Las estructuras de las criptas-vellosidades intestinales, denominadas organoides, pueden mantenerse en cultivo sostenido tridimensionalmente cuando se complementan con los factores de crecimiento adecuados. Dado que los organoides son muy similares al tejido original en términos de diferenciación homeostática de células madre, polaridad celular y presencia de todos los tipos de células terminalmente diferenciadas conocidas en el epitelio intestinal adulto, sirven como un recurso esencial en la investigación experimental sobre el epitelio. La posibilidad de expresar transgenes o ARN interferente utilizando vectores lentivirales o retrovirales en organoides ha aumentado las oportunidades para el análisis funcional del epitelio intestinal y las células madre intestinales, superando a los transgénicos tradicionales de ratón en velocidad y costo. En el protocolo de video actual mostramos cómo utilizar la transducción de organoides del intestino delgado con vectores lentivirales ilustrados por el uso de transgenes inducibles por doxicilina, o ARN de horquilla corta inducible por IPTG para la sobreexpresión o la eliminación de genes. Además, teniendo en cuenta que el cultivo de organoides produce recuentos celulares diminutos que incluso pueden reducirse mediante un tratamiento experimental, explicamos cómo procesar organoides para análisis posteriores dirigidos a RT-PCR cuantitativo, microarrays de ARN e inmunohistoquímica. Las técnicas que permiten la expresión de transgenes y la eliminación de genes en organoides intestinales contribuyen al potencial de investigación que tienen estas estructuras epiteliales intestinales, estableciendo el cultivo de organoides como un nuevo estándar en el cultivo celular.