El cilio primario es fundamentalmente importante para la proliferación de células madre/progenitoras neurales y para la diferenciación neuronal durante la vida embrionaria, postnatal y adulta. Además, la mayoría de las neuronas diferenciadas poseen cilios primarios que albergan receptores de señalización, como los receptores acoplados a proteínas G, y moléculas de señalización, como las adenilil ciclasas. El cilio primario determina la actividad de múltiples vías de desarrollo, incluida la vía sónica del erizo durante el desarrollo neuronal embrionario, y también funciona en la promoción de la señalización subcelular compartimentada durante la función neuronal adulta. Como era de esperar, los defectos en la biogénesis y la función del cilio primario se han relacionado con anomalías del desarrollo del cerebro, obesidad central y déficits de aprendizaje y memoria. Por lo tanto, es imperativo estudiar la biogénesis primaria del cilio y el tráfico ciliar en el contexto de las células madre/progenitoras neurales y las neuronas diferenciadas. Sin embargo, los métodos de cultivo de neuronas primarias requieren una experiencia considerable y no son susceptibles de ciclos de congelación y descongelación. En este protocolo, discutimos los métodos de cultivo para poblaciones mixtas de células madre/progenitoras neurales utilizando neuroesferas primarias. Los métodos de cultivo basados en la neurosfera proporcionan los beneficios combinados del estudio de las células madre/progenitoras neurales primarias: capacidad para múltiples pasajes y ciclos de congelación-descongelación, potencial de diferenciación en neuronas/glía y transfectabilidad. Es importante destacar que determinamos que las células madre/progenitoras neurales derivadas de la neurosfera y las neuronas diferenciadas se cilian en cultivo y localizan moléculas de señalización relevantes para la función ciliar en estos compartimentos. Utilizando estos cultivos, describimos más a fondo los métodos para estudiar la ciliogénesis y el tráfico ciliar en células madre/progenitoras neurales y neuronas diferenciadas. Estos métodos basados en la neurosfera nos permiten estudiar las vías celulares reguladas por los cilios, incluido el receptor acoplado a la proteína G y la señalización sónica del erizo, en el contexto de las células madre/progenitoras neurales y las neuronas diferenciadas.