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La barrera blood - brain (BBB) es un tejido de barrera dinámica que responde a varios estímulos fisiopatológicos y farmacológicos. Tales cambios resultantes de estos estímulos pueden grandemente modular la entrega de la droga al cerebro y, por extensión, causan grandes desafíos en el tratamiento del sistema nervioso central (SNC) enfermedades. Muchos cambios BBB que afectan a la farmacoterapia, involucran proteínas que son localizadas y expresadas en el nivel de las células endoteliales. De hecho, tales conocimientos sobre fisiología BBB en salud y enfermedad ha despertado considerable interés en el estudio de estas proteínas de membrana. Desde un punto de vista de investigación de ciencia básica, esto implica un requisito para un método simple pero robusto y reproducible para el aislamiento de los microvasos del tejido de cerebro de animales experimentales. Para preparar muestras de membrana de microvasos recién aislados, es imprescindible que preparaciones de muestra enriquecidas en células endoteliales pero limitadas en presencia de otros tipos de la célula de la unidad neurovascular (astrocitos, microglía y neuronas, pericitos). Un beneficio adicional es la capacidad para preparar muestras de animales individuales con el fin de captar la verdadera variabilidad de expresión de proteínas en una población experimental. En este manuscrito, se proporcionan detalles con respecto a un método que se utiliza para aislamiento de microvasos de cerebro de rata y preparación de muestras de la membrana. Enriquecimiento de microvasos, de muestras derivadas, se logra con cuatro pasos de centrifugación donde dextrano está incluido en el tampón de muestra. Este protocolo puede ser adaptado fácilmente por otros laboratorios para sus aplicaciones específicas. Muestras generadas de este protocolo se han demostrado para producir datos experimentales sólidos de los experimentos de análisis de proteína que pueden ayudar grandemente a la comprensión de las respuestas BBB a estímulos fisiológicos, fisiopatológicos y farmacológicos.