para el análisis citométrico de flujo del grupo de antígenos de superficie de diferenciación (CD) y antígenos intracelulares en tipos de células neuronales. Nuestra descripción paso a paso de los procedimientos metodológicos incluye: la recolección de cultivos neuronales in vitro, un paso opcional de marcaje con éster de carboxifluoresceína succinimidilo (CFSE), seguido de la tinción de antígenos de superficie con anticuerpos CD conjugados (p. ej., CD24, CD54), y la posterior detección de antígenos intrasótanos a través de anticuerpos primarios/secundarios o fragmentos Fab marcados con fluorescencia (marcaje Zenon). El video muestra los pasos más críticos. Además, se explican brevemente los principios de la planificación experimental, la inclusión de controles críticos y los fundamentos del análisis de citometría de flujo (identificación de la población objetivo y exclusión de residuos; estrategia de compuertas; compensación de la superposición espectral) para permitir a los neurobiólogos con conocimientos previos limitados o formación específica en citometría de flujo evaluar su utilidad y explotar mejor esta poderosa metodología.