Análisis de AtHIRD11 trastorno intrínseco y vinculante hacia los iones del Metal por electroforesis capilar y afinidad de electroforesis capilar

Markus Nachbar; Jorrit Maul; Matthias Stein; Hermann Wätzig

doi:10.3791/57749

Artículo de método

Análisis de AtHIRD11 trastorno intrínseco y vinculante hacia los iones del Metal por electroforesis capilar y afinidad de electroforesis capilar

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DOI:

10.3791/57749

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22 de agosto de 2018

Markus Nachbar¹ , Jorrit Maul¹ , Matthias Stein¹ , Hermann Wätzig¹

¹Institute of Medicinal and Pharmaceutical Chemistry, TU Braunschweig

En este artículo

Resumen

Este protocolo combina la caracterización de una muestra de proteínas por electroforesis capilar y la proyección rápida Unión de ligandos cargados por electroforesis capilar de afinidad. Se recomienda para las proteínas con una estructura flexible, como las proteínas intrínsecamente desordenadas, para determinar las diferencias en el enlace de diferentes conformadores.

Resumen

Plantas dependen fuertemente de su entorno. Con el fin de adaptarse a los cambios estresantes (por ejemplo, la sequía y salinidad), las plantas superiores evolucionan las clases de las proteínas intrínsecamente desordenadas (PID) para reducir el estrés osmótico y oxidativo. Este artículo utiliza una combinación de la electroforesis capilar (CGE) y electroforesis de afinidad de turno de movilidad (ACE) para describir el comportamiento del enlace de diferentes Conformadores de la IDP AtHIRD11 de Arabidopsis thaliana. CGE se utiliza para confirmar la pureza de AtHIRD11 y excluir fragmentos, modificaciones postraduccionales y otras impurezas como razones de patrones complejos de pico. En esta parte del experimento, los componentes diferentes de la muestra se separan por un gel viscoso dentro de un tubo capilar por sus diferentes masas y detectados con un detector de diodo array. Después, el comportamiento del enlace de la muestra a diversos iones metálicos es investigado por ACE. En este caso, el ligando se agrega a la solución tampón y se mide el cambio en el tiempo de la migración para determinar si un enlace ha ocurrido o no. Una de las ventajas de utilizar la combinación de CGE y ACE para determinar el comportamiento del enlace de un IDP es la posibilidad de automatizar la electroforesis en gel y el ensayo de enlace. Además, CGE muestra un límite inferior de detección de la electroforesis del gel del clásico y ACE es capaz de determinar la forma de unión de un ligando de una manera rápida. Además, ACE puede aplicarse también a otras especies cargadas de iones metálicos. Sin embargo, el uso de este método para atar los experimentos está limitado en su capacidad para determinar el número de sitios de Unión. Sin embargo, la combinación de CGE y ACE puede ser adaptada para caracterizar el comportamiento del enlace de cualquier muestra de proteína hacia numerosos ligandos cargados.

Introducción

Las plantas son más dependientes de su entorno que muchas otras formas de vida. Puesto que las plantas no se pueden mover a otros lugares, tienen que adaptarse a los cambios en su entorno (por ejemplo, sequía, frías y altas concentraciones de sal). En consecuencia, las plantas superiores desarrollan proteínas estrés especializados como dehidrinas, que cumplan múltiples tareas para reducir el estrés celular relacionadas con alta salinidad. Estas proteínas unen el agua y los iones dentro de las células, reduce el estrés oxidativo atando Cu^{2 +}-los iones e interactuar con los fosfolípidos, así como los citoesqueletos. Además, enlace Zn^{2 +}-lo....