El órgano de Corti, alojado en la cóclea del oído interno, contiene células ciliadas mecanosensoriales y células de soporte circundantes que están organizadas en forma de espiral y tienen un gradiente tonotópico para la detección del sonido. La cóclea del ratón mide aproximadamente 6 mm de largo y, a menudo, se divide en tres vueltas (ápice, medio y base) para su análisis. Para investigar la pérdida celular, la división celular o la expresión génica en mosaico, es útil la preparación de todo el montaje o la superficie de la cóclea. Este método de disección permite la visualización de todas las células dentro del órgano de Corti cuando se combina con inmunotinción y microscopía confocal para obtener imágenes de células en diferentes planos del eje z. También se pueden obtener múltiples secciones transversales ópticas a partir de estas imágenes de pila z. Además, el método de disección de montaje completo se puede utilizar para la microscopía electrónica de barrido, aunque se necesita un método de fijación diferente. Aquí, presentamos un método para aislar el órgano de Corti como tres vueltas cocleares intactas (ápice, medio y base). Este método se puede utilizar para ratones desde la semana de edad hasta la edad adulta y difiere de la técnica utilizada para muestras neonatales en las que la calcificación de la cóclea es incompleta. Se puede utilizar una versión ligeramente modificada para la disección de la cóclea de rata. También demostramos un procedimiento para la inmunotinción con anticuerpos marcados con fluorescencia.