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El sistema ventricular transporta y hace circular el líquido cefalorraquídeo (LCR) y facilita la eliminación de solutos y toxinas del cerebro. Las unidades funcionales de los ventrículos son células epiteliales ciliadas denominadas células ependimarias, que recubren los ventrículos y, a través de la acción ciliar, son capaces de generar flujo laminar de LCR en la superficie del ventrículo. Esta monocapa de células ependimarias también proporciona funciones de barrera y filtración que promueven el intercambio entre los fluidos intersticiales cerebrales (ISF) y el LCR circulante. Los cambios bioquímicos en el cerebro se reflejan en la composición del líquido cefalorraquídeo y la destrucción del epéndimo puede alterar el delicado equilibrio del intercambio entre el líquido cefalorraquídeo y el líquido cefalorraquídeo. En los seres humanos existe una fuerte correlación entre la expansión del ventrículo lateral y el envejecimiento. La ventriculomegalia asociada a la edad puede ocurrir incluso en ausencia de demencia u obstrucción del flujo del líquido cefalorraquídeo. A menudo se desconoce la causa exacta y la progresión de la ventriculomegalia; Sin embargo, los ventrículos agrandados pueden mostrar una pérdida regional y, a menudo, extensa de la cobertura de las células ependimarias, con astrogliosis de la superficie del ventrículo y edema periventricular asociado que reemplaza la monocapa funcional de células ependimarias. Utilizando resonancias magnéticas junto con tejido cerebral humano postmortem, describimos cómo preparar, obtener imágenes y compilar representaciones en 3D de los volúmenes de los ventrículos laterales, calcular los volúmenes de los ventrículos laterales y caracterizar el tejido periventricular mediante el análisis inmunohistoquímico de las preparaciones de tejido de la pared del ventrículo lateral en la cara. También se presentan los análisis correspondientes del tejido cerebral de ratón, lo que respalda el uso de modelos de ratón como medio para evaluar los cambios en los ventrículos laterales y el tejido periventricular que se encuentran en el envejecimiento y la enfermedad humana. En conjunto, estos protocolos permiten investigar la causa y el efecto de la ventriculomegalia y destacar las técnicas para estudiar la salud del sistema ventricular y sus importantes funciones de barrera y filtración dentro del cerebro.