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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Aquí, se describe un método que permite la preparación rápida, eficiente y económica de geles de poliacrilamida en un formato de placa multipocillo. El método no requiere ningún equipo especializado y podría ser fácilmente adoptado por cualquier laboratorio de investigación. Sería particularmente útil en investigaciones centradas en la comprensión de las respuestas celulares dependientes de la rigidez.
Actualmente, la mayor parte de la investigación celular in vitro se realiza en poliestireno de cultivo de tejido rígido (~1 GPa), mientras que la mayoría de las células del cuerpo están unidas a una matriz elástica y mucho más blanda (0,1 – 100 kPa). Dado que este desajuste de rigidez afecta en gran medida a las respuestas celulares, existe un gran interés en el desarrollo de materiales de hidrogel que abarquen una amplia gama de rigidez para servir como sustratos celulares. Los geles de poliacrilamida, que son baratos y cubren el rango de rigidez de todos los tejidos blandos del cuerpo, son el hidrogel elegido por muchos grupos de investigación. Sin embargo, la preparación del gel de poliacrilamida es larga, tediosa y solo es adecuada para lotes pequeños. Aquí, describimos un ensayo que, mediante la utilización de una película plástica flexible permanente como soporte estructural para los geles, permite la preparación de geles de poliacrilamida en un formato de placa multipocillo. La técnica es más rápida, más eficiente y menos costosa que los métodos actuales y permite la preparación de geles de tamaños personalizados que de otro modo no estarían disponibles. Al no requerir ningún equipo especializado, el método podría ser fácilmente adoptado por cualquier laboratorio de investigación y sería particularmente útil en investigaciones centradas en la comprensión de las respuestas celulares dependientes de la rigidez.
La mayoría de los tejidos en el cuerpo son materiales viscoelásticos suaves con un módulo de Young que varía de 0,1 kPa para el cerebro a 100 kPa para el cartílago suave, sin embargo, la mayoría en la investigación de células in vitro se lleva a cabo en poliestireno de cultivo de tejido (TCP), que tiene un módulo de ~ 1 GPa . 1 Este desajuste rigidez afecta en gran medida la forma en las células responden a su medio ambiente. Un cuerpo creciente de investigación es, pues, dedicada a elucidar el efecto de la rigidez del sustrato sobre el destino de diversos tipos de células, incluidas las células madre 2,3. 4 Como resultado, múltiples hidrogeles han sido desarrollados para ayudar en la comprensión de la célula de rigidez dependiente biología incluyendo poliacrilamida (PA), 5-7 polietilenglicol (PEG), 8,9 polidimetilsiloxano (PDMS), 10 y alginato. 11 Mientras que la evidencia de que la rigidez del sustrato tiene un impacto sustancial en el destino celular está creciendo, se llevan a cabo en la mayoría de los estudios una pequeña escala con un pequeño número de sejemplos. Los estudios sistemáticos, multidimensionales sobre el efecto de la rigidez del sustrato para una gran variedad de tipos de células o las condiciones ambientales son raros. 12
Varias tecnologías de hidrogel de alto rendimiento prometedores se han desarrollado, incluyendo microarrays basados en PEG, 13 dispositivos de microfluidos para la producción de microperlas de agarosa de hidrogel, 14 o micro y nano-barras, donde la rigidez es modulada por el diámetro y la altura de los los micro. 15 Sin embargo , las tecnologías de la preparación de dichos sustratos son sofisticados y disponible para un número limitado de laboratorios. Mucha investigación que implica rigidez modulada respuestas de células utiliza poliacrilamida (PA) geles que no sólo son de bajo costo y simple de implementar, sino también exhibir una gama fisiológicamente relevante del módulo de Young, es decir, 0,3 -. 300 kPa 16-22 Sin embargo, los métodos existentes para fabricar PA geles para el cultivo celular son mano de obra intensiva y, en consecuencia prepared en pequeños lotes. Algunas de las dificultades asociadas con la preparación de geles PA como sustratos de células madre a partir de la exigencia de que los geles tienen que estar preparados: 1) en ausencia de oxígeno para permitir la polimerización completa, 2) con una superficie plana y lisa para permitir celular uniforme apego y difusión, y 3) fijado de forma permanente a la parte inferior de la placa de cultivo celular para prevenir flotante.
Varios grupos han intentado producir geles PA para el cultivo de células en grandes lotes. Semler et al. Láminas gruesas preparados de geles PA que fueron luego "cortada" con un punzón y se colocaron en placas de 96 pocillos. 23 Sin embargo, este método está limitado a geles más rígidos, es decir,> 1 kPa en el módulo de Young, ya que más suave geles son "pegajosos", difícil de cortar, y se dañan fácilmente. Mih et al. Desarrolló una técnica más sofisticada que permite a los geles a polimerizar directamente en una placa de múltiples pocillos con fondo de cristal.
Este documento describe una manera sencilla y económica de montar geles PA en una placa de múltiples pocillos que podría ser adoptado fácilmente por cualquier laboratorio. Aquí, se utiliza un soporte de plástico flexible, que tiene dos lados - un uno hidrofóbico, que es repelente a los geles PA, y uno hidrofílico, que se une covalentemente el gel de PA sobre la deposición. Una vez láminas de gel de PA se depositan y permanentemente fijada en el soporte de plástico flexible, permite un manejo geles de cualquier grosor o rigidez y cortarlos en cualquier forma deseada. Este aproach no sólo produce personalizados '' cubreobjetos de plástico en tamaños no disponibles comercialmente, sino que también elimina la necesidad de las superficies de vidrio-tratamiento previo, ya sea cubreobjetos de vidrio o los pozos de las costosas placas de múltiples pocillos con fondo de cristal, con una solución PA vinculante, que es un tedioso y un paso de tiempo. Por último, las hojas de geles PA uniformes se pueden preparar en grandes lotes y se almacenaron-de hidratado durante varios meses.
En resumen, el ensayo que aquí se presenta es una mejora sobre los métodos existentes en varios aspectos. En primer lugar, el proceso de montaje de placa de pocillos múltiples, es eficiente, y el coste global de los materiales requeridos es baja. En segundo lugar, los hidrogeles se producen en grandes lotes en una única película de gel homogénea. Finalmente, sólo se requieren materiales que están disponibles comercialmente. La utilidad del ensayo se ilustra por explorar el efecto de la rigidez del sustrato sobre la morfología celular y el área de difusión.
1. Preparación de soluciones y alícuotas asociados hidrogel
2. Preparación de hidrogel (Ver Figura 1)
3. Asamblea Multiwell Plate, colágeno, Revestimientos, y Esterilización
4. siembra de células en Rigidez Ensayo PA
NOTA: Aunque típico para líneas celulares de mamíferos comunes, el protocolo descrito en esta sección se utiliza específicamente con el cáncer de mama línea celular MDA-MB-231 (ver figuras 4 y 5).
5. Obtención de imágenes de células sembradas en Rigidez Ensayo PA
Poliacrilamida (PA) hidrogeles son ampliamente utilizados para probar las respuestas de células de rigidez dependiente. 17,24 Mediante la mezcla de varias concentraciones de acrilamida (A) y bis-acrilamida (B) se puede hacer geles de PA que abarcan el rango de rigidez de la mayoría de los tejidos blandos en el cuerpo - 0,3 -.. 300 módulo de kPa joven 1 Sin embargo, la preparación de geles de poliacrilamida es tedioso y consume mucho tiempo, a menudo limita su utilidad en aplicaciones de "alto rendimiento", tales como para la detección ejemplo de drogas 12 Aquí, un método sencillo y rápido para montaje de geles PA en placas de múltiples pocillos o cualquier otro recipiente de cultivo de tejido deseable se presenta (Figura 1). La Figura 2A muestra el módulo de Young como una función de varias concentraciones de A y B (también resume en la Tabla 1). Los módulos de combinaciones adicionales A y B son reportados en la literatura. 17,25,26 La rigidez de gel totalmente swollen geles se midió por la reología (reómetro 2000EX AR, TA Instruments) con una geometría paralela 20 mm superior, frecuencia oscilatoria prueba de barrido de 1 a 10 Hz, y la tensión constante del 2%. Como se preveía, se demostró que tanto el módulo de almacenamiento, G ', y módulo de pérdida, G ", son independientes de la frecuencia (Figura 2B). También se confirmó que el secado y luego re-hidratar los geles, no afectó el módulo de su joven (Figura 2C). El módulo de Young estaba relacionado con el módulo de almacenamiento por la siguiente ecuación: 
donde E es el módulo de Young y v es la relación de Poisson que se aproxima a 0,5 para geles PA. 27 Nótese que los valores reportados son para los hidrogeles preparados con TEMED. Hidrogeles PA también pueden ser preparados por reticulación UV cuando el tiempo de exposición y la intensidad UV están optimizados ( 27 métodos tales como microscopía de fuerza atómica 5,7 son también apropiadas. Hidrogeles de poliacrilamida solo son inertes; Por lo tanto, para provocar unión celular moléculas de la matriz extracelular se deben añadir por separado. Colágeno Tipo fui elegido para el revestimiento de hidrogel, pero el mismo método podría ser utilizado para revestir cualquier otra matriz extracelular (ECM) proteína de elección. Figura 3 demuestra que al utilizar el reticulante sulfo-SANPAH, una capa de colágeno uniforme sobre hidrogeles de cualquier rigidez se puede lograr. 5
Además, se demostró que las células sembradas en hidrogeles de diferente stiffness exhibió diferente morfología. Para este experimento, las células de cáncer de mama MDA-MB-231 se sembraron en la parte superior de los geles PA por 24 - 72 h. Las células se cultivaron en medio RPMI suplementado con 10% de suero fetal bovino y 1% de penicilina / estreptomicina en un incubador humidificado a 37 ° C y 5% de CO 2. Las células se sembraron a 1 x 10 5 células / ml o 1 x 10 4 células / pocillo para una placa de 96 pocillos. Esta es una densidad típica siembra de células - 4 veces menor que la densidad celular confluencia, donde se alcanzaron la confluencia para una línea celular de mamífero en ~ 1 x 10 5 células / cm 2. Las imágenes fueron tomadas en microscopio de fluorescencia invertida y se analizaron en ImageJ través del descriptor de forma y de software Área plug-ins. Se observó que cuando se sembró en geles de PA durante 24 horas, las células de cáncer de mama MDA-MB-231 permanecieron redonda sobre las suaves 0,5 y 1 geles kPa, pero fueron capaces de extender y alargar en el rígido 100 kPa gel (Figura 4). Figura 4 también showcases el hecho de que los hidrogeles preparados en la parte superior del soporte de plástico flexible son transparentes y permiten la fácil visualización y microscopía. Además, el soporte de plástico flexible no autofluoresce y por lo tanto no interfiere con la obtención de imágenes de células marcadas con fluorescencia. La morfología celular se cuantificó además en términos de célula general de la zona y el factor de forma de la célula de propagación - circularidad (Figura 5). Área de difusión celular se midió mediante la creación de una máscara para trazar el perímetro de cada celda. Entonces la forma de la célula (circularidad) se calcula a partir de la siguiente relación: 
La circularidad se mide en una escala de 0 - 1, donde 0,6-1 fueron llevados a designar células redondeadas y 0-0,5 fueron llevados a designar células alargadas. Aproximadamente se analizaron tres cientos de células de al menos tres experimentos independientes para cada poin datos t. Se calcularon las diferencias estadísticas en base al análisis factor de varianza (ANOVA), donde se consideraron los conjuntos de datos significativamente diferentes cuando p <0,05.

Figura 1. Representación esquemática de la preparación en gel de poliacrilamida en soporte de plástico flexible. La figura representa los diversos pasos implicados en la preparación de geles PA en soporte de plástico flexible. Después de que el gel se seque por completo, se puede cortar o perfora en cualquier forma deseable. Todo un punzón (~ 6 mm de diámetro) es más conveniente en la preparación de geles para una placa de 96 pocillos, mientras que un cortador de papel de alta resistencia puede ser utilizado para formas cuadradas o rectangulares. La figura también destaca los bordes de los pozos, con y sin un gel, para demostrar que la cobertura completa del fondo del pozo se puede lograr con este método. oad / 52643 / 52643fig1large.jpg "target =" _ blank "> Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2. Rigidez del PA hidrogeles, medida por la reología. (A) el módulo de Representante joven para cinco concentraciones diferentes de A & B (consulte la Tabla 1 para los acrónimos), (B) el almacenamiento y el módulo de pérdida como una función de la frecuencia medida por reología; (C) geles exhiben el mismo módulo de Young inicialmente (inicial) y después de que se han secado y re-hidratado (Re-hidratado) independiente de la concentración precursor de polímero. Todos los geles para las mediciones de reología se prepararon como losas de 20 mm de diámetro y 1 a 1,5 mm de altura (al hincharse completa).
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Figura 3. recubrimiento en geles de colágeno PA. El recubrimiento de colágeno (verde) se distribuye de manera eficiente y retenido sobre el gel de PA (rojo) superficie independiente de módulo de rigidez de hidrogel de Young). El colágeno marcado con Cy5 se utilizó para estos datos. Red bolas fluorescentes fueron incorporados en el hidrogel PA a la visualización de la ayuda. Imágenes de cortes transversales fueron tomadas en un microscopio confocal (barra de escala = 100 micras). Imagen adaptada de Zustiak et. al. 5 Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4. contrato Fase (fila superior) y fluorescentes (fila inferior) imágenes de las células MDA-MB-231 sembradas en geles de PA durante 24 horas. MDA-MB-231 células permanecen redonda sobre geles suaves (Young 7; s módulo de 0,5 y 1 kPa), pero alargado en geles rígidos PA (módulo de Young de 100 kPa). Las células se sembraron en los geles durante 24 h, se fijaron en etanol y se tiñeron con naranja de acridina (AO - verde) para visualizar el citoplasma de la célula y DAPI (azul) para visualizar núcleo de la célula; barra de escala = 100 micras. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5. área de extensión de la célula y la circularidad se ven afectados por la rigidez del sustrato subyacente. (A) área de extensión de células MDA-MB-231 se incrementa significativamente en el 100 kPa a diferencia de los geles de 0,5 kPa. (B) la circularidad de la célula disminuye con el aumento de la rigidez de gel de PA. Los asteriscos designan diferencias significativas; p <0,05.

| Acrónimo | La acrilamida% | Bis-acrilamida% | La acrilamida del 40% solución madre (ml) | Bis-acrilamida del 2% solución madre (ml) | Agua (ml) | G '± SD (kPa) | E ± SD (kPa) |
| PA1 | 5 | 0,025 | 625 | 62.5 | 4312.5 | 0.62 ± 0.19 | 1,85 ± 0,57 |
| PA2 | 5 | 0.1 | 625 | 250 | 4125 | 3.55 ± 0.12 | 10,64 ± 0,36 |
| PA3 | 8 | 0.1 | 1000 | 250 | 3750 | 9.71 ± 0.64 | 29,14 ± 1,93 |
| PA4 | 8 | 0.25 | 1000 | 625 | 3375 | 22,00 ± 2,10 | 66,01 ± 6,31 |
| PA5 | 12 | 0.25 | 1,500 | 625 | 2875 | 37,42 ± 2,68 | 112,25 ± 8,03 |
Tabla 1. Las concentraciones de acrilamida (A) y el reticulante bis-acrilamida (B) y la resultante rigidez de gel de PA. Rigidez, aquí representados por G 'y E, se midió mediante reología. G 'es el módulo de almacenamiento a 1 Hz de frecuencia. El módulo de Young, E, se calcula a partir de la Ec. 1. La desviación estándar (SD) se calculó sobre la base de tres experimentos independientes con 3-5 muestras medidas por experimento. Los acrónimos en la tabla corresponden a los acrónimos utilizados en la figura 2A.
| La intensidad UV = 15 mW / cm 2 | Tiempo de exposición = 300 sec | ||
| Tiempo (s) | E (kPa) ± SD | Enintensidad (mW / cm 2) | E (kPa) ± SD |
| 75 | 0.14 ± 0.03 | 15 | 28,05 ± 2,62 |
| 100 | 6,98 ± 2,34 | 26 | 21,13 ± 3,01 |
| 125 | 19,11 ± 2,29 | 37 | 20,01 ± 2,38 |
| 300 | 28,05 ± 2,62 | 66 | 19,35 ± 2,86 |
Tabla 2. polimerización UV es una alternativa y un método más rápido para la preparación de gel de PA cuando se optimizan las condiciones de gelificación; PA3 (véase Tabla 1) gel se representa. La tabla resume módulo de la resultante de Young cuando sea el tiempo de exposición (a la izquierda dos columnas) o la intensidad UV (derecha dos columnas) son variadas por la misma solución. Basándose en los resultados de la tabla, parece que 300 seg tiempo de exposición y 15mW / cm 2 intensidad UV dar la rigidez de gel de PA más alta, que es comparable a la rigidez del gel polimerizado tradicionalmente como se informa en la Tabla 1.
Los autores no tienen nada que revelar.
Aquí, se describe un método que permite la preparación rápida, eficiente y económica de geles de poliacrilamida en un formato de placa multipocillo. El método no requiere ningún equipo especializado y podría ser fácilmente adoptado por cualquier laboratorio de investigación. Sería particularmente útil en investigaciones centradas en la comprensión de las respuestas celulares dependientes de la rigidez.
Este trabajo fue financiado por fondos iniciales proporcionados a la Dra. Silviya Zustiak por la Universidad de Saint Louis, así como por una subvención del Fondo Presidencial de Investigación (PRF) otorgada a la Dra. Silviya Zustiak por la Universidad de Saint Louis. Agradecemos a Naveed Ahmed y Keval Shah por su asistencia técnica.
| 40% Acrilamida | Bio-Rad | 161-0140 | |
| 2% Bis-acrilamida | Bio-Rad | 161-0142 | |
| Persulfato de amonio | Bio-Rad | 161-07000 | |
| TEMED | Sigma Aldrich | T9281 | |
| Sulfo-SANPAH | Thermo Scientific | 22589 | |
| Colágeno tipo 1, de cola de rata, 3,68 mg/ml | BD Biosciences | 354236 | |
| Dimetilsulfóxido (DMSO) | Fisher Scientific | BP231-100 | |
| Solución hidrofóbica — Repel Silane | GE Healthcare Bio-Sciences | 17-1332-01 | |
| PBS (1x), pH 7.4 | HyClone | SH30256.01 | |
| Polydimehylsiloxane (PDMS) [Slygard 182 Kit de elastómeros] | Elsworth Adhesives | 3097358-1004 | |
| Tyrpsin/EDTA (10x) | Sigma Aldrich | 44174 | |
| RPMI-1640 Medio (1x) | HyClone | SH30027-02 | |
| Suero fetal bovino | HyClone | SH30073-03 | |
| Penicilina Estreptomicina | MP Biomedicals | 1670046 | |
| Detergente: Triton-X | Sigma Aldrich | T8787 | |
| Solución de formaldehído al 37% | Sigma Aldrich | F1635 | |
| Albúmina sérica bovina (BSA) | Sigma Aldrich | A2153 | |
| Kit de bloqueo de adherencia celular basado en BSA — Kit de matriz de adhesión de celdas ECM | Chemicon International | ECM540 | |
| soporte de plástico flexible — Película GelBond PAG para geles de poliacrilamida | GE Healthcare Bio-Sciences | 309819 | |
| Placas de vidrio | Slumpys | GBS4100SFSL | |
| tubos cónicos de 50 ml | Fisher Scientific | 3181345107 | |
| tubos cónicos de 15 ml | FALCON | 352097 | |
| centrífuga | Fisher Scientific | 2 ml: 02681258 | |
| placa de 96 pocillos (fondo plano) | Pipetas | desechables Fisher Scientific12565501 | |
| (1 ml, 2 ml, 5 y nbsp; ml, 10 ml, 25 y nbsp; ml, 50 y nbsp; ml) | Fisher Scientific | 1 ml: 13-678-11B, 2 ml: 05214038, 5 ml (HALCÓN): 357529, 10 ml: 13-678-11E, 25 ML: 13-678-11, 50 ml: 13-678-11F | |
| Pipetas de transferencia de vidrio | Fisher Scientific | 5 3/4": 1367820A, 9":136786B | |
| Puntas de pipeta (1-200 μ l, 101-1000 μ l) | Fisher Scientific | 2707509 | |
| Pipetas de transferencia desechables estándar de plástico | Fisher Scientific | 13-711-9D | |
| Parafilm | PARAFILM | PM992 | |
| Guantes de examen sin polvo | Quest | 92897 | |
| Espaciadores de silicona — Lámina de silicona, 0,5 mm de grosor/13 cm x 18 cm | Grace Bio-Labs | JTR-S-0.5 | |
| Microscopio ligero y fluorescente (Axiovert 200M) | Zeiss | Software | de microscopio 3820005619|
| Zeiss | AxioVision Rel. 4.8.2 | ||
| Horno UV | UVITRON | UV1080 | |
| Cámara de vacío/desgasificador | BelArt | 999320237 | |
| Bomba de vacío para desgasificador | KNF Lab | 5097482 | |
| campana de cultivo de tejidos | NUAIRE | NU-425-600 | |
| Campana de gases químicos | KEWAUNEE | 99151 | |
| Microscopio invertido (Axiovert 25) | Zeiss | Incubadora663526 | |
| NUAIRE | NU-8500 | ||
| Ayuda para pipetas | Drummond Scientific Co. | P-76864 | |
| Hemacitómetro | Bright-Line | 383684 | |