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La hipoxia ocurre cuando falta oxígeno se suministra a las células y tejidos del cuerpo. Juega un papel fundamental en diversos procesos fisiológicos y patológicos como la diferenciación de la célula de vástago, inflamación y cáncer1,2. Factores inducible por la hipoxia (HIFs) funcionan como heterodímeros, compuesto por una subunidad α regulados por el oxígeno y una subunidad β constitutivamente expresada también conocido como ARNT3. Hasta la fecha se han identificado tres isoformas de las subunidades de HIF-α (HIF-1α, 2α HIF y HIF-3α) y tres subunidades β HIF (HIF/ARNT-1β, ARNT2 y ARNT3). HIF-1α y ARNT se expresan ubicuamente, mientras que HIF-2α, 3α HIF, ARNT2 y ARNT3 tienen más restringido de patrones de expresión4. El complejo de la proteína HIF-1 es el regulador clave de la respuesta de la hipoxia. Bajo condiciones de hipoxia, HIF-1α se convierte estabilizado, transloca al núcleo y dimerizes con ARNT5. Posteriormente, este complejo se une a nucleótidos específicos conocidos como elementos sensibles de la hipoxia (HREs) y regula la expresión de genes diana implicados en diversos procesos como angiogénesis, eritropoyesis y glucólisis6. Además de esta respuesta "canónica", la vía de señalización de hipoxia también es conocida por interferencia con la respuesta celular múltiples vías como la muesca y Nuclear Factor kappa B (NF-κB) de señalización7,8,9.
La identificación de proteínas interactuantes novela HIF-1 es importante para una mejor comprensión de la vía de señalización de la hipoxia. A diferencia de ARNT, que es insensible a los niveles de oxígeno y constitutivamente expresada, los niveles de la proteína HIF-1α están estrictamente regulados por los niveles de oxígeno celular. En normoxia (21% de oxígeno), HIF-1α proteínas son rápidamente degradadas10,11. La vida media corta de HIF-1α en normoxia presenta desafíos técnicos específicos para la detección de la proteína de extractos celulares, así como para la identificación de proteínas HIF-1α-que obran recíprocamente. Además, varios factores de transcripción, incluyendo aquellos del complejo HIF-1 se translocan a núcleo bajo condiciones hipóxicas12,13,14. La mayoría de los métodos actuales utilizados para estudios PPI se realiza utilizando no-fisiológico sobreexpresión de las proteínas. Dicha sobreexpresión de la proteína se ha divulgado para causar defectos celulares diferentes a través de múltiples mecanismos incluyendo sobrecarga de recursos, desequilibrio estequiométrica, interacciones promiscuas y vía modulación15,16. En cuanto a estudios PPI, sobreexpresión de la proteína puede llevar a falsos negativos positivos o incluso falsa, resultados, dependiendo de las propiedades de la proteína y las funciones de las proteínas sobreexpresadas. Por lo tanto, los métodos actuales para estudios de IBP debe ser modificado con el fin de revelar el IBP fisiológicamente relevantes bajo condiciones hipóxicas. Previamente hemos demostrado la interacción de HIF-1 y el factor de transcripción familia Ets GA-proteína de unión (GABP) en las células P19 hipóxicas, que contribuye a la respuesta del promotor Hes1 a hipoxia17. Aquí, describimos un protocolo de co-inmunoprecipitación estudio IBP entre proteínas endógenas nucleares bajo condiciones hipóxicas. La interacción de HIF-1α y ARNT se muestra como una prueba de concepto. Este protocolo es adecuado para demostrar las interacciones entre los factores de transcripción reguladores transcripcionales Co bajo condiciones hipóxicas, incluyendo pero no limitado a la identificación de proteínas interactuantes de HIF-1.