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La singularidad de este método se basa en su adaptación de la técnica de gavaging para el tamaño y la fragilidad de un ratón neonatal. La sección anterior describe los pasos importantes para llevar a cabo un procedimiento exitoso de la sonda en un ratón DOL 2. Para establecer una escala de cuantificación buenos, se generó una curva estándar utilizando el puro ADN de LP con tres repeticiones técnicas (figura 2). La curva estándar proporciona un rango dinámico de detección de la DNA de LP utilizando los cebadores. El rango dinámico fue entre 7 y 28 ciclos donde una gama de 101 a 107 copias del LP de ADN fue detectado. La constante pendiente de la curva estándar representa la eficiencia y la escalabilidad de la reacción.
El procedimiento de la sonda nasogástrica de IE se ha utilizado en ratones adultos con relativa facilidad. Sin embargo, el tracto gastrointestinal superior de un ratón neonatal es frágil y requiere movimientos calibrados de la sonda de aguja durante el procedimiento. Gavages repetidas podrían aumentar las posibilidades de irritación intra esofágico, lesiones y la falta o rechazo por la presa debido a la manipulación. Así, se probaron dos esquemas de diferentes gavaging y la colonización intestinal se cuantificó usando la DNA de homogenados entera del intestino. Ratones fueron gavaged de DOL 2 8 DOL con probiótico administrado cada día o cada dos días (figura 3). Cada muestra contiene una repetición técnica y cada estado tenía al menos dos réplicas biológicas. Los cachorros gavaged todos los días con dosis de 7 tenían alrededor de 103 copias del LP mientras que los cachorros gavaged cada dos días con 4 dosis tenían alrededor de 105 copias. La consistencia de resultados entre las repeticiones añadir crédito a la precisión de la técnica. Hubo más LP detectado en los intestinos de cachorros gavaged cada dos días en comparación con los cachorros que fueron gavaged todos los días. Dado esto, experimentos posteriores se establecieron con un horario de alimentación forzada de día ya que también reduce el estrés de las crías.
Es importante evitar intra camada probiótico contaminación cruzada cuando se trabaja con probióticos. Se esperaba que el microbioma de hermanos de camada son similares ya que comparten la misma madre y el ambiente de anidación. Esto resulta un problema para los estudios de probióticos si las condiciones de tratamiento y el control estaban presentes dentro de la misma camada como el organismo probiótico tiene el potencial para convertirse en una parte de la microbiota ("colonización extender '). Para determinar si un probiótico se contamine y colonizar hermanos de camada no tratados, la mitad de la camada fue gavaged como por encima y los intestinos se recolectaron para qPCR. Análisis de qPCR intestinal de ratones 10 DOL demostraron esperada amplificación de la DNA de LP en los ratones gavaged sino también, en menor grado en los hermanos de camada no gavaged (figura 4). Los intestinos de los ratones DOL mismo de una jaula no demostraron ninguna amplificación o mínima amplificación en ciclos mayor que 32. Esto proporcionó la evidencia para la participación comunitaria el microbioma dentro de una camada en una jaula. Así, para experimentos con probióticos los grupos de tratamiento deben estar separados por jaulas para control de variabilidad a través de la contaminación cruzada. El uso de presas foster puede considerarse si un experimento es que se creará dentro de un entorno de la camada, pero confundir efectos como atención disminuida de la presa de foster y rechazo debe ser evaluado y optimizado para. Cuando ratones gavaged hasta 8 DOL se dejaron sin tratan durante seis días y se analizó el ADN intestinal en DOL 14, aproximadamente 10 copias del LP fueron encontrados (figura 5). Así, la colonización del LP fue encontrada para ser transitoria y la población detectable disminuye con el tiempo.

Figura 1 . Medición de la longitud entre el proceso xifoides (extremo inferior del esternón) y el hocico para hacer inserción máximo marcado por la aguja. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 2 . Curva estándar establecida utilizando cebadores de LP y ATCC LP ADN. Una dilución seriada de la ATCC LP DNA se realizó para establecer el rango dinámico detectable para los primers utilizados en el estudio. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 3 . La amplificación de ADN intestinal de cachorros 10 DOL la LP tratados entre DOL 2 y 8 DOL en gavages programadas todos los días (7 dosis) y cada dos días (4 dosis). Gavaging día demostró mayor LP intestinal en comparación con gavaging todos los días. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 4 . La amplificación de ADN intestinal de cachorros 10 DOL con 2 tratados y 2 la LP no se trata de una camada de 4 cachorros. La sonda fue entre DOL 2 y 8 DOL en gavages programadas todos los días (7 dosis). El probiótico dos tratados cachorros mostrar el perfil de amplificación esperados. Los cachorros no tratados muestran amplificación variable de LP que indica compartir comunal del organismo probiótico dentro de una camada. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.

Figura 5 . La amplificación de ADN intestinal de cachorros 14 DOL la LP tratados entre DOL 2 y 8 DOL en gavages programadas todos los días (7 dosis) y cada dos días (4 dosis). Las gotas de la carga de LP a continuación ciclo 28 que indica separación de LP a lo largo de 6 días post pasado probiótico por sonda nasogástrica. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
| Paso | Temperatura | hora |
| 1 | 50 ° C | 2 minutos |
| 2 | 95 ° C | 3 minutos |
| 3 | 95 ° C | 30 segundos |
| 4 | 58 ° C | 30 segundos |
| 5 | 72 ° C | 30 segundos |
Tabla 1. condiciones de amplificación de qPCR. La temperatura y el número de condiciones del ciclo para la reacción de PCR.
| Blanco | Región de espaciador intergénico 16S-23S |
| Tamaño del fragmento esperado | 144 bp |
| Cartilla Tm | 58˚C |
| Primer avance (FP) | LPN-1: TGG ATC ACC TCC TTT CTA AGG AAT |
| Cartilla reversa (RP) | LPN-2: TCT TGT TTT CGG CAT TAT GAA AAA ATA |
Tabla 2. Detalles de los componentes de la reacción de qPCR. Los detalles de los iniciadores, su temperatura de recocido y el tamaño del fragmento esperado en la reacción de PCR.
| Concentración | Reacción de 10 μl | Reacción de 20 μl |
| Plantilla de ADN | 200 pg/μl | 1 ΜL | 1 ΜL |
| Mezcla de maestra SYBR | - | 5 ΜL | 10 ΜL |
| PUNTO DE CONGELACIÓN | 10 ΜM | 0,3 ΜL | 0,6 ΜL |
| RP | 10 ΜM | 0,3 ΜL | 0,6 ΜL |
| dH2O | - | 3.4 ΜL | 8,8 ΜL |
Tabla 3. Por volúmenes de reacción y las concentraciones de. La concentración de los reactivos y los volúmenes para las reacciones.