El estudio de la biología de los linfocitos T humanos a menudo implica el examen de las respuestas a los ligandos activadores. Las células T reconocen y responden a los antígenos peptídicos procesados presentados por las moléculas MHC (HLA ortólogo humano) a través del receptor de células T (TCR) de una manera altamente sensible y específica. Mientras que la función principal de las células T es mediar las respuestas inmunitarias protectoras a los antígenos extraños presentados por el autoMHC, las células T responden de forma robusta a las diferencias antigénicas en los tejidos alogénicos. Las respuestas de las células T a los aloantígenos pueden describirse como aloreactividad directa o indirecta. En la aloreactividad, la célula T responde a través del reconocimiento altamente específico tanto del péptido presentado como de la molécula MHC. La robusta respuesta oligoclonal de las células T a la estimulación alogénica refleja el gran número de aloantígenos potencialmente estimuladores presentes en los tejidos alogénicos. Si bien la amplitud de las respuestas de los linfocitos T aloreactivos es un factor importante en el inicio y la mediación de la patología asociada con las respuestas aloreactivas biológicamente relevantes, como la enfermedad de injerto contra huésped y el rechazo del aloinjerto, puede impedir el análisis de las respuestas de los linfocitos T a los ligandos alogénicos. Con este fin, este protocolo describe un método para generar células T aloreactivas a partir de leucocitos de sangre periférica humana (PBL) naïve que responden a aloantígenos peptídicos-MHC (pMHC) conocidos. El protocolo aplica el marcaje de multímeros pMHC, el enriquecimiento magnético de perlas y la citometría de flujo a los métodos de cultivo in vitro de una sola célula para la generación de clones de células T específicas de aloantígenos. Esto permite estudiar la bioquímica y la función de las células T que responden a la estimulación alogénica.